# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.031 0.033 0.022 0.038 0.133 0.007 0.666 2 N 0.063 0.053 0.029 0.022 0.036 0.158 0.010 0.629 3 S 0.055 0.060 0.018 0.009 0.021 0.080 0.006 0.752 4 E 0.037 0.094 0.008 0.006 0.010 0.287 0.004 0.554 5 V 0.049 0.353 0.005 0.006 0.009 0.187 0.004 0.386 6 I 0.011 0.867 0.005 0.004 0.008 0.015 0.002 0.088 7 K 0.001 0.956 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.032 8 E 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 9 F 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 10 L 0.012 0.968 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.013 11 E 0.011 0.954 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.023 12 D 0.113 0.788 0.003 0.001 0.001 0.005 0.033 0.055 13 I 0.092 0.815 0.009 0.002 0.002 0.004 0.026 0.049 14 G 0.062 0.634 0.041 0.011 0.014 0.041 0.041 0.156 15 E 0.078 0.316 0.068 0.017 0.019 0.101 0.038 0.363 16 D 0.106 0.397 0.049 0.027 0.019 0.077 0.033 0.292 17 Y 0.143 0.245 0.146 0.039 0.081 0.099 0.018 0.229 18 I 0.037 0.339 0.110 0.184 0.137 0.052 0.010 0.131 19 E 0.047 0.118 0.133 0.186 0.227 0.061 0.021 0.207 20 L 0.078 0.137 0.080 0.256 0.247 0.038 0.018 0.146 21 E 0.045 0.072 0.142 0.168 0.296 0.051 0.016 0.210 22 N 0.026 0.043 0.050 0.174 0.186 0.068 0.034 0.418 23 E 0.249 0.012 0.047 0.050 0.107 0.116 0.021 0.398 24 I 0.084 0.023 0.054 0.203 0.179 0.102 0.008 0.346 25 H 0.048 0.010 0.035 0.194 0.276 0.089 0.019 0.329 26 L 0.056 0.017 0.082 0.165 0.277 0.042 0.013 0.347 27 K 0.031 0.009 0.043 0.245 0.301 0.089 0.005 0.276 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 29 E 0.009 0.004 0.026 0.119 0.263 0.195 0.004 0.381 30 V 0.316 0.011 0.027 0.062 0.078 0.112 0.008 0.386 31 F 0.056 0.046 0.068 0.285 0.325 0.056 0.005 0.159 32 Y 0.045 0.044 0.066 0.213 0.317 0.058 0.002 0.254 33 E 0.017 0.073 0.068 0.266 0.288 0.045 0.004 0.240 34 V 0.022 0.083 0.055 0.228 0.388 0.050 0.008 0.165 35 W 0.015 0.194 0.050 0.284 0.315 0.025 0.006 0.111 36 K 0.015 0.185 0.063 0.292 0.294 0.026 0.011 0.114 37 Y 0.027 0.190 0.051 0.162 0.226 0.038 0.013 0.293 38 V 0.037 0.149 0.045 0.188 0.263 0.034 0.023 0.259 39 G 0.049 0.096 0.031 0.098 0.133 0.039 0.076 0.477 40 E 0.196 0.018 0.038 0.082 0.102 0.065 0.019 0.480 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 42 E 0.030 0.003 0.016 0.091 0.250 0.171 0.009 0.430 43 L 0.382 0.008 0.046 0.081 0.100 0.078 0.011 0.294 44 K 0.078 0.011 0.064 0.362 0.321 0.054 0.007 0.103 45 T 0.038 0.005 0.068 0.155 0.228 0.046 0.003 0.459 46 Y 0.010 0.003 0.218 0.382 0.325 0.013 0.002 0.047 47 V 0.007 0.003 0.107 0.262 0.339 0.029 0.003 0.250 48 I 0.003 0.002 0.208 0.298 0.421 0.014 0.002 0.052 49 E 0.006 0.002 0.125 0.224 0.401 0.057 0.002 0.182 50 D 0.009 0.005 0.117 0.222 0.340 0.060 0.007 0.240 51 E 0.076 0.002 0.142 0.178 0.286 0.119 0.008 0.188 52 I 0.020 0.002 0.037 0.096 0.153 0.058 0.004 0.632 53 V 0.014 0.003 0.143 0.233 0.375 0.028 0.010 0.194 54 E 0.011 0.004 0.061 0.219 0.216 0.060 0.003 0.426 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 56 G 0.016 0.005 0.052 0.120 0.216 0.118 0.008 0.464 57 E 0.418 0.002 0.011 0.016 0.019 0.056 0.014 0.464 58 Y 0.054 0.005 0.045 0.042 0.053 0.047 0.006 0.749 59 D 0.091 0.007 0.028 0.077 0.170 0.208 0.006 0.413 60 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.992 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.987 62 E 0.097 0.009 0.017 0.051 0.077 0.188 0.014 0.545 63 M 0.445 0.048 0.023 0.055 0.094 0.099 0.009 0.227 64 K 0.117 0.077 0.027 0.192 0.225 0.081 0.011 0.270 65 Y 0.096 0.057 0.036 0.109 0.186 0.058 0.009 0.449 66 T 0.077 0.054 0.031 0.283 0.277 0.061 0.014 0.203 67 N 0.045 0.016 0.016 0.125 0.155 0.052 0.016 0.574 68 V 0.067 0.011 0.024 0.119 0.287 0.087 0.009 0.395 69 K 0.032 0.013 0.031 0.433 0.290 0.064 0.007 0.131 70 K 0.016 0.003 0.012 0.080 0.138 0.036 0.004 0.710 71 V 0.018 0.004 0.066 0.347 0.396 0.031 0.003 0.137 72 K 0.010 0.002 0.054 0.440 0.351 0.025 0.002 0.115 73 I 0.003 0.001 0.046 0.137 0.266 0.021 0.001 0.525 74 K 0.002 0.001 0.191 0.375 0.379 0.015 0.001 0.036 75 K 0.006 0.002 0.096 0.150 0.244 0.046 0.003 0.454 76 V 0.007 0.003 0.376 0.176 0.312 0.027 0.003 0.097 77 Y 0.007 0.003 0.356 0.231 0.234 0.047 0.003 0.120 78 F 0.004 0.005 0.149 0.215 0.356 0.026 0.002 0.242 79 E 0.007 0.004 0.211 0.175 0.392 0.053 0.003 0.154 80 T 0.013 0.013 0.059 0.208 0.238 0.076 0.006 0.387 81 L 0.040 0.018 0.113 0.134 0.310 0.074 0.014 0.297 82 D 0.031 0.015 0.036 0.101 0.118 0.208 0.016 0.475 83 N 0.132 0.014 0.039 0.058 0.073 0.125 0.068 0.491 84 V 0.332 0.008 0.045 0.028 0.046 0.266 0.017 0.259 85 R 0.021 0.010 0.237 0.207 0.112 0.080 0.008 0.327 86 V 0.007 0.007 0.140 0.116 0.202 0.048 0.004 0.476 87 V 0.008 0.005 0.512 0.141 0.194 0.020 0.003 0.119 88 T 0.008 0.008 0.194 0.120 0.139 0.079 0.002 0.450 89 D 0.008 0.014 0.084 0.056 0.144 0.094 0.003 0.597 90 Y 0.019 0.016 0.050 0.013 0.069 0.194 0.004 0.635 91 S 0.016 0.010 0.004 0.003 0.007 0.570 0.004 0.386 92 E 0.086 0.069 0.002 0.003 0.005 0.307 0.007 0.522 93 F 0.057 0.658 0.005 0.005 0.008 0.080 0.005 0.182 94 Q 0.021 0.834 0.004 0.007 0.012 0.035 0.004 0.082 95 K 0.006 0.926 0.002 0.004 0.005 0.004 0.001 0.052 96 I 0.007 0.947 0.002 0.005 0.008 0.004 0.002 0.026 97 L 0.005 0.968 0.001 0.004 0.006 0.001 0.002 0.012 98 K 0.006 0.960 0.002 0.004 0.007 0.002 0.004 0.016 99 K 0.015 0.933 0.004 0.004 0.004 0.004 0.009 0.027 100 R 0.043 0.855 0.005 0.005 0.004 0.004 0.032 0.051 101 G 0.226 0.362 0.025 0.013 0.007 0.013 0.119 0.234 102 T 0.271 0.122 0.181 0.034 0.028 0.065 0.049 0.251 103 K 0.056 0.052 0.046 0.026 0.040 0.069 0.010 0.701 104 L 0.078 0.086 0.093 0.052 0.129 0.095 0.008 0.459 105 E 0.051 0.094 0.079 0.068 0.093 0.224 0.012 0.378 106 H 0.100 0.112 0.052 0.044 0.065 0.076 0.016 0.536 107 H 0.140 0.118 0.049 0.047 0.082 0.090 0.017 0.457 108 H 0.115 0.082 0.036 0.043 0.061 0.107 0.023 0.534 109 H 0.141 0.070 0.040 0.039 0.065 0.098 0.027 0.519 110 H 0.115 0.048 0.035 0.029 0.052 0.097 0.018 0.606 111 H 0.075 0.039 0.030 0.028 0.044 0.091 0.013 0.680