# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.065 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.013 0.100 0.664 2 N 0.045 0.083 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.013 0.192 0.621 3 S 0.116 0.112 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.018 0.101 0.611 4 E 0.018 0.278 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.005 0.191 0.460 5 V 0.030 0.378 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.008 0.138 0.413 6 I 0.010 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.006 0.043 7 K 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.020 8 E 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.018 9 F 0.010 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.024 10 L 0.014 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.012 11 E 0.020 0.935 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.028 12 D 0.082 0.816 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.003 0.045 13 I 0.259 0.609 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.056 0.004 0.057 14 G 0.115 0.501 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.034 0.081 0.189 15 E 0.058 0.185 0.106 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.029 0.081 0.505 16 D 0.118 0.102 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.033 0.110 0.529 17 Y 0.354 0.109 0.056 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.017 0.074 0.297 18 I 0.035 0.207 0.013 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.015 0.003 0.001 0.480 0.009 0.054 0.153 19 E 0.033 0.137 0.008 0.002 0.011 0.008 0.012 0.005 0.003 0.011 0.009 0.002 0.015 0.007 0.003 0.003 0.358 0.018 0.101 0.254 20 L 0.026 0.117 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.078 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.567 0.007 0.032 0.147 21 E 0.014 0.131 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.456 0.009 0.102 0.265 22 N 0.058 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.302 0.085 0.043 0.465 23 E 0.284 0.016 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.108 0.035 0.177 0.303 24 I 0.059 0.018 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.006 0.002 0.378 0.014 0.075 0.412 25 H 0.016 0.014 0.009 0.003 0.051 0.010 0.011 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.009 0.009 0.007 0.002 0.435 0.008 0.093 0.314 26 L 0.011 0.016 0.005 0.002 0.010 0.015 0.016 0.003 0.053 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.352 0.006 0.092 0.400 27 K 0.019 0.010 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.024 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.308 0.006 0.114 0.496 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.988 29 E 0.027 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.249 0.012 0.132 0.566 30 V 0.193 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.231 0.018 0.078 0.441 31 F 0.043 0.098 0.006 0.001 0.026 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.341 0.008 0.086 0.382 32 Y 0.018 0.085 0.002 0.001 0.009 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.630 0.006 0.043 0.185 33 E 0.018 0.141 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.394 0.009 0.053 0.367 34 V 0.020 0.169 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.581 0.010 0.020 0.190 35 W 0.028 0.369 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.396 0.012 0.027 0.150 36 K 0.036 0.347 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.473 0.012 0.016 0.103 37 Y 0.065 0.351 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.009 0.021 0.012 0.005 0.178 0.043 0.030 0.267 38 V 0.135 0.263 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.003 0.001 0.300 0.048 0.016 0.199 39 G 0.113 0.143 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.094 0.059 0.092 0.440 40 E 0.088 0.037 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.017 0.072 0.636 41 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.981 42 E 0.116 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.014 0.079 0.686 43 L 0.232 0.069 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.015 0.062 0.464 44 K 0.079 0.048 0.002 0.001 0.020 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.544 0.010 0.043 0.237 45 T 0.037 0.038 0.008 0.001 0.011 0.008 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.161 0.014 0.054 0.643 46 Y 0.022 0.024 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.002 0.002 0.780 0.007 0.025 0.107 47 V 0.009 0.023 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.007 0.004 0.005 0.003 0.452 0.005 0.070 0.403 48 I 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.892 0.001 0.019 0.055 49 E 0.007 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.554 0.003 0.076 0.309 50 D 0.024 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.391 0.014 0.050 0.506 51 E 0.201 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.400 0.023 0.101 0.251 52 I 0.106 0.017 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.384 0.012 0.115 0.346 53 V 0.008 0.018 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.773 0.007 0.036 0.139 54 E 0.018 0.011 0.002 0.001 0.016 0.009 0.007 0.003 0.008 0.002 0.008 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.193 0.006 0.166 0.539 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.992 56 G 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.268 0.006 0.142 0.551 57 E 0.313 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.039 0.009 0.074 0.546 58 Y 0.073 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.002 0.036 0.822 59 D 0.152 0.008 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.011 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.005 0.110 0.607 60 P 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.017 0.952 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.977 62 E 0.261 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.020 0.301 0.390 63 M 0.583 0.129 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.013 0.020 0.214 64 K 0.098 0.167 0.008 0.001 0.022 0.005 0.003 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.191 0.013 0.065 0.409 65 Y 0.058 0.102 0.007 0.002 0.010 0.032 0.005 0.005 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.156 0.011 0.044 0.532 66 T 0.069 0.125 0.008 0.002 0.001 0.009 0.010 0.003 0.007 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.275 0.030 0.080 0.369 67 N 0.054 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.026 0.054 0.700 68 V 0.087 0.020 0.067 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.203 0.010 0.112 0.491 69 K 0.032 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.634 0.009 0.104 0.197 70 K 0.032 0.017 0.005 0.001 0.009 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.009 0.066 0.692 71 V 0.019 0.022 0.005 0.001 0.004 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.667 0.009 0.038 0.217 72 K 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.532 0.004 0.046 0.386 73 I 0.004 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.594 0.002 0.036 0.342 74 K 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.900 0.002 0.022 0.062 75 K 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.313 0.003 0.043 0.621 76 V 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.826 0.003 0.021 0.133 77 Y 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.008 0.712 0.002 0.038 0.205 78 F 0.007 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.058 0.166 0.121 0.025 0.257 0.004 0.032 0.305 79 E 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.004 0.341 0.131 0.019 0.005 0.322 0.002 0.032 0.094 80 T 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.468 0.050 0.003 0.013 0.003 0.002 0.002 0.060 0.004 0.036 0.305 81 L 0.038 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.447 0.041 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.005 0.037 0.235 82 D 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.004 0.134 0.811 83 N 0.269 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.125 0.095 0.441 84 V 0.650 0.003 0.049 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.025 0.095 0.154 85 R 0.007 0.003 0.002 0.005 0.022 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.580 0.004 0.152 0.218 86 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.454 0.140 0.045 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.064 0.001 0.047 0.228 87 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.090 0.074 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.701 0.001 0.021 0.072 88 T 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.306 0.001 0.128 0.528 89 D 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.471 0.002 0.056 0.449 90 Y 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.003 0.447 0.421 91 S 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.685 0.272 92 E 0.033 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.008 0.309 0.586 93 F 0.015 0.186 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.440 0.342 94 Q 0.024 0.496 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.234 0.221 95 K 0.005 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.033 96 I 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 97 L 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 98 K 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 99 K 0.015 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.012 100 R 0.065 0.852 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.001 0.023 101 G 0.131 0.476 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.122 0.017 0.197 102 T 0.100 0.133 0.426 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.027 0.063 0.225 103 K 0.104 0.099 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.023 0.088 0.521 104 L 0.075 0.134 0.017 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.014 0.097 0.501 105 E 0.055 0.145 0.010 0.001 0.007 0.004 0.008 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.161 0.020 0.126 0.446 106 H 0.108 0.109 0.008 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.122 0.024 0.063 0.542 107 H 0.128 0.161 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.188 0.022 0.074 0.392 108 H 0.083 0.076 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.150 0.019 0.082 0.564 109 H 0.074 0.060 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.128 0.019 0.090 0.599 110 H 0.109 0.053 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.124 0.022 0.087 0.577 111 H 0.107 0.048 0.009 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.018 0.096 0.595