# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.128 0.068 0.010 0.020 0.018 0.031 0.132 0.003 0.001 0.004 0.585 2 N 0.062 0.068 0.004 0.012 0.011 0.017 0.224 0.002 0.001 0.003 0.597 3 S 0.045 0.057 0.004 0.007 0.005 0.010 0.071 0.001 0.001 0.002 0.798 4 E 0.010 0.059 0.001 0.003 0.004 0.007 0.354 0.001 0.001 0.001 0.561 5 V 0.043 0.184 0.002 0.003 0.003 0.006 0.382 0.001 0.001 0.001 0.375 6 I 0.006 0.920 0.002 0.001 0.002 0.004 0.025 0.001 0.001 0.001 0.039 7 K 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 8 E 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 9 F 0.013 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.017 10 L 0.010 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.007 11 E 0.011 0.949 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.009 12 D 0.081 0.822 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.032 13 I 0.120 0.752 0.035 0.001 0.001 0.001 0.003 0.053 0.001 0.001 0.034 14 G 0.129 0.460 0.049 0.005 0.010 0.014 0.030 0.080 0.001 0.002 0.221 15 E 0.061 0.156 0.306 0.011 0.006 0.009 0.039 0.011 0.001 0.005 0.396 16 D 0.105 0.138 0.021 0.045 0.028 0.025 0.154 0.007 0.001 0.005 0.473 17 Y 0.115 0.079 0.017 0.031 0.015 0.025 0.073 0.004 0.001 0.003 0.638 18 I 0.056 0.134 0.019 0.358 0.091 0.136 0.045 0.005 0.001 0.002 0.154 19 E 0.010 0.044 0.004 0.127 0.100 0.148 0.077 0.002 0.001 0.002 0.486 20 L 0.021 0.077 0.008 0.199 0.167 0.237 0.030 0.004 0.001 0.002 0.255 21 E 0.038 0.065 0.005 0.114 0.080 0.205 0.070 0.002 0.001 0.006 0.416 22 N 0.056 0.012 0.002 0.059 0.029 0.066 0.102 0.001 0.001 0.005 0.668 23 E 0.355 0.014 0.014 0.053 0.042 0.060 0.070 0.002 0.001 0.006 0.384 24 I 0.207 0.043 0.017 0.105 0.088 0.102 0.055 0.004 0.001 0.004 0.376 25 H 0.045 0.022 0.011 0.068 0.145 0.241 0.071 0.004 0.001 0.003 0.389 26 L 0.056 0.013 0.026 0.071 0.069 0.207 0.047 0.003 0.001 0.005 0.503 27 K 0.028 0.006 0.004 0.037 0.097 0.106 0.170 0.001 0.001 0.003 0.550 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 29 E 0.023 0.005 0.002 0.023 0.034 0.125 0.217 0.001 0.001 0.003 0.567 30 V 0.332 0.037 0.002 0.014 0.020 0.024 0.179 0.001 0.001 0.008 0.382 31 F 0.069 0.421 0.004 0.020 0.083 0.120 0.065 0.001 0.001 0.001 0.216 32 Y 0.018 0.320 0.007 0.030 0.160 0.248 0.054 0.002 0.001 0.002 0.159 33 E 0.013 0.442 0.001 0.020 0.122 0.145 0.040 0.002 0.001 0.001 0.214 34 V 0.016 0.478 0.002 0.017 0.093 0.167 0.024 0.003 0.001 0.001 0.199 35 W 0.013 0.588 0.005 0.027 0.089 0.178 0.014 0.006 0.001 0.001 0.079 36 K 0.017 0.560 0.014 0.015 0.135 0.146 0.013 0.010 0.001 0.001 0.089 37 Y 0.049 0.537 0.015 0.014 0.075 0.116 0.011 0.024 0.001 0.001 0.158 38 V 0.098 0.383 0.034 0.021 0.087 0.162 0.018 0.035 0.001 0.002 0.160 39 G 0.154 0.093 0.037 0.012 0.033 0.085 0.046 0.034 0.001 0.005 0.501 40 E 0.192 0.029 0.029 0.014 0.040 0.037 0.053 0.009 0.001 0.003 0.593 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 42 E 0.073 0.005 0.008 0.024 0.046 0.126 0.267 0.001 0.001 0.003 0.447 43 L 0.392 0.010 0.008 0.032 0.024 0.029 0.063 0.001 0.001 0.015 0.427 44 K 0.099 0.037 0.006 0.056 0.305 0.288 0.042 0.002 0.001 0.004 0.162 45 T 0.033 0.012 0.008 0.176 0.093 0.168 0.058 0.001 0.001 0.006 0.445 46 Y 0.045 0.008 0.002 0.511 0.149 0.180 0.015 0.001 0.001 0.001 0.087 47 V 0.004 0.005 0.001 0.479 0.175 0.165 0.036 0.001 0.001 0.001 0.134 48 I 0.001 0.002 0.001 0.360 0.206 0.294 0.019 0.001 0.001 0.001 0.115 49 E 0.003 0.002 0.001 0.226 0.080 0.365 0.051 0.001 0.001 0.002 0.269 50 D 0.021 0.001 0.001 0.160 0.030 0.105 0.075 0.001 0.001 0.005 0.601 51 E 0.214 0.004 0.002 0.114 0.035 0.057 0.130 0.001 0.001 0.007 0.438 52 I 0.236 0.012 0.010 0.116 0.056 0.076 0.075 0.002 0.001 0.007 0.410 53 V 0.071 0.015 0.017 0.179 0.069 0.201 0.068 0.003 0.001 0.005 0.373 54 E 0.024 0.005 0.003 0.093 0.099 0.092 0.121 0.001 0.001 0.002 0.561 55 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 56 G 0.030 0.002 0.002 0.061 0.101 0.300 0.069 0.001 0.001 0.005 0.430 57 E 0.272 0.003 0.003 0.041 0.012 0.026 0.077 0.001 0.001 0.007 0.558 58 Y 0.044 0.010 0.003 0.082 0.050 0.123 0.095 0.001 0.001 0.003 0.590 59 D 0.080 0.008 0.015 0.024 0.098 0.169 0.084 0.002 0.001 0.011 0.508 60 P 0.008 0.001 0.001 0.004 0.004 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.966 61 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.985 62 E 0.160 0.008 0.001 0.018 0.017 0.029 0.165 0.001 0.001 0.005 0.596 63 M 0.562 0.049 0.003 0.012 0.015 0.017 0.050 0.001 0.001 0.008 0.282 64 K 0.146 0.135 0.012 0.020 0.082 0.106 0.088 0.005 0.001 0.003 0.403 65 Y 0.086 0.089 0.010 0.032 0.089 0.190 0.037 0.004 0.001 0.003 0.460 66 T 0.050 0.056 0.003 0.040 0.231 0.294 0.045 0.005 0.001 0.004 0.272 67 N 0.055 0.031 0.005 0.023 0.146 0.201 0.061 0.003 0.001 0.004 0.471 68 V 0.042 0.030 0.032 0.061 0.118 0.284 0.070 0.002 0.001 0.008 0.353 69 K 0.051 0.019 0.007 0.051 0.215 0.274 0.163 0.002 0.001 0.007 0.210 70 K 0.046 0.010 0.004 0.042 0.068 0.114 0.072 0.001 0.001 0.004 0.640 71 V 0.070 0.008 0.007 0.133 0.257 0.313 0.029 0.001 0.001 0.002 0.179 72 K 0.008 0.004 0.002 0.125 0.233 0.233 0.087 0.001 0.001 0.001 0.306 73 I 0.006 0.002 0.002 0.104 0.210 0.407 0.019 0.001 0.001 0.001 0.250 74 K 0.004 0.001 0.001 0.189 0.283 0.406 0.034 0.001 0.001 0.001 0.080 75 K 0.008 0.001 0.001 0.097 0.100 0.203 0.051 0.001 0.001 0.002 0.538 76 V 0.018 0.003 0.002 0.320 0.221 0.252 0.031 0.001 0.001 0.001 0.153 77 Y 0.004 0.002 0.001 0.161 0.185 0.344 0.056 0.001 0.001 0.001 0.246 78 F 0.005 0.003 0.001 0.182 0.196 0.393 0.030 0.001 0.001 0.002 0.187 79 E 0.009 0.003 0.001 0.127 0.183 0.321 0.063 0.001 0.001 0.004 0.288 80 T 0.015 0.002 0.001 0.070 0.126 0.193 0.094 0.001 0.001 0.004 0.494 81 L 0.032 0.005 0.006 0.103 0.169 0.231 0.104 0.001 0.001 0.008 0.340 82 D 0.027 0.004 0.004 0.062 0.095 0.161 0.235 0.001 0.001 0.021 0.391 83 N 0.043 0.001 0.002 0.064 0.011 0.013 0.307 0.001 0.001 0.032 0.528 84 V 0.364 0.003 0.015 0.079 0.050 0.052 0.182 0.001 0.001 0.043 0.212 85 R 0.046 0.004 0.003 0.186 0.143 0.097 0.242 0.001 0.001 0.006 0.273 86 V 0.007 0.002 0.003 0.140 0.202 0.291 0.047 0.001 0.001 0.002 0.306 87 V 0.005 0.003 0.001 0.260 0.162 0.393 0.024 0.001 0.001 0.001 0.151 88 T 0.006 0.005 0.001 0.207 0.185 0.254 0.071 0.001 0.001 0.002 0.268 89 D 0.009 0.004 0.001 0.055 0.062 0.105 0.071 0.001 0.001 0.002 0.690 90 Y 0.012 0.010 0.001 0.032 0.024 0.119 0.271 0.001 0.001 0.005 0.525 91 S 0.026 0.016 0.001 0.005 0.007 0.018 0.407 0.001 0.001 0.013 0.506 92 E 0.043 0.039 0.001 0.001 0.001 0.002 0.314 0.001 0.001 0.004 0.596 93 F 0.059 0.489 0.001 0.001 0.001 0.002 0.196 0.001 0.001 0.001 0.248 94 Q 0.016 0.799 0.001 0.001 0.001 0.002 0.055 0.001 0.001 0.001 0.123 95 K 0.002 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.032 96 I 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 97 L 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 98 K 0.001 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 99 K 0.006 0.972 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.003 100 R 0.096 0.815 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.017 101 G 0.369 0.234 0.042 0.003 0.006 0.009 0.012 0.135 0.001 0.001 0.188 102 T 0.057 0.056 0.766 0.006 0.005 0.005 0.020 0.011 0.001 0.002 0.072 103 K 0.025 0.024 0.014 0.023 0.014 0.016 0.086 0.004 0.001 0.001 0.791 104 L 0.044 0.036 0.018 0.031 0.029 0.047 0.079 0.002 0.001 0.003 0.711 105 E 0.068 0.073 0.006 0.073 0.034 0.087 0.145 0.002 0.001 0.009 0.503 106 H 0.119 0.064 0.007 0.036 0.020 0.049 0.139 0.002 0.001 0.009 0.554 107 H 0.235 0.155 0.012 0.063 0.028 0.054 0.065 0.006 0.001 0.007 0.376 108 H 0.136 0.120 0.007 0.045 0.026 0.045 0.081 0.006 0.001 0.005 0.530 109 H 0.128 0.099 0.009 0.032 0.027 0.044 0.074 0.007 0.001 0.005 0.576 110 H 0.134 0.065 0.010 0.026 0.030 0.049 0.077 0.006 0.001 0.005 0.599 111 H 0.114 0.044 0.009 0.024 0.026 0.041 0.087 0.005 0.001 0.004 0.648