This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA V A 3 3 NATAA E A 4 4 NATAA I A 5 5 NATAA F A 6 6 NATAA N A 7 7 NATAA E A 8 8 NATAA I A 9 9 NATAA M A 10 10 NATAA Q A 11 11 NATAA R A 12 12 NATAA V A 13 13 NATAA K A 14 14 NATAA E A 15 15 NATAA A A 16 16 NATAA E A 17 17 NATAA T A 18 18 NATAA I A 19 19 NATAA I A 20 20 NATAA I A 21 21 NATAA H A 22 22 NATAA R A 23 23 NATAA H A 24 24 NATAA V A 25 25 NATAA R A 26 26 NATRO P A 27 27 NATAA D A 28 28 NATRO P A 29 29 NATAA D A 30 30 NATAA A A 31 31 NATAA Y A 32 32 NATAA G A 33 33 NATAA S A 34 34 NATAA Q A 35 35 NATAA L A 36 36 NATAA G A 37 37 NATAA L A 38 38 NATAA K A 39 39 NATAA L A 40 40 NATAA Y A 41 41 NATAA L A 42 42 NATAA E A 43 43 NATAA R A 44 44 NATAA K A 45 45 NATAA F A 46 46 NATRO P A 47 47 NATAA E A 48 48 NATAA K A 49 49 NATAA N A 50 50 NATAA I A 51 51 NATAA Y A 52 52 NATAA A A 53 53 NATAA T A 54 54 NATAA G A 55 55 NATAA E A 56 56 NATAA A A 57 57 NATAA E A 58 58 NATRO P A 59 59 NATAA S A 60 60 NATAA L A 61 61 NATAA S A 62 62 NATAA F A 63 63 NATAA I A 64 64 NATAA G A 65 65 NATAA D A 66 66 NATAA L A 67 67 NATAA D A 68 68 NATAA E A 69 69 NATAA I A 70 70 NATAA D A 71 71 NATAA D A 72 72 NATAA S A 73 73 NATAA V A 74 74 NATAA Y A 75 75 NATAA S A 76 76 NATAA D A 77 77 NATAA A A 78 78 NATAA L A 79 79 NATAA V A 80 80 NATAA I A 81 81 NATAA V A 82 82 NATRO C A 83 83 NATAA D A 84 84 NATAA T A 85 85 NATAA A A 86 86 NATAA N A 87 87 NATAA A A 88 88 NATRO P A 89 89 NATAA R A 90 90 NATAA I A 91 91 NATAA D A 92 92 NATAA D A 93 93 NATAA Q A 94 94 NATAA R A 95 95 NATAA Y A 96 96 NATAA L A 97 97 NATAA N A 98 98 NATAA G A 99 99 NATAA Q A 100 100 NATAA S A 101 101 NATAA L A 102 102 NATAA I A 103 103 NATAA K A 104 104 NATAA I A 105 105 NATAA D A 106 106 NATAA H A 107 107 NATAA H A 108 108 NATRO P A 109 109 NATAA A A 110 110 NATAA T A 111 111 NATAA D A 112 112 NATAA Q A 113 113 NATAA Y A 114 114 NATAA G A 115 115 NATAA D A 116 116 NATAA V A 117 117 NATAA N A 118 118 NATAA F A 119 119 NATAA V A 120 120 NATAA N A 121 121 NATAA T A 122 122 NATAA E A 123 123 NATAA A A 124 124 NATAA S A 125 125 NATAA S A 126 126 NATAA T A 127 127 NATAA S A 128 128 NATAA E A 129 129 NATAA I A 130 130 NATAA I A 131 131 NATAA F A 132 132 NATAA D A 133 133 NATAA F A 134 134 NATAA I A 135 135 NATAA S A 136 136 NATAA H A 137 137 NATAA F A 138 138 NATAA N A 139 139 NATAA D A 140 140 NATAA L A 141 141 NATAA S A 142 142 NATAA I A 143 143 NATAA I A 144 144 NATAA D A 145 145 NATAA E A 146 146 NATAA H A 147 147 NATAA V A 148 148 NATAA A A 149 149 NATAA R A 150 150 NATAA V A 151 151 NATAA L A 152 152 NATAA Y A 153 153 NATAA L A 154 154 NATAA G A 155 155 NATAA I A 156 156 NATAA V A 157 157 NATAA G A 158 158 NATAA D A 159 159 NATAA T A 160 160 NATAA G A 161 161 NATAA R A 162 162 NATAA F A 163 163 NATAA L A 164 164 NATAA F A 165 165 NATAA S A 166 166 NATAA N A 167 167 NATAA T A 168 168 NATAA S A 169 169 NATRO P A 170 170 NATAA H A 171 171 NATAA T A 172 172 NATAA M A 173 173 NATAA E A 174 174 NATAA V A 175 175 NATAA A A 176 176 NATAA S A 177 177 NATAA Q A 178 178 NATAA L A 179 179 NATAA L A 180 180 NATAA A A 181 181 NATAA Y A 182 182 NATRO P A 183 183 NATAA F A 184 184 NATAA N A 185 185 NATAA H A 186 186 NATAA N A 187 187 NATAA A A 188 188 NATAA E A 189 189 NATAA L A 190 190 NATAA N A 191 191 NATAA K A 192 192 NATAA M A 193 193 NATAA S A 194 194 NATAA E A 195 195 NATAA K A 196 196 NATAA D A 197 197 NATRO P A 198 198 NATAA K A 199 199 NATAA L A 200 200 NATAA M A 201 201 NATRO P A 202 202 NATAA F A 203 203 NATAA Q A 204 204 NATAA G A 205 205 NATAA Y A 206 206 NATAA V A 207 207 NATAA L A 208 208 NATAA Q A 209 209 NATAA N A 210 210 NATAA F A 211 211 NATAA E A 212 212 NATAA L A 213 213 NATAA S A 214 214 NATAA D A 215 215 NATAA S A 216 216 NATAA H A 217 217 NATAA E A 218 218 NATAA Y A 219 219 NATRO C A 220 220 NATAA Q A 221 221 NATAA I A 222 222 NATAA K A 223 223 NATAA I A 224 224 NATAA T A 225 225 NATAA N A 226 226 NATAA D A 227 227 NATAA V A 228 228 NATAA L A 229 229 NATAA K A 230 230 NATAA Q A 231 231 NATAA F A 232 232 NATAA D A 233 233 NATAA I A 234 234 NATAA Q A 235 235 NATRO P A 236 236 NATAA N A 237 237 NATAA E A 238 238 NATAA A A 239 239 NATAA S A 240 240 NATAA Q A 241 241 NATAA F A 242 242 NATAA V A 243 243 NATAA N A 244 244 NATAA T A 245 245 NATAA V A 246 246 NATAA A A 247 247 NATAA D A 248 248 NATAA I A 249 249 NATAA S A 250 250 NATAA G A 251 251 NATAA L A 252 252 NATAA K A 253 253 NATAA I A 254 254 NATAA W A 255 255 NATAA M A 256 256 NATAA F A 257 257 NATAA G A 258 258 NATAA V A 259 259 NATAA D A 260 260 NATAA E A 261 261 NATAA G A 262 262 NATAA D A 263 263 NATAA Q A 264 264 NATAA I A 265 265 NATAA R A 266 266 NATRO C A 267 267 NATAA R A 268 268 NATAA I A 269 269 NATAA R A 270 270 NATAA S A 271 271 NATAA K A 272 272 NATAA G A 273 273 NATAA I A 274 274 NATAA T A 275 275 NATAA I A 276 276 NATAA N A 277 277 NATAA D A 278 278 NATAA V A 279 279 NATAA A A 280 280 NATAA N A 281 281 NATAA Q A 282 282 NATAA F A 283 283 NATAA G A 284 284 NATAA G A 285 285 NATAA G A 286 286 NATAA G A 287 287 NATAA H A 288 288 NATRO P A 289 289 NATAA N A 290 290 NATAA A A 291 291 NATAA S A 292 292 NATAA G A 293 293 NATAA V A 294 294 NATAA S A 295 295 NATAA V A 296 296 NATAA Y A 297 297 NATAA S A 298 298 NATAA W A 299 299 NATAA D A 300 300 NATAA E A 301 301 NATAA F A 302 302 NATAA E A 303 303 NATAA E A 304 304 NATAA L A 305 305 NATAA A A 306 306 NATAA Q A 307 307 NATAA A A 308 308 NATAA L A 309 309 NATAA R A 310 310 NATAA Q A 311 311 NATAA K A 312 312 NATAA L A 313 313 NATAA L A 314 314 NATAA E A 315 315 NATAA H A 316 316 NATAA H A 317 317 NATAA H A 318 318 NATAA H A 319 319 NATAA H A 320 320 NATAA H A 321 321 NATAA M A 322 322 NATAA V A 323 323 NATAA E A 324 324 NATAA I A 325 325 NATAA F A 326 326 NATAA N A 327 327 NATAA E A 328 328 NATAA I A 329 329 NATAA M A 330 330 NATAA Q A 331 331 NATAA R A 332 332 NATAA V A 333 333 NATAA K A 334 334 NATAA E A 335 335 NATAA A A 336 336 NATAA E A 337 337 NATAA T A 338 338 NATAA I A 339 339 NATAA I A 340 340 NATAA I A 341 341 NATAA H A 342 342 NATAA R A 343 343 NATAA H A 344 344 NATAA V A 345 345 NATAA R A 346 346 NATRO P A 347 347 NATAA D A 348 348 NATRO P A 349 349 NATAA D A 350 350 NATAA A A 351 351 NATAA Y A 352 352 NATAA G A 353 353 NATAA S A 354 354 NATAA Q A 355 355 NATAA L A 356 356 NATAA G A 357 357 NATAA L A 358 358 NATAA K A 359 359 NATAA L A 360 360 NATAA Y A 361 361 NATAA L A 362 362 NATAA E A 363 363 NATAA R A 364 364 NATAA K A 365 365 NATAA F A 366 366 NATRO P A 367 367 NATAA E A 368 368 NATAA K A 369 369 NATAA N A 370 370 NATAA I A 371 371 NATAA Y A 372 372 NATAA A A 373 373 NATAA T A 374 374 NATAA G A 375 375 NATAA E A 376 376 NATAA A A 377 377 NATAA E A 378 378 NATRO P A 379 379 NATAA S A 380 380 NATAA L A 381 381 NATAA S A 382 382 NATAA F A 383 383 NATAA I A 384 384 NATAA G A 385 385 NATAA D A 386 386 NATAA L A 387 387 NATAA D A 388 388 NATAA E A 389 389 NATAA I A 390 390 NATAA D A 391 391 NATAA D A 392 392 NATAA S A 393 393 NATAA V A 394 394 NATAA Y A 395 395 NATAA S A 396 396 NATAA D A 397 397 NATAA A A 398 398 NATAA L A 399 399 NATAA V A 400 400 NATAA I A 401 401 NATAA V A 402 402 NATRO C A 403 403 NATAA D A 404 404 NATAA T A 405 405 NATAA A A 406 406 NATAA N A 407 407 NATAA A A 408 408 NATRO P A 409 409 NATAA R A 410 410 NATAA I A 411 411 NATAA D A 412 412 NATAA D A 413 413 NATAA Q A 414 414 NATAA R A 415 415 NATAA Y A 416 416 NATAA L A 417 417 NATAA N A 418 418 NATAA G A 419 419 NATAA Q A 420 420 NATAA S A 421 421 NATAA L A 422 422 NATAA I A 423 423 NATAA K A 424 424 NATAA I A 425 425 NATAA D A 426 426 NATAA H A 427 427 NATAA H A 428 428 NATRO P A 429 429 NATAA A A 430 430 NATAA T A 431 431 NATAA D A 432 432 NATAA Q A 433 433 NATAA Y A 434 434 NATAA G A 435 435 NATAA D A 436 436 NATAA V A 437 437 NATAA N A 438 438 NATAA F A 439 439 NATAA V A 440 440 NATAA N A 441 441 NATAA T A 442 442 NATAA E A 443 443 NATAA A A 444 444 NATAA S A 445 445 NATAA S A 446 446 NATAA T A 447 447 NATAA S A 448 448 NATAA E A 449 449 NATAA I A 450 450 NATAA I A 451 451 NATAA F A 452 452 NATAA D A 453 453 NATAA F A 454 454 NATAA I A 455 455 NATAA S A 456 456 NATAA H A 457 457 NATAA F A 458 458 NATAA N A 459 459 NATAA D A 460 460 NATAA L A 461 461 NATAA S A 462 462 NATAA I A 463 463 NATAA I A 464 464 NATAA D A 465 465 NATAA E A 466 466 NATAA H A 467 467 NATAA V A 468 468 NATAA A A 469 469 NATAA R A 470 470 NATAA V A 471 471 NATAA L A 472 472 NATAA Y A 473 473 NATAA L A 474 474 NATAA G A 475 475 NATAA I A 476 476 NATAA V A 477 477 NATAA G A 478 478 NATAA D A 479 479 NATAA T A 480 480 NATAA G A 481 481 NATAA R A 482 482 NATAA F A 483 483 NATAA L A 484 484 NATAA F A 485 485 NATAA S A 486 486 NATAA N A 487 487 NATAA T A 488 488 NATAA S A 489 489 NATRO P A 490 490 NATAA H A 491 491 NATAA T A 492 492 NATAA M A 493 493 NATAA E A 494 494 NATAA V A 495 495 NATAA A A 496 496 NATAA S A 497 497 NATAA Q A 498 498 NATAA L A 499 499 NATAA L A 500 500 NATAA A A 501 501 NATAA Y A 502 502 NATRO P A 503 503 NATAA F A 504 504 NATAA N A 505 505 NATAA H A 506 506 NATAA N A 507 507 NATAA A A 508 508 NATAA E A 509 509 NATAA L A 510 510 NATAA N A 511 511 NATAA K A 512 512 NATAA M A 513 513 NATAA S A 514 514 NATAA E A 515 515 NATAA K A 516 516 NATAA D A 517 517 NATRO P A 518 518 NATAA K A 519 519 NATAA L A 520 520 NATAA M A 521 521 NATRO P A 522 522 NATAA F A 523 523 NATAA Q A 524 524 NATAA G A 525 525 NATAA Y A 526 526 NATAA V A 527 527 NATAA L A 528 528 NATAA Q A 529 529 NATAA N A 530 530 NATAA F A 531 531 NATAA E A 532 532 NATAA L A 533 533 NATAA S A 534 534 NATAA D A 535 535 NATAA S A 536 536 NATAA H A 537 537 NATAA E A 538 538 NATAA Y A 539 539 NATRO C A 540 540 NATAA Q A 541 541 NATAA I A 542 542 NATAA K A 543 543 NATAA I A 544 544 NATAA T A 545 545 NATAA N A 546 546 NATAA D A 547 547 NATAA V A 548 548 NATAA L A 549 549 NATAA K A 550 550 NATAA Q A 551 551 NATAA F A 552 552 NATAA D A 553 553 NATAA I A 554 554 NATAA Q A 555 555 NATRO P A 556 556 NATAA N A 557 557 NATAA E A 558 558 NATAA A A 559 559 NATAA S A 560 560 NATAA Q A 561 561 NATAA F A 562 562 NATAA V A 563 563 NATAA N A 564 564 NATAA T A 565 565 NATAA V A 566 566 NATAA A A 567 567 NATAA D A 568 568 NATAA I A 569 569 NATAA S A 570 570 NATAA G A 571 571 NATAA L A 572 572 NATAA K A 573 573 NATAA I A 574 574 NATAA W A 575 575 NATAA M A 576 576 NATAA F A 577 577 NATAA G A 578 578 NATAA V A 579 579 NATAA D A 580 580 NATAA E A 581 581 NATAA G A 582 582 NATAA D A 583 583 NATAA Q A 584 584 NATAA I A 585 585 NATAA R A 586 586 NATRO C A 587 587 NATAA R A 588 588 NATAA I A 589 589 NATAA R A 590 590 NATAA S A 591 591 NATAA K A 592 592 NATAA G A 593 593 NATAA I A 594 594 NATAA T A 595 595 NATAA I A 596 596 NATAA N A 597 597 NATAA D A 598 598 NATAA V A 599 599 NATAA A A 600 600 NATAA N A 601 601 NATAA Q A 602 602 NATAA F A 603 603 NATAA G A 604 604 NATAA G A 605 605 NATAA G A 606 606 NATAA G A 607 607 NATAA H A 608 608 NATRO P A 609 609 NATAA N A 610 610 NATAA A A 611 611 NATAA S A 612 612 NATAA G A 613 613 NATAA V A 614 614 NATAA S A 615 615 NATAA V A 616 616 NATAA Y A 617 617 NATAA S A 618 618 NATAA W A 619 619 NATAA D A 620 620 NATAA E A 621 621 NATAA F A 622 622 NATAA E A 623 623 NATAA E A 624 624 NATAA L A 625 625 NATAA A A 626 626 NATAA Q A 627 627 NATAA A A 628 628 NATAA L A 629 629 NATAA R A 630 630 NATAA Q A 631 631 NATAA K A 632 632 NATAA L A 633 633 NATAA L A 634 634 NATAA E A 635 635 NATAA H A 636 636 NATAA H A 637 637 NATAA H A 638 638 NATAA H A 639 639 NATAA H A 640 640 NATAA H