# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.348 0.003 0.010 0.014 0.014 0.061 0.005 0.001 0.032 0.477 2 N 0.016 0.810 0.001 0.003 0.006 0.011 0.015 0.004 0.001 0.017 0.117 3 S 0.004 0.923 0.001 0.002 0.005 0.004 0.007 0.001 0.001 0.012 0.043 4 E 0.004 0.896 0.002 0.004 0.006 0.011 0.005 0.002 0.001 0.047 0.023 5 V 0.005 0.933 0.005 0.002 0.003 0.003 0.004 0.002 0.002 0.023 0.020 6 I 0.008 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.007 7 K 0.025 0.929 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.017 0.015 8 E 0.017 0.822 0.011 0.002 0.003 0.004 0.007 0.005 0.007 0.059 0.063 9 F 0.071 0.617 0.052 0.003 0.003 0.003 0.018 0.016 0.028 0.094 0.095 10 L 0.259 0.291 0.093 0.005 0.003 0.006 0.032 0.043 0.057 0.063 0.147 11 E 0.164 0.113 0.013 0.007 0.005 0.006 0.072 0.014 0.012 0.043 0.551 12 D 0.053 0.084 0.015 0.018 0.008 0.009 0.096 0.013 0.011 0.064 0.629 13 I 0.039 0.088 0.028 0.015 0.010 0.008 0.162 0.014 0.013 0.043 0.580 14 G 0.247 0.211 0.015 0.012 0.005 0.012 0.082 0.032 0.008 0.045 0.330 15 E 0.155 0.149 0.009 0.025 0.013 0.011 0.086 0.017 0.002 0.056 0.477 16 D 0.028 0.123 0.006 0.107 0.035 0.072 0.110 0.008 0.002 0.075 0.432 17 Y 0.019 0.094 0.010 0.175 0.056 0.084 0.088 0.005 0.002 0.081 0.386 18 I 0.008 0.018 0.013 0.207 0.144 0.168 0.096 0.005 0.003 0.089 0.249 19 E 0.035 0.033 0.014 0.127 0.101 0.139 0.097 0.010 0.004 0.081 0.358 20 L 0.197 0.053 0.006 0.104 0.099 0.074 0.052 0.016 0.003 0.048 0.350 21 E 0.056 0.016 0.002 0.071 0.052 0.063 0.085 0.005 0.001 0.063 0.584 22 N 0.016 0.018 0.003 0.089 0.060 0.138 0.098 0.003 0.001 0.044 0.531 23 E 0.016 0.007 0.002 0.078 0.114 0.223 0.076 0.004 0.001 0.041 0.439 24 I 0.011 0.007 0.002 0.105 0.225 0.199 0.075 0.002 0.001 0.036 0.336 25 H 0.006 0.009 0.003 0.109 0.125 0.179 0.116 0.002 0.001 0.035 0.415 26 L 0.020 0.086 0.006 0.068 0.098 0.065 0.086 0.004 0.001 0.033 0.533 27 K 0.232 0.147 0.004 0.037 0.040 0.064 0.079 0.015 0.003 0.106 0.272 28 P 0.038 0.202 0.005 0.029 0.031 0.037 0.105 0.002 0.001 0.083 0.468 29 E 0.017 0.221 0.006 0.061 0.051 0.100 0.064 0.004 0.001 0.087 0.388 30 V 0.037 0.297 0.006 0.050 0.098 0.192 0.042 0.010 0.002 0.079 0.187 31 F 0.019 0.220 0.003 0.049 0.169 0.219 0.039 0.005 0.001 0.071 0.205 32 Y 0.007 0.183 0.003 0.056 0.278 0.234 0.030 0.002 0.001 0.063 0.142 33 E 0.012 0.129 0.004 0.042 0.240 0.304 0.032 0.004 0.002 0.088 0.145 34 V 0.031 0.104 0.009 0.028 0.242 0.220 0.043 0.004 0.003 0.103 0.213 35 W 0.042 0.033 0.011 0.031 0.187 0.356 0.051 0.006 0.005 0.069 0.209 36 K 0.074 0.022 0.003 0.028 0.144 0.228 0.048 0.006 0.001 0.039 0.407 37 Y 0.054 0.010 0.002 0.044 0.106 0.151 0.076 0.004 0.001 0.047 0.506 38 V 0.008 0.006 0.002 0.032 0.056 0.076 0.185 0.001 0.001 0.027 0.606 39 G 0.025 0.030 0.004 0.015 0.029 0.049 0.119 0.005 0.001 0.025 0.699 40 E 0.480 0.024 0.002 0.009 0.032 0.036 0.053 0.010 0.001 0.062 0.293 41 P 0.082 0.008 0.001 0.012 0.021 0.027 0.138 0.002 0.001 0.090 0.617 42 E 0.019 0.014 0.003 0.036 0.034 0.078 0.114 0.001 0.001 0.041 0.660 43 L 0.023 0.006 0.001 0.029 0.061 0.149 0.111 0.002 0.001 0.046 0.571 44 K 0.010 0.006 0.001 0.080 0.238 0.351 0.053 0.001 0.001 0.034 0.226 45 T 0.001 0.002 0.001 0.068 0.243 0.374 0.070 0.001 0.001 0.023 0.219 46 Y 0.001 0.005 0.001 0.134 0.343 0.368 0.038 0.001 0.001 0.023 0.088 47 V 0.009 0.006 0.002 0.132 0.280 0.373 0.052 0.001 0.001 0.031 0.114 48 I 0.063 0.027 0.003 0.087 0.203 0.249 0.045 0.004 0.001 0.038 0.281 49 E 0.138 0.025 0.001 0.074 0.139 0.211 0.075 0.007 0.001 0.033 0.297 50 D 0.042 0.011 0.001 0.094 0.104 0.293 0.063 0.002 0.001 0.037 0.353 51 E 0.008 0.003 0.001 0.151 0.149 0.228 0.065 0.001 0.001 0.041 0.351 52 I 0.005 0.002 0.001 0.075 0.144 0.282 0.153 0.001 0.001 0.034 0.303 53 V 0.035 0.003 0.001 0.053 0.105 0.085 0.083 0.002 0.001 0.057 0.574 54 E 0.298 0.006 0.001 0.040 0.072 0.061 0.076 0.004 0.001 0.030 0.411 55 P 0.028 0.003 0.001 0.007 0.012 0.020 0.073 0.001 0.001 0.011 0.846 56 G 0.053 0.003 0.001 0.021 0.038 0.086 0.090 0.002 0.001 0.043 0.664 57 E 0.020 0.003 0.001 0.058 0.059 0.125 0.093 0.001 0.001 0.031 0.610 58 Y 0.004 0.003 0.001 0.025 0.057 0.055 0.163 0.001 0.001 0.022 0.670 59 D 0.054 0.055 0.001 0.016 0.058 0.049 0.166 0.004 0.001 0.037 0.559 60 P 0.534 0.139 0.001 0.008 0.014 0.024 0.039 0.005 0.001 0.047 0.188 61 P 0.113 0.123 0.001 0.014 0.026 0.033 0.059 0.002 0.001 0.035 0.594 62 E 0.044 0.041 0.002 0.026 0.032 0.117 0.117 0.002 0.001 0.175 0.444 63 M 0.024 0.010 0.006 0.032 0.078 0.119 0.112 0.003 0.001 0.171 0.444 64 K 0.130 0.024 0.003 0.057 0.121 0.137 0.132 0.006 0.001 0.058 0.330 65 Y 0.071 0.012 0.001 0.031 0.094 0.144 0.053 0.003 0.001 0.031 0.560 66 T 0.011 0.007 0.001 0.035 0.149 0.103 0.084 0.001 0.001 0.020 0.590 67 N 0.028 0.008 0.001 0.038 0.056 0.313 0.101 0.002 0.001 0.047 0.405 68 V 0.033 0.002 0.001 0.018 0.087 0.101 0.102 0.001 0.001 0.050 0.605 69 K 0.016 0.002 0.001 0.084 0.136 0.168 0.113 0.001 0.001 0.028 0.452 70 K 0.003 0.002 0.001 0.065 0.076 0.227 0.076 0.001 0.001 0.021 0.530 71 V 0.003 0.002 0.001 0.081 0.198 0.232 0.095 0.001 0.001 0.031 0.357 72 K 0.023 0.009 0.001 0.146 0.138 0.340 0.067 0.001 0.001 0.043 0.233 73 I 0.025 0.008 0.001 0.066 0.087 0.142 0.067 0.001 0.001 0.053 0.551 74 K 0.008 0.007 0.001 0.139 0.151 0.190 0.088 0.001 0.001 0.039 0.377 75 K 0.002 0.008 0.001 0.181 0.102 0.349 0.053 0.001 0.001 0.040 0.266 76 V 0.003 0.003 0.001 0.120 0.243 0.389 0.040 0.001 0.001 0.079 0.121 77 Y 0.008 0.007 0.001 0.164 0.249 0.385 0.028 0.001 0.001 0.032 0.125 78 F 0.016 0.022 0.001 0.237 0.196 0.215 0.049 0.001 0.001 0.054 0.208 79 E 0.011 0.008 0.004 0.117 0.226 0.282 0.068 0.001 0.001 0.042 0.241 80 T 0.203 0.034 0.004 0.027 0.056 0.137 0.125 0.006 0.002 0.073 0.334 81 L 0.435 0.009 0.002 0.017 0.041 0.069 0.059 0.004 0.001 0.043 0.320 82 D 0.024 0.005 0.001 0.021 0.049 0.059 0.124 0.001 0.001 0.015 0.702 83 N 0.007 0.005 0.001 0.024 0.052 0.261 0.063 0.001 0.001 0.021 0.566 84 V 0.003 0.002 0.001 0.027 0.230 0.185 0.141 0.001 0.001 0.060 0.352 85 R 0.003 0.002 0.001 0.104 0.254 0.359 0.047 0.001 0.001 0.054 0.175 86 V 0.006 0.006 0.001 0.066 0.209 0.183 0.063 0.001 0.001 0.043 0.423 87 V 0.027 0.022 0.001 0.107 0.182 0.209 0.056 0.002 0.001 0.090 0.306 88 T 0.034 0.097 0.001 0.070 0.077 0.097 0.067 0.001 0.001 0.099 0.456 89 D 0.033 0.598 0.001 0.012 0.014 0.024 0.038 0.002 0.001 0.031 0.246 90 Y 0.038 0.828 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.004 0.001 0.021 0.088 91 S 0.013 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.013 0.021 92 E 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 93 F 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 94 Q 0.006 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.014 0.008 95 K 0.010 0.918 0.004 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.002 0.032 0.022 96 I 0.028 0.709 0.030 0.002 0.009 0.007 0.012 0.006 0.013 0.098 0.087 97 L 0.144 0.391 0.079 0.005 0.010 0.019 0.028 0.013 0.051 0.114 0.146 98 K 0.214 0.059 0.012 0.004 0.005 0.010 0.065 0.011 0.012 0.126 0.482 99 K 0.072 0.074 0.010 0.009 0.007 0.006 0.091 0.007 0.007 0.070 0.647 100 R 0.092 0.107 0.004 0.013 0.007 0.010 0.132 0.007 0.003 0.042 0.581 101 G 0.052 0.120 0.003 0.016 0.008 0.017 0.094 0.007 0.001 0.045 0.637 102 T 0.032 0.160 0.004 0.029 0.020 0.023 0.117 0.006 0.001 0.055 0.553 103 K 0.080 0.229 0.009 0.054 0.030 0.059 0.094 0.012 0.003 0.095 0.334 104 L 0.153 0.155 0.008 0.055 0.034 0.040 0.076 0.012 0.003 0.077 0.387 105 E 0.101 0.095 0.006 0.055 0.037 0.048 0.078 0.009 0.003 0.063 0.506 106 H 0.108 0.055 0.005 0.039 0.033 0.059 0.078 0.009 0.003 0.068 0.544 107 H 0.124 0.025 0.005 0.029 0.035 0.054 0.091 0.008 0.002 0.059 0.567 108 H 0.102 0.011 0.003 0.022 0.026 0.041 0.091 0.005 0.001 0.039 0.659 109 H 0.052 0.007 0.001 0.017 0.021 0.031 0.098 0.003 0.001 0.025 0.745 110 H 0.026 0.007 0.001 0.017 0.026 0.033 0.111 0.002 0.001 0.024 0.753 111 H 0.026 0.011 0.001 0.021 0.034 0.050 0.125 0.002 0.001 0.033 0.696