# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.257 0.131 0.048 0.100 0.091 0.089 0.105 0.069 0.055 0.035 0.021 2 N 0.264 0.274 0.063 0.134 0.105 0.050 0.048 0.026 0.019 0.012 0.005 3 S 0.204 0.107 0.056 0.128 0.133 0.113 0.123 0.064 0.039 0.021 0.011 4 E 0.220 0.136 0.118 0.200 0.140 0.073 0.058 0.027 0.016 0.008 0.003 5 V 0.011 0.018 0.032 0.065 0.072 0.112 0.212 0.158 0.161 0.102 0.057 6 I 0.005 0.008 0.025 0.034 0.046 0.068 0.178 0.163 0.200 0.168 0.105 7 K 0.012 0.025 0.168 0.215 0.241 0.125 0.104 0.044 0.034 0.024 0.009 8 E 0.017 0.030 0.187 0.154 0.173 0.130 0.153 0.075 0.047 0.023 0.010 9 F 0.011 0.014 0.037 0.036 0.039 0.068 0.201 0.154 0.194 0.158 0.090 10 L 0.008 0.009 0.028 0.034 0.042 0.074 0.183 0.171 0.200 0.154 0.098 11 E 0.046 0.050 0.282 0.241 0.213 0.062 0.050 0.026 0.016 0.009 0.003 12 D 0.038 0.047 0.093 0.094 0.102 0.160 0.230 0.106 0.069 0.040 0.020 13 I 0.056 0.051 0.041 0.058 0.053 0.073 0.161 0.130 0.149 0.137 0.091 14 G 0.156 0.128 0.062 0.106 0.107 0.116 0.143 0.083 0.053 0.029 0.018 15 E 0.361 0.211 0.142 0.148 0.075 0.027 0.015 0.009 0.006 0.004 0.002 16 D 0.118 0.088 0.056 0.127 0.133 0.148 0.163 0.081 0.047 0.026 0.012 17 Y 0.035 0.051 0.039 0.104 0.112 0.098 0.154 0.124 0.128 0.091 0.064 18 I 0.008 0.012 0.031 0.037 0.047 0.090 0.173 0.155 0.181 0.156 0.109 19 E 0.026 0.067 0.233 0.259 0.215 0.075 0.058 0.031 0.019 0.013 0.004 20 L 0.005 0.010 0.023 0.025 0.025 0.056 0.139 0.151 0.211 0.197 0.159 21 E 0.035 0.044 0.058 0.148 0.152 0.138 0.146 0.090 0.084 0.073 0.031 22 N 0.195 0.130 0.162 0.172 0.111 0.076 0.071 0.037 0.024 0.016 0.006 23 E 0.040 0.069 0.074 0.223 0.179 0.163 0.122 0.054 0.044 0.023 0.010 24 I 0.030 0.022 0.023 0.028 0.034 0.056 0.151 0.150 0.209 0.174 0.122 25 H 0.066 0.135 0.106 0.256 0.212 0.081 0.073 0.032 0.020 0.014 0.006 26 L 0.014 0.024 0.043 0.052 0.052 0.095 0.149 0.134 0.178 0.130 0.128 27 K 0.166 0.437 0.096 0.184 0.084 0.014 0.010 0.004 0.003 0.002 0.001 28 P 0.159 0.074 0.027 0.091 0.115 0.140 0.179 0.109 0.059 0.029 0.018 29 E 0.488 0.195 0.097 0.139 0.051 0.014 0.007 0.004 0.003 0.002 0.001 30 V 0.011 0.019 0.026 0.075 0.081 0.156 0.241 0.159 0.130 0.069 0.033 31 F 0.012 0.022 0.046 0.063 0.077 0.067 0.146 0.135 0.179 0.165 0.089 32 Y 0.008 0.021 0.065 0.107 0.152 0.175 0.193 0.098 0.090 0.062 0.030 33 E 0.018 0.048 0.226 0.201 0.177 0.096 0.103 0.061 0.041 0.021 0.009 34 V 0.007 0.007 0.020 0.026 0.025 0.050 0.161 0.134 0.222 0.195 0.154 35 W 0.011 0.011 0.029 0.060 0.055 0.087 0.188 0.139 0.195 0.123 0.102 36 K 0.018 0.036 0.137 0.230 0.244 0.125 0.105 0.049 0.034 0.017 0.006 37 Y 0.018 0.029 0.051 0.070 0.077 0.144 0.239 0.144 0.113 0.075 0.040 38 V 0.051 0.044 0.040 0.067 0.057 0.073 0.149 0.139 0.152 0.153 0.074 39 G 0.247 0.278 0.075 0.100 0.073 0.057 0.067 0.043 0.029 0.020 0.011 40 E 0.258 0.293 0.065 0.155 0.105 0.049 0.036 0.018 0.010 0.006 0.003 41 P 0.494 0.106 0.034 0.067 0.070 0.058 0.068 0.043 0.029 0.020 0.012 42 E 0.330 0.281 0.067 0.185 0.092 0.023 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 43 L 0.018 0.017 0.023 0.044 0.042 0.080 0.140 0.145 0.191 0.158 0.142 44 K 0.036 0.072 0.078 0.242 0.247 0.125 0.104 0.045 0.029 0.017 0.006 45 T 0.058 0.106 0.179 0.202 0.147 0.100 0.092 0.044 0.040 0.022 0.010 46 Y 0.037 0.032 0.067 0.086 0.107 0.134 0.190 0.120 0.113 0.075 0.040 47 V 0.046 0.047 0.063 0.089 0.077 0.098 0.173 0.112 0.132 0.104 0.060 48 I 0.015 0.023 0.046 0.070 0.080 0.094 0.150 0.139 0.164 0.136 0.082 49 E 0.107 0.139 0.142 0.199 0.169 0.077 0.069 0.038 0.030 0.020 0.010 50 D 0.073 0.053 0.051 0.107 0.129 0.119 0.166 0.113 0.095 0.061 0.033 51 E 0.083 0.086 0.071 0.149 0.145 0.121 0.129 0.081 0.070 0.044 0.022 52 I 0.027 0.027 0.037 0.067 0.069 0.077 0.162 0.167 0.156 0.128 0.083 53 V 0.019 0.029 0.047 0.084 0.091 0.102 0.146 0.143 0.148 0.129 0.061 54 E 0.121 0.202 0.118 0.184 0.132 0.079 0.071 0.037 0.027 0.019 0.010 55 P 0.211 0.141 0.050 0.139 0.123 0.088 0.099 0.061 0.042 0.028 0.017 56 G 0.547 0.132 0.031 0.066 0.060 0.040 0.043 0.028 0.025 0.017 0.010 57 E 0.286 0.236 0.051 0.173 0.131 0.045 0.037 0.019 0.012 0.007 0.003 58 Y 0.112 0.054 0.033 0.068 0.061 0.077 0.127 0.132 0.150 0.114 0.074 59 D 0.136 0.210 0.065 0.177 0.153 0.091 0.082 0.038 0.026 0.016 0.007 60 P 0.205 0.167 0.062 0.131 0.102 0.095 0.091 0.064 0.042 0.028 0.013 61 P 0.325 0.114 0.056 0.104 0.098 0.098 0.087 0.048 0.034 0.025 0.010 62 E 0.151 0.131 0.069 0.232 0.162 0.102 0.077 0.036 0.023 0.013 0.005 63 M 0.050 0.028 0.036 0.056 0.064 0.079 0.140 0.150 0.172 0.143 0.083 64 K 0.058 0.126 0.120 0.225 0.212 0.106 0.079 0.035 0.021 0.012 0.004 65 Y 0.022 0.046 0.073 0.111 0.087 0.112 0.172 0.121 0.125 0.087 0.045 66 T 0.139 0.092 0.116 0.172 0.176 0.089 0.098 0.048 0.035 0.025 0.009 67 N 0.272 0.335 0.118 0.144 0.071 0.025 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 68 V 0.061 0.041 0.035 0.103 0.084 0.154 0.172 0.096 0.116 0.088 0.051 69 K 0.273 0.203 0.118 0.170 0.112 0.047 0.043 0.016 0.011 0.006 0.002 70 K 0.119 0.199 0.124 0.292 0.168 0.052 0.030 0.010 0.005 0.002 0.001 71 V 0.041 0.021 0.044 0.047 0.057 0.091 0.168 0.115 0.166 0.139 0.111 72 K 0.067 0.152 0.133 0.305 0.224 0.054 0.042 0.013 0.007 0.003 0.001 73 I 0.013 0.023 0.077 0.073 0.062 0.098 0.153 0.106 0.176 0.131 0.089 74 K 0.044 0.053 0.126 0.234 0.257 0.106 0.098 0.033 0.027 0.016 0.007 75 K 0.058 0.094 0.145 0.217 0.187 0.107 0.103 0.042 0.029 0.013 0.005 76 V 0.019 0.020 0.055 0.063 0.071 0.104 0.166 0.131 0.160 0.133 0.077 77 Y 0.030 0.043 0.070 0.108 0.109 0.107 0.194 0.136 0.108 0.062 0.033 78 F 0.012 0.021 0.057 0.075 0.073 0.082 0.146 0.136 0.183 0.140 0.076 79 E 0.042 0.063 0.115 0.166 0.190 0.115 0.134 0.069 0.057 0.034 0.015 80 T 0.056 0.072 0.070 0.130 0.121 0.124 0.182 0.095 0.077 0.046 0.027 81 L 0.035 0.024 0.023 0.050 0.048 0.071 0.135 0.130 0.167 0.159 0.159 82 D 0.163 0.262 0.084 0.193 0.127 0.063 0.053 0.026 0.016 0.009 0.005 83 N 0.338 0.223 0.063 0.166 0.100 0.040 0.032 0.017 0.011 0.006 0.003 84 V 0.110 0.051 0.029 0.099 0.120 0.134 0.152 0.099 0.092 0.070 0.044 85 R 0.098 0.172 0.065 0.237 0.169 0.107 0.083 0.033 0.021 0.010 0.004 86 V 0.007 0.014 0.020 0.031 0.032 0.049 0.125 0.170 0.202 0.209 0.141 87 V 0.015 0.022 0.034 0.073 0.087 0.085 0.166 0.174 0.147 0.121 0.077 88 T 0.067 0.103 0.146 0.163 0.128 0.087 0.097 0.065 0.062 0.057 0.024 89 D 0.106 0.181 0.112 0.173 0.129 0.104 0.097 0.040 0.029 0.021 0.010 90 Y 0.057 0.034 0.022 0.063 0.079 0.124 0.209 0.169 0.122 0.078 0.045 91 S 0.403 0.157 0.104 0.125 0.080 0.043 0.038 0.023 0.014 0.011 0.004 92 E 0.153 0.197 0.159 0.241 0.129 0.059 0.037 0.013 0.007 0.003 0.001 93 F 0.009 0.009 0.017 0.025 0.032 0.065 0.177 0.156 0.229 0.167 0.115 94 Q 0.012 0.022 0.073 0.166 0.207 0.185 0.191 0.059 0.047 0.028 0.009 95 K 0.014 0.032 0.398 0.225 0.152 0.074 0.063 0.022 0.012 0.006 0.002 96 I 0.003 0.009 0.069 0.049 0.064 0.110 0.281 0.158 0.133 0.080 0.042 97 L 0.003 0.008 0.038 0.024 0.027 0.049 0.181 0.171 0.206 0.187 0.105 98 K 0.006 0.015 0.270 0.185 0.246 0.101 0.104 0.041 0.016 0.012 0.003 99 K 0.062 0.079 0.434 0.182 0.125 0.053 0.043 0.013 0.006 0.003 0.001 100 R 0.123 0.095 0.095 0.111 0.113 0.145 0.198 0.064 0.031 0.018 0.007 101 G 0.715 0.120 0.050 0.049 0.021 0.013 0.015 0.008 0.005 0.003 0.001 102 T 0.181 0.095 0.136 0.133 0.113 0.116 0.106 0.050 0.038 0.021 0.012 103 K 0.181 0.245 0.177 0.182 0.109 0.042 0.034 0.014 0.009 0.004 0.002 104 L 0.026 0.027 0.036 0.048 0.066 0.139 0.228 0.152 0.135 0.083 0.060 105 E 0.183 0.161 0.241 0.206 0.110 0.042 0.028 0.013 0.009 0.006 0.002 106 H 0.084 0.084 0.121 0.144 0.123 0.129 0.146 0.073 0.050 0.029 0.015 107 H 0.120 0.088 0.096 0.137 0.125 0.106 0.126 0.076 0.060 0.043 0.022 108 H 0.163 0.102 0.099 0.139 0.114 0.114 0.126 0.063 0.043 0.026 0.011 109 H 0.207 0.130 0.143 0.141 0.098 0.078 0.078 0.049 0.037 0.026 0.012 110 H 0.221 0.145 0.076 0.132 0.112 0.098 0.098 0.050 0.035 0.022 0.011 111 H 0.359 0.128 0.067 0.106 0.085 0.071 0.073 0.044 0.034 0.022 0.012