# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.379 0.184 0.189 0.151 0.046 0.021 0.013 0.002 0.012 0.004 0.001 2 N 0.496 0.045 0.175 0.132 0.028 0.051 0.052 0.003 0.014 0.003 0.001 3 S 0.919 0.014 0.035 0.015 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.960 0.009 0.016 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 V 0.959 0.009 0.011 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.990 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 K 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 E 0.979 0.002 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 F 0.911 0.008 0.008 0.059 0.002 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 10 L 0.943 0.004 0.010 0.033 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.913 0.009 0.016 0.050 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 12 D 0.801 0.011 0.028 0.121 0.003 0.014 0.016 0.002 0.005 0.001 0.001 13 I 0.494 0.018 0.081 0.373 0.003 0.009 0.014 0.001 0.007 0.001 0.001 14 G 0.184 0.006 0.043 0.034 0.095 0.005 0.109 0.176 0.003 0.346 0.001 15 E 0.688 0.034 0.163 0.069 0.015 0.018 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 16 D 0.558 0.038 0.079 0.257 0.015 0.018 0.025 0.004 0.004 0.002 0.001 17 Y 0.379 0.236 0.079 0.165 0.072 0.018 0.030 0.006 0.013 0.001 0.001 18 I 0.170 0.592 0.166 0.014 0.026 0.015 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 19 E 0.190 0.416 0.221 0.020 0.021 0.100 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 20 L 0.213 0.366 0.197 0.090 0.026 0.074 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 21 E 0.237 0.208 0.136 0.267 0.063 0.026 0.039 0.002 0.020 0.002 0.001 22 N 0.050 0.040 0.045 0.091 0.118 0.018 0.408 0.199 0.009 0.023 0.001 23 E 0.047 0.526 0.293 0.050 0.033 0.019 0.011 0.001 0.019 0.001 0.001 24 I 0.045 0.754 0.130 0.015 0.032 0.015 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 25 H 0.035 0.588 0.201 0.014 0.058 0.057 0.004 0.001 0.041 0.001 0.001 26 L 0.116 0.263 0.376 0.073 0.037 0.095 0.009 0.001 0.026 0.001 0.003 27 K 0.018 0.251 0.400 0.003 0.043 0.020 0.004 0.001 0.260 0.001 0.001 28 P 0.232 0.005 0.708 0.007 0.002 0.013 0.002 0.001 0.002 0.001 0.029 29 E 0.367 0.254 0.232 0.059 0.053 0.018 0.005 0.003 0.008 0.001 0.001 30 V 0.242 0.500 0.167 0.022 0.029 0.029 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 31 F 0.366 0.368 0.120 0.033 0.037 0.048 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 32 Y 0.305 0.418 0.070 0.039 0.124 0.024 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 33 E 0.430 0.294 0.139 0.027 0.037 0.049 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 34 V 0.414 0.362 0.101 0.029 0.015 0.055 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 35 W 0.525 0.198 0.103 0.062 0.034 0.052 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 36 K 0.571 0.204 0.086 0.053 0.044 0.020 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 37 Y 0.516 0.121 0.132 0.103 0.021 0.054 0.023 0.003 0.027 0.001 0.001 38 V 0.299 0.167 0.163 0.290 0.017 0.028 0.013 0.001 0.023 0.001 0.001 39 G 0.072 0.010 0.059 0.040 0.116 0.014 0.100 0.275 0.005 0.308 0.001 40 E 0.125 0.192 0.451 0.025 0.072 0.034 0.010 0.001 0.085 0.004 0.001 41 P 0.377 0.016 0.476 0.046 0.005 0.031 0.014 0.002 0.005 0.001 0.026 42 E 0.322 0.195 0.189 0.177 0.048 0.022 0.018 0.009 0.016 0.001 0.001 43 L 0.139 0.231 0.445 0.094 0.026 0.034 0.007 0.001 0.021 0.001 0.002 44 K 0.177 0.378 0.276 0.074 0.043 0.029 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 45 T 0.041 0.705 0.092 0.028 0.111 0.009 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 46 Y 0.016 0.713 0.120 0.009 0.097 0.019 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 47 V 0.015 0.710 0.197 0.004 0.016 0.037 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 48 I 0.023 0.647 0.225 0.010 0.027 0.046 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 49 E 0.161 0.326 0.268 0.060 0.089 0.049 0.009 0.001 0.032 0.003 0.002 50 D 0.170 0.159 0.183 0.118 0.147 0.043 0.110 0.030 0.030 0.008 0.001 51 E 0.125 0.470 0.180 0.064 0.086 0.022 0.025 0.006 0.019 0.002 0.001 52 I 0.093 0.503 0.322 0.029 0.013 0.028 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 53 V 0.049 0.620 0.189 0.031 0.038 0.038 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 54 E 0.014 0.221 0.370 0.003 0.059 0.022 0.004 0.001 0.304 0.002 0.001 55 P 0.110 0.002 0.836 0.012 0.001 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 0.022 56 G 0.150 0.061 0.189 0.038 0.118 0.013 0.030 0.330 0.010 0.062 0.001 57 E 0.309 0.147 0.362 0.096 0.033 0.028 0.006 0.001 0.008 0.002 0.007 58 Y 0.164 0.229 0.240 0.247 0.029 0.043 0.016 0.005 0.023 0.002 0.003 59 D 0.010 0.105 0.355 0.017 0.035 0.050 0.009 0.001 0.417 0.002 0.001 60 P 0.336 0.003 0.619 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 61 P 0.924 0.003 0.051 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 62 E 0.536 0.034 0.041 0.301 0.008 0.016 0.036 0.012 0.013 0.001 0.002 63 M 0.155 0.100 0.491 0.159 0.013 0.012 0.041 0.004 0.022 0.002 0.001 64 K 0.300 0.177 0.403 0.042 0.015 0.038 0.011 0.001 0.009 0.001 0.001 65 Y 0.151 0.308 0.282 0.092 0.032 0.076 0.009 0.002 0.046 0.001 0.001 66 T 0.182 0.392 0.123 0.105 0.156 0.015 0.008 0.002 0.014 0.002 0.001 67 N 0.071 0.180 0.157 0.174 0.077 0.104 0.177 0.022 0.031 0.004 0.001 68 V 0.067 0.504 0.328 0.044 0.022 0.017 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 69 K 0.124 0.556 0.172 0.032 0.091 0.013 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 70 K 0.046 0.420 0.300 0.045 0.060 0.056 0.025 0.002 0.043 0.001 0.002 71 V 0.006 0.855 0.083 0.003 0.036 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 72 K 0.025 0.481 0.367 0.006 0.024 0.072 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 73 I 0.024 0.523 0.331 0.014 0.020 0.057 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 74 K 0.120 0.495 0.182 0.048 0.102 0.026 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 75 K 0.034 0.452 0.218 0.043 0.128 0.042 0.038 0.005 0.038 0.002 0.001 76 V 0.008 0.866 0.076 0.004 0.033 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 77 Y 0.016 0.714 0.157 0.006 0.051 0.037 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 78 F 0.045 0.633 0.145 0.014 0.102 0.035 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 79 E 0.117 0.479 0.185 0.030 0.080 0.060 0.006 0.001 0.039 0.001 0.001 80 T 0.096 0.508 0.146 0.049 0.125 0.045 0.010 0.001 0.017 0.003 0.001 81 L 0.291 0.307 0.221 0.075 0.041 0.028 0.006 0.001 0.025 0.002 0.001 82 D 0.287 0.066 0.114 0.325 0.042 0.023 0.109 0.014 0.010 0.007 0.002 83 N 0.053 0.040 0.032 0.207 0.042 0.023 0.469 0.116 0.010 0.008 0.001 84 V 0.051 0.426 0.433 0.047 0.013 0.007 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 85 R 0.075 0.379 0.411 0.020 0.043 0.040 0.008 0.001 0.019 0.001 0.003 86 V 0.037 0.561 0.287 0.013 0.020 0.057 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 87 V 0.063 0.586 0.212 0.028 0.027 0.061 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 88 T 0.096 0.555 0.156 0.031 0.105 0.029 0.004 0.001 0.022 0.002 0.001 89 D 0.187 0.136 0.254 0.084 0.088 0.144 0.045 0.006 0.047 0.007 0.002 90 Y 0.664 0.050 0.094 0.117 0.021 0.027 0.013 0.002 0.008 0.003 0.001 91 S 0.912 0.014 0.030 0.025 0.008 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 92 E 0.964 0.003 0.008 0.016 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 F 0.977 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Q 0.994 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 K 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 I 0.978 0.002 0.001 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 L 0.917 0.007 0.016 0.049 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 98 K 0.914 0.007 0.022 0.043 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 99 K 0.746 0.027 0.039 0.161 0.004 0.009 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 100 R 0.310 0.028 0.088 0.524 0.007 0.009 0.027 0.001 0.006 0.001 0.001 101 G 0.044 0.004 0.019 0.026 0.044 0.005 0.164 0.553 0.002 0.139 0.001 102 T 0.209 0.247 0.362 0.089 0.051 0.018 0.008 0.001 0.013 0.002 0.001 103 K 0.217 0.187 0.352 0.083 0.038 0.079 0.014 0.003 0.021 0.002 0.002 104 L 0.199 0.360 0.293 0.053 0.037 0.031 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 105 E 0.339 0.236 0.228 0.076 0.054 0.038 0.008 0.002 0.017 0.002 0.001 106 H 0.252 0.272 0.172 0.114 0.088 0.045 0.020 0.005 0.029 0.003 0.001 107 H 0.279 0.220 0.188 0.134 0.063 0.046 0.031 0.006 0.027 0.005 0.001 108 H 0.279 0.208 0.198 0.140 0.061 0.043 0.035 0.007 0.023 0.006 0.001 109 H 0.271 0.201 0.190 0.149 0.070 0.044 0.038 0.009 0.021 0.007 0.001 110 H 0.226 0.183 0.220 0.185 0.062 0.040 0.043 0.009 0.022 0.008 0.001 111 H 0.207 0.191 0.240 0.133 0.078 0.043 0.055 0.013 0.028 0.012 0.001