# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.339 0.117 0.022 0.142 0.034 0.039 0.104 0.047 0.073 0.036 2 N 0.160 0.196 0.075 0.016 0.209 0.009 0.010 0.155 0.045 0.074 0.052 3 S 0.004 0.018 0.004 0.001 0.013 0.002 0.004 0.690 0.245 0.015 0.004 4 E 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.008 0.908 0.059 0.007 0.002 5 V 0.005 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.909 0.052 0.015 0.003 6 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.949 0.036 0.006 0.001 7 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.947 0.045 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.976 0.009 0.001 0.001 9 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.917 0.068 0.009 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.780 0.199 0.009 0.001 11 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.007 0.044 0.702 0.188 0.048 0.001 12 D 0.018 0.025 0.028 0.004 0.025 0.007 0.181 0.487 0.083 0.133 0.008 13 I 0.051 0.274 0.089 0.017 0.096 0.014 0.048 0.151 0.101 0.128 0.033 14 G 0.084 0.051 0.047 0.037 0.056 0.029 0.025 0.235 0.172 0.183 0.080 15 E 0.050 0.051 0.027 0.016 0.073 0.035 0.065 0.377 0.212 0.071 0.022 16 D 0.055 0.059 0.030 0.016 0.083 0.050 0.173 0.268 0.113 0.123 0.029 17 Y 0.172 0.082 0.013 0.006 0.300 0.008 0.015 0.143 0.093 0.116 0.053 18 I 0.118 0.174 0.009 0.003 0.603 0.005 0.008 0.048 0.015 0.007 0.011 19 E 0.431 0.073 0.036 0.003 0.322 0.003 0.013 0.036 0.007 0.009 0.068 20 L 0.204 0.108 0.055 0.064 0.216 0.066 0.037 0.091 0.033 0.051 0.076 21 E 0.019 0.108 0.088 0.240 0.036 0.173 0.205 0.061 0.033 0.024 0.012 22 N 0.039 0.024 0.037 0.090 0.026 0.039 0.023 0.027 0.037 0.508 0.151 23 E 0.109 0.290 0.017 0.003 0.512 0.005 0.009 0.010 0.010 0.017 0.018 24 I 0.245 0.129 0.009 0.002 0.559 0.004 0.005 0.005 0.004 0.006 0.031 25 H 0.238 0.147 0.038 0.004 0.484 0.004 0.006 0.005 0.004 0.006 0.063 26 L 0.137 0.281 0.129 0.038 0.220 0.029 0.025 0.021 0.018 0.033 0.069 27 K 0.064 0.367 0.290 0.030 0.165 0.007 0.007 0.016 0.015 0.011 0.027 28 P 0.059 0.159 0.031 0.007 0.140 0.014 0.046 0.263 0.218 0.037 0.026 29 E 0.079 0.113 0.024 0.007 0.172 0.014 0.054 0.315 0.122 0.063 0.038 30 V 0.148 0.143 0.016 0.008 0.308 0.008 0.023 0.226 0.058 0.032 0.029 31 F 0.186 0.049 0.012 0.011 0.198 0.011 0.028 0.383 0.061 0.029 0.031 32 Y 0.090 0.083 0.023 0.013 0.232 0.014 0.021 0.420 0.067 0.014 0.023 33 E 0.117 0.044 0.009 0.008 0.120 0.007 0.049 0.550 0.057 0.021 0.018 34 V 0.131 0.039 0.008 0.006 0.155 0.005 0.030 0.509 0.070 0.026 0.021 35 W 0.096 0.072 0.012 0.007 0.229 0.009 0.032 0.399 0.101 0.020 0.023 36 K 0.139 0.069 0.028 0.009 0.177 0.008 0.071 0.346 0.079 0.034 0.040 37 Y 0.152 0.064 0.029 0.026 0.114 0.028 0.120 0.231 0.072 0.101 0.061 38 V 0.035 0.241 0.122 0.083 0.100 0.063 0.116 0.088 0.051 0.070 0.031 39 G 0.030 0.068 0.097 0.237 0.031 0.045 0.037 0.055 0.061 0.267 0.071 40 E 0.061 0.340 0.222 0.027 0.227 0.007 0.009 0.032 0.030 0.022 0.023 41 P 0.085 0.242 0.045 0.013 0.210 0.024 0.064 0.144 0.124 0.027 0.023 42 E 0.190 0.086 0.038 0.013 0.199 0.022 0.098 0.108 0.067 0.094 0.085 43 L 0.261 0.143 0.023 0.012 0.381 0.016 0.014 0.040 0.028 0.038 0.045 44 K 0.171 0.122 0.049 0.039 0.282 0.070 0.082 0.083 0.041 0.027 0.034 45 T 0.311 0.079 0.024 0.008 0.374 0.010 0.017 0.034 0.019 0.043 0.082 46 Y 0.129 0.219 0.008 0.002 0.604 0.002 0.004 0.010 0.003 0.004 0.015 47 V 0.308 0.130 0.028 0.002 0.453 0.002 0.006 0.011 0.003 0.004 0.053 48 I 0.185 0.280 0.072 0.013 0.274 0.016 0.014 0.032 0.015 0.020 0.079 49 E 0.097 0.141 0.063 0.066 0.159 0.074 0.089 0.152 0.082 0.043 0.034 50 D 0.087 0.073 0.043 0.034 0.097 0.043 0.059 0.166 0.206 0.144 0.048 51 E 0.070 0.184 0.055 0.016 0.191 0.021 0.090 0.131 0.097 0.101 0.044 52 I 0.170 0.133 0.026 0.008 0.295 0.010 0.025 0.072 0.055 0.132 0.074 53 V 0.100 0.261 0.090 0.039 0.227 0.026 0.045 0.060 0.044 0.058 0.051 54 E 0.067 0.212 0.387 0.068 0.154 0.015 0.014 0.028 0.016 0.014 0.025 55 P 0.056 0.205 0.071 0.040 0.113 0.056 0.149 0.115 0.118 0.055 0.023 56 G 0.063 0.076 0.095 0.120 0.076 0.050 0.029 0.042 0.059 0.284 0.107 57 E 0.152 0.132 0.041 0.014 0.243 0.016 0.042 0.081 0.093 0.119 0.067 58 Y 0.102 0.217 0.110 0.029 0.210 0.026 0.041 0.055 0.044 0.105 0.062 59 D 0.057 0.374 0.284 0.036 0.126 0.010 0.014 0.018 0.016 0.028 0.039 60 P 0.100 0.371 0.152 0.011 0.232 0.005 0.008 0.045 0.036 0.015 0.026 61 P 0.024 0.163 0.050 0.011 0.067 0.025 0.074 0.322 0.226 0.026 0.010 62 E 0.081 0.055 0.020 0.006 0.107 0.012 0.068 0.253 0.152 0.192 0.054 63 M 0.141 0.209 0.019 0.006 0.406 0.008 0.013 0.087 0.043 0.037 0.032 64 K 0.155 0.142 0.040 0.014 0.294 0.024 0.067 0.147 0.047 0.028 0.040 65 Y 0.296 0.044 0.016 0.012 0.181 0.013 0.026 0.123 0.072 0.119 0.098 66 T 0.039 0.273 0.076 0.071 0.148 0.071 0.089 0.129 0.048 0.036 0.020 67 N 0.198 0.073 0.036 0.014 0.185 0.014 0.026 0.100 0.052 0.166 0.137 68 V 0.238 0.128 0.008 0.003 0.456 0.005 0.005 0.052 0.048 0.022 0.034 69 K 0.059 0.159 0.049 0.029 0.225 0.087 0.180 0.143 0.043 0.011 0.015 70 K 0.477 0.025 0.006 0.004 0.290 0.003 0.011 0.029 0.014 0.058 0.082 71 V 0.169 0.161 0.002 0.002 0.641 0.002 0.004 0.007 0.002 0.002 0.007 72 K 0.196 0.109 0.031 0.001 0.598 0.004 0.008 0.008 0.002 0.002 0.040 73 I 0.550 0.047 0.006 0.003 0.297 0.002 0.002 0.008 0.006 0.009 0.070 74 K 0.091 0.199 0.035 0.037 0.297 0.096 0.147 0.047 0.023 0.011 0.018 75 K 0.357 0.061 0.016 0.002 0.453 0.004 0.009 0.011 0.007 0.017 0.062 76 V 0.244 0.154 0.004 0.001 0.568 0.002 0.004 0.005 0.002 0.003 0.013 77 Y 0.211 0.121 0.046 0.004 0.530 0.009 0.010 0.008 0.004 0.003 0.053 78 F 0.270 0.190 0.027 0.004 0.418 0.004 0.005 0.015 0.009 0.008 0.050 79 E 0.145 0.173 0.055 0.026 0.295 0.037 0.068 0.080 0.037 0.035 0.048 80 T 0.245 0.169 0.112 0.010 0.270 0.008 0.026 0.040 0.025 0.026 0.070 81 L 0.140 0.084 0.054 0.062 0.123 0.090 0.062 0.151 0.088 0.079 0.067 82 D 0.009 0.116 0.111 0.222 0.021 0.201 0.183 0.058 0.039 0.029 0.009 83 N 0.081 0.030 0.028 0.052 0.054 0.024 0.017 0.031 0.035 0.487 0.162 84 V 0.133 0.327 0.017 0.005 0.453 0.006 0.007 0.012 0.008 0.012 0.018 85 R 0.142 0.181 0.033 0.003 0.568 0.008 0.008 0.014 0.007 0.004 0.032 86 V 0.405 0.084 0.012 0.005 0.395 0.005 0.011 0.019 0.009 0.013 0.043 87 V 0.260 0.111 0.030 0.013 0.325 0.024 0.033 0.040 0.022 0.049 0.092 88 T 0.055 0.284 0.275 0.012 0.209 0.024 0.017 0.020 0.010 0.019 0.075 89 D 0.126 0.481 0.078 0.005 0.166 0.003 0.003 0.034 0.012 0.047 0.044 90 Y 0.007 0.019 0.005 0.001 0.014 0.002 0.003 0.463 0.449 0.031 0.006 91 S 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.878 0.106 0.003 0.001 92 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.930 0.049 0.010 0.001 93 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.903 0.078 0.014 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.048 0.001 0.001 95 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.969 0.022 0.002 0.001 96 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.973 0.012 0.002 0.001 97 L 0.005 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.904 0.061 0.006 0.002 98 K 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.023 0.854 0.094 0.014 0.002 99 K 0.008 0.011 0.010 0.006 0.008 0.008 0.105 0.769 0.047 0.024 0.004 100 R 0.009 0.500 0.180 0.034 0.032 0.028 0.074 0.079 0.028 0.026 0.010 101 G 0.045 0.019 0.019 0.030 0.021 0.013 0.009 0.069 0.049 0.456 0.270 102 T 0.046 0.413 0.069 0.010 0.198 0.012 0.023 0.128 0.051 0.030 0.020 103 K 0.174 0.159 0.047 0.007 0.231 0.014 0.041 0.160 0.052 0.050 0.065 104 L 0.140 0.177 0.045 0.016 0.234 0.020 0.025 0.173 0.088 0.044 0.039 105 E 0.087 0.076 0.036 0.021 0.133 0.041 0.069 0.324 0.119 0.061 0.033 106 H 0.104 0.097 0.053 0.019 0.149 0.024 0.054 0.219 0.097 0.129 0.054 107 H 0.087 0.127 0.053 0.031 0.145 0.032 0.054 0.185 0.097 0.133 0.057 108 H 0.090 0.134 0.062 0.033 0.141 0.033 0.046 0.162 0.106 0.127 0.065 109 H 0.105 0.133 0.057 0.026 0.159 0.027 0.047 0.162 0.104 0.124 0.058 110 H 0.102 0.128 0.063 0.030 0.148 0.033 0.053 0.156 0.096 0.136 0.056 111 H 0.107 0.161 0.067 0.028 0.176 0.027 0.038 0.152 0.093 0.099 0.052