# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.189 0.100 0.035 0.092 0.038 0.041 0.219 0.081 0.114 0.038 2 N 0.082 0.132 0.088 0.016 0.144 0.016 0.012 0.294 0.095 0.088 0.033 3 S 0.010 0.022 0.006 0.002 0.015 0.007 0.014 0.679 0.211 0.030 0.004 4 E 0.006 0.017 0.006 0.001 0.016 0.002 0.011 0.871 0.058 0.011 0.003 5 V 0.012 0.010 0.002 0.001 0.013 0.001 0.004 0.902 0.043 0.009 0.004 6 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.911 0.074 0.003 0.001 7 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.927 0.064 0.001 0.001 8 E 0.002 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.023 0.913 0.041 0.007 0.001 9 F 0.012 0.011 0.004 0.001 0.010 0.001 0.019 0.830 0.076 0.028 0.008 10 L 0.009 0.005 0.001 0.001 0.011 0.002 0.007 0.712 0.224 0.022 0.005 11 E 0.002 0.007 0.002 0.001 0.004 0.006 0.055 0.790 0.123 0.008 0.002 12 D 0.022 0.014 0.012 0.006 0.025 0.014 0.120 0.485 0.107 0.176 0.020 13 I 0.063 0.273 0.085 0.024 0.111 0.018 0.044 0.152 0.065 0.125 0.040 14 G 0.051 0.038 0.035 0.038 0.045 0.030 0.025 0.274 0.098 0.260 0.106 15 E 0.038 0.115 0.039 0.016 0.081 0.018 0.039 0.385 0.179 0.070 0.020 16 D 0.065 0.079 0.031 0.016 0.110 0.036 0.068 0.307 0.115 0.133 0.041 17 Y 0.186 0.065 0.014 0.008 0.221 0.006 0.020 0.268 0.099 0.052 0.061 18 I 0.129 0.177 0.033 0.004 0.390 0.012 0.023 0.159 0.042 0.015 0.016 19 E 0.279 0.115 0.024 0.006 0.343 0.012 0.033 0.093 0.025 0.020 0.050 20 L 0.201 0.072 0.036 0.050 0.156 0.054 0.054 0.117 0.058 0.080 0.122 21 E 0.039 0.062 0.036 0.152 0.055 0.172 0.209 0.145 0.077 0.036 0.016 22 N 0.051 0.048 0.051 0.050 0.058 0.030 0.030 0.049 0.050 0.499 0.085 23 E 0.143 0.258 0.037 0.005 0.415 0.005 0.013 0.035 0.028 0.029 0.032 24 I 0.229 0.141 0.017 0.003 0.499 0.011 0.012 0.017 0.016 0.012 0.043 25 H 0.239 0.135 0.024 0.013 0.358 0.026 0.057 0.035 0.020 0.028 0.066 26 L 0.182 0.195 0.076 0.022 0.332 0.023 0.020 0.030 0.022 0.049 0.050 27 K 0.140 0.283 0.164 0.021 0.310 0.009 0.008 0.024 0.009 0.013 0.019 28 P 0.116 0.220 0.042 0.009 0.197 0.017 0.027 0.183 0.109 0.033 0.047 29 E 0.116 0.168 0.037 0.008 0.286 0.016 0.058 0.206 0.051 0.031 0.024 30 V 0.205 0.117 0.014 0.003 0.350 0.007 0.012 0.202 0.037 0.019 0.034 31 F 0.122 0.058 0.009 0.005 0.161 0.014 0.030 0.480 0.065 0.027 0.027 32 Y 0.104 0.061 0.012 0.005 0.189 0.010 0.011 0.525 0.061 0.010 0.015 33 E 0.097 0.085 0.015 0.005 0.275 0.008 0.023 0.430 0.035 0.012 0.015 34 V 0.113 0.052 0.011 0.004 0.113 0.005 0.020 0.534 0.084 0.020 0.042 35 W 0.090 0.047 0.010 0.005 0.115 0.012 0.029 0.516 0.132 0.023 0.020 36 K 0.033 0.087 0.017 0.004 0.083 0.017 0.065 0.510 0.159 0.015 0.010 37 Y 0.109 0.035 0.023 0.014 0.095 0.031 0.138 0.266 0.078 0.122 0.090 38 V 0.043 0.416 0.127 0.038 0.121 0.031 0.081 0.056 0.036 0.035 0.017 39 G 0.049 0.054 0.080 0.092 0.041 0.043 0.028 0.035 0.049 0.402 0.127 40 E 0.093 0.403 0.133 0.013 0.262 0.004 0.007 0.030 0.021 0.018 0.017 41 P 0.104 0.221 0.052 0.009 0.237 0.032 0.035 0.134 0.107 0.025 0.043 42 E 0.158 0.117 0.034 0.013 0.254 0.030 0.118 0.120 0.071 0.049 0.035 43 L 0.295 0.157 0.021 0.008 0.339 0.009 0.014 0.043 0.029 0.030 0.055 44 K 0.150 0.134 0.042 0.024 0.308 0.060 0.069 0.068 0.031 0.051 0.064 45 T 0.199 0.203 0.031 0.005 0.490 0.005 0.012 0.009 0.006 0.011 0.028 46 Y 0.210 0.156 0.021 0.005 0.541 0.006 0.006 0.005 0.003 0.008 0.038 47 V 0.259 0.148 0.018 0.004 0.525 0.003 0.003 0.003 0.002 0.004 0.031 48 I 0.357 0.142 0.035 0.016 0.306 0.019 0.010 0.010 0.006 0.011 0.087 49 E 0.149 0.133 0.052 0.068 0.245 0.119 0.078 0.044 0.036 0.026 0.050 50 D 0.139 0.145 0.086 0.064 0.157 0.044 0.047 0.042 0.080 0.128 0.067 51 E 0.104 0.237 0.072 0.012 0.385 0.011 0.018 0.033 0.036 0.052 0.040 52 I 0.247 0.148 0.011 0.002 0.502 0.002 0.008 0.016 0.012 0.015 0.037 53 V 0.161 0.195 0.079 0.026 0.292 0.039 0.031 0.022 0.026 0.040 0.090 54 E 0.077 0.198 0.421 0.035 0.193 0.029 0.015 0.011 0.006 0.005 0.009 55 P 0.034 0.166 0.046 0.045 0.038 0.042 0.153 0.154 0.250 0.051 0.020 56 G 0.033 0.080 0.120 0.094 0.049 0.035 0.043 0.055 0.079 0.347 0.066 57 E 0.074 0.264 0.074 0.013 0.211 0.009 0.031 0.085 0.067 0.097 0.075 58 Y 0.133 0.215 0.059 0.015 0.243 0.025 0.031 0.022 0.032 0.128 0.097 59 D 0.077 0.336 0.284 0.030 0.201 0.011 0.006 0.009 0.005 0.016 0.024 60 P 0.055 0.134 0.070 0.043 0.080 0.029 0.035 0.237 0.267 0.027 0.023 61 P 0.020 0.079 0.051 0.033 0.051 0.078 0.167 0.266 0.187 0.058 0.011 62 E 0.107 0.057 0.020 0.009 0.082 0.006 0.020 0.074 0.066 0.365 0.194 63 M 0.156 0.298 0.083 0.005 0.335 0.008 0.008 0.022 0.018 0.032 0.035 64 K 0.123 0.343 0.041 0.007 0.351 0.018 0.024 0.033 0.013 0.016 0.030 65 Y 0.438 0.033 0.006 0.016 0.151 0.010 0.008 0.026 0.027 0.043 0.242 66 T 0.026 0.208 0.181 0.084 0.135 0.174 0.086 0.055 0.025 0.017 0.009 67 N 0.265 0.133 0.056 0.014 0.321 0.006 0.014 0.026 0.015 0.071 0.078 68 V 0.443 0.118 0.015 0.005 0.285 0.005 0.004 0.017 0.018 0.019 0.072 69 K 0.044 0.169 0.041 0.023 0.269 0.173 0.181 0.054 0.021 0.013 0.012 70 K 0.546 0.022 0.003 0.002 0.390 0.002 0.004 0.004 0.004 0.004 0.020 71 V 0.116 0.178 0.035 0.006 0.626 0.010 0.004 0.006 0.004 0.005 0.010 72 K 0.293 0.089 0.009 0.001 0.569 0.002 0.006 0.003 0.001 0.002 0.023 73 I 0.621 0.048 0.004 0.002 0.197 0.002 0.002 0.005 0.005 0.007 0.109 74 K 0.045 0.169 0.026 0.027 0.264 0.187 0.208 0.032 0.012 0.014 0.016 75 K 0.329 0.037 0.004 0.001 0.617 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 76 V 0.276 0.072 0.005 0.003 0.607 0.004 0.002 0.003 0.002 0.003 0.024 77 Y 0.303 0.123 0.012 0.005 0.457 0.010 0.012 0.005 0.003 0.008 0.063 78 F 0.332 0.094 0.013 0.006 0.427 0.004 0.003 0.010 0.009 0.015 0.088 79 E 0.108 0.188 0.060 0.023 0.357 0.043 0.055 0.075 0.033 0.032 0.026 80 T 0.302 0.105 0.039 0.011 0.220 0.010 0.045 0.105 0.066 0.045 0.052 81 L 0.107 0.061 0.033 0.133 0.103 0.136 0.056 0.103 0.103 0.092 0.073 82 D 0.009 0.124 0.074 0.420 0.018 0.164 0.126 0.035 0.018 0.009 0.003 83 N 0.026 0.004 0.007 0.018 0.015 0.005 0.006 0.011 0.016 0.677 0.215 84 V 0.046 0.577 0.090 0.003 0.242 0.003 0.006 0.009 0.008 0.006 0.010 85 R 0.157 0.238 0.033 0.003 0.493 0.012 0.015 0.008 0.005 0.007 0.028 86 V 0.279 0.169 0.018 0.007 0.448 0.005 0.008 0.010 0.006 0.008 0.041 87 V 0.315 0.112 0.019 0.009 0.347 0.014 0.010 0.030 0.011 0.019 0.115 88 T 0.076 0.258 0.163 0.039 0.197 0.062 0.039 0.083 0.024 0.025 0.035 89 D 0.140 0.316 0.094 0.016 0.215 0.008 0.012 0.061 0.026 0.074 0.039 90 Y 0.022 0.026 0.008 0.006 0.040 0.008 0.009 0.493 0.296 0.080 0.013 91 S 0.006 0.017 0.010 0.003 0.014 0.005 0.014 0.816 0.108 0.006 0.002 92 E 0.002 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.909 0.054 0.016 0.002 93 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.939 0.045 0.007 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.061 0.001 0.001 95 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.029 0.001 0.001 96 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.965 0.023 0.001 0.001 97 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.876 0.091 0.008 0.001 98 K 0.004 0.017 0.005 0.001 0.008 0.002 0.023 0.826 0.103 0.008 0.003 99 K 0.012 0.024 0.019 0.003 0.017 0.012 0.160 0.597 0.102 0.036 0.016 100 R 0.013 0.454 0.135 0.021 0.046 0.034 0.158 0.078 0.026 0.025 0.009 101 G 0.036 0.006 0.006 0.018 0.011 0.009 0.007 0.027 0.020 0.479 0.381 102 T 0.048 0.388 0.135 0.014 0.200 0.008 0.013 0.083 0.040 0.045 0.024 103 K 0.170 0.192 0.045 0.010 0.272 0.019 0.027 0.107 0.039 0.046 0.071 104 L 0.186 0.146 0.044 0.019 0.271 0.018 0.022 0.131 0.076 0.036 0.052 105 E 0.071 0.119 0.058 0.027 0.164 0.057 0.078 0.270 0.083 0.043 0.030 106 H 0.124 0.117 0.058 0.018 0.181 0.018 0.036 0.195 0.097 0.105 0.051 107 H 0.099 0.143 0.065 0.025 0.176 0.028 0.042 0.170 0.099 0.106 0.048 108 H 0.085 0.146 0.073 0.027 0.163 0.032 0.055 0.174 0.095 0.106 0.045 109 H 0.093 0.155 0.069 0.026 0.166 0.027 0.055 0.160 0.093 0.108 0.048 110 H 0.088 0.152 0.081 0.033 0.154 0.031 0.049 0.136 0.084 0.137 0.055 111 H 0.100 0.216 0.113 0.026 0.208 0.021 0.032 0.111 0.063 0.069 0.041