# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.241 0.123 0.124 0.132 0.122 0.101 0.064 0.040 0.024 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 2 N 0.248 0.146 0.140 0.140 0.132 0.086 0.048 0.025 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 3 S 0.222 0.139 0.130 0.150 0.134 0.094 0.055 0.033 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 4 E 0.347 0.200 0.137 0.116 0.085 0.049 0.030 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 5 V 0.121 0.084 0.101 0.133 0.157 0.149 0.107 0.078 0.040 0.016 0.010 0.003 0.001 0.001 6 I 0.048 0.042 0.074 0.133 0.192 0.209 0.146 0.070 0.049 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 7 K 0.350 0.220 0.171 0.105 0.078 0.037 0.020 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 8 E 0.360 0.241 0.162 0.109 0.065 0.030 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 F 0.082 0.074 0.091 0.164 0.176 0.187 0.112 0.063 0.036 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 10 L 0.063 0.076 0.106 0.204 0.245 0.138 0.078 0.036 0.039 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 11 E 0.558 0.267 0.101 0.047 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 D 0.487 0.285 0.143 0.043 0.023 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.066 0.054 0.096 0.181 0.247 0.168 0.099 0.054 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 14 G 0.358 0.231 0.155 0.100 0.073 0.043 0.023 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.439 0.213 0.144 0.085 0.063 0.027 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 D 0.195 0.189 0.177 0.171 0.120 0.071 0.043 0.015 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 17 Y 0.074 0.058 0.091 0.104 0.210 0.188 0.122 0.064 0.052 0.019 0.011 0.004 0.001 0.001 18 I 0.082 0.051 0.055 0.121 0.152 0.160 0.131 0.093 0.059 0.047 0.029 0.012 0.006 0.002 19 E 0.245 0.172 0.168 0.140 0.102 0.060 0.046 0.028 0.020 0.007 0.007 0.003 0.001 0.001 20 L 0.052 0.029 0.046 0.079 0.120 0.151 0.120 0.120 0.113 0.090 0.046 0.021 0.009 0.003 21 E 0.100 0.098 0.115 0.159 0.175 0.124 0.084 0.063 0.044 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 22 N 0.294 0.154 0.123 0.128 0.102 0.068 0.049 0.032 0.019 0.015 0.011 0.004 0.001 0.001 23 E 0.138 0.130 0.149 0.165 0.180 0.096 0.060 0.032 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 24 I 0.060 0.040 0.062 0.119 0.150 0.174 0.135 0.114 0.067 0.044 0.020 0.008 0.005 0.002 25 H 0.158 0.119 0.129 0.146 0.155 0.104 0.081 0.055 0.033 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 26 L 0.110 0.047 0.058 0.104 0.127 0.159 0.107 0.097 0.067 0.066 0.034 0.015 0.008 0.002 27 K 0.269 0.179 0.137 0.142 0.120 0.064 0.039 0.019 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 28 P 0.157 0.103 0.114 0.149 0.142 0.115 0.081 0.050 0.035 0.026 0.017 0.006 0.003 0.001 29 E 0.214 0.141 0.129 0.122 0.122 0.101 0.076 0.041 0.030 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 30 V 0.053 0.035 0.054 0.088 0.141 0.167 0.130 0.113 0.081 0.064 0.043 0.017 0.010 0.004 31 F 0.053 0.033 0.044 0.088 0.142 0.151 0.151 0.101 0.097 0.062 0.037 0.027 0.009 0.005 32 Y 0.101 0.062 0.066 0.102 0.100 0.112 0.110 0.100 0.093 0.063 0.049 0.025 0.011 0.005 33 E 0.091 0.076 0.087 0.115 0.114 0.118 0.114 0.113 0.076 0.041 0.030 0.016 0.007 0.003 34 V 0.035 0.022 0.029 0.050 0.085 0.115 0.136 0.175 0.155 0.097 0.059 0.026 0.011 0.005 35 W 0.053 0.056 0.086 0.125 0.149 0.153 0.136 0.084 0.067 0.045 0.026 0.014 0.005 0.002 36 K 0.223 0.166 0.165 0.124 0.113 0.071 0.052 0.035 0.024 0.012 0.009 0.004 0.001 0.001 37 Y 0.074 0.056 0.076 0.122 0.159 0.162 0.142 0.107 0.050 0.028 0.014 0.006 0.003 0.001 38 V 0.064 0.057 0.080 0.131 0.181 0.164 0.142 0.085 0.054 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 39 G 0.223 0.139 0.139 0.156 0.132 0.089 0.058 0.031 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 40 E 0.305 0.164 0.165 0.135 0.109 0.057 0.029 0.014 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 41 P 0.326 0.141 0.127 0.129 0.104 0.077 0.043 0.024 0.015 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 42 E 0.256 0.196 0.148 0.141 0.121 0.063 0.033 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 43 L 0.079 0.052 0.067 0.113 0.152 0.166 0.140 0.108 0.057 0.036 0.018 0.007 0.004 0.001 44 K 0.107 0.100 0.123 0.155 0.155 0.123 0.102 0.055 0.036 0.021 0.014 0.006 0.002 0.002 45 T 0.056 0.047 0.070 0.095 0.143 0.133 0.126 0.094 0.088 0.063 0.047 0.023 0.010 0.007 46 Y 0.038 0.021 0.032 0.056 0.079 0.107 0.117 0.128 0.130 0.112 0.082 0.054 0.032 0.014 47 V 0.024 0.018 0.025 0.055 0.078 0.094 0.120 0.144 0.148 0.110 0.079 0.058 0.031 0.015 48 I 0.013 0.009 0.013 0.027 0.041 0.077 0.093 0.146 0.161 0.164 0.124 0.078 0.041 0.012 49 E 0.037 0.047 0.062 0.101 0.136 0.129 0.121 0.101 0.099 0.067 0.054 0.027 0.012 0.008 50 D 0.047 0.057 0.078 0.112 0.126 0.124 0.123 0.082 0.084 0.068 0.059 0.023 0.009 0.007 51 E 0.041 0.054 0.081 0.113 0.160 0.150 0.120 0.103 0.087 0.048 0.025 0.010 0.004 0.003 52 I 0.019 0.022 0.031 0.059 0.095 0.117 0.138 0.198 0.132 0.095 0.052 0.025 0.013 0.005 53 V 0.034 0.036 0.055 0.086 0.115 0.146 0.150 0.152 0.099 0.064 0.031 0.020 0.009 0.003 54 E 0.096 0.084 0.093 0.132 0.151 0.116 0.095 0.086 0.063 0.039 0.026 0.012 0.005 0.003 55 P 0.074 0.066 0.083 0.121 0.145 0.131 0.111 0.083 0.086 0.051 0.028 0.013 0.005 0.002 56 G 0.164 0.118 0.114 0.148 0.132 0.119 0.080 0.051 0.034 0.019 0.013 0.004 0.002 0.001 57 E 0.284 0.194 0.164 0.132 0.097 0.054 0.034 0.016 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 58 Y 0.121 0.073 0.103 0.137 0.168 0.167 0.104 0.058 0.036 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 59 D 0.399 0.202 0.139 0.102 0.078 0.038 0.021 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 60 P 0.341 0.159 0.160 0.120 0.102 0.051 0.030 0.018 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 61 P 0.384 0.135 0.102 0.113 0.106 0.071 0.038 0.022 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 62 E 0.317 0.190 0.151 0.131 0.097 0.047 0.031 0.016 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 63 M 0.151 0.072 0.085 0.122 0.136 0.166 0.115 0.070 0.037 0.026 0.012 0.004 0.002 0.001 64 K 0.223 0.155 0.135 0.152 0.146 0.082 0.048 0.027 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 65 Y 0.093 0.058 0.081 0.121 0.154 0.143 0.122 0.096 0.060 0.043 0.018 0.008 0.003 0.001 66 T 0.192 0.103 0.110 0.135 0.135 0.118 0.077 0.060 0.035 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 67 N 0.231 0.139 0.146 0.153 0.132 0.074 0.048 0.028 0.023 0.012 0.008 0.004 0.001 0.001 68 V 0.123 0.070 0.076 0.124 0.150 0.150 0.107 0.072 0.059 0.043 0.017 0.007 0.003 0.001 69 K 0.306 0.164 0.137 0.139 0.099 0.065 0.044 0.021 0.012 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 70 K 0.199 0.126 0.150 0.150 0.148 0.088 0.061 0.033 0.026 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 71 V 0.083 0.035 0.053 0.088 0.136 0.170 0.129 0.134 0.075 0.057 0.021 0.011 0.008 0.002 72 K 0.146 0.142 0.149 0.183 0.153 0.080 0.062 0.042 0.021 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 73 I 0.061 0.036 0.045 0.093 0.137 0.170 0.132 0.101 0.082 0.081 0.037 0.018 0.006 0.002 74 K 0.100 0.083 0.099 0.145 0.149 0.137 0.112 0.060 0.052 0.027 0.019 0.010 0.004 0.003 75 K 0.047 0.044 0.073 0.104 0.155 0.133 0.130 0.112 0.080 0.061 0.032 0.017 0.007 0.006 76 V 0.035 0.015 0.021 0.033 0.060 0.102 0.095 0.161 0.149 0.128 0.092 0.056 0.042 0.010 77 Y 0.033 0.029 0.042 0.110 0.133 0.124 0.136 0.092 0.099 0.076 0.053 0.041 0.017 0.015 78 F 0.029 0.019 0.023 0.048 0.068 0.100 0.119 0.129 0.172 0.124 0.101 0.046 0.016 0.007 79 E 0.114 0.117 0.117 0.153 0.123 0.110 0.084 0.071 0.047 0.021 0.027 0.008 0.005 0.002 80 T 0.152 0.147 0.125 0.142 0.123 0.105 0.082 0.045 0.040 0.017 0.014 0.004 0.001 0.001 81 L 0.042 0.038 0.067 0.114 0.196 0.186 0.123 0.095 0.079 0.039 0.013 0.005 0.002 0.001 82 D 0.276 0.211 0.186 0.135 0.082 0.046 0.032 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 83 N 0.287 0.188 0.164 0.114 0.110 0.062 0.031 0.018 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 84 V 0.133 0.115 0.115 0.168 0.183 0.110 0.073 0.046 0.028 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 85 R 0.250 0.148 0.132 0.122 0.111 0.087 0.062 0.040 0.025 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 86 V 0.066 0.040 0.056 0.102 0.165 0.178 0.120 0.103 0.074 0.046 0.025 0.014 0.007 0.003 87 V 0.093 0.052 0.062 0.106 0.142 0.149 0.127 0.099 0.077 0.043 0.025 0.016 0.006 0.002 88 T 0.185 0.123 0.122 0.154 0.130 0.097 0.070 0.049 0.032 0.018 0.013 0.005 0.002 0.001 89 D 0.216 0.151 0.133 0.152 0.126 0.095 0.056 0.023 0.026 0.009 0.009 0.003 0.001 0.001 90 Y 0.127 0.103 0.127 0.159 0.157 0.137 0.084 0.040 0.039 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 91 S 0.484 0.223 0.126 0.074 0.043 0.024 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.385 0.259 0.176 0.084 0.053 0.023 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 F 0.078 0.065 0.084 0.150 0.203 0.185 0.115 0.058 0.043 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 94 Q 0.301 0.247 0.192 0.121 0.075 0.033 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 K 0.619 0.242 0.090 0.029 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 I 0.114 0.089 0.112 0.168 0.207 0.155 0.085 0.043 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 97 L 0.059 0.062 0.117 0.198 0.248 0.136 0.098 0.046 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 98 K 0.677 0.203 0.067 0.031 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 K 0.576 0.229 0.109 0.047 0.023 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 R 0.384 0.189 0.162 0.113 0.085 0.039 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 G 0.484 0.199 0.163 0.067 0.052 0.021 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 T 0.450 0.118 0.100 0.116 0.104 0.059 0.028 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 103 K 0.398 0.200 0.136 0.115 0.085 0.032 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.152 0.073 0.088 0.147 0.167 0.149 0.095 0.071 0.028 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 105 E 0.380 0.185 0.135 0.116 0.086 0.045 0.026 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 106 H 0.312 0.119 0.130 0.135 0.118 0.079 0.044 0.028 0.017 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 107 H 0.306 0.130 0.119 0.137 0.126 0.082 0.045 0.026 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 108 H 0.320 0.136 0.132 0.137 0.113 0.069 0.039 0.026 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 109 H 0.354 0.142 0.119 0.126 0.104 0.068 0.039 0.022 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 110 H 0.320 0.149 0.138 0.129 0.109 0.070 0.039 0.021 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 111 H 0.320 0.148 0.135 0.121 0.104 0.072 0.045 0.027 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001