# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.072 0.043 0.032 0.059 0.083 0.013 0.610 2 N 0.062 0.080 0.030 0.032 0.061 0.212 0.012 0.510 3 S 0.056 0.098 0.024 0.019 0.033 0.066 0.008 0.696 4 E 0.045 0.149 0.025 0.017 0.023 0.216 0.005 0.520 5 V 0.044 0.249 0.011 0.007 0.011 0.327 0.004 0.348 6 I 0.028 0.801 0.013 0.007 0.025 0.027 0.002 0.096 7 K 0.016 0.884 0.008 0.003 0.008 0.010 0.002 0.069 8 E 0.011 0.892 0.003 0.001 0.001 0.010 0.002 0.081 9 F 0.023 0.934 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.031 10 L 0.018 0.955 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 11 E 0.034 0.930 0.007 0.001 0.002 0.002 0.008 0.016 12 D 0.084 0.846 0.004 0.001 0.001 0.003 0.019 0.042 13 I 0.098 0.730 0.008 0.001 0.001 0.013 0.041 0.107 14 G 0.081 0.644 0.043 0.007 0.008 0.019 0.031 0.168 15 E 0.072 0.353 0.112 0.019 0.013 0.073 0.023 0.335 16 D 0.093 0.454 0.069 0.038 0.019 0.052 0.030 0.245 17 Y 0.241 0.352 0.096 0.013 0.021 0.020 0.037 0.219 18 I 0.052 0.285 0.260 0.153 0.089 0.033 0.007 0.120 19 E 0.029 0.169 0.119 0.159 0.184 0.104 0.011 0.225 20 L 0.054 0.123 0.108 0.222 0.295 0.023 0.007 0.167 21 E 0.021 0.129 0.183 0.125 0.205 0.071 0.011 0.254 22 N 0.034 0.045 0.076 0.156 0.176 0.067 0.014 0.433 23 E 0.126 0.050 0.090 0.117 0.183 0.088 0.032 0.314 24 I 0.076 0.035 0.076 0.303 0.195 0.045 0.011 0.259 25 H 0.035 0.017 0.089 0.244 0.265 0.049 0.007 0.295 26 L 0.023 0.015 0.082 0.145 0.306 0.032 0.003 0.394 27 K 0.014 0.006 0.058 0.101 0.249 0.097 0.002 0.473 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 29 E 0.012 0.003 0.025 0.079 0.260 0.144 0.003 0.474 30 V 0.328 0.007 0.019 0.062 0.072 0.049 0.003 0.459 31 F 0.033 0.080 0.060 0.197 0.415 0.024 0.003 0.188 32 Y 0.022 0.059 0.056 0.247 0.376 0.025 0.002 0.213 33 E 0.023 0.099 0.050 0.172 0.243 0.061 0.004 0.348 34 V 0.035 0.189 0.039 0.188 0.366 0.019 0.007 0.157 35 W 0.014 0.220 0.053 0.227 0.406 0.009 0.004 0.067 36 K 0.020 0.161 0.048 0.248 0.362 0.011 0.007 0.144 37 Y 0.055 0.157 0.049 0.199 0.292 0.015 0.013 0.219 38 V 0.060 0.102 0.053 0.167 0.233 0.029 0.021 0.334 39 G 0.038 0.036 0.040 0.088 0.204 0.026 0.014 0.555 40 E 0.059 0.020 0.078 0.086 0.126 0.108 0.009 0.514 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 42 E 0.029 0.003 0.022 0.045 0.113 0.092 0.003 0.691 43 L 0.180 0.009 0.050 0.058 0.077 0.057 0.005 0.565 44 K 0.096 0.023 0.073 0.184 0.298 0.052 0.006 0.268 45 T 0.052 0.019 0.116 0.090 0.160 0.047 0.004 0.511 46 Y 0.027 0.014 0.191 0.245 0.305 0.023 0.003 0.191 47 V 0.027 0.016 0.272 0.202 0.259 0.050 0.004 0.169 48 I 0.007 0.008 0.198 0.299 0.320 0.017 0.001 0.150 49 E 0.005 0.012 0.186 0.157 0.378 0.056 0.002 0.204 50 D 0.019 0.012 0.081 0.152 0.236 0.066 0.005 0.428 51 E 0.081 0.027 0.123 0.108 0.184 0.114 0.020 0.343 52 I 0.121 0.023 0.084 0.104 0.126 0.135 0.016 0.391 53 V 0.048 0.034 0.182 0.174 0.288 0.038 0.009 0.226 54 E 0.018 0.015 0.098 0.125 0.230 0.060 0.003 0.451 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.994 56 G 0.032 0.011 0.042 0.133 0.289 0.100 0.009 0.384 57 E 0.320 0.004 0.011 0.056 0.044 0.042 0.010 0.514 58 Y 0.083 0.017 0.048 0.073 0.115 0.035 0.008 0.621 59 D 0.079 0.010 0.043 0.094 0.169 0.158 0.008 0.440 60 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.989 62 E 0.128 0.002 0.004 0.008 0.012 0.468 0.005 0.374 63 M 0.519 0.032 0.014 0.026 0.030 0.063 0.012 0.303 64 K 0.189 0.095 0.051 0.057 0.096 0.083 0.012 0.418 65 Y 0.068 0.052 0.051 0.081 0.111 0.038 0.006 0.594 66 T 0.056 0.061 0.036 0.141 0.228 0.091 0.010 0.378 67 N 0.045 0.021 0.011 0.038 0.063 0.039 0.006 0.776 68 V 0.040 0.050 0.052 0.075 0.117 0.061 0.010 0.595 69 K 0.063 0.045 0.035 0.153 0.114 0.300 0.010 0.280 70 K 0.090 0.035 0.019 0.048 0.079 0.061 0.008 0.660 71 V 0.052 0.048 0.079 0.232 0.305 0.025 0.005 0.253 72 K 0.020 0.018 0.071 0.199 0.232 0.036 0.003 0.421 73 I 0.010 0.009 0.036 0.089 0.189 0.010 0.001 0.656 74 K 0.011 0.011 0.077 0.220 0.473 0.024 0.002 0.182 75 K 0.030 0.005 0.054 0.073 0.149 0.044 0.004 0.641 76 V 0.024 0.008 0.170 0.214 0.327 0.019 0.003 0.236 77 Y 0.013 0.007 0.278 0.198 0.323 0.031 0.002 0.147 78 F 0.007 0.003 0.110 0.214 0.265 0.011 0.001 0.389 79 E 0.007 0.004 0.131 0.293 0.433 0.035 0.001 0.095 80 T 0.016 0.003 0.034 0.133 0.233 0.055 0.003 0.523 81 L 0.029 0.011 0.070 0.268 0.398 0.045 0.006 0.173 82 D 0.030 0.008 0.031 0.084 0.090 0.128 0.008 0.620 83 N 0.123 0.008 0.027 0.043 0.055 0.368 0.027 0.349 84 V 0.333 0.016 0.055 0.090 0.113 0.134 0.035 0.223 85 R 0.032 0.009 0.125 0.175 0.218 0.167 0.006 0.269 86 V 0.012 0.004 0.141 0.138 0.228 0.035 0.002 0.442 87 V 0.007 0.005 0.238 0.215 0.377 0.027 0.001 0.130 88 T 0.012 0.005 0.161 0.146 0.180 0.098 0.001 0.396 89 D 0.008 0.009 0.112 0.089 0.180 0.102 0.002 0.497 90 Y 0.025 0.015 0.062 0.022 0.067 0.258 0.006 0.545 91 S 0.014 0.008 0.002 0.002 0.003 0.732 0.004 0.234 92 E 0.080 0.058 0.003 0.001 0.002 0.444 0.013 0.400 93 F 0.060 0.394 0.009 0.001 0.005 0.154 0.009 0.368 94 Q 0.029 0.567 0.008 0.006 0.009 0.133 0.005 0.242 95 K 0.016 0.818 0.004 0.002 0.004 0.035 0.002 0.118 96 I 0.008 0.965 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 97 L 0.003 0.986 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 98 K 0.016 0.950 0.003 0.002 0.004 0.001 0.005 0.019 99 K 0.045 0.894 0.004 0.002 0.004 0.002 0.016 0.032 100 R 0.077 0.730 0.011 0.004 0.004 0.013 0.092 0.070 101 G 0.250 0.258 0.037 0.007 0.007 0.016 0.144 0.279 102 T 0.095 0.136 0.322 0.033 0.019 0.073 0.022 0.300 103 K 0.048 0.069 0.068 0.041 0.032 0.102 0.010 0.629 104 L 0.067 0.088 0.055 0.045 0.083 0.063 0.006 0.593 105 E 0.062 0.151 0.071 0.034 0.054 0.236 0.009 0.383 106 H 0.110 0.093 0.038 0.026 0.047 0.092 0.015 0.579 107 H 0.147 0.132 0.066 0.032 0.056 0.082 0.023 0.462 108 H 0.107 0.090 0.054 0.039 0.045 0.096 0.019 0.551 109 H 0.094 0.079 0.046 0.038 0.064 0.102 0.019 0.558 110 H 0.108 0.067 0.045 0.032 0.056 0.115 0.018 0.560 111 H 0.083 0.044 0.036 0.031 0.049 0.091 0.013 0.653