# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.022 0.650 0.004 0.008 0.092 0.001 0.001 0.015 0.113 0.018 0.052 0.022 2 N 0.001 0.010 0.466 0.004 0.012 0.328 0.001 0.001 0.009 0.078 0.058 0.005 0.029 3 S 0.001 0.002 0.026 0.001 0.011 0.926 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 0.002 0.001 4 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 5 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 6 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 9 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 11 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 12 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.914 0.001 0.001 0.001 0.009 0.058 0.001 0.001 13 I 0.001 0.001 0.025 0.001 0.015 0.597 0.001 0.001 0.001 0.038 0.322 0.001 0.001 14 G 0.001 0.004 0.204 0.002 0.042 0.152 0.001 0.001 0.002 0.118 0.468 0.005 0.003 15 E 0.002 0.008 0.411 0.009 0.081 0.154 0.001 0.001 0.011 0.157 0.140 0.006 0.021 16 D 0.005 0.008 0.224 0.018 0.039 0.141 0.001 0.001 0.023 0.285 0.207 0.034 0.015 17 Y 0.038 0.010 0.244 0.012 0.038 0.156 0.013 0.009 0.070 0.078 0.096 0.021 0.214 18 I 0.130 0.012 0.140 0.039 0.019 0.086 0.040 0.033 0.103 0.033 0.019 0.248 0.098 19 E 0.244 0.013 0.052 0.022 0.017 0.071 0.082 0.057 0.087 0.013 0.011 0.091 0.241 20 L 0.157 0.011 0.095 0.067 0.026 0.099 0.033 0.031 0.104 0.026 0.032 0.180 0.139 21 E 0.069 0.005 0.130 0.179 0.049 0.063 0.018 0.005 0.040 0.062 0.195 0.037 0.148 22 N 0.036 0.004 0.141 0.066 0.041 0.030 0.007 0.004 0.027 0.214 0.260 0.117 0.053 23 E 0.097 0.009 0.193 0.025 0.035 0.029 0.015 0.006 0.049 0.092 0.057 0.108 0.285 24 I 0.140 0.012 0.125 0.010 0.023 0.022 0.032 0.014 0.081 0.049 0.022 0.202 0.269 25 H 0.083 0.033 0.192 0.023 0.015 0.025 0.029 0.016 0.082 0.061 0.047 0.191 0.204 26 L 0.047 0.053 0.299 0.021 0.010 0.027 0.014 0.009 0.052 0.119 0.044 0.092 0.215 27 K 0.006 0.008 0.657 0.027 0.003 0.014 0.002 0.001 0.018 0.155 0.020 0.055 0.035 28 P 0.009 0.006 0.228 0.024 0.081 0.172 0.002 0.001 0.011 0.105 0.238 0.014 0.110 29 E 0.034 0.008 0.111 0.041 0.090 0.213 0.005 0.004 0.013 0.105 0.176 0.141 0.060 30 V 0.185 0.005 0.055 0.013 0.046 0.175 0.027 0.015 0.024 0.027 0.017 0.063 0.346 31 F 0.350 0.006 0.033 0.053 0.024 0.226 0.034 0.012 0.023 0.011 0.013 0.079 0.135 32 Y 0.508 0.003 0.018 0.066 0.021 0.125 0.027 0.009 0.012 0.008 0.017 0.058 0.128 33 E 0.491 0.002 0.020 0.037 0.015 0.160 0.018 0.004 0.010 0.007 0.016 0.097 0.123 34 V 0.530 0.001 0.013 0.017 0.010 0.123 0.020 0.002 0.010 0.004 0.009 0.097 0.163 35 W 0.440 0.002 0.033 0.050 0.017 0.149 0.014 0.002 0.006 0.007 0.014 0.091 0.175 36 K 0.235 0.004 0.040 0.024 0.027 0.288 0.007 0.001 0.008 0.016 0.053 0.217 0.080 37 Y 0.102 0.006 0.072 0.010 0.037 0.253 0.003 0.001 0.006 0.041 0.118 0.036 0.315 38 V 0.020 0.005 0.120 0.017 0.025 0.084 0.002 0.001 0.005 0.125 0.299 0.243 0.054 39 G 0.006 0.009 0.161 0.005 0.009 0.014 0.001 0.001 0.002 0.311 0.348 0.027 0.108 40 E 0.005 0.014 0.589 0.009 0.010 0.016 0.001 0.001 0.003 0.210 0.034 0.082 0.029 41 P 0.010 0.017 0.312 0.023 0.083 0.086 0.002 0.001 0.006 0.092 0.191 0.025 0.151 42 E 0.023 0.024 0.237 0.042 0.076 0.046 0.005 0.001 0.014 0.103 0.215 0.138 0.076 43 L 0.055 0.013 0.307 0.055 0.034 0.029 0.012 0.003 0.041 0.046 0.029 0.038 0.340 44 K 0.062 0.007 0.150 0.085 0.007 0.012 0.010 0.003 0.052 0.049 0.012 0.504 0.049 45 T 0.130 0.004 0.058 0.023 0.005 0.008 0.038 0.017 0.071 0.018 0.009 0.028 0.591 46 Y 0.232 0.002 0.018 0.032 0.003 0.008 0.063 0.049 0.079 0.011 0.003 0.444 0.057 47 V 0.262 0.003 0.012 0.008 0.002 0.005 0.117 0.085 0.084 0.003 0.002 0.029 0.387 48 I 0.194 0.005 0.047 0.071 0.004 0.007 0.087 0.080 0.143 0.009 0.005 0.289 0.060 49 E 0.095 0.006 0.181 0.103 0.009 0.012 0.041 0.028 0.132 0.049 0.039 0.050 0.254 50 D 0.059 0.006 0.262 0.093 0.039 0.018 0.012 0.012 0.057 0.161 0.097 0.102 0.081 51 E 0.105 0.008 0.164 0.052 0.038 0.018 0.030 0.017 0.100 0.099 0.084 0.120 0.164 52 I 0.158 0.021 0.138 0.009 0.020 0.013 0.043 0.027 0.135 0.038 0.019 0.163 0.216 53 V 0.119 0.064 0.193 0.036 0.020 0.022 0.052 0.026 0.117 0.047 0.025 0.078 0.202 54 E 0.022 0.019 0.382 0.021 0.007 0.009 0.006 0.007 0.061 0.107 0.024 0.272 0.063 55 P 0.009 0.016 0.298 0.019 0.040 0.021 0.004 0.002 0.018 0.127 0.217 0.012 0.217 56 G 0.004 0.010 0.263 0.010 0.054 0.007 0.001 0.001 0.010 0.245 0.313 0.065 0.017 57 E 0.007 0.033 0.488 0.002 0.064 0.009 0.001 0.001 0.014 0.162 0.090 0.030 0.100 58 Y 0.006 0.098 0.443 0.003 0.027 0.007 0.002 0.001 0.010 0.231 0.075 0.044 0.054 59 D 0.001 0.021 0.725 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 0.196 0.018 0.009 0.016 60 P 0.001 0.011 0.261 0.010 0.165 0.096 0.001 0.001 0.001 0.152 0.283 0.005 0.015 61 P 0.002 0.008 0.072 0.008 0.368 0.110 0.001 0.001 0.001 0.044 0.373 0.008 0.006 62 E 0.007 0.014 0.164 0.005 0.352 0.160 0.002 0.001 0.004 0.058 0.166 0.021 0.047 63 M 0.034 0.033 0.402 0.013 0.110 0.108 0.003 0.001 0.014 0.056 0.031 0.045 0.150 64 K 0.052 0.030 0.291 0.024 0.047 0.085 0.005 0.001 0.019 0.072 0.047 0.225 0.102 65 Y 0.053 0.020 0.132 0.023 0.055 0.065 0.007 0.002 0.021 0.040 0.068 0.034 0.482 66 T 0.045 0.010 0.205 0.092 0.041 0.068 0.005 0.001 0.021 0.120 0.069 0.257 0.066 67 N 0.036 0.008 0.270 0.018 0.023 0.052 0.004 0.001 0.019 0.062 0.079 0.110 0.319 68 V 0.068 0.007 0.282 0.039 0.030 0.068 0.006 0.001 0.019 0.036 0.027 0.107 0.309 69 K 0.066 0.004 0.135 0.074 0.015 0.072 0.008 0.001 0.018 0.070 0.039 0.432 0.066 70 K 0.078 0.006 0.089 0.011 0.011 0.027 0.009 0.001 0.019 0.014 0.032 0.036 0.668 71 V 0.114 0.005 0.191 0.034 0.003 0.012 0.006 0.001 0.032 0.013 0.002 0.460 0.128 72 K 0.120 0.004 0.117 0.030 0.002 0.008 0.017 0.001 0.048 0.016 0.007 0.241 0.389 73 I 0.143 0.003 0.072 0.028 0.004 0.007 0.019 0.004 0.060 0.008 0.005 0.086 0.561 74 K 0.178 0.002 0.066 0.246 0.002 0.008 0.017 0.004 0.045 0.018 0.006 0.325 0.083 75 K 0.223 0.002 0.034 0.015 0.003 0.007 0.039 0.014 0.093 0.009 0.006 0.090 0.467 76 V 0.337 0.001 0.017 0.036 0.002 0.006 0.064 0.033 0.093 0.004 0.002 0.179 0.226 77 Y 0.525 0.001 0.010 0.021 0.002 0.006 0.070 0.024 0.047 0.002 0.002 0.148 0.143 78 F 0.385 0.002 0.025 0.031 0.009 0.012 0.059 0.027 0.055 0.005 0.004 0.090 0.295 79 E 0.294 0.004 0.030 0.056 0.011 0.014 0.042 0.017 0.047 0.011 0.011 0.352 0.111 80 T 0.135 0.010 0.080 0.009 0.015 0.010 0.015 0.006 0.025 0.025 0.024 0.062 0.585 81 L 0.052 0.009 0.246 0.095 0.044 0.015 0.009 0.003 0.024 0.088 0.113 0.192 0.111 82 D 0.011 0.005 0.119 0.086 0.045 0.009 0.002 0.001 0.007 0.207 0.403 0.059 0.046 83 N 0.009 0.009 0.149 0.027 0.029 0.008 0.002 0.001 0.008 0.211 0.469 0.021 0.056 84 V 0.030 0.013 0.432 0.035 0.010 0.007 0.007 0.008 0.030 0.203 0.058 0.090 0.077 85 R 0.093 0.012 0.172 0.015 0.003 0.006 0.052 0.049 0.132 0.063 0.010 0.251 0.141 86 V 0.158 0.014 0.033 0.009 0.003 0.005 0.150 0.137 0.183 0.012 0.005 0.040 0.250 87 V 0.149 0.024 0.079 0.041 0.004 0.010 0.129 0.112 0.223 0.022 0.008 0.141 0.059 88 T 0.042 0.023 0.273 0.011 0.004 0.010 0.038 0.033 0.175 0.082 0.020 0.084 0.204 89 D 0.007 0.014 0.548 0.007 0.006 0.036 0.004 0.004 0.039 0.165 0.046 0.037 0.089 90 Y 0.002 0.007 0.141 0.005 0.040 0.509 0.001 0.001 0.004 0.098 0.174 0.005 0.014 91 S 0.001 0.002 0.023 0.002 0.056 0.829 0.001 0.001 0.001 0.023 0.060 0.002 0.002 92 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.030 0.927 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.001 0.003 93 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 96 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 98 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 99 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.001 0.002 100 R 0.001 0.001 0.021 0.001 0.009 0.588 0.001 0.001 0.001 0.023 0.355 0.001 0.002 101 G 0.001 0.002 0.124 0.001 0.010 0.141 0.001 0.001 0.002 0.080 0.630 0.003 0.006 102 T 0.003 0.007 0.641 0.003 0.010 0.099 0.001 0.001 0.014 0.119 0.047 0.042 0.015 103 K 0.007 0.023 0.430 0.004 0.022 0.163 0.003 0.002 0.049 0.083 0.073 0.024 0.118 104 L 0.012 0.028 0.372 0.017 0.058 0.237 0.004 0.004 0.046 0.072 0.053 0.042 0.056 105 E 0.011 0.017 0.293 0.036 0.087 0.222 0.004 0.003 0.035 0.078 0.105 0.048 0.062 106 H 0.012 0.019 0.249 0.017 0.130 0.175 0.003 0.002 0.022 0.088 0.156 0.040 0.088 107 H 0.008 0.015 0.325 0.015 0.093 0.142 0.002 0.002 0.021 0.115 0.159 0.047 0.053 108 H 0.010 0.018 0.372 0.009 0.072 0.098 0.002 0.001 0.015 0.143 0.159 0.037 0.065 109 H 0.006 0.026 0.413 0.006 0.047 0.071 0.002 0.001 0.014 0.155 0.178 0.039 0.042 110 H 0.005 0.031 0.504 0.006 0.024 0.039 0.001 0.001 0.011 0.188 0.124 0.022 0.044 111 H 0.002 0.018 0.708 0.004 0.010 0.016 0.001 0.001 0.009 0.150 0.034 0.025 0.024