# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.021 0.564 0.004 0.019 0.157 0.001 0.001 0.010 0.140 0.046 0.015 0.022 2 N 0.001 0.006 0.452 0.004 0.029 0.368 0.001 0.001 0.007 0.067 0.034 0.006 0.027 3 S 0.001 0.001 0.020 0.001 0.015 0.931 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 0.001 0.002 4 E 0.001 0.002 0.009 0.001 0.031 0.934 0.001 0.001 0.002 0.007 0.006 0.002 0.004 5 V 0.002 0.002 0.011 0.001 0.013 0.932 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.003 0.021 6 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 7 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 9 F 0.002 0.001 0.003 0.001 0.018 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.014 0.906 0.001 0.001 0.001 0.003 0.066 0.001 0.002 11 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.039 0.871 0.001 0.001 0.001 0.006 0.074 0.001 0.001 12 D 0.001 0.004 0.032 0.001 0.050 0.770 0.001 0.001 0.001 0.030 0.106 0.001 0.005 13 I 0.001 0.010 0.145 0.002 0.044 0.490 0.001 0.001 0.003 0.081 0.210 0.004 0.009 14 G 0.001 0.005 0.299 0.002 0.026 0.232 0.001 0.001 0.006 0.159 0.259 0.007 0.004 15 E 0.001 0.006 0.242 0.007 0.087 0.319 0.001 0.001 0.013 0.092 0.221 0.002 0.011 16 D 0.003 0.008 0.270 0.019 0.056 0.243 0.001 0.002 0.034 0.152 0.170 0.017 0.024 17 Y 0.013 0.011 0.193 0.025 0.065 0.361 0.012 0.006 0.051 0.052 0.091 0.016 0.104 18 I 0.082 0.018 0.065 0.010 0.025 0.236 0.060 0.088 0.174 0.036 0.024 0.122 0.060 19 E 0.174 0.026 0.043 0.006 0.010 0.066 0.071 0.149 0.107 0.010 0.008 0.087 0.244 20 L 0.113 0.017 0.133 0.051 0.017 0.100 0.038 0.056 0.079 0.030 0.037 0.191 0.138 21 E 0.036 0.005 0.121 0.130 0.041 0.070 0.009 0.008 0.036 0.064 0.348 0.043 0.090 22 N 0.021 0.004 0.107 0.052 0.045 0.051 0.002 0.002 0.028 0.170 0.459 0.033 0.024 23 E 0.056 0.015 0.305 0.015 0.057 0.052 0.008 0.003 0.022 0.164 0.106 0.088 0.109 24 I 0.118 0.031 0.198 0.014 0.029 0.037 0.027 0.007 0.037 0.064 0.057 0.099 0.282 25 H 0.093 0.024 0.213 0.014 0.017 0.038 0.023 0.005 0.024 0.050 0.059 0.307 0.132 26 L 0.100 0.037 0.297 0.022 0.010 0.035 0.011 0.005 0.027 0.122 0.031 0.063 0.240 27 K 0.014 0.003 0.689 0.015 0.003 0.016 0.001 0.001 0.007 0.092 0.010 0.107 0.044 28 P 0.011 0.005 0.190 0.030 0.060 0.225 0.001 0.001 0.007 0.087 0.221 0.009 0.155 29 E 0.046 0.006 0.105 0.053 0.084 0.326 0.002 0.001 0.010 0.069 0.111 0.144 0.042 30 V 0.152 0.007 0.053 0.012 0.036 0.287 0.012 0.002 0.016 0.017 0.024 0.052 0.329 31 F 0.288 0.012 0.029 0.022 0.013 0.206 0.031 0.006 0.015 0.005 0.015 0.077 0.282 32 Y 0.266 0.006 0.010 0.013 0.005 0.159 0.026 0.003 0.006 0.004 0.005 0.419 0.077 33 E 0.572 0.002 0.005 0.014 0.003 0.175 0.016 0.004 0.007 0.004 0.008 0.046 0.142 34 V 0.552 0.003 0.011 0.054 0.005 0.162 0.010 0.003 0.006 0.005 0.020 0.096 0.072 35 W 0.331 0.006 0.048 0.056 0.014 0.157 0.009 0.002 0.008 0.015 0.047 0.069 0.240 36 K 0.115 0.006 0.084 0.023 0.034 0.294 0.007 0.001 0.008 0.030 0.084 0.227 0.088 37 Y 0.082 0.013 0.071 0.016 0.064 0.239 0.009 0.002 0.011 0.040 0.201 0.045 0.208 38 V 0.019 0.010 0.135 0.026 0.031 0.111 0.002 0.001 0.005 0.095 0.420 0.089 0.055 39 G 0.008 0.013 0.230 0.006 0.012 0.045 0.001 0.001 0.004 0.365 0.256 0.028 0.033 40 E 0.003 0.009 0.622 0.002 0.011 0.015 0.001 0.001 0.003 0.219 0.028 0.042 0.046 41 P 0.004 0.017 0.321 0.021 0.062 0.073 0.001 0.001 0.008 0.101 0.266 0.015 0.110 42 E 0.014 0.012 0.240 0.038 0.117 0.054 0.002 0.001 0.011 0.085 0.254 0.120 0.052 43 L 0.036 0.011 0.328 0.045 0.060 0.029 0.005 0.002 0.039 0.077 0.063 0.022 0.283 44 K 0.056 0.006 0.212 0.063 0.017 0.020 0.018 0.003 0.051 0.068 0.048 0.357 0.080 45 T 0.146 0.008 0.084 0.050 0.009 0.014 0.090 0.024 0.075 0.028 0.025 0.043 0.403 46 Y 0.335 0.004 0.027 0.024 0.002 0.006 0.128 0.073 0.073 0.010 0.005 0.269 0.043 47 V 0.450 0.004 0.014 0.004 0.001 0.001 0.090 0.124 0.072 0.003 0.001 0.030 0.206 48 I 0.233 0.004 0.057 0.036 0.002 0.003 0.088 0.095 0.124 0.008 0.004 0.270 0.077 49 E 0.109 0.007 0.149 0.095 0.010 0.006 0.045 0.053 0.214 0.040 0.035 0.070 0.166 50 D 0.045 0.007 0.344 0.069 0.033 0.007 0.011 0.009 0.069 0.150 0.095 0.065 0.096 51 E 0.041 0.014 0.312 0.033 0.039 0.013 0.015 0.006 0.058 0.167 0.106 0.106 0.089 52 I 0.071 0.047 0.249 0.009 0.038 0.019 0.030 0.010 0.049 0.090 0.070 0.114 0.202 53 V 0.111 0.060 0.360 0.018 0.014 0.011 0.012 0.013 0.047 0.094 0.031 0.098 0.130 54 E 0.016 0.012 0.533 0.013 0.008 0.007 0.002 0.002 0.018 0.139 0.022 0.186 0.043 55 P 0.004 0.011 0.233 0.015 0.054 0.027 0.002 0.001 0.011 0.120 0.428 0.005 0.089 56 G 0.005 0.013 0.270 0.019 0.092 0.014 0.002 0.001 0.009 0.233 0.255 0.071 0.015 57 E 0.012 0.022 0.417 0.003 0.070 0.017 0.003 0.001 0.029 0.152 0.077 0.057 0.139 58 Y 0.008 0.099 0.385 0.004 0.023 0.018 0.005 0.002 0.025 0.109 0.074 0.038 0.209 59 D 0.003 0.052 0.598 0.006 0.006 0.010 0.001 0.001 0.012 0.170 0.014 0.103 0.025 60 P 0.001 0.004 0.775 0.002 0.031 0.010 0.001 0.001 0.002 0.098 0.017 0.008 0.050 61 P 0.001 0.003 0.048 0.009 0.263 0.101 0.001 0.001 0.001 0.040 0.526 0.004 0.005 62 E 0.005 0.014 0.086 0.008 0.261 0.083 0.001 0.001 0.003 0.069 0.443 0.010 0.017 63 M 0.019 0.028 0.500 0.005 0.093 0.055 0.001 0.001 0.007 0.100 0.036 0.034 0.121 64 K 0.019 0.032 0.375 0.007 0.019 0.065 0.003 0.001 0.022 0.094 0.053 0.215 0.094 65 Y 0.031 0.029 0.203 0.009 0.041 0.078 0.004 0.001 0.009 0.051 0.141 0.028 0.376 66 T 0.047 0.015 0.214 0.085 0.031 0.082 0.002 0.001 0.008 0.140 0.148 0.182 0.044 67 N 0.045 0.015 0.174 0.009 0.050 0.078 0.002 0.001 0.016 0.147 0.157 0.086 0.220 68 V 0.035 0.009 0.268 0.034 0.037 0.068 0.004 0.001 0.020 0.039 0.089 0.033 0.364 69 K 0.047 0.007 0.103 0.078 0.025 0.060 0.006 0.001 0.017 0.039 0.046 0.524 0.049 70 K 0.139 0.005 0.039 0.013 0.011 0.028 0.013 0.001 0.014 0.013 0.026 0.036 0.660 71 V 0.219 0.009 0.103 0.037 0.004 0.014 0.024 0.005 0.032 0.014 0.005 0.305 0.229 72 K 0.212 0.003 0.054 0.018 0.002 0.006 0.027 0.005 0.045 0.009 0.002 0.430 0.187 73 I 0.189 0.003 0.048 0.051 0.006 0.005 0.024 0.008 0.049 0.007 0.009 0.047 0.555 74 K 0.096 0.001 0.053 0.476 0.004 0.005 0.018 0.004 0.026 0.017 0.018 0.247 0.036 75 K 0.437 0.002 0.030 0.026 0.005 0.004 0.036 0.023 0.083 0.016 0.010 0.054 0.275 76 V 0.598 0.001 0.017 0.006 0.001 0.002 0.064 0.041 0.092 0.003 0.002 0.087 0.086 77 Y 0.569 0.003 0.011 0.011 0.001 0.002 0.127 0.044 0.048 0.002 0.002 0.106 0.074 78 F 0.460 0.005 0.024 0.034 0.002 0.004 0.119 0.019 0.028 0.006 0.004 0.106 0.190 79 E 0.387 0.005 0.051 0.037 0.003 0.008 0.028 0.011 0.064 0.017 0.009 0.225 0.156 80 T 0.158 0.015 0.131 0.023 0.009 0.012 0.015 0.006 0.046 0.038 0.028 0.091 0.429 81 L 0.063 0.013 0.276 0.052 0.020 0.010 0.005 0.002 0.019 0.093 0.126 0.130 0.192 82 D 0.012 0.003 0.139 0.059 0.019 0.007 0.001 0.001 0.010 0.178 0.448 0.089 0.034 83 N 0.005 0.004 0.084 0.018 0.015 0.003 0.001 0.001 0.005 0.206 0.625 0.007 0.028 84 V 0.026 0.013 0.464 0.028 0.012 0.005 0.010 0.002 0.029 0.186 0.038 0.113 0.074 85 R 0.144 0.019 0.149 0.011 0.006 0.007 0.082 0.034 0.167 0.038 0.007 0.146 0.190 86 V 0.154 0.017 0.049 0.012 0.003 0.006 0.233 0.090 0.102 0.009 0.007 0.094 0.223 87 V 0.152 0.010 0.135 0.042 0.004 0.011 0.079 0.097 0.190 0.024 0.010 0.168 0.078 88 T 0.054 0.013 0.351 0.012 0.008 0.024 0.025 0.027 0.123 0.111 0.039 0.079 0.135 89 D 0.005 0.009 0.601 0.004 0.013 0.058 0.002 0.002 0.034 0.157 0.050 0.015 0.050 90 Y 0.001 0.005 0.214 0.005 0.035 0.526 0.001 0.001 0.005 0.121 0.078 0.004 0.006 91 S 0.001 0.002 0.076 0.001 0.048 0.746 0.001 0.001 0.001 0.072 0.049 0.002 0.003 92 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.024 0.940 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 93 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 96 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 98 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 99 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.017 0.912 0.001 0.001 0.001 0.006 0.051 0.001 0.004 100 R 0.001 0.001 0.036 0.002 0.010 0.495 0.001 0.001 0.001 0.035 0.412 0.004 0.003 101 G 0.001 0.004 0.187 0.002 0.014 0.137 0.001 0.001 0.003 0.102 0.540 0.005 0.006 102 T 0.002 0.011 0.605 0.003 0.016 0.096 0.001 0.001 0.010 0.134 0.074 0.023 0.024 103 K 0.008 0.034 0.453 0.006 0.027 0.106 0.004 0.003 0.051 0.080 0.068 0.040 0.122 104 L 0.012 0.040 0.307 0.020 0.087 0.176 0.010 0.007 0.046 0.060 0.074 0.061 0.101 105 E 0.015 0.019 0.294 0.025 0.099 0.168 0.009 0.007 0.045 0.087 0.088 0.079 0.065 106 H 0.014 0.023 0.240 0.015 0.145 0.153 0.006 0.006 0.042 0.101 0.128 0.033 0.096 107 H 0.007 0.021 0.320 0.015 0.112 0.115 0.003 0.003 0.027 0.122 0.180 0.038 0.038 108 H 0.007 0.024 0.319 0.010 0.100 0.086 0.002 0.002 0.020 0.157 0.202 0.030 0.041 109 H 0.005 0.029 0.366 0.007 0.062 0.059 0.001 0.001 0.015 0.193 0.199 0.027 0.036 110 H 0.004 0.033 0.487 0.005 0.027 0.037 0.001 0.001 0.011 0.226 0.119 0.020 0.030 111 H 0.002 0.013 0.697 0.003 0.017 0.020 0.001 0.001 0.006 0.165 0.037 0.017 0.022