# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.058 0.194 0.137 0.005 0.071 0.016 0.024 0.006 0.007 0.042 0.092 0.227 0.004 0.024 0.031 2 N 0.014 0.015 0.032 0.014 0.001 0.464 0.004 0.004 0.005 0.008 0.088 0.063 0.272 0.001 0.002 0.012 3 S 0.006 0.007 0.003 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.694 0.064 0.197 0.001 0.001 0.001 4 E 0.001 0.006 0.007 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.752 0.186 0.001 0.001 0.001 5 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.047 0.933 0.001 0.001 0.001 6 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 7 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 9 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.001 0.001 11 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.006 0.020 0.006 12 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.749 0.003 0.050 13 I 0.012 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.072 0.002 0.867 0.005 14 G 0.003 0.004 0.020 0.002 0.001 0.025 0.009 0.001 0.030 0.031 0.003 0.005 0.155 0.010 0.003 0.700 15 E 0.398 0.017 0.008 0.016 0.002 0.015 0.010 0.004 0.001 0.001 0.176 0.015 0.294 0.025 0.012 0.007 16 D 0.003 0.444 0.108 0.040 0.001 0.026 0.003 0.009 0.008 0.002 0.007 0.188 0.107 0.003 0.020 0.031 17 Y 0.028 0.021 0.334 0.258 0.002 0.015 0.028 0.001 0.013 0.001 0.019 0.011 0.146 0.010 0.004 0.110 18 I 0.030 0.013 0.713 0.162 0.001 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.049 0.001 0.006 0.004 19 E 0.002 0.012 0.182 0.452 0.092 0.118 0.027 0.002 0.002 0.002 0.005 0.003 0.066 0.006 0.001 0.027 20 L 0.003 0.009 0.008 0.101 0.649 0.073 0.045 0.022 0.001 0.001 0.023 0.003 0.017 0.044 0.001 0.001 21 E 0.001 0.085 0.008 0.079 0.011 0.040 0.004 0.633 0.008 0.007 0.024 0.015 0.010 0.003 0.071 0.002 22 N 0.011 0.048 0.014 0.084 0.003 0.026 0.003 0.011 0.559 0.078 0.038 0.026 0.021 0.001 0.006 0.071 23 E 0.628 0.043 0.161 0.070 0.005 0.008 0.005 0.003 0.011 0.002 0.012 0.020 0.014 0.002 0.003 0.014 24 I 0.057 0.020 0.690 0.167 0.002 0.028 0.003 0.004 0.001 0.002 0.004 0.006 0.007 0.001 0.003 0.007 25 H 0.007 0.050 0.305 0.497 0.014 0.091 0.006 0.002 0.003 0.002 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.008 26 L 0.007 0.054 0.023 0.876 0.003 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 27 K 0.006 0.028 0.077 0.569 0.017 0.249 0.002 0.005 0.006 0.006 0.008 0.015 0.009 0.001 0.001 0.003 28 P 0.012 0.014 0.034 0.255 0.006 0.387 0.001 0.011 0.001 0.001 0.229 0.017 0.030 0.001 0.001 0.001 29 E 0.001 0.350 0.018 0.308 0.001 0.041 0.001 0.003 0.003 0.001 0.041 0.207 0.021 0.001 0.001 0.002 30 V 0.014 0.022 0.044 0.462 0.001 0.095 0.003 0.001 0.002 0.001 0.044 0.095 0.208 0.001 0.002 0.006 31 F 0.004 0.024 0.197 0.170 0.001 0.092 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.060 0.418 0.001 0.001 0.005 32 Y 0.001 0.030 0.030 0.512 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.383 0.001 0.001 0.002 33 E 0.001 0.007 0.027 0.468 0.002 0.052 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.421 0.002 0.001 0.003 34 V 0.002 0.014 0.029 0.420 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.478 0.001 0.003 0.001 35 W 0.001 0.010 0.007 0.150 0.001 0.037 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.762 0.001 0.002 0.002 36 K 0.002 0.017 0.018 0.306 0.010 0.019 0.004 0.006 0.001 0.001 0.011 0.003 0.583 0.004 0.004 0.011 37 Y 0.003 0.008 0.010 0.045 0.112 0.030 0.085 0.002 0.002 0.002 0.009 0.007 0.080 0.589 0.002 0.016 38 V 0.005 0.030 0.073 0.042 0.001 0.007 0.004 0.128 0.001 0.001 0.006 0.005 0.057 0.002 0.632 0.007 39 G 0.005 0.049 0.061 0.102 0.003 0.019 0.009 0.002 0.093 0.111 0.010 0.006 0.054 0.002 0.004 0.471 40 E 0.673 0.015 0.039 0.049 0.003 0.106 0.004 0.002 0.001 0.001 0.022 0.010 0.067 0.001 0.002 0.005 41 P 0.011 0.044 0.116 0.105 0.006 0.175 0.004 0.009 0.002 0.002 0.338 0.068 0.112 0.003 0.003 0.003 42 E 0.004 0.348 0.028 0.214 0.002 0.031 0.005 0.002 0.004 0.001 0.026 0.277 0.041 0.003 0.004 0.010 43 L 0.009 0.017 0.092 0.266 0.002 0.106 0.019 0.004 0.004 0.001 0.015 0.039 0.398 0.002 0.015 0.012 44 K 0.006 0.193 0.305 0.259 0.003 0.020 0.007 0.003 0.005 0.001 0.008 0.008 0.141 0.005 0.001 0.035 45 T 0.024 0.017 0.055 0.849 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.023 0.001 0.001 0.004 46 Y 0.004 0.010 0.566 0.387 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.006 47 V 0.003 0.007 0.049 0.888 0.014 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 48 I 0.001 0.021 0.026 0.615 0.219 0.076 0.006 0.011 0.001 0.001 0.009 0.003 0.008 0.003 0.001 0.001 49 E 0.001 0.034 0.010 0.346 0.056 0.357 0.004 0.118 0.004 0.005 0.036 0.009 0.010 0.004 0.005 0.001 50 D 0.006 0.169 0.015 0.187 0.004 0.114 0.002 0.043 0.069 0.018 0.245 0.072 0.036 0.001 0.009 0.011 51 E 0.076 0.142 0.077 0.290 0.002 0.029 0.002 0.002 0.035 0.003 0.042 0.191 0.052 0.001 0.002 0.053 52 I 0.117 0.020 0.453 0.124 0.006 0.122 0.013 0.001 0.002 0.001 0.010 0.036 0.077 0.003 0.002 0.012 53 V 0.003 0.155 0.563 0.212 0.004 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.031 0.001 0.002 0.006 54 E 0.002 0.008 0.028 0.298 0.410 0.073 0.071 0.003 0.001 0.003 0.006 0.003 0.017 0.073 0.001 0.004 55 P 0.014 0.032 0.070 0.164 0.003 0.104 0.002 0.396 0.002 0.001 0.039 0.009 0.029 0.001 0.130 0.003 56 G 0.007 0.049 0.012 0.195 0.005 0.044 0.005 0.003 0.263 0.219 0.081 0.057 0.018 0.001 0.002 0.039 57 E 0.452 0.130 0.049 0.161 0.011 0.058 0.006 0.007 0.003 0.001 0.024 0.050 0.031 0.002 0.007 0.007 58 Y 0.006 0.123 0.400 0.343 0.002 0.040 0.002 0.010 0.005 0.002 0.010 0.014 0.016 0.001 0.004 0.022 59 D 0.029 0.105 0.092 0.131 0.005 0.529 0.006 0.003 0.008 0.006 0.012 0.025 0.037 0.001 0.002 0.011 60 P 0.012 0.015 0.017 0.030 0.010 0.246 0.004 0.003 0.001 0.001 0.594 0.012 0.051 0.003 0.001 0.002 61 P 0.006 0.073 0.018 0.046 0.003 0.028 0.002 0.021 0.001 0.001 0.331 0.422 0.031 0.005 0.010 0.002 62 E 0.003 0.125 0.082 0.108 0.002 0.006 0.018 0.001 0.019 0.001 0.013 0.400 0.117 0.006 0.026 0.073 63 M 0.036 0.005 0.333 0.115 0.003 0.008 0.038 0.003 0.001 0.001 0.005 0.008 0.359 0.002 0.035 0.047 64 K 0.009 0.025 0.457 0.129 0.006 0.098 0.008 0.008 0.002 0.002 0.008 0.006 0.158 0.003 0.004 0.077 65 Y 0.023 0.027 0.024 0.290 0.078 0.301 0.034 0.011 0.009 0.004 0.051 0.009 0.069 0.053 0.003 0.012 66 T 0.012 0.358 0.088 0.189 0.002 0.042 0.003 0.104 0.004 0.001 0.038 0.047 0.053 0.001 0.051 0.006 67 N 0.018 0.098 0.065 0.343 0.006 0.064 0.005 0.002 0.102 0.013 0.024 0.022 0.046 0.002 0.002 0.189 68 V 0.175 0.017 0.259 0.100 0.006 0.284 0.010 0.003 0.001 0.001 0.036 0.027 0.068 0.006 0.002 0.004 69 K 0.002 0.584 0.197 0.184 0.001 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.007 0.009 0.001 0.002 0.002 70 K 0.004 0.005 0.025 0.953 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 71 V 0.006 0.002 0.679 0.305 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.009 0.011 0.959 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.002 0.002 0.317 0.006 0.666 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.001 0.714 0.005 0.265 0.001 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.002 0.006 0.005 0.977 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 V 0.007 0.004 0.773 0.207 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 Y 0.001 0.010 0.021 0.931 0.004 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 F 0.001 0.015 0.003 0.863 0.022 0.086 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 79 E 0.001 0.069 0.008 0.840 0.012 0.031 0.001 0.016 0.002 0.001 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 80 T 0.005 0.031 0.014 0.323 0.229 0.279 0.013 0.007 0.017 0.006 0.026 0.028 0.013 0.003 0.001 0.004 81 L 0.008 0.045 0.043 0.078 0.369 0.084 0.071 0.093 0.002 0.003 0.115 0.020 0.023 0.036 0.008 0.003 82 D 0.006 0.090 0.012 0.050 0.005 0.057 0.005 0.475 0.025 0.033 0.042 0.044 0.023 0.003 0.123 0.007 83 N 0.034 0.096 0.054 0.080 0.003 0.012 0.009 0.005 0.339 0.021 0.084 0.029 0.026 0.008 0.005 0.196 84 V 0.595 0.016 0.257 0.070 0.001 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.021 0.008 0.001 0.009 0.006 85 R 0.012 0.014 0.783 0.125 0.001 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.020 86 V 0.015 0.031 0.065 0.797 0.005 0.052 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.013 0.001 0.001 0.005 87 V 0.003 0.076 0.082 0.547 0.028 0.219 0.005 0.006 0.001 0.002 0.006 0.009 0.013 0.001 0.001 0.002 88 T 0.005 0.119 0.059 0.409 0.008 0.280 0.002 0.022 0.002 0.003 0.049 0.018 0.021 0.001 0.001 0.003 89 D 0.002 0.008 0.003 0.012 0.002 0.785 0.001 0.002 0.001 0.002 0.096 0.061 0.024 0.001 0.001 0.001 90 Y 0.002 0.008 0.002 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.812 0.121 0.028 0.001 0.001 0.001 91 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.828 0.101 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.077 0.849 0.001 0.001 0.002 93 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.091 0.901 0.001 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 95 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 96 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.002 98 K 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.023 0.004 0.014 99 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.085 0.837 0.005 0.009 100 R 0.002 0.004 0.008 0.002 0.001 0.002 0.003 0.025 0.001 0.001 0.003 0.004 0.059 0.002 0.878 0.009 101 G 0.004 0.007 0.028 0.007 0.001 0.004 0.007 0.001 0.044 0.014 0.005 0.003 0.057 0.005 0.003 0.809 102 T 0.810 0.011 0.030 0.025 0.001 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.010 0.012 0.069 0.002 0.010 0.006 103 K 0.007 0.079 0.449 0.081 0.003 0.113 0.008 0.003 0.006 0.002 0.023 0.044 0.133 0.003 0.003 0.043 104 L 0.024 0.032 0.075 0.360 0.027 0.095 0.026 0.007 0.002 0.001 0.105 0.036 0.181 0.012 0.006 0.009 105 E 0.006 0.139 0.113 0.258 0.011 0.071 0.021 0.021 0.006 0.002 0.032 0.104 0.173 0.009 0.014 0.018 106 H 0.014 0.040 0.060 0.314 0.013 0.086 0.025 0.014 0.022 0.006 0.057 0.037 0.252 0.008 0.012 0.041 107 H 0.040 0.074 0.200 0.165 0.016 0.072 0.020 0.018 0.013 0.005 0.056 0.070 0.193 0.011 0.014 0.032 108 H 0.043 0.091 0.130 0.190 0.019 0.106 0.024 0.021 0.014 0.006 0.055 0.049 0.178 0.012 0.020 0.043 109 H 0.031 0.082 0.156 0.151 0.033 0.107 0.038 0.021 0.013 0.007 0.075 0.053 0.155 0.019 0.018 0.039 110 H 0.032 0.094 0.106 0.118 0.046 0.112 0.061 0.039 0.013 0.008 0.083 0.070 0.125 0.034 0.030 0.029 111 H 0.033 0.106 0.114 0.140 0.014 0.088 0.029 0.065 0.024 0.010 0.084 0.070 0.119 0.010 0.054 0.040