# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.163 0.095 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.014 0.115 0.526 2 N 0.055 0.110 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.012 0.208 0.536 3 S 0.076 0.081 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.014 0.100 0.672 4 E 0.038 0.160 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.006 0.260 0.509 5 V 0.032 0.209 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.390 0.359 6 I 0.012 0.837 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.044 0.095 7 K 0.005 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.032 8 E 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 9 F 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.009 10 L 0.010 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 11 E 0.023 0.932 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.025 12 D 0.152 0.772 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.042 13 I 0.204 0.641 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.001 0.044 14 G 0.305 0.235 0.047 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.179 0.021 0.197 15 E 0.035 0.043 0.705 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.032 0.163 16 D 0.046 0.118 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.010 0.150 0.479 17 Y 0.237 0.156 0.005 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.065 0.011 0.089 0.419 18 I 0.042 0.188 0.007 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.021 0.005 0.004 0.463 0.007 0.070 0.159 19 E 0.034 0.167 0.007 0.002 0.004 0.003 0.007 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.003 0.004 0.001 0.271 0.007 0.146 0.332 20 L 0.036 0.163 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.554 0.008 0.042 0.128 21 E 0.018 0.228 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.416 0.006 0.057 0.255 22 N 0.023 0.116 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.228 0.047 0.086 0.490 23 E 0.288 0.031 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.081 0.121 0.309 24 I 0.039 0.068 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.381 0.011 0.096 0.370 25 H 0.015 0.027 0.014 0.004 0.055 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.002 0.449 0.007 0.125 0.285 26 L 0.032 0.030 0.015 0.004 0.010 0.008 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.263 0.022 0.064 0.535 27 K 0.022 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.238 0.006 0.150 0.544 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 29 E 0.034 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.008 0.148 0.651 30 V 0.160 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.004 0.103 0.648 31 F 0.078 0.190 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.286 0.007 0.075 0.352 32 Y 0.043 0.370 0.009 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.010 0.061 0.249 33 E 0.035 0.494 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.010 0.077 0.177 34 V 0.018 0.725 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.014 0.019 0.126 35 W 0.014 0.743 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.072 0.019 0.013 0.120 36 K 0.032 0.688 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.036 0.031 0.141 37 Y 0.103 0.600 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.046 0.029 0.129 38 V 0.078 0.614 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.043 0.023 0.117 39 G 0.129 0.236 0.039 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.183 0.038 0.312 40 E 0.198 0.023 0.339 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.041 0.064 0.301 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 42 E 0.029 0.011 0.003 0.002 0.013 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.007 0.246 0.590 43 L 0.161 0.054 0.007 0.003 0.005 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.018 0.118 0.518 44 K 0.158 0.070 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.314 0.031 0.088 0.318 45 T 0.150 0.065 0.013 0.002 0.003 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.220 0.020 0.077 0.428 46 Y 0.038 0.039 0.007 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.004 0.003 0.675 0.005 0.041 0.166 47 V 0.010 0.028 0.006 0.002 0.009 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.003 0.691 0.004 0.048 0.173 48 I 0.006 0.021 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.007 0.003 0.003 0.002 0.004 0.003 0.002 0.004 0.701 0.004 0.046 0.181 49 E 0.007 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.641 0.004 0.061 0.236 50 D 0.021 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.514 0.013 0.083 0.326 51 E 0.097 0.018 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.245 0.035 0.164 0.416 52 I 0.070 0.034 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.255 0.016 0.161 0.422 53 V 0.053 0.038 0.021 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.445 0.022 0.107 0.290 54 E 0.027 0.033 0.007 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.015 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.159 0.011 0.119 0.608 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 56 G 0.046 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.012 0.175 0.610 57 E 0.351 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.006 0.079 0.483 58 Y 0.052 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.003 0.085 0.708 59 D 0.057 0.007 0.002 0.001 0.006 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.005 0.273 0.539 60 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.987 61 P 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 0.248 0.697 62 E 0.208 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.006 0.278 0.445 63 M 0.348 0.218 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.002 0.124 0.011 0.037 0.242 64 K 0.154 0.227 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.004 0.001 0.113 0.012 0.075 0.390 65 Y 0.121 0.157 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 0.003 0.003 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.173 0.017 0.065 0.433 66 T 0.095 0.145 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.014 0.005 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.253 0.019 0.086 0.349 67 N 0.048 0.044 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.199 0.014 0.091 0.591 68 V 0.074 0.051 0.023 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.029 0.106 0.503 69 K 0.059 0.038 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.415 0.018 0.204 0.249 70 K 0.088 0.028 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.013 0.119 0.584 71 V 0.037 0.022 0.006 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.721 0.006 0.031 0.154 72 K 0.009 0.010 0.002 0.001 0.007 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.629 0.003 0.068 0.258 73 I 0.008 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.643 0.003 0.043 0.273 74 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.891 0.001 0.020 0.077 75 K 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.506 0.005 0.051 0.415 76 V 0.007 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.833 0.002 0.029 0.113 77 Y 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.010 0.003 0.780 0.001 0.047 0.137 78 F 0.007 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.037 0.103 0.065 0.020 0.386 0.004 0.030 0.315 79 E 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.018 0.005 0.075 0.049 0.015 0.007 0.558 0.003 0.054 0.189 80 T 0.021 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.049 0.061 0.003 0.010 0.003 0.002 0.002 0.128 0.007 0.127 0.527 81 L 0.035 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.057 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.285 0.012 0.100 0.366 82 D 0.030 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.032 0.259 0.503 83 N 0.140 0.009 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.092 0.213 0.469 84 V 0.179 0.022 0.064 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.029 0.235 0.357 85 R 0.034 0.008 0.014 0.007 0.038 0.007 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.434 0.005 0.203 0.239 86 V 0.008 0.006 0.003 0.003 0.158 0.071 0.018 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.004 0.250 0.002 0.062 0.389 87 V 0.005 0.006 0.002 0.001 0.016 0.021 0.040 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.014 0.012 0.010 0.690 0.003 0.040 0.113 88 T 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.003 0.002 0.003 0.002 0.006 0.010 0.007 0.006 0.506 0.003 0.076 0.344 89 D 0.009 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.008 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.277 0.004 0.221 0.441 90 Y 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.172 0.004 0.292 0.506 91 S 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.694 0.276 92 E 0.036 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.704 0.238 93 F 0.057 0.555 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.119 0.243 94 Q 0.019 0.814 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.081 0.075 95 K 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 96 I 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 97 L 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 98 K 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 99 K 0.040 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.007 100 R 0.057 0.888 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.001 0.020 101 G 0.235 0.382 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.139 0.009 0.161 102 T 0.063 0.069 0.669 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.026 0.147 103 K 0.022 0.057 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.008 0.104 0.702 104 L 0.112 0.106 0.013 0.005 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.094 0.015 0.130 0.495 105 E 0.055 0.161 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.156 0.011 0.167 0.428 106 H 0.116 0.153 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.017 0.060 0.547 107 H 0.157 0.213 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.025 0.051 0.442 108 H 0.118 0.132 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.022 0.088 0.537 109 H 0.117 0.091 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.023 0.079 0.572 110 H 0.130 0.085 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.019 0.080 0.588 111 H 0.101 0.063 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.012 0.094 0.638