# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.004 0.041 0.052 0.032 0.006 0.077 0.063 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.027 0.016 0.173 0.057 0.143 0.293 0.001 2 N 0.002 0.002 0.014 0.018 0.051 0.005 0.054 0.072 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.019 0.089 0.072 0.175 0.404 0.001 3 S 0.001 0.001 0.022 0.007 0.032 0.001 0.029 0.179 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.018 0.475 0.041 0.092 0.083 0.001 4 E 0.001 0.002 0.014 0.007 0.004 0.008 0.042 0.820 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.064 0.007 0.011 0.008 0.001 5 V 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.003 0.015 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.034 0.003 0.008 0.004 0.001 6 I 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.002 0.008 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.002 0.050 0.002 0.002 0.001 0.001 7 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 9 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.035 0.870 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.067 0.006 0.002 0.003 0.001 10 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.043 0.755 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.144 0.014 0.007 0.007 0.001 11 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.027 0.110 0.667 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.148 0.008 0.005 0.009 0.001 12 D 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.017 0.256 0.296 0.049 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.225 0.059 0.031 0.023 0.001 13 I 0.001 0.001 0.005 0.006 0.011 0.004 0.184 0.116 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.302 0.057 0.118 0.168 0.001 14 G 0.001 0.001 0.009 0.006 0.016 0.006 0.171 0.079 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.137 0.251 0.114 0.162 0.001 15 E 0.002 0.002 0.036 0.012 0.032 0.006 0.087 0.086 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.035 0.305 0.065 0.137 0.157 0.001 16 D 0.008 0.013 0.059 0.039 0.055 0.022 0.184 0.198 0.008 0.003 0.001 0.003 0.008 0.011 0.034 0.017 0.122 0.080 0.076 0.057 0.002 17 Y 0.026 0.036 0.074 0.077 0.112 0.010 0.074 0.185 0.004 0.002 0.005 0.007 0.010 0.024 0.045 0.050 0.107 0.037 0.064 0.045 0.006 18 I 0.062 0.076 0.058 0.089 0.134 0.006 0.042 0.119 0.004 0.002 0.009 0.017 0.059 0.081 0.079 0.030 0.049 0.026 0.031 0.018 0.007 19 E 0.066 0.113 0.073 0.135 0.112 0.007 0.029 0.095 0.004 0.002 0.013 0.015 0.031 0.073 0.111 0.030 0.031 0.013 0.020 0.018 0.009 20 L 0.099 0.074 0.058 0.098 0.177 0.003 0.019 0.056 0.022 0.005 0.016 0.018 0.039 0.045 0.094 0.036 0.060 0.016 0.028 0.023 0.012 21 E 0.052 0.045 0.060 0.050 0.226 0.004 0.049 0.037 0.008 0.002 0.010 0.007 0.016 0.018 0.160 0.032 0.123 0.010 0.027 0.056 0.007 22 N 0.043 0.071 0.047 0.078 0.195 0.007 0.183 0.027 0.006 0.002 0.009 0.009 0.021 0.019 0.055 0.031 0.035 0.084 0.025 0.042 0.011 23 E 0.080 0.081 0.149 0.104 0.162 0.004 0.033 0.014 0.005 0.001 0.014 0.008 0.023 0.017 0.062 0.036 0.054 0.033 0.051 0.053 0.016 24 I 0.112 0.098 0.088 0.078 0.259 0.004 0.024 0.008 0.002 0.001 0.015 0.016 0.046 0.026 0.040 0.025 0.027 0.019 0.056 0.039 0.017 25 H 0.089 0.080 0.132 0.148 0.169 0.003 0.018 0.005 0.001 0.001 0.012 0.011 0.023 0.020 0.071 0.034 0.032 0.023 0.070 0.045 0.012 26 L 0.047 0.045 0.063 0.129 0.192 0.001 0.017 0.004 0.002 0.001 0.011 0.009 0.027 0.016 0.078 0.046 0.058 0.049 0.079 0.122 0.006 27 K 0.008 0.012 0.060 0.070 0.057 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.004 0.034 0.024 0.025 0.015 0.149 0.508 0.003 28 P 0.006 0.009 0.024 0.017 0.203 0.001 0.019 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.027 0.508 0.063 0.023 0.065 0.001 29 E 0.028 0.047 0.150 0.088 0.036 0.020 0.273 0.120 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.033 0.008 0.100 0.027 0.021 0.032 0.001 30 V 0.091 0.117 0.046 0.075 0.181 0.005 0.072 0.156 0.002 0.001 0.005 0.009 0.012 0.004 0.010 0.024 0.069 0.025 0.060 0.035 0.004 31 F 0.107 0.181 0.056 0.072 0.107 0.003 0.027 0.239 0.001 0.001 0.003 0.005 0.018 0.005 0.046 0.016 0.073 0.015 0.010 0.012 0.002 32 Y 0.127 0.228 0.038 0.127 0.041 0.002 0.020 0.302 0.002 0.001 0.006 0.009 0.015 0.005 0.020 0.004 0.035 0.003 0.007 0.004 0.004 33 E 0.109 0.141 0.023 0.027 0.087 0.002 0.013 0.491 0.003 0.001 0.004 0.007 0.011 0.004 0.017 0.007 0.037 0.004 0.006 0.003 0.003 34 V 0.051 0.184 0.025 0.056 0.035 0.003 0.017 0.503 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.053 0.004 0.046 0.003 0.003 0.005 0.001 35 W 0.078 0.121 0.019 0.050 0.100 0.003 0.034 0.447 0.007 0.002 0.004 0.004 0.005 0.002 0.015 0.006 0.081 0.009 0.006 0.005 0.002 36 K 0.033 0.082 0.054 0.086 0.039 0.022 0.068 0.396 0.009 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.068 0.006 0.078 0.014 0.008 0.025 0.001 37 Y 0.039 0.050 0.020 0.082 0.163 0.011 0.177 0.097 0.029 0.009 0.003 0.003 0.005 0.003 0.026 0.014 0.167 0.038 0.024 0.037 0.002 38 V 0.023 0.012 0.091 0.078 0.082 0.004 0.102 0.034 0.008 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.037 0.009 0.159 0.036 0.167 0.145 0.002 39 G 0.003 0.004 0.019 0.021 0.109 0.004 0.124 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.015 0.081 0.264 0.081 0.240 0.001 40 E 0.002 0.001 0.057 0.042 0.025 0.001 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.064 0.036 0.340 0.393 0.001 41 P 0.001 0.002 0.012 0.013 0.108 0.005 0.040 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.011 0.453 0.068 0.062 0.188 0.001 42 E 0.005 0.010 0.057 0.060 0.049 0.018 0.419 0.045 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.028 0.013 0.077 0.059 0.078 0.072 0.002 43 L 0.039 0.052 0.046 0.065 0.286 0.003 0.061 0.023 0.002 0.001 0.008 0.008 0.019 0.006 0.023 0.054 0.043 0.046 0.144 0.066 0.005 44 K 0.088 0.081 0.254 0.182 0.061 0.003 0.025 0.033 0.001 0.001 0.008 0.011 0.031 0.011 0.071 0.010 0.032 0.017 0.038 0.031 0.012 45 T 0.128 0.150 0.021 0.054 0.386 0.001 0.011 0.014 0.001 0.001 0.014 0.018 0.040 0.018 0.020 0.057 0.010 0.007 0.019 0.014 0.017 46 Y 0.166 0.189 0.149 0.197 0.047 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 0.010 0.015 0.054 0.026 0.081 0.006 0.005 0.005 0.010 0.007 0.011 47 V 0.195 0.225 0.026 0.076 0.295 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.015 0.016 0.035 0.016 0.011 0.028 0.009 0.006 0.012 0.005 0.013 48 I 0.177 0.148 0.117 0.139 0.084 0.002 0.008 0.025 0.002 0.001 0.008 0.016 0.041 0.021 0.144 0.010 0.016 0.004 0.014 0.012 0.010 49 E 0.081 0.054 0.034 0.079 0.365 0.002 0.020 0.020 0.007 0.001 0.004 0.005 0.012 0.008 0.094 0.021 0.138 0.008 0.015 0.026 0.004 50 D 0.040 0.048 0.041 0.065 0.341 0.003 0.161 0.025 0.004 0.002 0.004 0.005 0.011 0.007 0.060 0.029 0.040 0.026 0.032 0.053 0.003 51 E 0.041 0.042 0.247 0.177 0.084 0.013 0.049 0.024 0.003 0.001 0.004 0.004 0.008 0.005 0.061 0.012 0.070 0.063 0.028 0.061 0.003 52 I 0.043 0.030 0.046 0.063 0.466 0.005 0.038 0.009 0.002 0.001 0.004 0.005 0.009 0.006 0.023 0.039 0.066 0.028 0.074 0.040 0.004 53 V 0.019 0.029 0.121 0.180 0.112 0.002 0.027 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.013 0.008 0.202 0.013 0.031 0.028 0.058 0.143 0.002 54 E 0.005 0.006 0.052 0.124 0.118 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.003 0.025 0.020 0.021 0.022 0.167 0.416 0.002 55 P 0.003 0.004 0.019 0.037 0.296 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.024 0.035 0.293 0.039 0.087 0.140 0.001 56 G 0.005 0.007 0.086 0.069 0.091 0.018 0.206 0.011 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.067 0.021 0.081 0.067 0.054 0.204 0.001 57 E 0.008 0.006 0.081 0.070 0.120 0.008 0.029 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.022 0.023 0.103 0.043 0.202 0.264 0.002 58 Y 0.008 0.008 0.042 0.046 0.220 0.005 0.047 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.003 0.037 0.044 0.134 0.096 0.137 0.154 0.002 59 D 0.007 0.008 0.090 0.096 0.069 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.034 0.011 0.037 0.037 0.230 0.347 0.001 60 P 0.002 0.004 0.031 0.078 0.104 0.001 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.014 0.143 0.038 0.184 0.372 0.001 61 P 0.001 0.004 0.017 0.022 0.059 0.029 0.082 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.587 0.037 0.018 0.080 0.001 62 E 0.004 0.011 0.014 0.031 0.043 0.021 0.629 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.087 0.047 0.013 0.032 0.001 63 M 0.034 0.047 0.060 0.060 0.305 0.003 0.089 0.030 0.001 0.001 0.005 0.004 0.008 0.001 0.012 0.024 0.041 0.072 0.103 0.097 0.002 64 K 0.090 0.085 0.213 0.169 0.155 0.002 0.018 0.032 0.001 0.001 0.003 0.004 0.014 0.002 0.027 0.008 0.048 0.023 0.046 0.057 0.003 65 Y 0.111 0.073 0.033 0.099 0.456 0.001 0.017 0.017 0.003 0.001 0.006 0.007 0.011 0.001 0.011 0.014 0.029 0.018 0.062 0.021 0.008 66 T 0.119 0.085 0.190 0.130 0.174 0.003 0.028 0.029 0.002 0.001 0.003 0.005 0.019 0.002 0.068 0.006 0.049 0.010 0.025 0.050 0.003 67 N 0.061 0.109 0.057 0.202 0.291 0.002 0.036 0.022 0.001 0.001 0.005 0.005 0.013 0.002 0.015 0.011 0.027 0.039 0.046 0.047 0.009 68 V 0.095 0.085 0.056 0.070 0.502 0.001 0.015 0.012 0.002 0.001 0.006 0.006 0.012 0.002 0.018 0.014 0.026 0.014 0.037 0.021 0.005 69 K 0.120 0.089 0.316 0.224 0.079 0.006 0.020 0.020 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.002 0.044 0.002 0.019 0.006 0.009 0.023 0.003 70 K 0.127 0.062 0.022 0.086 0.566 0.001 0.016 0.006 0.002 0.001 0.005 0.006 0.013 0.003 0.010 0.011 0.015 0.011 0.021 0.011 0.008 71 V 0.072 0.101 0.139 0.157 0.182 0.001 0.012 0.006 0.001 0.001 0.010 0.010 0.035 0.010 0.144 0.011 0.006 0.008 0.038 0.047 0.010 72 K 0.078 0.093 0.109 0.280 0.182 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.014 0.013 0.021 0.013 0.042 0.013 0.009 0.012 0.051 0.036 0.024 73 I 0.095 0.044 0.029 0.039 0.607 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 0.007 0.014 0.009 0.043 0.031 0.036 0.003 0.014 0.008 0.006 74 K 0.124 0.087 0.122 0.133 0.096 0.003 0.032 0.010 0.001 0.001 0.006 0.009 0.033 0.032 0.259 0.006 0.015 0.002 0.006 0.014 0.008 75 K 0.135 0.136 0.021 0.128 0.229 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.017 0.018 0.059 0.067 0.076 0.032 0.008 0.008 0.010 0.011 0.027 76 V 0.118 0.109 0.054 0.059 0.095 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.058 0.040 0.108 0.165 0.087 0.030 0.003 0.006 0.015 0.007 0.036 77 Y 0.172 0.150 0.086 0.112 0.128 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.022 0.031 0.061 0.084 0.047 0.040 0.007 0.008 0.016 0.010 0.018 78 F 0.121 0.123 0.038 0.088 0.295 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 0.012 0.016 0.046 0.067 0.076 0.042 0.013 0.007 0.015 0.011 0.015 79 E 0.099 0.077 0.126 0.147 0.095 0.004 0.016 0.007 0.001 0.001 0.012 0.016 0.043 0.071 0.168 0.020 0.024 0.011 0.023 0.024 0.016 80 T 0.064 0.057 0.037 0.080 0.326 0.003 0.027 0.007 0.002 0.001 0.010 0.011 0.027 0.052 0.055 0.074 0.040 0.031 0.048 0.038 0.010 81 L 0.049 0.036 0.135 0.151 0.088 0.002 0.026 0.004 0.008 0.007 0.008 0.009 0.014 0.017 0.151 0.029 0.078 0.036 0.064 0.084 0.005 82 D 0.016 0.014 0.039 0.038 0.180 0.006 0.102 0.005 0.005 0.003 0.004 0.004 0.006 0.011 0.049 0.062 0.182 0.028 0.058 0.188 0.002 83 N 0.007 0.013 0.036 0.049 0.049 0.007 0.335 0.003 0.002 0.003 0.004 0.004 0.008 0.020 0.096 0.034 0.077 0.115 0.050 0.082 0.007 84 V 0.020 0.030 0.040 0.025 0.223 0.002 0.068 0.003 0.001 0.001 0.019 0.014 0.020 0.026 0.044 0.164 0.025 0.052 0.128 0.081 0.015 85 R 0.050 0.050 0.307 0.102 0.042 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.012 0.015 0.047 0.035 0.192 0.020 0.018 0.014 0.036 0.035 0.016 86 V 0.043 0.050 0.016 0.026 0.361 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.040 0.027 0.035 0.043 0.048 0.200 0.011 0.009 0.030 0.015 0.038 87 V 0.049 0.054 0.076 0.075 0.033 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.019 0.023 0.081 0.072 0.424 0.031 0.010 0.006 0.016 0.012 0.009 88 T 0.037 0.041 0.044 0.142 0.112 0.001 0.010 0.007 0.001 0.001 0.033 0.023 0.043 0.076 0.087 0.159 0.033 0.026 0.041 0.075 0.008 89 D 0.015 0.016 0.031 0.041 0.232 0.001 0.023 0.014 0.001 0.001 0.005 0.007 0.010 0.020 0.074 0.140 0.062 0.034 0.115 0.156 0.003 90 Y 0.002 0.002 0.035 0.014 0.016 0.001 0.016 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.007 0.691 0.031 0.015 0.032 0.001 91 S 0.001 0.002 0.006 0.007 0.016 0.014 0.180 0.479 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.181 0.018 0.019 0.058 0.001 92 E 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.094 0.679 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.165 0.020 0.007 0.013 0.001 93 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.029 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.067 0.007 0.005 0.004 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.001 0.002 0.001 0.001 95 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 96 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.020 0.902 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.052 0.004 0.002 0.002 0.001 98 K 0.003 0.002 0.005 0.009 0.006 0.009 0.094 0.759 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.064 0.009 0.006 0.007 0.001 99 K 0.003 0.002 0.004 0.010 0.018 0.006 0.265 0.225 0.103 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.280 0.021 0.016 0.017 0.001 100 R 0.002 0.001 0.008 0.011 0.028 0.005 0.262 0.143 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.229 0.055 0.105 0.108 0.001 101 G 0.001 0.001 0.007 0.006 0.023 0.004 0.158 0.073 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.085 0.446 0.104 0.063 0.001 102 T 0.002 0.004 0.041 0.038 0.041 0.008 0.065 0.115 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.030 0.110 0.068 0.210 0.229 0.001 103 K 0.004 0.007 0.037 0.039 0.111 0.010 0.068 0.169 0.006 0.002 0.002 0.002 0.004 0.005 0.043 0.020 0.126 0.103 0.139 0.101 0.002 104 L 0.008 0.008 0.055 0.068 0.095 0.009 0.052 0.186 0.006 0.001 0.004 0.003 0.005 0.007 0.056 0.041 0.142 0.035 0.128 0.088 0.003 105 E 0.010 0.010 0.053 0.065 0.097 0.014 0.101 0.211 0.009 0.002 0.002 0.003 0.009 0.011 0.074 0.022 0.136 0.035 0.062 0.073 0.002 106 H 0.008 0.009 0.031 0.062 0.108 0.012 0.143 0.142 0.009 0.002 0.003 0.003 0.006 0.010 0.050 0.049 0.133 0.055 0.079 0.083 0.002 107 H 0.008 0.007 0.053 0.051 0.091 0.009 0.111 0.132 0.010 0.003 0.003 0.003 0.005 0.007 0.059 0.026 0.162 0.072 0.092 0.094 0.002 108 H 0.006 0.007 0.047 0.052 0.092 0.013 0.126 0.108 0.008 0.003 0.002 0.002 0.003 0.005 0.039 0.030 0.165 0.074 0.092 0.124 0.001 109 H 0.005 0.007 0.044 0.053 0.102 0.014 0.141 0.077 0.009 0.003 0.002 0.002 0.004 0.004 0.042 0.029 0.151 0.077 0.095 0.138 0.001 110 H 0.005 0.006 0.048 0.052 0.103 0.009 0.122 0.058 0.005 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.043 0.028 0.151 0.076 0.109 0.171 0.001 111 H 0.006 0.008 0.059 0.059 0.123 0.007 0.092 0.057 0.004 0.001 0.003 0.002 0.004 0.004 0.043 0.032 0.113 0.086 0.125 0.169 0.002