# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.433 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.028 0.069 0.407 2 N 0.022 0.849 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.015 0.087 3 S 0.016 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.007 0.033 4 E 0.013 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.007 0.027 5 V 0.010 0.899 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.046 0.005 0.029 6 I 0.014 0.957 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.013 7 K 0.037 0.869 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.005 0.052 8 E 0.017 0.836 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.046 0.015 0.074 9 F 0.051 0.738 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.102 0.015 0.065 10 L 0.140 0.231 0.091 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.327 0.029 0.174 11 E 0.249 0.058 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.058 0.615 12 D 0.056 0.064 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 0.092 0.737 13 I 0.055 0.048 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.056 0.192 0.618 14 G 0.178 0.148 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.050 0.095 0.506 15 E 0.094 0.085 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.022 0.102 0.668 16 D 0.028 0.143 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.275 0.067 0.085 0.392 17 Y 0.046 0.070 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.292 0.142 0.094 0.324 18 I 0.012 0.014 0.026 0.003 0.090 0.020 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.435 0.153 0.055 0.169 19 E 0.044 0.005 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.571 0.069 0.053 0.237 20 L 0.388 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.117 0.048 0.199 21 E 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.066 0.151 0.669 22 N 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.287 0.047 0.124 0.521 23 E 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.078 0.089 0.595 24 I 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.454 0.049 0.085 0.380 25 H 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.279 0.037 0.112 0.536 26 L 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.005 0.002 0.180 0.040 0.108 0.627 27 K 0.130 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.107 0.097 0.082 0.483 28 P 0.032 0.141 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.030 0.136 0.597 29 E 0.018 0.178 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 0.078 0.080 0.382 30 V 0.031 0.400 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.217 0.072 0.049 0.210 31 F 0.038 0.544 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.050 0.031 0.143 32 Y 0.037 0.594 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.152 0.036 0.029 0.141 33 E 0.046 0.516 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.194 0.071 0.029 0.129 34 V 0.096 0.382 0.020 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.091 0.054 0.214 35 W 0.105 0.093 0.026 0.002 0.004 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.135 0.070 0.389 36 K 0.177 0.069 0.004 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.068 0.090 0.467 37 Y 0.174 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.119 0.106 0.513 38 V 0.006 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.100 0.165 0.618 39 G 0.026 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.026 0.082 0.787 40 E 0.129 0.109 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.190 0.078 0.433 41 P 0.048 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.237 0.157 0.466 42 E 0.035 0.086 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.005 0.002 0.004 0.003 0.002 0.001 0.186 0.169 0.106 0.384 43 L 0.082 0.057 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.003 0.003 0.003 0.003 0.123 0.065 0.093 0.547 44 K 0.015 0.058 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.006 0.004 0.464 0.043 0.049 0.346 45 T 0.014 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.007 0.008 0.354 0.061 0.058 0.430 46 Y 0.005 0.031 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.745 0.049 0.032 0.110 47 V 0.009 0.014 0.006 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.598 0.056 0.057 0.236 48 I 0.105 0.018 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.580 0.060 0.042 0.178 49 E 0.110 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.081 0.093 0.453 50 D 0.042 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.186 0.045 0.114 0.596 51 E 0.036 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.339 0.051 0.107 0.440 52 I 0.008 0.007 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.276 0.043 0.128 0.512 53 V 0.029 0.008 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.324 0.044 0.099 0.470 54 E 0.169 0.017 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.002 0.002 0.146 0.126 0.105 0.409 55 P 0.035 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.047 0.140 0.690 56 G 0.147 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.064 0.108 0.582 57 E 0.035 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.057 0.132 0.710 58 Y 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.016 0.112 0.826 59 D 0.146 0.257 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.059 0.069 0.438 60 P 0.449 0.208 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.124 0.041 0.161 61 P 0.175 0.267 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.105 0.090 0.329 62 E 0.117 0.043 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.240 0.080 0.442 63 M 0.025 0.023 0.042 0.002 0.007 0.004 0.002 0.001 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.107 0.203 0.132 0.432 64 K 0.099 0.064 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.005 0.002 0.004 0.003 0.153 0.054 0.097 0.495 65 Y 0.091 0.073 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.102 0.042 0.078 0.593 66 T 0.014 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.068 0.176 0.579 67 N 0.063 0.051 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.101 0.117 0.497 68 V 0.083 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.055 0.094 0.641 69 K 0.016 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.408 0.031 0.066 0.448 70 K 0.009 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.189 0.021 0.086 0.668 71 V 0.005 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.432 0.034 0.095 0.405 72 K 0.035 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.003 0.551 0.080 0.044 0.236 73 I 0.051 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.287 0.051 0.082 0.489 74 K 0.008 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.651 0.030 0.045 0.248 75 K 0.018 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.620 0.050 0.043 0.252 76 V 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.630 0.107 0.039 0.206 77 Y 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.698 0.066 0.039 0.154 78 F 0.023 0.016 0.002 0.002 0.024 0.090 0.035 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.297 0.105 0.052 0.341 79 E 0.017 0.006 0.013 0.003 0.086 0.023 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.341 0.096 0.075 0.330 80 T 0.154 0.006 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.095 0.078 0.565 81 L 0.256 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.092 0.075 0.519 82 D 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.029 0.120 0.791 83 N 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.039 0.112 0.677 84 V 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.056 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.092 0.114 0.427 85 R 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.020 0.029 0.006 0.034 0.014 0.007 0.005 0.448 0.089 0.058 0.262 86 V 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.105 0.159 0.065 0.022 0.244 0.058 0.046 0.267 87 V 0.010 0.007 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.044 0.041 0.010 0.495 0.071 0.052 0.246 88 T 0.013 0.043 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.441 0.057 0.085 0.345 89 D 0.064 0.360 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.085 0.077 0.336 90 Y 0.067 0.659 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.055 0.039 0.149 91 S 0.016 0.867 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.022 0.016 0.069 92 E 0.010 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.008 0.033 93 F 0.009 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.009 94 Q 0.011 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.016 95 K 0.030 0.894 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.007 0.033 96 I 0.028 0.815 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.072 0.011 0.055 97 L 0.098 0.264 0.065 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.340 0.031 0.190 98 K 0.268 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.056 0.619 99 K 0.075 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.099 0.078 0.703 100 R 0.088 0.063 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.048 0.134 0.646 101 G 0.060 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.035 0.107 0.732 102 T 0.031 0.072 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.045 0.138 0.631 103 K 0.074 0.085 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.086 0.096 0.542 104 L 0.122 0.069 0.006 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.102 0.099 0.108 0.474 105 E 0.078 0.049 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.115 0.062 0.103 0.568 106 H 0.082 0.030 0.004 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.061 0.102 0.611 107 H 0.087 0.019 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.064 0.125 0.603 108 H 0.121 0.016 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.059 0.119 0.607 109 H 0.044 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.040 0.113 0.719 110 H 0.038 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.040 0.121 0.713 111 H 0.039 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.061 0.128 0.642