# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.1778 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.689 0.188 0.070 0.036 0.014 0.003 0.001 2 N 0.640 0.218 0.090 0.038 0.011 0.003 0.001 3 S 0.578 0.260 0.102 0.045 0.013 0.003 0.001 4 E 0.450 0.347 0.121 0.057 0.020 0.004 0.001 5 V 0.078 0.124 0.201 0.258 0.214 0.109 0.015 6 I 0.051 0.067 0.113 0.192 0.296 0.245 0.036 7 K 0.123 0.262 0.285 0.200 0.095 0.032 0.003 8 E 0.111 0.183 0.222 0.240 0.171 0.064 0.009 9 F 0.024 0.046 0.078 0.152 0.265 0.361 0.073 10 L 0.043 0.072 0.145 0.270 0.284 0.161 0.024 11 E 0.275 0.397 0.193 0.087 0.035 0.012 0.001 12 D 0.175 0.244 0.237 0.211 0.100 0.031 0.002 13 I 0.094 0.078 0.130 0.253 0.261 0.165 0.020 14 G 0.347 0.308 0.171 0.104 0.053 0.016 0.002 15 E 0.494 0.319 0.121 0.048 0.013 0.004 0.001 16 D 0.227 0.260 0.202 0.178 0.096 0.033 0.004 17 Y 0.083 0.101 0.141 0.230 0.237 0.178 0.030 18 I 0.085 0.086 0.131 0.205 0.245 0.204 0.044 19 E 0.199 0.257 0.222 0.163 0.102 0.047 0.009 20 L 0.078 0.091 0.117 0.185 0.244 0.224 0.061 21 E 0.199 0.193 0.183 0.185 0.140 0.081 0.019 22 N 0.370 0.295 0.145 0.103 0.053 0.028 0.006 23 E 0.263 0.194 0.180 0.170 0.113 0.064 0.014 24 I 0.164 0.137 0.148 0.187 0.191 0.146 0.027 25 H 0.221 0.209 0.204 0.178 0.112 0.063 0.013 26 L 0.211 0.161 0.179 0.202 0.157 0.076 0.014 27 K 0.376 0.289 0.157 0.097 0.052 0.025 0.005 28 P 0.308 0.220 0.160 0.151 0.100 0.051 0.010 29 E 0.336 0.305 0.173 0.107 0.054 0.021 0.004 30 V 0.079 0.107 0.148 0.222 0.227 0.172 0.045 31 F 0.044 0.057 0.086 0.162 0.250 0.302 0.099 32 Y 0.052 0.090 0.158 0.241 0.226 0.188 0.043 33 E 0.109 0.184 0.211 0.203 0.169 0.098 0.026 34 V 0.036 0.056 0.073 0.147 0.227 0.338 0.123 35 W 0.047 0.077 0.146 0.244 0.270 0.179 0.036 36 K 0.167 0.284 0.249 0.175 0.078 0.041 0.006 37 Y 0.099 0.106 0.162 0.228 0.244 0.140 0.021 38 V 0.148 0.128 0.149 0.216 0.194 0.140 0.026 39 G 0.276 0.262 0.184 0.137 0.090 0.045 0.006 40 E 0.342 0.273 0.171 0.124 0.061 0.026 0.003 41 P 0.418 0.261 0.146 0.098 0.055 0.019 0.002 42 E 0.309 0.286 0.176 0.131 0.065 0.028 0.005 43 L 0.102 0.091 0.156 0.236 0.239 0.146 0.030 44 K 0.160 0.240 0.239 0.201 0.106 0.046 0.006 45 T 0.298 0.314 0.163 0.113 0.072 0.035 0.005 46 Y 0.049 0.072 0.116 0.228 0.267 0.221 0.047 47 V 0.052 0.071 0.118 0.209 0.233 0.246 0.071 48 I 0.052 0.068 0.122 0.215 0.223 0.226 0.094 49 E 0.155 0.209 0.190 0.174 0.154 0.094 0.024 50 D 0.156 0.200 0.172 0.192 0.159 0.100 0.020 51 E 0.147 0.195 0.170 0.188 0.168 0.109 0.023 52 I 0.088 0.103 0.134 0.208 0.234 0.192 0.041 53 V 0.118 0.113 0.154 0.206 0.212 0.157 0.039 54 E 0.247 0.238 0.184 0.159 0.107 0.057 0.009 55 P 0.356 0.239 0.160 0.130 0.074 0.036 0.006 56 G 0.480 0.227 0.121 0.096 0.052 0.021 0.003 57 E 0.553 0.270 0.100 0.048 0.020 0.009 0.001 58 Y 0.263 0.157 0.180 0.196 0.134 0.060 0.010 59 D 0.373 0.281 0.160 0.098 0.057 0.026 0.004 60 P 0.266 0.182 0.175 0.182 0.118 0.064 0.012 61 P 0.403 0.242 0.127 0.100 0.084 0.039 0.006 62 E 0.309 0.267 0.167 0.128 0.082 0.041 0.006 63 M 0.202 0.157 0.201 0.201 0.155 0.074 0.011 64 K 0.243 0.302 0.231 0.142 0.058 0.022 0.002 65 Y 0.166 0.133 0.197 0.235 0.181 0.081 0.007 66 T 0.503 0.270 0.124 0.067 0.029 0.007 0.001 67 N 0.543 0.316 0.093 0.035 0.010 0.003 0.001 68 V 0.225 0.166 0.217 0.234 0.121 0.034 0.003 69 K 0.434 0.350 0.124 0.060 0.025 0.006 0.001 70 K 0.274 0.374 0.202 0.104 0.034 0.012 0.001 71 V 0.078 0.082 0.167 0.284 0.273 0.106 0.009 72 K 0.122 0.294 0.282 0.188 0.084 0.028 0.002 73 I 0.057 0.074 0.130 0.253 0.269 0.186 0.030 74 K 0.109 0.243 0.234 0.210 0.145 0.055 0.004 75 K 0.140 0.269 0.226 0.203 0.109 0.047 0.006 76 V 0.043 0.062 0.117 0.214 0.301 0.214 0.049 77 Y 0.041 0.102 0.141 0.216 0.261 0.204 0.035 78 F 0.053 0.084 0.150 0.229 0.263 0.186 0.035 79 E 0.163 0.282 0.240 0.166 0.104 0.041 0.004 80 T 0.108 0.197 0.232 0.248 0.148 0.063 0.006 81 L 0.096 0.096 0.188 0.293 0.232 0.087 0.008 82 D 0.464 0.337 0.120 0.053 0.020 0.005 0.001 83 N 0.539 0.325 0.085 0.035 0.011 0.004 0.001 84 V 0.174 0.187 0.232 0.245 0.126 0.034 0.002 85 R 0.165 0.299 0.273 0.183 0.060 0.020 0.001 86 V 0.067 0.073 0.119 0.209 0.283 0.218 0.031 87 V 0.075 0.113 0.182 0.244 0.230 0.139 0.017 88 T 0.167 0.236 0.236 0.194 0.113 0.047 0.006 89 D 0.144 0.235 0.240 0.205 0.121 0.049 0.006 90 Y 0.077 0.102 0.161 0.266 0.248 0.132 0.013 91 S 0.479 0.319 0.108 0.053 0.031 0.009 0.001 92 E 0.297 0.371 0.192 0.100 0.029 0.010 0.001 93 F 0.073 0.089 0.142 0.240 0.300 0.141 0.014 94 Q 0.138 0.241 0.254 0.217 0.118 0.031 0.001 95 K 0.220 0.376 0.250 0.107 0.038 0.009 0.001 96 I 0.055 0.098 0.194 0.327 0.244 0.080 0.003 97 L 0.068 0.111 0.235 0.285 0.240 0.060 0.002 98 K 0.302 0.348 0.218 0.102 0.027 0.004 0.001 99 K 0.690 0.258 0.038 0.011 0.003 0.001 0.001 100 R 0.533 0.291 0.108 0.056 0.011 0.001 0.001 101 G 0.639 0.232 0.087 0.033 0.009 0.001 0.001 102 T 0.603 0.257 0.096 0.036 0.007 0.001 0.001 103 K 0.533 0.309 0.113 0.035 0.008 0.001 0.001 104 L 0.205 0.160 0.236 0.249 0.125 0.024 0.001 105 E 0.518 0.306 0.116 0.043 0.015 0.003 0.001 106 H 0.462 0.264 0.155 0.083 0.028 0.006 0.001 107 H 0.482 0.240 0.152 0.085 0.034 0.007 0.001 108 H 0.571 0.242 0.111 0.053 0.018 0.004 0.001 109 H 0.660 0.205 0.080 0.038 0.013 0.003 0.001 110 H 0.694 0.188 0.070 0.033 0.011 0.003 0.001 111 H 0.731 0.180 0.054 0.024 0.009 0.003 0.001