# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.277 0.002 0.013 0.011 0.010 0.087 0.003 0.001 0.059 0.519 2 N 0.017 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.001 0.015 0.046 3 S 0.014 0.931 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.016 0.026 4 E 0.008 0.901 0.003 0.003 0.005 0.005 0.008 0.001 0.001 0.022 0.044 5 V 0.016 0.883 0.005 0.004 0.003 0.004 0.010 0.003 0.001 0.029 0.043 6 I 0.030 0.900 0.004 0.003 0.001 0.002 0.007 0.009 0.001 0.027 0.017 7 K 0.045 0.766 0.004 0.003 0.004 0.004 0.018 0.005 0.001 0.056 0.094 8 E 0.020 0.731 0.014 0.005 0.004 0.004 0.027 0.003 0.001 0.039 0.150 9 F 0.051 0.793 0.008 0.003 0.001 0.002 0.017 0.019 0.001 0.044 0.061 10 L 0.125 0.572 0.045 0.003 0.002 0.003 0.028 0.054 0.013 0.073 0.082 11 E 0.193 0.243 0.007 0.005 0.004 0.004 0.046 0.009 0.004 0.051 0.435 12 D 0.134 0.154 0.025 0.009 0.006 0.008 0.072 0.007 0.003 0.078 0.504 13 I 0.052 0.121 0.009 0.017 0.005 0.008 0.152 0.009 0.002 0.072 0.554 14 G 0.154 0.323 0.005 0.009 0.006 0.014 0.073 0.027 0.002 0.061 0.326 15 E 0.058 0.198 0.003 0.009 0.013 0.013 0.106 0.004 0.001 0.042 0.553 16 D 0.035 0.246 0.006 0.086 0.053 0.125 0.089 0.005 0.001 0.061 0.293 17 Y 0.070 0.125 0.002 0.082 0.030 0.138 0.098 0.009 0.001 0.060 0.384 18 I 0.009 0.035 0.009 0.301 0.151 0.229 0.056 0.002 0.006 0.050 0.151 19 E 0.057 0.040 0.004 0.120 0.102 0.163 0.061 0.003 0.002 0.079 0.369 20 L 0.100 0.029 0.004 0.105 0.070 0.104 0.094 0.014 0.001 0.089 0.391 21 E 0.040 0.010 0.004 0.063 0.043 0.071 0.111 0.005 0.002 0.057 0.596 22 N 0.031 0.009 0.001 0.059 0.039 0.194 0.092 0.002 0.001 0.039 0.533 23 E 0.015 0.004 0.001 0.039 0.102 0.157 0.071 0.002 0.001 0.048 0.562 24 I 0.016 0.001 0.002 0.103 0.283 0.179 0.065 0.001 0.001 0.036 0.314 25 H 0.009 0.004 0.002 0.083 0.087 0.228 0.091 0.001 0.001 0.047 0.446 26 L 0.031 0.009 0.001 0.041 0.057 0.067 0.094 0.003 0.001 0.044 0.652 27 K 0.203 0.033 0.002 0.034 0.041 0.050 0.106 0.008 0.001 0.082 0.440 28 P 0.018 0.036 0.001 0.029 0.024 0.056 0.115 0.002 0.001 0.042 0.677 29 E 0.012 0.053 0.001 0.063 0.072 0.127 0.096 0.001 0.001 0.054 0.519 30 V 0.012 0.094 0.001 0.074 0.227 0.271 0.051 0.002 0.001 0.062 0.205 31 F 0.029 0.170 0.002 0.069 0.123 0.215 0.060 0.007 0.001 0.083 0.241 32 Y 0.023 0.141 0.004 0.056 0.207 0.219 0.040 0.003 0.001 0.092 0.212 33 E 0.030 0.119 0.005 0.049 0.150 0.249 0.053 0.004 0.001 0.107 0.234 34 V 0.071 0.095 0.006 0.043 0.113 0.184 0.079 0.013 0.002 0.109 0.286 35 W 0.038 0.036 0.016 0.055 0.122 0.247 0.077 0.007 0.011 0.097 0.293 36 K 0.089 0.014 0.002 0.028 0.105 0.196 0.068 0.004 0.001 0.048 0.445 37 Y 0.124 0.006 0.002 0.022 0.052 0.072 0.099 0.003 0.001 0.068 0.550 38 V 0.009 0.003 0.002 0.037 0.060 0.091 0.148 0.001 0.001 0.020 0.628 39 G 0.035 0.014 0.001 0.010 0.020 0.048 0.082 0.003 0.001 0.020 0.767 40 E 0.249 0.024 0.003 0.007 0.055 0.035 0.098 0.011 0.001 0.051 0.469 41 P 0.063 0.010 0.002 0.026 0.030 0.073 0.153 0.003 0.001 0.056 0.584 42 E 0.011 0.010 0.002 0.043 0.059 0.266 0.083 0.002 0.001 0.047 0.477 43 L 0.017 0.005 0.001 0.041 0.092 0.122 0.083 0.002 0.001 0.075 0.563 44 K 0.004 0.006 0.001 0.079 0.248 0.339 0.043 0.001 0.001 0.057 0.221 45 T 0.004 0.006 0.001 0.109 0.167 0.291 0.036 0.001 0.001 0.059 0.327 46 Y 0.001 0.002 0.001 0.152 0.347 0.394 0.012 0.001 0.001 0.019 0.072 47 V 0.005 0.007 0.001 0.133 0.322 0.310 0.023 0.001 0.001 0.047 0.149 48 I 0.051 0.010 0.003 0.135 0.306 0.215 0.035 0.007 0.002 0.052 0.184 49 E 0.115 0.014 0.004 0.066 0.100 0.133 0.078 0.010 0.002 0.063 0.416 50 D 0.045 0.010 0.001 0.038 0.035 0.127 0.126 0.004 0.001 0.042 0.571 51 E 0.021 0.003 0.001 0.046 0.090 0.130 0.088 0.002 0.001 0.073 0.546 52 I 0.008 0.002 0.001 0.040 0.109 0.147 0.110 0.001 0.001 0.053 0.530 53 V 0.009 0.003 0.001 0.036 0.067 0.079 0.094 0.002 0.001 0.034 0.675 54 E 0.291 0.009 0.002 0.018 0.063 0.069 0.093 0.007 0.001 0.059 0.390 55 P 0.034 0.005 0.001 0.009 0.010 0.031 0.112 0.005 0.001 0.035 0.757 56 G 0.067 0.003 0.001 0.021 0.023 0.063 0.133 0.001 0.001 0.035 0.653 57 E 0.012 0.002 0.001 0.019 0.051 0.081 0.143 0.001 0.001 0.030 0.661 58 Y 0.001 0.004 0.001 0.033 0.036 0.040 0.121 0.001 0.001 0.006 0.758 59 D 0.404 0.194 0.002 0.012 0.037 0.025 0.038 0.028 0.001 0.031 0.228 60 P 0.427 0.186 0.002 0.004 0.006 0.006 0.046 0.030 0.001 0.038 0.256 61 P 0.121 0.188 0.003 0.006 0.012 0.024 0.053 0.006 0.001 0.031 0.554 62 E 0.096 0.058 0.003 0.013 0.044 0.096 0.079 0.005 0.001 0.095 0.510 63 M 0.020 0.024 0.007 0.014 0.063 0.073 0.131 0.004 0.003 0.134 0.527 64 K 0.083 0.043 0.003 0.015 0.122 0.141 0.051 0.006 0.001 0.043 0.494 65 Y 0.043 0.027 0.002 0.009 0.055 0.080 0.066 0.002 0.001 0.023 0.692 66 T 0.025 0.016 0.006 0.033 0.111 0.170 0.102 0.003 0.002 0.034 0.499 67 N 0.035 0.024 0.002 0.023 0.099 0.308 0.067 0.005 0.001 0.045 0.391 68 V 0.030 0.010 0.002 0.015 0.110 0.092 0.070 0.003 0.001 0.051 0.616 69 K 0.017 0.008 0.002 0.057 0.270 0.257 0.058 0.001 0.001 0.030 0.299 70 K 0.016 0.011 0.001 0.047 0.067 0.173 0.062 0.001 0.001 0.039 0.583 71 V 0.007 0.006 0.003 0.100 0.290 0.224 0.049 0.001 0.001 0.037 0.282 72 K 0.013 0.013 0.002 0.143 0.196 0.276 0.037 0.002 0.001 0.069 0.248 73 I 0.021 0.012 0.002 0.137 0.127 0.159 0.064 0.003 0.001 0.112 0.361 74 K 0.007 0.011 0.001 0.236 0.164 0.205 0.051 0.002 0.001 0.060 0.262 75 K 0.011 0.014 0.001 0.177 0.110 0.298 0.043 0.002 0.001 0.083 0.260 76 V 0.007 0.006 0.002 0.151 0.206 0.232 0.039 0.002 0.001 0.155 0.199 77 Y 0.013 0.007 0.001 0.174 0.199 0.287 0.038 0.002 0.001 0.092 0.186 78 F 0.029 0.006 0.002 0.091 0.183 0.196 0.065 0.003 0.001 0.071 0.354 79 E 0.009 0.005 0.003 0.117 0.133 0.239 0.083 0.001 0.002 0.057 0.352 80 T 0.102 0.016 0.003 0.038 0.035 0.078 0.108 0.005 0.002 0.088 0.524 81 L 0.310 0.007 0.002 0.019 0.021 0.025 0.108 0.008 0.001 0.076 0.423 82 D 0.024 0.006 0.001 0.020 0.014 0.033 0.123 0.002 0.001 0.033 0.744 83 N 0.010 0.008 0.001 0.046 0.027 0.096 0.116 0.002 0.001 0.049 0.645 84 V 0.006 0.007 0.001 0.080 0.171 0.232 0.073 0.001 0.001 0.104 0.325 85 R 0.005 0.009 0.001 0.118 0.231 0.215 0.046 0.001 0.001 0.086 0.288 86 V 0.012 0.011 0.001 0.140 0.198 0.195 0.045 0.002 0.001 0.066 0.331 87 V 0.015 0.014 0.002 0.167 0.136 0.188 0.068 0.002 0.001 0.071 0.337 88 T 0.013 0.043 0.003 0.116 0.079 0.113 0.097 0.002 0.001 0.071 0.462 89 D 0.052 0.461 0.003 0.020 0.027 0.026 0.048 0.011 0.001 0.083 0.269 90 Y 0.044 0.837 0.001 0.002 0.003 0.003 0.013 0.008 0.001 0.029 0.060 91 S 0.010 0.894 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.039 0.039 92 E 0.003 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.033 0.018 93 F 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.013 0.006 94 Q 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.007 95 K 0.007 0.926 0.002 0.004 0.003 0.007 0.005 0.001 0.001 0.024 0.022 96 I 0.033 0.738 0.014 0.009 0.006 0.008 0.028 0.008 0.003 0.098 0.056 97 L 0.069 0.201 0.120 0.042 0.012 0.029 0.068 0.015 0.052 0.284 0.106 98 K 0.238 0.074 0.005 0.010 0.009 0.016 0.082 0.005 0.003 0.092 0.466 99 K 0.034 0.033 0.004 0.009 0.004 0.006 0.083 0.002 0.001 0.023 0.800 100 R 0.073 0.043 0.006 0.013 0.008 0.011 0.138 0.005 0.001 0.019 0.683 101 G 0.039 0.059 0.002 0.010 0.005 0.019 0.091 0.005 0.001 0.029 0.742 102 T 0.027 0.048 0.002 0.021 0.032 0.026 0.094 0.003 0.001 0.027 0.718 103 K 0.063 0.090 0.004 0.089 0.037 0.062 0.075 0.007 0.001 0.070 0.502 104 L 0.115 0.077 0.004 0.035 0.031 0.027 0.083 0.010 0.001 0.069 0.547 105 E 0.107 0.080 0.006 0.066 0.027 0.034 0.080 0.009 0.002 0.052 0.537 106 H 0.111 0.044 0.007 0.024 0.020 0.035 0.084 0.008 0.004 0.051 0.613 107 H 0.144 0.018 0.006 0.024 0.027 0.035 0.090 0.008 0.003 0.053 0.591 108 H 0.137 0.007 0.002 0.024 0.019 0.023 0.087 0.003 0.001 0.036 0.661 109 H 0.038 0.005 0.001 0.029 0.011 0.019 0.105 0.002 0.001 0.025 0.765 110 H 0.028 0.006 0.001 0.024 0.012 0.016 0.117 0.002 0.001 0.026 0.768 111 H 0.051 0.012 0.001 0.024 0.018 0.019 0.139 0.003 0.001 0.040 0.693