# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.177 0.109 0.058 0.099 0.096 0.083 0.126 0.094 0.073 0.052 0.032 2 N 0.152 0.153 0.078 0.163 0.123 0.086 0.101 0.059 0.045 0.026 0.015 3 S 0.162 0.083 0.083 0.128 0.119 0.110 0.136 0.076 0.053 0.030 0.019 4 E 0.135 0.125 0.144 0.210 0.146 0.092 0.078 0.036 0.020 0.009 0.006 5 V 0.016 0.020 0.034 0.059 0.084 0.077 0.171 0.187 0.161 0.115 0.077 6 I 0.004 0.010 0.025 0.038 0.052 0.071 0.156 0.152 0.201 0.188 0.102 7 K 0.019 0.039 0.231 0.205 0.171 0.139 0.102 0.040 0.029 0.017 0.007 8 E 0.030 0.052 0.286 0.208 0.153 0.109 0.087 0.042 0.018 0.011 0.005 9 F 0.003 0.006 0.017 0.027 0.041 0.067 0.186 0.215 0.202 0.167 0.069 10 L 0.005 0.006 0.013 0.020 0.030 0.068 0.194 0.158 0.214 0.208 0.085 11 E 0.029 0.058 0.517 0.215 0.101 0.044 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 12 D 0.033 0.044 0.159 0.116 0.130 0.174 0.201 0.082 0.033 0.021 0.007 13 I 0.009 0.023 0.018 0.025 0.030 0.061 0.148 0.151 0.222 0.204 0.109 14 G 0.159 0.091 0.051 0.098 0.096 0.109 0.187 0.093 0.061 0.036 0.017 15 E 0.230 0.143 0.354 0.184 0.054 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 16 D 0.050 0.068 0.067 0.107 0.126 0.168 0.222 0.104 0.050 0.027 0.011 17 Y 0.021 0.032 0.024 0.063 0.075 0.096 0.165 0.171 0.163 0.119 0.072 18 I 0.035 0.023 0.050 0.063 0.080 0.127 0.212 0.158 0.115 0.087 0.049 19 E 0.026 0.065 0.262 0.239 0.158 0.100 0.075 0.034 0.022 0.013 0.007 20 L 0.004 0.007 0.017 0.018 0.034 0.054 0.169 0.205 0.197 0.176 0.119 21 E 0.032 0.043 0.065 0.145 0.153 0.131 0.150 0.109 0.086 0.056 0.030 22 N 0.172 0.129 0.200 0.175 0.095 0.069 0.082 0.038 0.023 0.013 0.005 23 E 0.030 0.035 0.066 0.146 0.162 0.162 0.175 0.099 0.065 0.040 0.020 24 I 0.044 0.032 0.037 0.044 0.052 0.074 0.169 0.169 0.161 0.137 0.082 25 H 0.037 0.102 0.146 0.209 0.165 0.114 0.102 0.051 0.036 0.024 0.014 26 L 0.016 0.014 0.028 0.029 0.050 0.079 0.190 0.187 0.167 0.145 0.094 27 K 0.195 0.433 0.126 0.163 0.046 0.018 0.009 0.004 0.003 0.002 0.001 28 P 0.148 0.051 0.031 0.084 0.101 0.112 0.195 0.119 0.080 0.046 0.033 29 E 0.488 0.232 0.079 0.119 0.043 0.018 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 30 V 0.021 0.030 0.026 0.071 0.095 0.134 0.220 0.155 0.126 0.077 0.046 31 F 0.022 0.035 0.046 0.070 0.083 0.102 0.146 0.139 0.140 0.122 0.097 32 Y 0.019 0.021 0.063 0.098 0.115 0.148 0.205 0.124 0.104 0.068 0.036 33 E 0.029 0.054 0.145 0.178 0.145 0.138 0.143 0.079 0.048 0.028 0.013 34 V 0.010 0.011 0.022 0.043 0.054 0.050 0.130 0.170 0.206 0.173 0.131 35 W 0.008 0.009 0.014 0.031 0.043 0.076 0.161 0.160 0.193 0.193 0.110 36 K 0.040 0.103 0.238 0.238 0.152 0.093 0.059 0.030 0.024 0.015 0.008 37 Y 0.024 0.026 0.041 0.060 0.089 0.127 0.226 0.187 0.101 0.076 0.043 38 V 0.065 0.071 0.047 0.098 0.089 0.080 0.131 0.128 0.125 0.100 0.067 39 G 0.270 0.114 0.052 0.082 0.070 0.074 0.131 0.075 0.066 0.042 0.022 40 E 0.141 0.202 0.138 0.245 0.131 0.062 0.040 0.018 0.012 0.007 0.004 41 P 0.190 0.094 0.065 0.097 0.095 0.102 0.150 0.089 0.058 0.037 0.022 42 E 0.206 0.198 0.091 0.227 0.121 0.064 0.049 0.023 0.013 0.006 0.004 43 L 0.017 0.019 0.028 0.033 0.043 0.056 0.133 0.151 0.191 0.184 0.144 44 K 0.022 0.072 0.094 0.214 0.193 0.135 0.110 0.065 0.047 0.032 0.014 45 T 0.092 0.105 0.173 0.172 0.109 0.103 0.096 0.058 0.045 0.032 0.014 46 Y 0.025 0.020 0.038 0.074 0.093 0.154 0.221 0.164 0.105 0.070 0.035 47 V 0.031 0.044 0.052 0.082 0.076 0.069 0.136 0.155 0.152 0.123 0.080 48 I 0.012 0.015 0.033 0.047 0.068 0.080 0.159 0.159 0.175 0.145 0.107 49 E 0.084 0.106 0.170 0.197 0.145 0.096 0.092 0.046 0.034 0.020 0.010 50 D 0.082 0.069 0.105 0.159 0.127 0.128 0.148 0.080 0.055 0.032 0.014 51 E 0.089 0.102 0.070 0.153 0.132 0.117 0.146 0.089 0.054 0.031 0.017 52 I 0.049 0.039 0.037 0.066 0.068 0.066 0.134 0.143 0.157 0.133 0.108 53 V 0.045 0.043 0.063 0.090 0.104 0.117 0.159 0.118 0.108 0.094 0.060 54 E 0.057 0.114 0.126 0.175 0.138 0.116 0.112 0.067 0.049 0.031 0.014 55 P 0.139 0.145 0.067 0.144 0.110 0.090 0.113 0.083 0.054 0.036 0.019 56 G 0.313 0.108 0.040 0.098 0.078 0.072 0.105 0.069 0.059 0.038 0.022 57 E 0.439 0.234 0.065 0.141 0.057 0.025 0.018 0.010 0.006 0.003 0.002 58 Y 0.057 0.043 0.028 0.060 0.075 0.107 0.161 0.134 0.141 0.117 0.077 59 D 0.098 0.190 0.068 0.151 0.123 0.109 0.115 0.065 0.042 0.024 0.015 60 P 0.193 0.131 0.093 0.169 0.132 0.092 0.084 0.049 0.030 0.017 0.010 61 P 0.257 0.120 0.079 0.114 0.088 0.085 0.113 0.065 0.042 0.025 0.012 62 E 0.129 0.115 0.063 0.248 0.156 0.085 0.094 0.054 0.032 0.016 0.007 63 M 0.078 0.036 0.042 0.060 0.070 0.099 0.165 0.147 0.125 0.119 0.059 64 K 0.034 0.148 0.177 0.292 0.179 0.085 0.046 0.020 0.011 0.005 0.002 65 Y 0.015 0.020 0.038 0.045 0.076 0.088 0.210 0.216 0.122 0.101 0.068 66 T 0.127 0.131 0.183 0.199 0.143 0.077 0.064 0.035 0.022 0.012 0.007 67 N 0.405 0.274 0.108 0.136 0.044 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 68 V 0.091 0.023 0.037 0.065 0.089 0.074 0.131 0.133 0.135 0.130 0.092 69 K 0.094 0.241 0.185 0.195 0.110 0.079 0.058 0.021 0.010 0.005 0.002 70 K 0.016 0.064 0.224 0.299 0.200 0.108 0.053 0.021 0.009 0.004 0.002 71 V 0.029 0.012 0.046 0.018 0.030 0.064 0.169 0.168 0.169 0.161 0.133 72 K 0.024 0.117 0.151 0.376 0.182 0.073 0.046 0.017 0.009 0.003 0.001 73 I 0.011 0.005 0.030 0.016 0.024 0.029 0.086 0.129 0.200 0.240 0.232 74 K 0.015 0.068 0.190 0.251 0.195 0.129 0.082 0.033 0.020 0.012 0.005 75 K 0.019 0.056 0.189 0.180 0.147 0.136 0.128 0.070 0.040 0.025 0.010 76 V 0.015 0.013 0.034 0.043 0.061 0.121 0.194 0.188 0.140 0.127 0.065 77 Y 0.021 0.043 0.056 0.110 0.095 0.114 0.209 0.140 0.114 0.070 0.028 78 F 0.018 0.012 0.039 0.044 0.054 0.069 0.143 0.151 0.175 0.180 0.115 79 E 0.037 0.054 0.111 0.150 0.148 0.148 0.156 0.082 0.059 0.036 0.017 80 T 0.048 0.061 0.077 0.124 0.126 0.117 0.186 0.118 0.074 0.044 0.025 81 L 0.021 0.021 0.025 0.036 0.051 0.077 0.156 0.143 0.164 0.164 0.144 82 D 0.122 0.221 0.095 0.185 0.125 0.086 0.078 0.038 0.027 0.016 0.007 83 N 0.372 0.170 0.075 0.148 0.077 0.047 0.047 0.027 0.020 0.011 0.006 84 V 0.148 0.072 0.043 0.099 0.095 0.117 0.158 0.093 0.081 0.058 0.035 85 R 0.069 0.177 0.112 0.234 0.151 0.105 0.069 0.038 0.023 0.014 0.007 86 V 0.012 0.017 0.022 0.038 0.053 0.106 0.170 0.165 0.175 0.151 0.090 87 V 0.014 0.017 0.022 0.049 0.062 0.089 0.178 0.173 0.164 0.141 0.091 88 T 0.095 0.083 0.140 0.181 0.134 0.100 0.102 0.064 0.051 0.034 0.016 89 D 0.063 0.104 0.106 0.176 0.148 0.129 0.129 0.068 0.040 0.024 0.012 90 Y 0.020 0.025 0.025 0.054 0.072 0.106 0.211 0.171 0.147 0.103 0.064 91 S 0.376 0.135 0.104 0.136 0.088 0.055 0.057 0.026 0.014 0.007 0.004 92 E 0.136 0.144 0.175 0.237 0.144 0.067 0.056 0.023 0.011 0.005 0.003 93 F 0.010 0.009 0.021 0.029 0.046 0.065 0.171 0.174 0.203 0.182 0.091 94 Q 0.014 0.036 0.091 0.148 0.147 0.181 0.195 0.086 0.056 0.034 0.012 95 K 0.013 0.050 0.449 0.206 0.123 0.079 0.045 0.019 0.009 0.005 0.002 96 I 0.011 0.008 0.043 0.043 0.072 0.117 0.241 0.200 0.126 0.095 0.043 97 L 0.006 0.009 0.031 0.034 0.039 0.064 0.177 0.174 0.200 0.193 0.072 98 K 0.016 0.043 0.255 0.172 0.143 0.122 0.125 0.052 0.039 0.024 0.009 99 K 0.069 0.142 0.417 0.184 0.093 0.048 0.027 0.010 0.005 0.003 0.001 100 R 0.108 0.125 0.113 0.133 0.116 0.127 0.152 0.070 0.032 0.017 0.006 101 G 0.457 0.177 0.068 0.100 0.059 0.041 0.045 0.027 0.014 0.008 0.004 102 T 0.174 0.093 0.116 0.125 0.102 0.113 0.129 0.067 0.042 0.026 0.012 103 K 0.125 0.228 0.218 0.219 0.103 0.050 0.032 0.014 0.007 0.003 0.002 104 L 0.024 0.020 0.031 0.040 0.058 0.112 0.215 0.166 0.153 0.113 0.069 105 E 0.132 0.184 0.189 0.223 0.126 0.062 0.043 0.022 0.010 0.005 0.003 106 H 0.081 0.066 0.104 0.147 0.128 0.128 0.153 0.092 0.052 0.033 0.015 107 H 0.115 0.099 0.100 0.151 0.126 0.111 0.125 0.077 0.048 0.031 0.016 108 H 0.163 0.130 0.097 0.156 0.111 0.094 0.115 0.065 0.038 0.021 0.009 109 H 0.137 0.121 0.133 0.166 0.122 0.099 0.097 0.057 0.034 0.022 0.011 110 H 0.174 0.168 0.116 0.156 0.113 0.083 0.088 0.049 0.029 0.016 0.009 111 H 0.229 0.132 0.083 0.143 0.115 0.084 0.094 0.059 0.033 0.019 0.010