# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.608 0.184 0.122 0.053 0.024 0.008 0.001 2 N 0.557 0.206 0.131 0.065 0.026 0.013 0.002 3 S 0.403 0.212 0.194 0.121 0.050 0.019 0.002 4 E 0.356 0.286 0.218 0.084 0.037 0.017 0.002 5 V 0.072 0.102 0.161 0.240 0.247 0.153 0.025 6 I 0.044 0.055 0.077 0.157 0.269 0.325 0.073 7 K 0.097 0.201 0.264 0.243 0.130 0.054 0.011 8 E 0.097 0.209 0.245 0.238 0.139 0.058 0.014 9 F 0.036 0.054 0.089 0.173 0.298 0.291 0.060 10 L 0.039 0.064 0.105 0.226 0.295 0.234 0.037 11 E 0.189 0.318 0.270 0.150 0.049 0.020 0.003 12 D 0.143 0.227 0.263 0.192 0.122 0.048 0.005 13 I 0.071 0.094 0.146 0.286 0.238 0.146 0.018 14 G 0.313 0.297 0.197 0.120 0.050 0.020 0.003 15 E 0.563 0.265 0.110 0.045 0.013 0.004 0.001 16 D 0.240 0.274 0.232 0.154 0.074 0.024 0.003 17 Y 0.083 0.102 0.161 0.235 0.228 0.170 0.021 18 I 0.092 0.108 0.144 0.213 0.239 0.180 0.024 19 E 0.159 0.246 0.254 0.196 0.097 0.041 0.007 20 L 0.130 0.109 0.131 0.194 0.231 0.169 0.036 21 E 0.219 0.225 0.185 0.189 0.107 0.060 0.016 22 N 0.379 0.260 0.168 0.111 0.049 0.027 0.006 23 E 0.230 0.219 0.205 0.187 0.110 0.044 0.006 24 I 0.135 0.144 0.163 0.208 0.199 0.139 0.012 25 H 0.208 0.249 0.231 0.167 0.097 0.044 0.004 26 L 0.142 0.131 0.189 0.270 0.184 0.076 0.007 27 K 0.455 0.276 0.160 0.071 0.023 0.012 0.002 28 P 0.333 0.228 0.193 0.144 0.070 0.029 0.004 29 E 0.481 0.272 0.164 0.056 0.016 0.008 0.001 30 V 0.073 0.126 0.185 0.260 0.233 0.107 0.016 31 F 0.063 0.081 0.100 0.164 0.238 0.283 0.072 32 Y 0.075 0.112 0.161 0.245 0.219 0.152 0.037 33 E 0.168 0.226 0.230 0.192 0.105 0.057 0.022 34 V 0.088 0.105 0.133 0.185 0.224 0.199 0.065 35 W 0.091 0.083 0.095 0.161 0.230 0.242 0.098 36 K 0.186 0.223 0.209 0.184 0.111 0.068 0.019 37 Y 0.198 0.165 0.166 0.193 0.159 0.099 0.020 38 V 0.229 0.158 0.163 0.171 0.148 0.107 0.025 39 G 0.343 0.222 0.167 0.126 0.082 0.049 0.011 40 E 0.383 0.214 0.182 0.120 0.062 0.032 0.006 41 P 0.436 0.258 0.144 0.092 0.045 0.022 0.003 42 E 0.281 0.236 0.227 0.137 0.079 0.035 0.006 43 L 0.131 0.102 0.123 0.203 0.230 0.180 0.031 44 K 0.149 0.210 0.228 0.226 0.115 0.061 0.012 45 T 0.138 0.233 0.270 0.203 0.098 0.049 0.010 46 Y 0.045 0.079 0.129 0.226 0.253 0.233 0.036 47 V 0.039 0.069 0.119 0.190 0.273 0.251 0.058 48 I 0.046 0.079 0.113 0.209 0.261 0.231 0.061 49 E 0.127 0.204 0.226 0.220 0.133 0.069 0.021 50 D 0.149 0.249 0.217 0.202 0.103 0.065 0.014 51 E 0.152 0.206 0.249 0.200 0.121 0.060 0.012 52 I 0.082 0.099 0.107 0.192 0.260 0.222 0.038 53 V 0.124 0.137 0.165 0.222 0.210 0.124 0.017 54 E 0.239 0.231 0.213 0.188 0.090 0.036 0.004 55 P 0.414 0.255 0.172 0.097 0.044 0.016 0.002 56 G 0.452 0.254 0.147 0.092 0.040 0.013 0.001 57 E 0.602 0.270 0.085 0.031 0.009 0.003 0.001 58 Y 0.256 0.176 0.194 0.227 0.119 0.028 0.001 59 D 0.463 0.284 0.146 0.075 0.025 0.007 0.001 60 P 0.503 0.247 0.139 0.078 0.027 0.006 0.001 61 P 0.615 0.232 0.092 0.043 0.014 0.003 0.001 62 E 0.453 0.298 0.145 0.074 0.023 0.008 0.001 63 M 0.198 0.164 0.209 0.235 0.151 0.040 0.002 64 K 0.240 0.309 0.241 0.141 0.052 0.016 0.001 65 Y 0.140 0.139 0.195 0.264 0.203 0.056 0.003 66 T 0.386 0.281 0.173 0.117 0.033 0.010 0.001 67 N 0.560 0.245 0.136 0.039 0.015 0.005 0.001 68 V 0.224 0.183 0.218 0.230 0.108 0.034 0.003 69 K 0.376 0.297 0.188 0.094 0.032 0.012 0.001 70 K 0.240 0.328 0.230 0.133 0.051 0.017 0.001 71 V 0.093 0.108 0.152 0.276 0.248 0.115 0.008 72 K 0.119 0.262 0.290 0.198 0.092 0.034 0.004 73 I 0.060 0.082 0.117 0.247 0.283 0.184 0.027 74 K 0.139 0.233 0.251 0.209 0.107 0.051 0.010 75 K 0.120 0.239 0.257 0.210 0.105 0.057 0.013 76 V 0.062 0.101 0.137 0.222 0.257 0.181 0.040 77 Y 0.053 0.085 0.112 0.188 0.235 0.260 0.067 78 F 0.061 0.080 0.107 0.195 0.249 0.254 0.054 79 E 0.136 0.199 0.230 0.223 0.126 0.073 0.012 80 T 0.143 0.204 0.232 0.187 0.143 0.079 0.012 81 L 0.096 0.103 0.158 0.275 0.225 0.128 0.016 82 D 0.399 0.287 0.177 0.087 0.033 0.016 0.003 83 N 0.390 0.284 0.172 0.094 0.039 0.018 0.003 84 V 0.216 0.225 0.215 0.202 0.103 0.036 0.004 85 R 0.172 0.261 0.259 0.184 0.084 0.035 0.005 86 V 0.076 0.079 0.119 0.202 0.261 0.229 0.033 87 V 0.085 0.110 0.148 0.235 0.247 0.153 0.022 88 T 0.186 0.271 0.221 0.184 0.091 0.041 0.007 89 D 0.161 0.225 0.233 0.186 0.124 0.060 0.011 90 Y 0.083 0.112 0.162 0.234 0.218 0.164 0.027 91 S 0.241 0.313 0.199 0.157 0.064 0.023 0.004 92 E 0.230 0.301 0.248 0.135 0.060 0.022 0.003 93 F 0.045 0.057 0.093 0.209 0.303 0.266 0.028 94 Q 0.052 0.126 0.255 0.282 0.197 0.079 0.009 95 K 0.111 0.349 0.289 0.169 0.058 0.022 0.002 96 I 0.043 0.083 0.183 0.302 0.274 0.110 0.005 97 L 0.055 0.082 0.138 0.265 0.321 0.131 0.007 98 K 0.300 0.317 0.246 0.104 0.028 0.005 0.001 99 K 0.679 0.223 0.074 0.019 0.004 0.001 0.001 100 R 0.591 0.247 0.115 0.037 0.009 0.002 0.001 101 G 0.701 0.201 0.073 0.020 0.004 0.001 0.001 102 T 0.584 0.254 0.103 0.045 0.012 0.002 0.001 103 K 0.591 0.267 0.098 0.034 0.008 0.002 0.001 104 L 0.265 0.175 0.200 0.212 0.125 0.022 0.001 105 E 0.586 0.247 0.112 0.042 0.010 0.002 0.001 106 H 0.506 0.241 0.140 0.073 0.033 0.006 0.001 107 H 0.478 0.256 0.142 0.084 0.032 0.008 0.001 108 H 0.507 0.229 0.145 0.079 0.031 0.007 0.001 109 H 0.610 0.215 0.104 0.051 0.017 0.003 0.001 110 H 0.677 0.202 0.075 0.033 0.011 0.002 0.001 111 H 0.671 0.188 0.087 0.037 0.013 0.003 0.001