# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.528 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.039 0.064 0.322 2 N 0.023 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.005 0.038 3 S 0.017 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.025 4 E 0.013 0.871 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.035 0.011 0.060 5 V 0.012 0.924 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.005 0.020 6 I 0.035 0.925 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 0.016 7 K 0.025 0.849 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.009 0.071 8 E 0.067 0.720 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.062 0.013 0.123 9 F 0.135 0.570 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.099 0.038 0.127 10 L 0.163 0.199 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.190 0.090 0.306 11 E 0.111 0.070 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.042 0.076 0.668 12 D 0.114 0.085 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.073 0.096 0.593 13 I 0.106 0.100 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.058 0.147 0.548 14 G 0.096 0.150 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.056 0.131 0.531 15 E 0.024 0.117 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.058 0.117 0.627 16 D 0.070 0.190 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.230 0.142 0.083 0.274 17 Y 0.064 0.126 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.210 0.105 0.092 0.373 18 I 0.015 0.028 0.011 0.001 0.013 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.003 0.572 0.110 0.053 0.173 19 E 0.024 0.025 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.386 0.075 0.086 0.372 20 L 0.216 0.039 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.310 0.114 0.069 0.240 21 E 0.074 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.068 0.111 0.542 22 N 0.025 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.212 0.067 0.130 0.541 23 E 0.018 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.365 0.069 0.100 0.409 24 I 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.507 0.051 0.083 0.312 25 H 0.011 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.523 0.038 0.084 0.312 26 L 0.009 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.215 0.028 0.126 0.596 27 K 0.119 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.215 0.085 0.102 0.375 28 P 0.089 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.040 0.113 0.546 29 E 0.036 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.341 0.049 0.118 0.385 30 V 0.027 0.065 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.569 0.047 0.065 0.217 31 F 0.015 0.050 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.670 0.057 0.041 0.159 32 Y 0.010 0.117 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.604 0.030 0.033 0.192 33 E 0.020 0.093 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.684 0.044 0.020 0.122 34 V 0.035 0.098 0.007 0.003 0.002 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.501 0.090 0.034 0.211 35 W 0.050 0.031 0.027 0.003 0.014 0.005 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.442 0.109 0.048 0.248 36 K 0.066 0.016 0.007 0.002 0.005 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.441 0.052 0.063 0.337 37 Y 0.109 0.013 0.009 0.001 0.006 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.201 0.093 0.085 0.471 38 V 0.015 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.028 0.103 0.701 39 G 0.070 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.055 0.097 0.696 40 E 0.125 0.066 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.066 0.113 0.537 41 P 0.027 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.210 0.130 0.496 42 E 0.045 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.185 0.146 0.103 0.454 43 L 0.058 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.003 0.005 0.003 0.003 0.125 0.047 0.130 0.582 44 K 0.012 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.006 0.006 0.611 0.037 0.055 0.234 45 T 0.008 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.009 0.005 0.402 0.042 0.066 0.430 46 Y 0.007 0.016 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.790 0.038 0.025 0.106 47 V 0.014 0.021 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.632 0.045 0.046 0.228 48 I 0.080 0.025 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.399 0.126 0.048 0.300 49 E 0.139 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 0.082 0.062 0.473 50 D 0.050 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.048 0.094 0.600 51 E 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.410 0.028 0.102 0.430 52 I 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.023 0.111 0.633 53 V 0.016 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.219 0.029 0.109 0.612 54 E 0.321 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.103 0.084 0.358 55 P 0.078 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.039 0.109 0.712 56 G 0.078 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.043 0.127 0.578 57 E 0.011 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.021 0.125 0.684 58 Y 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.022 0.160 0.677 59 D 0.085 0.100 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.047 0.126 0.558 60 P 0.324 0.191 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.084 0.059 0.324 61 P 0.233 0.203 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.078 0.076 0.375 62 E 0.099 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.191 0.105 0.492 63 M 0.049 0.019 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.216 0.132 0.434 64 K 0.080 0.009 0.011 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.190 0.062 0.112 0.513 65 Y 0.058 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.040 0.101 0.647 66 T 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.040 0.124 0.649 67 N 0.072 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.309 0.129 0.053 0.421 68 V 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.042 0.092 0.782 69 K 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.674 0.021 0.036 0.253 70 K 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.437 0.022 0.043 0.484 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.523 0.011 0.047 0.401 72 K 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.795 0.017 0.013 0.162 73 I 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.208 0.029 0.064 0.685 74 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.747 0.013 0.026 0.205 75 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.743 0.021 0.021 0.206 76 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.754 0.027 0.023 0.180 77 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.023 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.826 0.024 0.012 0.091 78 F 0.011 0.003 0.001 0.001 0.045 0.082 0.082 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.379 0.059 0.036 0.276 79 E 0.008 0.002 0.004 0.001 0.281 0.028 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.360 0.054 0.035 0.201 80 T 0.159 0.003 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.094 0.065 0.534 81 L 0.365 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.061 0.076 0.444 82 D 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.009 0.144 0.782 83 N 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.278 0.050 0.100 0.536 84 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.266 0.065 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.040 0.088 0.404 85 R 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.013 0.003 0.023 0.004 0.009 0.002 0.699 0.035 0.038 0.151 86 V 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.182 0.079 0.064 0.010 0.177 0.039 0.047 0.370 87 V 0.012 0.005 0.001 0.001 0.011 0.010 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.057 0.036 0.010 0.453 0.083 0.049 0.240 88 T 0.010 0.025 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.378 0.072 0.102 0.392 89 D 0.066 0.345 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.107 0.070 0.313 90 Y 0.072 0.759 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.062 0.015 0.077 91 S 0.032 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.046 0.010 0.040 92 E 0.010 0.921 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.006 0.037 93 F 0.009 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.010 94 Q 0.014 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 0.014 95 K 0.025 0.913 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.003 0.033 96 I 0.058 0.739 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.062 0.014 0.082 97 L 0.093 0.301 0.160 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.300 0.028 0.107 98 K 0.285 0.080 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.123 0.058 0.425 99 K 0.043 0.059 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.040 0.057 0.778 100 R 0.070 0.122 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.046 0.102 0.611 101 G 0.061 0.103 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.041 0.092 0.678 102 T 0.054 0.123 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.060 0.090 0.570 103 K 0.075 0.129 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.087 0.078 0.512 104 L 0.133 0.092 0.010 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.125 0.107 0.084 0.430 105 E 0.099 0.049 0.007 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.134 0.082 0.084 0.528 106 H 0.075 0.034 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.072 0.084 0.605 107 H 0.097 0.019 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.077 0.096 0.583 108 H 0.077 0.009 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.053 0.105 0.643 109 H 0.028 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.032 0.112 0.726 110 H 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.027 0.114 0.758 111 H 0.044 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.044 0.117 0.693