# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.249 0.111 0.107 0.129 0.133 0.103 0.070 0.047 0.026 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 2 N 0.220 0.126 0.135 0.142 0.126 0.102 0.066 0.038 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 3 S 0.241 0.113 0.113 0.131 0.130 0.104 0.072 0.046 0.024 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 4 E 0.342 0.179 0.143 0.109 0.087 0.062 0.034 0.020 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 5 V 0.119 0.063 0.079 0.105 0.139 0.140 0.125 0.108 0.058 0.032 0.018 0.009 0.005 0.002 6 I 0.065 0.048 0.056 0.107 0.153 0.170 0.154 0.119 0.066 0.031 0.019 0.007 0.003 0.002 7 K 0.245 0.150 0.155 0.156 0.115 0.079 0.044 0.026 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 8 E 0.308 0.164 0.164 0.127 0.101 0.062 0.034 0.020 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 9 F 0.069 0.050 0.065 0.117 0.173 0.177 0.143 0.108 0.053 0.025 0.013 0.005 0.003 0.001 10 L 0.069 0.071 0.085 0.142 0.177 0.165 0.131 0.089 0.042 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 11 E 0.435 0.188 0.136 0.100 0.063 0.041 0.019 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 D 0.276 0.187 0.214 0.137 0.087 0.055 0.022 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.074 0.051 0.066 0.124 0.190 0.180 0.146 0.096 0.041 0.016 0.010 0.003 0.002 0.001 14 G 0.193 0.155 0.177 0.171 0.127 0.086 0.046 0.022 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 15 E 0.473 0.164 0.122 0.089 0.059 0.040 0.027 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 16 D 0.120 0.118 0.139 0.171 0.167 0.125 0.075 0.042 0.024 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 17 Y 0.054 0.038 0.056 0.099 0.162 0.163 0.142 0.123 0.074 0.049 0.019 0.011 0.006 0.003 18 I 0.069 0.039 0.035 0.059 0.098 0.119 0.161 0.134 0.101 0.080 0.057 0.028 0.015 0.005 19 E 0.151 0.093 0.110 0.109 0.118 0.106 0.088 0.080 0.060 0.034 0.031 0.012 0.004 0.004 20 L 0.046 0.029 0.034 0.057 0.092 0.104 0.125 0.123 0.123 0.109 0.076 0.046 0.027 0.010 21 E 0.048 0.049 0.062 0.113 0.141 0.146 0.133 0.120 0.081 0.050 0.030 0.014 0.007 0.005 22 N 0.144 0.099 0.094 0.130 0.138 0.120 0.101 0.068 0.046 0.032 0.017 0.007 0.003 0.002 23 E 0.099 0.100 0.090 0.132 0.156 0.141 0.106 0.074 0.049 0.028 0.014 0.005 0.002 0.002 24 I 0.059 0.036 0.041 0.066 0.120 0.151 0.155 0.132 0.084 0.069 0.045 0.024 0.015 0.004 25 H 0.078 0.094 0.110 0.148 0.153 0.140 0.101 0.083 0.052 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 26 L 0.091 0.044 0.048 0.074 0.109 0.120 0.130 0.120 0.099 0.075 0.048 0.026 0.012 0.003 27 K 0.108 0.125 0.141 0.170 0.141 0.129 0.081 0.050 0.032 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 28 P 0.094 0.061 0.080 0.126 0.152 0.143 0.116 0.083 0.058 0.041 0.025 0.014 0.006 0.002 29 E 0.134 0.142 0.124 0.153 0.153 0.113 0.084 0.052 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 30 V 0.049 0.031 0.043 0.063 0.104 0.133 0.159 0.144 0.106 0.075 0.051 0.025 0.013 0.004 31 F 0.030 0.031 0.035 0.075 0.124 0.163 0.169 0.168 0.095 0.056 0.027 0.015 0.008 0.004 32 Y 0.113 0.067 0.073 0.095 0.106 0.107 0.112 0.092 0.077 0.064 0.041 0.032 0.015 0.006 33 E 0.117 0.094 0.105 0.126 0.141 0.124 0.099 0.078 0.052 0.028 0.019 0.010 0.004 0.003 34 V 0.038 0.026 0.038 0.063 0.104 0.135 0.162 0.155 0.108 0.069 0.058 0.023 0.015 0.007 35 W 0.058 0.054 0.059 0.103 0.150 0.158 0.156 0.115 0.068 0.040 0.022 0.009 0.005 0.002 36 K 0.259 0.176 0.162 0.137 0.099 0.076 0.039 0.025 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.098 0.075 0.089 0.143 0.197 0.152 0.103 0.075 0.035 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 38 V 0.109 0.082 0.093 0.135 0.168 0.154 0.108 0.079 0.039 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 39 G 0.283 0.140 0.141 0.139 0.115 0.088 0.045 0.025 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 40 E 0.377 0.157 0.201 0.100 0.066 0.042 0.027 0.013 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 41 P 0.283 0.133 0.155 0.140 0.118 0.076 0.047 0.022 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 42 E 0.272 0.190 0.176 0.145 0.086 0.065 0.033 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 43 L 0.106 0.066 0.060 0.116 0.158 0.142 0.140 0.109 0.046 0.026 0.018 0.007 0.004 0.001 44 K 0.079 0.087 0.100 0.154 0.168 0.144 0.106 0.080 0.046 0.020 0.010 0.004 0.001 0.001 45 T 0.064 0.039 0.057 0.088 0.129 0.130 0.131 0.115 0.097 0.070 0.041 0.023 0.011 0.005 46 Y 0.050 0.036 0.041 0.068 0.115 0.125 0.144 0.127 0.103 0.079 0.054 0.034 0.016 0.007 47 V 0.039 0.026 0.037 0.044 0.074 0.091 0.118 0.127 0.122 0.109 0.100 0.064 0.034 0.017 48 I 0.024 0.019 0.019 0.032 0.054 0.085 0.118 0.143 0.149 0.129 0.108 0.064 0.038 0.016 49 E 0.033 0.033 0.041 0.070 0.095 0.117 0.141 0.142 0.114 0.089 0.064 0.033 0.016 0.012 50 D 0.050 0.051 0.061 0.099 0.124 0.132 0.131 0.112 0.088 0.064 0.046 0.023 0.011 0.007 51 E 0.051 0.053 0.071 0.109 0.150 0.152 0.124 0.109 0.075 0.051 0.028 0.015 0.007 0.004 52 I 0.032 0.028 0.034 0.061 0.112 0.133 0.152 0.148 0.110 0.084 0.052 0.030 0.017 0.007 53 V 0.057 0.045 0.050 0.070 0.106 0.131 0.135 0.137 0.104 0.074 0.046 0.026 0.013 0.005 54 E 0.118 0.089 0.107 0.121 0.133 0.117 0.101 0.081 0.057 0.036 0.023 0.010 0.004 0.003 55 P 0.110 0.083 0.098 0.122 0.139 0.126 0.102 0.079 0.060 0.037 0.025 0.011 0.005 0.003 56 G 0.157 0.092 0.121 0.131 0.137 0.119 0.090 0.067 0.040 0.023 0.014 0.005 0.002 0.001 57 E 0.252 0.154 0.149 0.138 0.114 0.075 0.050 0.030 0.020 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 58 Y 0.200 0.107 0.087 0.125 0.147 0.116 0.084 0.066 0.032 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 59 D 0.246 0.147 0.143 0.141 0.125 0.078 0.052 0.030 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 60 P 0.214 0.128 0.115 0.133 0.126 0.105 0.076 0.046 0.031 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 61 P 0.330 0.142 0.145 0.109 0.092 0.066 0.052 0.025 0.020 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 62 E 0.345 0.202 0.155 0.102 0.070 0.063 0.029 0.014 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 63 M 0.161 0.101 0.094 0.144 0.151 0.136 0.081 0.061 0.033 0.019 0.009 0.006 0.003 0.001 64 K 0.223 0.139 0.148 0.158 0.135 0.085 0.049 0.029 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.121 0.080 0.094 0.136 0.158 0.133 0.102 0.077 0.051 0.023 0.014 0.007 0.003 0.001 66 T 0.260 0.145 0.146 0.123 0.123 0.081 0.053 0.028 0.022 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 67 N 0.308 0.190 0.164 0.113 0.078 0.075 0.030 0.016 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 68 V 0.093 0.073 0.087 0.137 0.171 0.150 0.121 0.086 0.042 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 69 K 0.238 0.137 0.151 0.145 0.120 0.089 0.052 0.030 0.024 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 70 K 0.134 0.107 0.114 0.160 0.156 0.127 0.080 0.059 0.035 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 71 V 0.066 0.042 0.039 0.074 0.129 0.139 0.171 0.131 0.073 0.047 0.059 0.018 0.010 0.004 72 K 0.107 0.131 0.147 0.174 0.144 0.125 0.064 0.051 0.030 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 73 I 0.037 0.023 0.027 0.051 0.086 0.110 0.151 0.159 0.125 0.092 0.077 0.034 0.019 0.007 74 K 0.039 0.045 0.057 0.104 0.146 0.160 0.143 0.117 0.087 0.049 0.028 0.015 0.006 0.004 75 K 0.060 0.041 0.060 0.083 0.123 0.122 0.130 0.112 0.095 0.077 0.048 0.027 0.013 0.009 76 V 0.034 0.023 0.023 0.034 0.059 0.090 0.120 0.119 0.142 0.129 0.114 0.063 0.040 0.011 77 Y 0.026 0.025 0.037 0.063 0.099 0.130 0.152 0.163 0.108 0.084 0.054 0.032 0.016 0.012 78 F 0.026 0.025 0.028 0.046 0.072 0.095 0.136 0.145 0.141 0.122 0.084 0.046 0.024 0.010 79 E 0.113 0.089 0.090 0.128 0.135 0.128 0.101 0.086 0.055 0.034 0.023 0.010 0.005 0.003 80 T 0.059 0.069 0.092 0.140 0.185 0.148 0.115 0.083 0.051 0.028 0.017 0.008 0.003 0.002 81 L 0.043 0.050 0.061 0.110 0.179 0.160 0.148 0.118 0.069 0.031 0.019 0.006 0.004 0.002 82 D 0.190 0.171 0.187 0.162 0.116 0.083 0.041 0.023 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 83 N 0.362 0.189 0.151 0.097 0.065 0.064 0.034 0.014 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 84 V 0.092 0.076 0.097 0.141 0.175 0.167 0.120 0.064 0.036 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 85 R 0.178 0.118 0.148 0.137 0.139 0.104 0.074 0.047 0.031 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 86 V 0.086 0.039 0.046 0.077 0.115 0.124 0.152 0.149 0.085 0.061 0.038 0.017 0.009 0.003 87 V 0.065 0.052 0.054 0.096 0.131 0.145 0.130 0.126 0.083 0.049 0.035 0.020 0.009 0.004 88 T 0.216 0.124 0.112 0.122 0.117 0.092 0.072 0.059 0.036 0.024 0.014 0.007 0.003 0.002 89 D 0.160 0.123 0.133 0.157 0.152 0.109 0.069 0.045 0.030 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 90 Y 0.051 0.048 0.070 0.126 0.186 0.178 0.140 0.099 0.059 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 91 S 0.313 0.180 0.169 0.122 0.093 0.057 0.032 0.015 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 92 E 0.368 0.242 0.182 0.092 0.047 0.040 0.015 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 F 0.033 0.038 0.050 0.134 0.189 0.212 0.171 0.100 0.047 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 94 Q 0.118 0.150 0.195 0.197 0.152 0.100 0.049 0.019 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 95 K 0.461 0.215 0.171 0.072 0.036 0.028 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 I 0.056 0.070 0.075 0.198 0.224 0.163 0.107 0.067 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 97 L 0.053 0.065 0.071 0.168 0.227 0.183 0.117 0.071 0.029 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 98 K 0.443 0.219 0.179 0.072 0.040 0.028 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 K 0.544 0.159 0.163 0.063 0.034 0.021 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 R 0.350 0.146 0.195 0.124 0.089 0.050 0.031 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 101 G 0.448 0.182 0.168 0.083 0.053 0.034 0.020 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 T 0.399 0.161 0.106 0.119 0.102 0.056 0.034 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 103 K 0.401 0.189 0.153 0.092 0.070 0.045 0.026 0.009 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.151 0.098 0.105 0.162 0.179 0.131 0.076 0.051 0.026 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 105 E 0.452 0.170 0.117 0.089 0.065 0.043 0.035 0.012 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 106 H 0.327 0.155 0.120 0.125 0.104 0.080 0.046 0.021 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 107 H 0.330 0.145 0.111 0.121 0.118 0.072 0.054 0.022 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 108 H 0.368 0.154 0.119 0.114 0.095 0.066 0.043 0.019 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 109 H 0.416 0.145 0.105 0.103 0.089 0.058 0.043 0.017 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 110 H 0.365 0.153 0.121 0.107 0.094 0.065 0.046 0.020 0.013 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 111 H 0.344 0.149 0.126 0.116 0.098 0.068 0.047 0.022 0.014 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001