# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.381 0.167 0.200 0.113 0.074 0.020 0.016 0.003 0.023 0.004 0.001 2 N 0.394 0.066 0.249 0.121 0.026 0.073 0.038 0.004 0.022 0.006 0.001 3 S 0.902 0.007 0.036 0.040 0.004 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.963 0.011 0.012 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 V 0.981 0.008 0.004 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 K 0.989 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 E 0.995 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 F 0.972 0.001 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.954 0.002 0.008 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.973 0.003 0.003 0.015 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 12 D 0.833 0.013 0.026 0.101 0.005 0.009 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 13 I 0.513 0.013 0.051 0.393 0.001 0.005 0.015 0.001 0.007 0.001 0.001 14 G 0.249 0.008 0.043 0.048 0.061 0.009 0.156 0.239 0.006 0.179 0.001 15 E 0.667 0.048 0.149 0.105 0.008 0.010 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 16 D 0.547 0.052 0.088 0.260 0.019 0.012 0.011 0.003 0.006 0.001 0.001 17 Y 0.367 0.267 0.114 0.129 0.053 0.018 0.035 0.003 0.014 0.001 0.001 18 I 0.099 0.730 0.106 0.006 0.024 0.017 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 19 E 0.069 0.443 0.358 0.009 0.019 0.076 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 20 L 0.111 0.481 0.226 0.035 0.033 0.049 0.002 0.001 0.061 0.001 0.001 21 E 0.334 0.183 0.185 0.223 0.018 0.016 0.022 0.001 0.014 0.001 0.002 22 N 0.045 0.023 0.033 0.110 0.144 0.016 0.349 0.239 0.007 0.032 0.001 23 E 0.044 0.381 0.374 0.050 0.063 0.026 0.041 0.002 0.017 0.001 0.001 24 I 0.021 0.545 0.338 0.031 0.018 0.032 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 25 H 0.018 0.390 0.341 0.027 0.034 0.136 0.017 0.001 0.033 0.001 0.002 26 L 0.042 0.442 0.343 0.039 0.050 0.058 0.005 0.001 0.017 0.001 0.002 27 K 0.005 0.258 0.340 0.001 0.038 0.034 0.003 0.001 0.319 0.003 0.001 28 P 0.158 0.001 0.783 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 29 E 0.587 0.116 0.116 0.060 0.031 0.023 0.040 0.015 0.009 0.001 0.001 30 V 0.283 0.398 0.219 0.023 0.015 0.042 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 31 F 0.674 0.126 0.096 0.064 0.008 0.027 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 32 Y 0.704 0.181 0.038 0.021 0.025 0.018 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 33 E 0.758 0.185 0.020 0.002 0.004 0.019 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 34 V 0.833 0.089 0.045 0.009 0.004 0.013 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 35 W 0.686 0.091 0.080 0.074 0.026 0.023 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 36 K 0.690 0.157 0.047 0.040 0.029 0.011 0.014 0.001 0.011 0.001 0.001 37 Y 0.494 0.177 0.141 0.085 0.026 0.046 0.008 0.001 0.021 0.001 0.001 38 V 0.262 0.162 0.117 0.366 0.008 0.017 0.045 0.001 0.021 0.001 0.001 39 G 0.075 0.019 0.078 0.054 0.123 0.026 0.116 0.292 0.006 0.208 0.002 40 E 0.022 0.271 0.374 0.006 0.019 0.027 0.009 0.001 0.270 0.002 0.001 41 P 0.301 0.002 0.620 0.013 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.047 42 E 0.447 0.178 0.160 0.114 0.017 0.028 0.023 0.007 0.024 0.001 0.001 43 L 0.203 0.230 0.404 0.089 0.026 0.022 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 44 K 0.362 0.218 0.199 0.079 0.080 0.018 0.017 0.008 0.011 0.005 0.004 45 T 0.021 0.647 0.113 0.053 0.134 0.008 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 46 Y 0.011 0.720 0.150 0.010 0.063 0.028 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 47 V 0.009 0.679 0.226 0.005 0.012 0.053 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 48 I 0.037 0.638 0.201 0.007 0.012 0.081 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 49 E 0.236 0.278 0.301 0.075 0.054 0.032 0.007 0.001 0.013 0.002 0.001 50 D 0.127 0.198 0.131 0.143 0.164 0.041 0.143 0.023 0.025 0.005 0.001 51 E 0.093 0.452 0.277 0.066 0.044 0.038 0.011 0.001 0.018 0.001 0.001 52 I 0.095 0.393 0.298 0.105 0.007 0.085 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 53 V 0.117 0.508 0.199 0.090 0.021 0.042 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 54 E 0.008 0.355 0.244 0.002 0.065 0.042 0.003 0.001 0.279 0.002 0.001 55 P 0.082 0.003 0.794 0.013 0.003 0.029 0.002 0.001 0.002 0.003 0.068 56 G 0.074 0.033 0.100 0.046 0.089 0.021 0.053 0.477 0.017 0.089 0.001 57 E 0.191 0.213 0.359 0.133 0.042 0.022 0.017 0.003 0.012 0.004 0.005 58 Y 0.080 0.248 0.217 0.275 0.112 0.028 0.007 0.004 0.020 0.004 0.004 59 D 0.010 0.142 0.408 0.008 0.027 0.042 0.009 0.001 0.350 0.002 0.001 60 P 0.414 0.004 0.518 0.016 0.003 0.008 0.001 0.001 0.004 0.004 0.028 61 P 0.785 0.023 0.154 0.019 0.005 0.003 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 62 E 0.523 0.048 0.140 0.244 0.007 0.017 0.013 0.001 0.007 0.001 0.002 63 M 0.163 0.339 0.289 0.063 0.074 0.021 0.018 0.004 0.028 0.002 0.001 64 K 0.263 0.267 0.282 0.043 0.025 0.059 0.033 0.004 0.018 0.003 0.003 65 Y 0.056 0.449 0.278 0.068 0.034 0.073 0.014 0.001 0.025 0.001 0.001 66 T 0.124 0.357 0.231 0.144 0.072 0.036 0.011 0.003 0.019 0.003 0.001 67 N 0.045 0.164 0.201 0.100 0.072 0.099 0.255 0.017 0.039 0.005 0.001 68 V 0.047 0.337 0.501 0.020 0.017 0.060 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 69 K 0.264 0.330 0.210 0.135 0.023 0.016 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 70 K 0.021 0.662 0.125 0.029 0.086 0.020 0.035 0.001 0.020 0.001 0.001 71 V 0.007 0.751 0.139 0.002 0.060 0.031 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 72 K 0.012 0.395 0.434 0.007 0.027 0.104 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 73 I 0.021 0.512 0.290 0.008 0.008 0.142 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 74 K 0.110 0.565 0.134 0.047 0.093 0.034 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 75 K 0.016 0.652 0.112 0.011 0.163 0.015 0.012 0.001 0.017 0.001 0.001 76 V 0.013 0.782 0.117 0.003 0.020 0.052 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 77 Y 0.045 0.552 0.256 0.025 0.064 0.040 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 78 F 0.066 0.557 0.167 0.032 0.090 0.052 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 79 E 0.110 0.596 0.119 0.024 0.078 0.043 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 80 T 0.153 0.383 0.206 0.074 0.070 0.062 0.013 0.001 0.035 0.001 0.001 81 L 0.283 0.328 0.148 0.134 0.036 0.021 0.012 0.001 0.036 0.001 0.001 82 D 0.172 0.061 0.099 0.348 0.057 0.023 0.201 0.014 0.014 0.009 0.002 83 N 0.027 0.025 0.028 0.091 0.028 0.016 0.702 0.074 0.006 0.003 0.001 84 V 0.031 0.411 0.458 0.024 0.029 0.025 0.012 0.001 0.009 0.001 0.001 85 R 0.051 0.227 0.543 0.032 0.008 0.122 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 86 V 0.054 0.569 0.208 0.024 0.016 0.111 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 87 V 0.159 0.495 0.162 0.037 0.023 0.103 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 88 T 0.147 0.321 0.192 0.062 0.213 0.030 0.006 0.002 0.020 0.006 0.001 89 D 0.112 0.149 0.283 0.043 0.083 0.236 0.023 0.004 0.057 0.008 0.003 90 Y 0.752 0.031 0.068 0.104 0.014 0.017 0.005 0.001 0.006 0.002 0.001 91 S 0.931 0.015 0.026 0.013 0.004 0.002 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 92 E 0.970 0.003 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 F 0.971 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Q 0.992 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 K 0.996 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 I 0.994 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 L 0.963 0.004 0.009 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 K 0.951 0.007 0.011 0.022 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 99 K 0.911 0.012 0.010 0.058 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 100 R 0.366 0.018 0.051 0.516 0.005 0.004 0.032 0.001 0.006 0.001 0.001 101 G 0.044 0.003 0.014 0.018 0.028 0.003 0.167 0.635 0.002 0.084 0.001 102 T 0.240 0.190 0.336 0.156 0.027 0.023 0.014 0.002 0.008 0.002 0.001 103 K 0.240 0.211 0.338 0.085 0.019 0.072 0.012 0.003 0.017 0.001 0.002 104 L 0.262 0.318 0.261 0.066 0.033 0.033 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 105 E 0.473 0.205 0.179 0.070 0.021 0.026 0.009 0.001 0.012 0.001 0.002 106 H 0.263 0.211 0.130 0.186 0.126 0.029 0.022 0.006 0.022 0.004 0.001 107 H 0.248 0.225 0.188 0.158 0.067 0.036 0.037 0.007 0.027 0.004 0.002 108 H 0.194 0.240 0.193 0.194 0.069 0.033 0.041 0.007 0.023 0.004 0.001 109 H 0.182 0.245 0.204 0.180 0.064 0.037 0.051 0.009 0.021 0.006 0.002 110 H 0.142 0.249 0.213 0.213 0.066 0.039 0.043 0.008 0.021 0.004 0.002 111 H 0.112 0.331 0.275 0.087 0.075 0.036 0.038 0.006 0.033 0.005 0.001