# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.1778 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.267 0.111 0.119 0.143 0.151 0.093 0.056 0.030 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 2 N 0.315 0.150 0.118 0.129 0.109 0.077 0.050 0.024 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 3 S 0.247 0.118 0.126 0.147 0.151 0.099 0.050 0.029 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 4 E 0.440 0.177 0.122 0.090 0.065 0.046 0.029 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 5 V 0.103 0.056 0.079 0.131 0.173 0.168 0.118 0.088 0.046 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 6 I 0.061 0.041 0.044 0.089 0.149 0.182 0.170 0.130 0.076 0.040 0.013 0.004 0.001 0.001 7 K 0.214 0.195 0.200 0.173 0.100 0.064 0.029 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 8 E 0.399 0.220 0.157 0.096 0.054 0.036 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 F 0.041 0.029 0.054 0.119 0.199 0.222 0.157 0.109 0.045 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 10 L 0.059 0.052 0.074 0.127 0.210 0.183 0.128 0.094 0.047 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 11 E 0.423 0.268 0.146 0.089 0.038 0.020 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 D 0.317 0.186 0.189 0.133 0.082 0.046 0.030 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.042 0.033 0.070 0.142 0.238 0.204 0.135 0.079 0.036 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 14 G 0.210 0.166 0.148 0.144 0.142 0.090 0.053 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 15 E 0.370 0.218 0.125 0.104 0.071 0.048 0.034 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 16 D 0.150 0.105 0.117 0.162 0.176 0.114 0.076 0.046 0.032 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 17 Y 0.059 0.038 0.065 0.110 0.174 0.168 0.151 0.112 0.059 0.032 0.019 0.008 0.004 0.001 18 I 0.098 0.064 0.057 0.073 0.117 0.116 0.132 0.113 0.092 0.063 0.041 0.019 0.010 0.003 19 E 0.283 0.121 0.132 0.138 0.112 0.072 0.061 0.037 0.022 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 20 L 0.053 0.030 0.046 0.102 0.165 0.147 0.124 0.114 0.091 0.064 0.036 0.020 0.007 0.004 21 E 0.097 0.089 0.110 0.173 0.160 0.143 0.087 0.067 0.036 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 22 N 0.309 0.160 0.139 0.125 0.082 0.069 0.050 0.024 0.019 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 23 E 0.220 0.172 0.155 0.137 0.117 0.080 0.050 0.030 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 24 I 0.109 0.054 0.065 0.104 0.177 0.157 0.121 0.083 0.059 0.034 0.020 0.012 0.004 0.001 25 H 0.173 0.112 0.141 0.140 0.135 0.112 0.087 0.053 0.024 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 26 L 0.138 0.075 0.072 0.104 0.139 0.114 0.103 0.091 0.074 0.043 0.025 0.014 0.007 0.002 27 K 0.308 0.139 0.125 0.139 0.090 0.069 0.070 0.026 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 28 P 0.114 0.062 0.095 0.142 0.173 0.150 0.107 0.063 0.043 0.024 0.013 0.008 0.003 0.002 29 E 0.170 0.138 0.132 0.136 0.144 0.111 0.081 0.049 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 30 V 0.036 0.023 0.035 0.067 0.114 0.159 0.173 0.158 0.105 0.067 0.035 0.019 0.007 0.002 31 F 0.033 0.025 0.036 0.071 0.121 0.168 0.172 0.164 0.106 0.058 0.030 0.009 0.003 0.002 32 Y 0.101 0.066 0.069 0.081 0.126 0.110 0.118 0.098 0.085 0.064 0.042 0.024 0.010 0.005 33 E 0.104 0.092 0.124 0.154 0.147 0.127 0.091 0.070 0.041 0.023 0.013 0.007 0.004 0.002 34 V 0.031 0.018 0.027 0.050 0.085 0.143 0.183 0.183 0.138 0.071 0.039 0.020 0.007 0.003 35 W 0.049 0.049 0.057 0.093 0.141 0.175 0.178 0.133 0.069 0.032 0.015 0.006 0.002 0.001 36 K 0.219 0.227 0.205 0.127 0.090 0.054 0.038 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.082 0.058 0.102 0.165 0.217 0.156 0.096 0.065 0.033 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 38 V 0.074 0.056 0.087 0.145 0.192 0.183 0.123 0.079 0.037 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 39 G 0.180 0.135 0.152 0.154 0.148 0.105 0.064 0.034 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 40 E 0.335 0.254 0.155 0.120 0.065 0.036 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 41 P 0.298 0.111 0.115 0.126 0.133 0.099 0.061 0.027 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 42 E 0.206 0.183 0.181 0.145 0.110 0.072 0.055 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 43 L 0.093 0.050 0.067 0.109 0.164 0.149 0.117 0.116 0.068 0.035 0.017 0.009 0.004 0.001 44 K 0.100 0.098 0.118 0.169 0.159 0.141 0.094 0.056 0.033 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 45 T 0.116 0.060 0.078 0.103 0.135 0.137 0.123 0.097 0.070 0.038 0.022 0.011 0.006 0.003 46 Y 0.043 0.030 0.036 0.059 0.098 0.120 0.132 0.137 0.117 0.091 0.074 0.040 0.015 0.006 47 V 0.045 0.029 0.038 0.064 0.094 0.116 0.120 0.139 0.112 0.092 0.074 0.050 0.018 0.009 48 I 0.022 0.023 0.029 0.040 0.064 0.085 0.103 0.128 0.133 0.142 0.109 0.070 0.036 0.018 49 E 0.055 0.053 0.068 0.100 0.118 0.124 0.126 0.115 0.096 0.063 0.042 0.022 0.011 0.007 50 D 0.055 0.053 0.062 0.099 0.122 0.120 0.131 0.103 0.099 0.067 0.042 0.025 0.013 0.008 51 E 0.041 0.039 0.058 0.094 0.126 0.133 0.121 0.116 0.107 0.073 0.047 0.027 0.012 0.008 52 I 0.026 0.020 0.031 0.046 0.073 0.110 0.148 0.156 0.113 0.111 0.082 0.053 0.022 0.009 53 V 0.037 0.039 0.057 0.065 0.095 0.111 0.111 0.134 0.130 0.103 0.064 0.031 0.017 0.007 54 E 0.100 0.076 0.093 0.130 0.141 0.119 0.097 0.088 0.067 0.042 0.024 0.014 0.005 0.003 55 P 0.083 0.064 0.082 0.117 0.133 0.139 0.130 0.091 0.064 0.047 0.027 0.014 0.006 0.004 56 G 0.151 0.114 0.136 0.132 0.140 0.113 0.084 0.054 0.033 0.020 0.012 0.006 0.003 0.001 57 E 0.370 0.228 0.123 0.096 0.072 0.041 0.030 0.015 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 58 Y 0.166 0.089 0.130 0.147 0.150 0.130 0.084 0.051 0.031 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 59 D 0.395 0.187 0.127 0.105 0.076 0.045 0.035 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 60 P 0.331 0.171 0.133 0.123 0.092 0.062 0.038 0.021 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 61 P 0.298 0.134 0.136 0.129 0.112 0.083 0.057 0.023 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 62 E 0.267 0.178 0.148 0.134 0.109 0.067 0.045 0.025 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 63 M 0.146 0.077 0.102 0.136 0.170 0.136 0.084 0.066 0.043 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 64 K 0.210 0.133 0.140 0.157 0.135 0.090 0.067 0.033 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 65 Y 0.119 0.067 0.088 0.132 0.168 0.145 0.101 0.072 0.052 0.028 0.015 0.007 0.003 0.001 66 T 0.241 0.130 0.127 0.130 0.117 0.099 0.069 0.037 0.024 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 67 N 0.229 0.216 0.176 0.133 0.088 0.059 0.045 0.022 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 68 V 0.075 0.054 0.075 0.112 0.183 0.158 0.109 0.093 0.072 0.034 0.018 0.011 0.005 0.001 69 K 0.204 0.180 0.152 0.143 0.109 0.081 0.067 0.029 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 70 K 0.152 0.136 0.123 0.136 0.152 0.099 0.072 0.058 0.039 0.016 0.009 0.003 0.004 0.001 71 V 0.040 0.030 0.039 0.066 0.127 0.141 0.159 0.146 0.108 0.059 0.043 0.029 0.010 0.002 72 K 0.093 0.109 0.147 0.173 0.152 0.109 0.092 0.057 0.032 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 73 I 0.029 0.019 0.026 0.058 0.102 0.116 0.121 0.159 0.153 0.100 0.063 0.033 0.014 0.006 74 K 0.064 0.076 0.089 0.137 0.142 0.143 0.129 0.088 0.059 0.034 0.022 0.011 0.004 0.003 75 K 0.069 0.053 0.069 0.104 0.131 0.126 0.118 0.109 0.090 0.056 0.038 0.020 0.012 0.005 76 V 0.027 0.021 0.028 0.037 0.069 0.095 0.121 0.140 0.149 0.126 0.097 0.058 0.024 0.009 77 Y 0.045 0.036 0.052 0.084 0.120 0.136 0.133 0.142 0.094 0.072 0.045 0.025 0.012 0.005 78 F 0.036 0.033 0.040 0.059 0.107 0.104 0.112 0.130 0.135 0.119 0.069 0.033 0.016 0.008 79 E 0.161 0.145 0.144 0.170 0.124 0.093 0.057 0.043 0.031 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 80 T 0.121 0.100 0.122 0.158 0.148 0.126 0.099 0.052 0.036 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 81 L 0.050 0.042 0.073 0.116 0.176 0.187 0.148 0.103 0.058 0.027 0.011 0.006 0.002 0.001 82 D 0.292 0.222 0.178 0.134 0.071 0.046 0.029 0.012 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 83 N 0.337 0.253 0.154 0.101 0.057 0.038 0.029 0.013 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 84 V 0.115 0.065 0.088 0.125 0.180 0.162 0.124 0.068 0.039 0.015 0.008 0.006 0.003 0.001 85 R 0.146 0.123 0.138 0.147 0.159 0.105 0.080 0.049 0.028 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 86 V 0.086 0.037 0.054 0.087 0.124 0.132 0.119 0.134 0.094 0.059 0.039 0.023 0.009 0.003 87 V 0.091 0.067 0.078 0.092 0.128 0.127 0.113 0.098 0.079 0.058 0.038 0.018 0.009 0.004 88 T 0.211 0.106 0.111 0.123 0.117 0.100 0.083 0.058 0.042 0.023 0.015 0.007 0.003 0.001 89 D 0.184 0.156 0.132 0.154 0.137 0.090 0.062 0.035 0.024 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 90 Y 0.071 0.062 0.088 0.133 0.191 0.167 0.121 0.078 0.046 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 91 S 0.326 0.190 0.157 0.128 0.084 0.055 0.032 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 92 E 0.444 0.233 0.133 0.085 0.047 0.024 0.017 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 93 F 0.056 0.034 0.061 0.130 0.218 0.204 0.130 0.091 0.046 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 94 Q 0.150 0.152 0.172 0.202 0.137 0.103 0.043 0.022 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 95 K 0.489 0.252 0.126 0.059 0.030 0.020 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 I 0.064 0.043 0.086 0.158 0.232 0.190 0.094 0.073 0.038 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 97 L 0.057 0.046 0.080 0.143 0.216 0.186 0.136 0.080 0.035 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 98 K 0.475 0.219 0.122 0.086 0.044 0.025 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 K 0.499 0.217 0.140 0.072 0.037 0.017 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 R 0.359 0.180 0.133 0.130 0.103 0.049 0.027 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 101 G 0.421 0.200 0.133 0.104 0.071 0.036 0.021 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 T 0.548 0.157 0.104 0.082 0.052 0.029 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 K 0.396 0.201 0.129 0.110 0.079 0.039 0.026 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.130 0.071 0.120 0.156 0.183 0.153 0.094 0.052 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 105 E 0.408 0.186 0.126 0.107 0.076 0.042 0.030 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 106 H 0.323 0.134 0.123 0.129 0.115 0.075 0.043 0.027 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 107 H 0.278 0.138 0.130 0.151 0.120 0.083 0.052 0.023 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 108 H 0.314 0.148 0.142 0.132 0.105 0.070 0.044 0.021 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 109 H 0.337 0.144 0.126 0.124 0.108 0.071 0.045 0.021 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 110 H 0.323 0.147 0.130 0.127 0.109 0.070 0.046 0.022 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 111 H 0.389 0.156 0.121 0.110 0.090 0.057 0.038 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001