# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.014 0.004 0.014 0.013 0.027 0.118 0.001 0.001 0.003 0.762 2 N 0.038 0.023 0.003 0.018 0.011 0.031 0.225 0.001 0.001 0.004 0.645 3 S 0.043 0.035 0.002 0.012 0.004 0.013 0.103 0.001 0.001 0.005 0.783 4 E 0.045 0.124 0.004 0.013 0.010 0.012 0.282 0.001 0.001 0.011 0.499 5 V 0.022 0.334 0.005 0.006 0.003 0.005 0.180 0.001 0.001 0.003 0.442 6 I 0.011 0.846 0.002 0.005 0.001 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.116 7 K 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.035 8 E 0.009 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.034 9 F 0.028 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.019 10 L 0.012 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 11 E 0.010 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.024 12 D 0.138 0.746 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.060 0.001 0.001 0.047 13 I 0.217 0.653 0.017 0.002 0.001 0.001 0.002 0.066 0.001 0.001 0.042 14 G 0.149 0.459 0.109 0.012 0.004 0.006 0.022 0.050 0.001 0.002 0.187 15 E 0.071 0.243 0.184 0.024 0.007 0.007 0.070 0.017 0.001 0.004 0.371 16 D 0.143 0.218 0.022 0.039 0.023 0.026 0.074 0.017 0.001 0.009 0.430 17 Y 0.204 0.209 0.047 0.061 0.039 0.053 0.157 0.006 0.001 0.004 0.220 18 I 0.057 0.187 0.014 0.136 0.178 0.155 0.100 0.003 0.001 0.004 0.165 19 E 0.028 0.110 0.007 0.104 0.159 0.216 0.064 0.004 0.001 0.003 0.306 20 L 0.026 0.098 0.003 0.105 0.248 0.312 0.030 0.003 0.001 0.001 0.174 21 E 0.013 0.058 0.002 0.056 0.189 0.318 0.075 0.003 0.001 0.002 0.285 22 N 0.042 0.046 0.003 0.037 0.165 0.259 0.062 0.004 0.001 0.006 0.377 23 E 0.178 0.041 0.011 0.048 0.114 0.154 0.101 0.003 0.001 0.006 0.344 24 I 0.101 0.040 0.009 0.065 0.219 0.183 0.082 0.002 0.001 0.007 0.293 25 H 0.045 0.030 0.006 0.055 0.152 0.322 0.052 0.002 0.001 0.005 0.331 26 L 0.069 0.027 0.008 0.057 0.126 0.278 0.057 0.002 0.001 0.004 0.372 27 K 0.037 0.013 0.002 0.047 0.179 0.213 0.096 0.001 0.001 0.002 0.410 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.991 29 E 0.012 0.006 0.001 0.027 0.100 0.234 0.126 0.001 0.001 0.003 0.492 30 V 0.136 0.029 0.001 0.023 0.034 0.036 0.093 0.001 0.001 0.006 0.641 31 F 0.048 0.164 0.002 0.064 0.149 0.296 0.047 0.001 0.001 0.005 0.224 32 Y 0.031 0.323 0.001 0.061 0.111 0.148 0.039 0.001 0.001 0.002 0.283 33 E 0.020 0.418 0.001 0.032 0.130 0.103 0.036 0.001 0.001 0.002 0.257 34 V 0.017 0.572 0.002 0.021 0.101 0.103 0.022 0.002 0.001 0.001 0.159 35 W 0.021 0.649 0.002 0.017 0.063 0.111 0.014 0.003 0.001 0.001 0.120 36 K 0.084 0.541 0.004 0.023 0.103 0.090 0.016 0.007 0.001 0.002 0.129 37 Y 0.095 0.602 0.009 0.017 0.063 0.036 0.014 0.014 0.001 0.001 0.149 38 V 0.148 0.327 0.010 0.021 0.041 0.068 0.021 0.021 0.001 0.002 0.341 39 G 0.127 0.077 0.022 0.018 0.024 0.052 0.044 0.023 0.001 0.005 0.608 40 E 0.196 0.022 0.056 0.027 0.024 0.026 0.088 0.006 0.001 0.002 0.553 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.988 42 E 0.013 0.006 0.002 0.031 0.044 0.093 0.174 0.001 0.001 0.002 0.635 43 L 0.198 0.024 0.002 0.039 0.046 0.068 0.060 0.001 0.001 0.005 0.558 44 K 0.113 0.037 0.002 0.092 0.202 0.240 0.068 0.001 0.001 0.007 0.238 45 T 0.072 0.032 0.004 0.076 0.096 0.103 0.098 0.002 0.001 0.004 0.513 46 Y 0.047 0.014 0.001 0.172 0.354 0.337 0.013 0.001 0.001 0.002 0.059 47 V 0.009 0.018 0.003 0.140 0.161 0.159 0.083 0.001 0.001 0.002 0.424 48 I 0.005 0.006 0.001 0.171 0.326 0.446 0.011 0.001 0.001 0.002 0.032 49 E 0.011 0.012 0.001 0.103 0.173 0.451 0.064 0.001 0.001 0.002 0.183 50 D 0.027 0.018 0.002 0.117 0.139 0.217 0.072 0.002 0.001 0.007 0.398 51 E 0.037 0.012 0.002 0.126 0.263 0.242 0.160 0.001 0.001 0.007 0.150 52 I 0.049 0.010 0.005 0.069 0.039 0.073 0.087 0.002 0.001 0.006 0.660 53 V 0.054 0.013 0.005 0.310 0.114 0.333 0.040 0.001 0.001 0.028 0.103 54 E 0.017 0.009 0.002 0.043 0.073 0.071 0.132 0.002 0.001 0.002 0.649 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.995 56 G 0.012 0.003 0.001 0.031 0.117 0.189 0.084 0.001 0.001 0.005 0.557 57 E 0.770 0.002 0.002 0.010 0.011 0.018 0.021 0.001 0.001 0.002 0.164 58 Y 0.150 0.008 0.004 0.028 0.044 0.059 0.084 0.001 0.001 0.008 0.614 59 D 0.069 0.004 0.002 0.024 0.022 0.049 0.255 0.001 0.001 0.002 0.572 60 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.989 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.001 0.001 0.001 0.841 62 E 0.279 0.009 0.001 0.004 0.005 0.012 0.467 0.001 0.001 0.021 0.202 63 M 0.555 0.263 0.002 0.005 0.007 0.009 0.024 0.002 0.001 0.004 0.131 64 K 0.113 0.397 0.013 0.024 0.125 0.084 0.049 0.005 0.001 0.008 0.182 65 Y 0.101 0.196 0.020 0.025 0.065 0.047 0.039 0.007 0.001 0.003 0.497 66 T 0.136 0.110 0.003 0.019 0.124 0.262 0.055 0.005 0.001 0.003 0.284 67 N 0.065 0.035 0.002 0.020 0.034 0.044 0.070 0.011 0.001 0.008 0.712 68 V 0.049 0.040 0.022 0.061 0.047 0.076 0.150 0.002 0.001 0.003 0.549 69 K 0.047 0.030 0.002 0.117 0.167 0.163 0.225 0.001 0.001 0.012 0.236 70 K 0.042 0.016 0.002 0.037 0.033 0.038 0.080 0.003 0.001 0.003 0.748 71 V 0.053 0.032 0.005 0.119 0.200 0.261 0.037 0.001 0.001 0.002 0.291 72 K 0.031 0.009 0.001 0.148 0.161 0.161 0.070 0.001 0.001 0.003 0.414 73 I 0.013 0.008 0.003 0.066 0.130 0.173 0.044 0.001 0.001 0.001 0.561 74 K 0.015 0.006 0.001 0.266 0.224 0.342 0.025 0.001 0.001 0.002 0.120 75 K 0.009 0.002 0.001 0.058 0.027 0.034 0.081 0.001 0.001 0.001 0.786 76 V 0.015 0.009 0.001 0.347 0.161 0.195 0.035 0.001 0.001 0.003 0.232 77 Y 0.016 0.009 0.001 0.507 0.108 0.158 0.059 0.001 0.001 0.005 0.137 78 F 0.023 0.018 0.002 0.340 0.148 0.238 0.016 0.001 0.001 0.003 0.211 79 E 0.012 0.026 0.001 0.391 0.159 0.195 0.035 0.001 0.001 0.003 0.177 80 T 0.025 0.029 0.002 0.145 0.125 0.133 0.100 0.002 0.001 0.004 0.436 81 L 0.056 0.042 0.003 0.220 0.085 0.197 0.071 0.003 0.001 0.008 0.315 82 D 0.067 0.028 0.005 0.079 0.071 0.096 0.228 0.003 0.001 0.023 0.398 83 N 0.157 0.015 0.005 0.081 0.036 0.061 0.144 0.006 0.001 0.038 0.456 84 V 0.178 0.025 0.036 0.086 0.037 0.068 0.289 0.004 0.001 0.011 0.265 85 R 0.075 0.010 0.009 0.268 0.146 0.110 0.083 0.003 0.001 0.020 0.276 86 V 0.007 0.003 0.010 0.094 0.063 0.080 0.061 0.001 0.001 0.001 0.679 87 V 0.022 0.003 0.001 0.481 0.105 0.278 0.017 0.001 0.001 0.003 0.087 88 T 0.024 0.011 0.002 0.241 0.111 0.156 0.084 0.001 0.001 0.004 0.367 89 D 0.008 0.008 0.001 0.125 0.030 0.074 0.155 0.001 0.001 0.003 0.594 90 Y 0.025 0.016 0.003 0.189 0.015 0.054 0.207 0.001 0.001 0.007 0.484 91 S 0.011 0.016 0.001 0.011 0.004 0.007 0.535 0.001 0.001 0.013 0.402 92 E 0.032 0.055 0.001 0.004 0.001 0.003 0.522 0.001 0.001 0.015 0.366 93 F 0.055 0.665 0.003 0.003 0.001 0.006 0.057 0.001 0.001 0.002 0.206 94 Q 0.012 0.885 0.002 0.001 0.002 0.002 0.036 0.001 0.001 0.001 0.059 95 K 0.008 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.039 96 I 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 97 L 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 98 K 0.005 0.980 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 99 K 0.052 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.018 100 R 0.161 0.707 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.069 0.001 0.001 0.047 101 G 0.290 0.307 0.095 0.008 0.003 0.004 0.009 0.083 0.001 0.006 0.196 102 T 0.079 0.108 0.568 0.016 0.007 0.005 0.048 0.009 0.001 0.001 0.157 103 K 0.060 0.074 0.023 0.048 0.018 0.021 0.102 0.007 0.001 0.004 0.644 104 L 0.058 0.153 0.013 0.063 0.037 0.072 0.095 0.004 0.001 0.002 0.502 105 E 0.044 0.166 0.004 0.057 0.052 0.067 0.147 0.004 0.001 0.004 0.456 106 H 0.093 0.127 0.004 0.031 0.031 0.051 0.104 0.009 0.001 0.005 0.545 107 H 0.176 0.189 0.008 0.035 0.036 0.068 0.072 0.009 0.001 0.005 0.400 108 H 0.149 0.101 0.014 0.035 0.029 0.040 0.091 0.010 0.001 0.008 0.523 109 H 0.130 0.087 0.020 0.031 0.032 0.049 0.089 0.010 0.001 0.008 0.543 110 H 0.130 0.059 0.013 0.035 0.024 0.048 0.094 0.008 0.001 0.006 0.583 111 H 0.080 0.034 0.008 0.030 0.025 0.041 0.095 0.005 0.001 0.006 0.677