# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 436 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.143 0.081 0.049 0.109 0.099 0.105 0.148 0.098 0.079 0.054 0.034 2 M 0.063 0.057 0.036 0.081 0.087 0.088 0.144 0.135 0.133 0.102 0.075 3 T 0.164 0.184 0.095 0.168 0.128 0.079 0.080 0.042 0.031 0.019 0.009 4 H 0.367 0.141 0.081 0.138 0.094 0.051 0.053 0.032 0.021 0.014 0.007 5 Y 0.074 0.067 0.035 0.100 0.102 0.126 0.160 0.116 0.104 0.074 0.042 6 S 0.124 0.192 0.060 0.143 0.123 0.099 0.118 0.057 0.042 0.029 0.013 7 D 0.357 0.147 0.078 0.135 0.100 0.063 0.060 0.031 0.016 0.009 0.004 8 N 0.436 0.141 0.088 0.111 0.075 0.047 0.044 0.025 0.017 0.011 0.005 9 T 0.055 0.162 0.058 0.131 0.104 0.106 0.171 0.077 0.068 0.047 0.021 10 L 0.021 0.025 0.027 0.076 0.108 0.196 0.265 0.151 0.074 0.036 0.021 11 K 0.595 0.078 0.217 0.076 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 12 V 0.021 0.053 0.086 0.226 0.179 0.210 0.150 0.041 0.021 0.010 0.003 13 A 0.002 0.003 0.007 0.007 0.012 0.020 0.089 0.139 0.245 0.235 0.240 14 H 0.008 0.015 0.126 0.160 0.247 0.242 0.140 0.032 0.016 0.011 0.003 15 Q 0.009 0.027 0.623 0.183 0.090 0.035 0.021 0.007 0.003 0.002 0.001 16 G 0.001 0.001 0.006 0.005 0.008 0.026 0.139 0.195 0.244 0.212 0.162 17 F 0.001 0.001 0.006 0.005 0.007 0.019 0.104 0.138 0.248 0.250 0.221 18 E 0.007 0.015 0.420 0.216 0.156 0.092 0.052 0.021 0.012 0.008 0.003 19 F 0.001 0.006 0.066 0.066 0.089 0.260 0.326 0.104 0.052 0.021 0.009 20 F 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.030 0.072 0.223 0.324 0.338 21 T 0.002 0.003 0.016 0.021 0.030 0.105 0.226 0.178 0.187 0.136 0.096 22 Q 0.003 0.019 0.329 0.219 0.190 0.099 0.067 0.036 0.021 0.013 0.005 23 G 0.003 0.007 0.024 0.023 0.027 0.075 0.253 0.222 0.169 0.124 0.074 24 L 0.006 0.006 0.015 0.017 0.013 0.024 0.099 0.142 0.238 0.267 0.174 25 A 0.026 0.081 0.104 0.117 0.096 0.142 0.179 0.092 0.075 0.059 0.029 26 T 0.044 0.062 0.098 0.181 0.197 0.164 0.145 0.060 0.028 0.014 0.008 27 G 0.674 0.105 0.064 0.058 0.029 0.018 0.021 0.013 0.008 0.007 0.003 28 E 0.064 0.247 0.051 0.135 0.109 0.104 0.133 0.058 0.050 0.034 0.015 29 W 0.008 0.011 0.010 0.025 0.038 0.088 0.201 0.247 0.169 0.104 0.098 30 Q 0.461 0.105 0.240 0.119 0.034 0.021 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 31 K 0.014 0.045 0.102 0.306 0.219 0.175 0.096 0.029 0.010 0.003 0.001 32 F 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.036 0.065 0.208 0.291 0.385 33 L 0.001 0.003 0.019 0.043 0.085 0.263 0.318 0.114 0.086 0.046 0.024 34 D 0.004 0.018 0.701 0.158 0.068 0.028 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 35 M 0.001 0.002 0.013 0.012 0.023 0.080 0.257 0.297 0.156 0.102 0.058 36 L 0.003 0.006 0.016 0.011 0.010 0.013 0.059 0.115 0.212 0.304 0.251 37 T 0.003 0.008 0.045 0.054 0.076 0.163 0.194 0.144 0.119 0.122 0.073 38 E 0.070 0.099 0.384 0.238 0.110 0.049 0.027 0.011 0.007 0.004 0.001 39 D 0.034 0.029 0.033 0.079 0.090 0.134 0.227 0.146 0.117 0.076 0.036 40 F 0.006 0.005 0.004 0.008 0.009 0.018 0.058 0.108 0.227 0.262 0.295 41 T 0.035 0.076 0.076 0.155 0.163 0.144 0.152 0.078 0.061 0.036 0.026 42 F 0.009 0.016 0.039 0.037 0.037 0.051 0.106 0.133 0.217 0.200 0.157 43 W 0.033 0.027 0.026 0.066 0.075 0.085 0.178 0.140 0.159 0.121 0.091 44 F 0.019 0.020 0.015 0.038 0.042 0.062 0.133 0.166 0.194 0.164 0.148 45 P 0.054 0.055 0.033 0.093 0.098 0.121 0.145 0.122 0.113 0.091 0.073 46 M 0.076 0.050 0.034 0.091 0.095 0.094 0.140 0.126 0.120 0.098 0.075 47 G 0.098 0.067 0.029 0.086 0.095 0.098 0.138 0.125 0.113 0.090 0.060 48 E 0.161 0.117 0.052 0.148 0.132 0.099 0.097 0.069 0.057 0.043 0.026 49 F 0.128 0.064 0.035 0.092 0.089 0.096 0.130 0.114 0.104 0.083 0.066 50 H 0.136 0.097 0.043 0.122 0.111 0.105 0.121 0.085 0.081 0.061 0.037 51 G 0.191 0.145 0.053 0.138 0.108 0.095 0.105 0.065 0.050 0.032 0.018 52 L 0.064 0.053 0.036 0.098 0.120 0.137 0.162 0.110 0.101 0.078 0.040 53 N 0.210 0.089 0.062 0.124 0.108 0.102 0.122 0.066 0.055 0.038 0.022 54 V 0.132 0.137 0.085 0.181 0.156 0.088 0.096 0.058 0.033 0.023 0.011 55 G 0.029 0.073 0.040 0.051 0.046 0.066 0.166 0.142 0.173 0.139 0.075 56 K 0.011 0.023 0.023 0.086 0.142 0.241 0.260 0.123 0.053 0.027 0.012 57 E 0.747 0.053 0.143 0.040 0.006 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 58 R 0.004 0.011 0.026 0.171 0.226 0.283 0.199 0.051 0.020 0.007 0.002 59 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.046 0.180 0.283 0.471 60 K 0.001 0.003 0.063 0.115 0.291 0.292 0.183 0.028 0.013 0.009 0.002 61 E 0.002 0.009 0.777 0.119 0.060 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 62 F 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.028 0.178 0.273 0.223 0.170 0.115 63 F 0.002 0.002 0.010 0.006 0.006 0.017 0.095 0.130 0.249 0.284 0.198 64 T 0.014 0.019 0.370 0.210 0.151 0.112 0.066 0.028 0.015 0.010 0.004 65 Y 0.004 0.018 0.117 0.101 0.117 0.254 0.245 0.079 0.040 0.017 0.007 66 V 0.002 0.002 0.006 0.005 0.005 0.009 0.053 0.121 0.230 0.330 0.236 67 S 0.011 0.018 0.030 0.052 0.071 0.164 0.248 0.165 0.116 0.079 0.046 68 E 0.057 0.093 0.463 0.182 0.087 0.045 0.029 0.017 0.012 0.010 0.005 69 S 0.029 0.039 0.044 0.085 0.096 0.156 0.252 0.141 0.083 0.050 0.027 70 F 0.013 0.010 0.011 0.017 0.017 0.033 0.096 0.151 0.211 0.235 0.206 71 H 0.157 0.187 0.133 0.192 0.120 0.082 0.061 0.030 0.017 0.012 0.007 72 T 0.226 0.160 0.143 0.174 0.108 0.070 0.053 0.027 0.019 0.012 0.007 73 G 0.214 0.087 0.040 0.120 0.105 0.108 0.126 0.067 0.063 0.044 0.026 74 I 0.054 0.060 0.030 0.097 0.093 0.123 0.162 0.117 0.121 0.084 0.058 75 Q 0.040 0.062 0.057 0.099 0.091 0.138 0.173 0.114 0.103 0.074 0.049 76 I 0.054 0.075 0.072 0.157 0.147 0.116 0.136 0.087 0.069 0.051 0.036 77 S 0.033 0.024 0.022 0.040 0.044 0.069 0.134 0.150 0.175 0.160 0.149 78 S 0.104 0.186 0.085 0.228 0.156 0.082 0.064 0.032 0.027 0.023 0.013 79 L 0.025 0.018 0.017 0.045 0.049 0.075 0.128 0.179 0.177 0.148 0.138 80 D 0.097 0.089 0.068 0.219 0.176 0.124 0.092 0.048 0.039 0.034 0.014 81 R 0.047 0.080 0.054 0.173 0.138 0.134 0.149 0.089 0.073 0.042 0.020 82 V 0.015 0.020 0.016 0.037 0.042 0.066 0.133 0.166 0.204 0.172 0.129 83 T 0.025 0.031 0.030 0.071 0.069 0.084 0.159 0.127 0.151 0.142 0.111 84 S 0.061 0.111 0.073 0.148 0.120 0.101 0.122 0.079 0.072 0.060 0.052 85 N 0.254 0.283 0.052 0.165 0.111 0.047 0.042 0.018 0.013 0.008 0.006 86 E 0.398 0.163 0.023 0.113 0.107 0.056 0.057 0.035 0.024 0.013 0.010 87 T 0.213 0.177 0.035 0.162 0.148 0.095 0.078 0.038 0.028 0.017 0.009 88 T 0.023 0.044 0.025 0.139 0.160 0.192 0.197 0.111 0.063 0.030 0.018 89 V 0.001 0.003 0.005 0.010 0.016 0.030 0.094 0.196 0.236 0.237 0.173 90 V 0.001 0.005 0.011 0.021 0.029 0.047 0.120 0.193 0.200 0.212 0.162 91 F 0.001 0.004 0.018 0.020 0.024 0.040 0.092 0.153 0.203 0.256 0.189 92 E 0.002 0.005 0.016 0.027 0.035 0.056 0.120 0.179 0.199 0.204 0.156 93 F 0.003 0.004 0.012 0.017 0.019 0.038 0.104 0.151 0.213 0.254 0.185 94 R 0.017 0.027 0.039 0.105 0.107 0.133 0.154 0.121 0.121 0.116 0.060 95 D 0.051 0.055 0.056 0.120 0.123 0.146 0.163 0.110 0.083 0.057 0.037 96 E 0.110 0.137 0.066 0.223 0.167 0.095 0.086 0.043 0.036 0.024 0.012 97 G 0.074 0.025 0.020 0.037 0.032 0.041 0.106 0.109 0.185 0.180 0.192 98 L 0.075 0.094 0.053 0.207 0.179 0.119 0.115 0.057 0.054 0.029 0.018 99 F 0.044 0.047 0.042 0.065 0.043 0.088 0.138 0.097 0.168 0.141 0.126 100 L 0.078 0.097 0.042 0.195 0.172 0.127 0.134 0.066 0.043 0.027 0.017 101 G 0.312 0.150 0.035 0.081 0.066 0.066 0.085 0.073 0.063 0.039 0.030 102 K 0.238 0.187 0.050 0.146 0.120 0.086 0.069 0.037 0.029 0.024 0.014 103 P 0.300 0.133 0.049 0.146 0.102 0.078 0.084 0.045 0.030 0.018 0.014 104 Y 0.039 0.028 0.018 0.064 0.078 0.101 0.147 0.155 0.150 0.122 0.099 105 K 0.102 0.199 0.082 0.235 0.170 0.082 0.061 0.027 0.021 0.013 0.007 106 N 0.017 0.016 0.017 0.041 0.055 0.082 0.149 0.172 0.176 0.145 0.129 107 R 0.042 0.072 0.056 0.196 0.196 0.167 0.129 0.057 0.045 0.029 0.013 108 V 0.004 0.008 0.015 0.036 0.036 0.058 0.132 0.164 0.203 0.187 0.157 109 A 0.001 0.002 0.006 0.008 0.010 0.019 0.050 0.103 0.209 0.333 0.260 110 V 0.004 0.017 0.035 0.082 0.084 0.152 0.200 0.171 0.116 0.086 0.051 111 S 0.004 0.019 0.036 0.097 0.064 0.121 0.162 0.113 0.155 0.135 0.095 112 F 0.003 0.002 0.003 0.005 0.008 0.014 0.062 0.147 0.227 0.246 0.283 113 D 0.051 0.131 0.070 0.274 0.261 0.080 0.061 0.034 0.019 0.013 0.005 114 V 0.001 0.002 0.003 0.006 0.004 0.015 0.035 0.050 0.166 0.304 0.413 115 R 0.049 0.351 0.052 0.272 0.190 0.039 0.027 0.009 0.006 0.003 0.002 116 G 0.480 0.306 0.025 0.071 0.053 0.019 0.019 0.013 0.007 0.004 0.002 117 D 0.508 0.169 0.043 0.114 0.075 0.040 0.023 0.010 0.008 0.007 0.003 118 K 0.023 0.058 0.026 0.147 0.144 0.156 0.213 0.124 0.068 0.027 0.012 119 I 0.005 0.008 0.014 0.028 0.030 0.042 0.136 0.142 0.221 0.230 0.143 120 C 0.012 0.027 0.067 0.148 0.184 0.186 0.176 0.087 0.061 0.034 0.018 121 S 0.025 0.082 0.198 0.227 0.153 0.100 0.090 0.049 0.042 0.023 0.011 122 Y 0.007 0.007 0.014 0.031 0.040 0.069 0.169 0.162 0.201 0.162 0.140 123 R 0.024 0.026 0.056 0.096 0.108 0.111 0.182 0.131 0.127 0.090 0.049 124 E 0.023 0.042 0.146 0.251 0.208 0.124 0.100 0.051 0.031 0.017 0.007 125 Y 0.010 0.014 0.033 0.044 0.043 0.090 0.180 0.154 0.190 0.140 0.101 126 F 0.025 0.027 0.033 0.057 0.060 0.074 0.167 0.158 0.175 0.140 0.083 127 G 0.092 0.114 0.085 0.163 0.137 0.108 0.122 0.077 0.052 0.032 0.018 128 S 0.060 0.042 0.041 0.061 0.060 0.080 0.140 0.128 0.154 0.125 0.110 129 D 0.258 0.211 0.053 0.146 0.111 0.063 0.064 0.039 0.029 0.018 0.009 130 G 0.403 0.124 0.035 0.092 0.072 0.060 0.070 0.051 0.042 0.031 0.020 131 K 0.163 0.144 0.050 0.144 0.137 0.109 0.090 0.060 0.047 0.036 0.021 132 S 0.280 0.201 0.051 0.125 0.096 0.069 0.073 0.044 0.031 0.019 0.011 133 N 0.324 0.129 0.044 0.103 0.096 0.083 0.084 0.056 0.039 0.027 0.014