# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 436 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.176 0.130 0.041 0.019 0.261 0.019 0.035 0.094 0.060 0.092 0.072 2 M 0.136 0.161 0.066 0.029 0.226 0.028 0.037 0.086 0.071 0.098 0.063 3 T 0.079 0.254 0.151 0.032 0.221 0.026 0.038 0.078 0.049 0.041 0.031 4 H 0.108 0.154 0.069 0.023 0.162 0.023 0.059 0.137 0.093 0.111 0.060 5 Y 0.075 0.205 0.107 0.031 0.152 0.026 0.048 0.112 0.082 0.115 0.047 6 S 0.078 0.236 0.155 0.030 0.171 0.023 0.024 0.121 0.062 0.059 0.040 7 D 0.024 0.064 0.028 0.012 0.046 0.020 0.052 0.405 0.253 0.079 0.017 8 N 0.023 0.055 0.035 0.013 0.039 0.018 0.049 0.418 0.154 0.172 0.024 9 T 0.046 0.090 0.031 0.006 0.083 0.005 0.015 0.451 0.118 0.124 0.030 10 L 0.020 0.039 0.012 0.003 0.037 0.005 0.013 0.658 0.164 0.037 0.012 11 K 0.007 0.017 0.008 0.002 0.014 0.006 0.018 0.798 0.106 0.017 0.004 12 V 0.007 0.018 0.007 0.002 0.011 0.004 0.018 0.821 0.078 0.030 0.005 13 A 0.005 0.009 0.003 0.001 0.006 0.001 0.005 0.867 0.071 0.027 0.004 14 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.916 0.067 0.006 0.001 15 Q 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.949 0.033 0.003 0.001 16 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.964 0.020 0.005 0.001 17 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.046 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.032 0.001 0.001 19 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.974 0.018 0.002 0.001 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.031 0.002 0.001 21 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.903 0.093 0.002 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.931 0.052 0.003 0.001 23 G 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.062 0.854 0.050 0.016 0.003 24 L 0.012 0.039 0.012 0.002 0.021 0.003 0.022 0.659 0.186 0.034 0.009 25 A 0.016 0.009 0.009 0.006 0.012 0.015 0.087 0.571 0.107 0.114 0.053 26 T 0.009 0.372 0.167 0.019 0.047 0.021 0.097 0.182 0.056 0.026 0.006 27 G 0.018 0.027 0.032 0.044 0.013 0.043 0.054 0.139 0.056 0.480 0.095 28 E 0.050 0.200 0.061 0.010 0.067 0.003 0.007 0.292 0.062 0.192 0.056 29 W 0.005 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.816 0.143 0.011 0.004 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.896 0.091 0.002 0.001 31 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.925 0.052 0.015 0.001 32 F 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.050 0.006 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.836 0.159 0.002 0.001 34 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.871 0.094 0.008 0.001 35 M 0.008 0.011 0.005 0.001 0.014 0.003 0.115 0.720 0.093 0.028 0.003 36 L 0.048 0.049 0.023 0.010 0.052 0.011 0.041 0.278 0.138 0.298 0.053 37 T 0.088 0.165 0.087 0.012 0.200 0.016 0.030 0.224 0.122 0.036 0.020 38 E 0.009 0.022 0.010 0.006 0.013 0.044 0.275 0.326 0.235 0.054 0.007 39 D 0.070 0.074 0.026 0.010 0.100 0.009 0.070 0.126 0.081 0.365 0.068 40 F 0.278 0.096 0.011 0.002 0.409 0.003 0.006 0.033 0.026 0.045 0.089 41 T 0.142 0.179 0.027 0.006 0.446 0.024 0.041 0.049 0.024 0.026 0.036 42 F 0.337 0.099 0.014 0.005 0.394 0.010 0.012 0.019 0.013 0.029 0.068 43 W 0.155 0.144 0.056 0.038 0.335 0.036 0.041 0.033 0.025 0.078 0.059 44 F 0.131 0.239 0.184 0.032 0.294 0.017 0.014 0.025 0.014 0.019 0.030 45 P 0.142 0.166 0.087 0.039 0.200 0.034 0.068 0.081 0.070 0.065 0.049 46 M 0.072 0.150 0.085 0.071 0.118 0.047 0.075 0.050 0.075 0.205 0.052 47 G 0.065 0.213 0.207 0.105 0.153 0.039 0.027 0.054 0.047 0.058 0.031 48 E 0.084 0.125 0.101 0.046 0.118 0.028 0.059 0.158 0.104 0.112 0.065 49 F 0.115 0.091 0.075 0.058 0.129 0.046 0.081 0.131 0.087 0.123 0.065 50 H 0.029 0.183 0.119 0.192 0.058 0.083 0.072 0.088 0.062 0.083 0.031 51 G 0.059 0.079 0.138 0.190 0.068 0.033 0.022 0.060 0.055 0.221 0.075 52 L 0.081 0.197 0.093 0.032 0.178 0.020 0.034 0.147 0.082 0.083 0.053 53 N 0.114 0.158 0.107 0.031 0.160 0.036 0.047 0.138 0.050 0.086 0.073 54 V 0.028 0.183 0.130 0.065 0.054 0.054 0.083 0.249 0.060 0.066 0.029 55 G 0.040 0.246 0.218 0.043 0.048 0.012 0.007 0.172 0.038 0.131 0.043 56 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.816 0.163 0.008 0.002 57 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.931 0.059 0.003 0.001 58 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.022 0.008 0.001 59 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.027 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.059 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.016 0.001 0.001 62 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.962 0.021 0.004 0.001 63 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.866 0.124 0.005 0.001 64 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.890 0.095 0.002 0.001 65 Y 0.002 0.005 0.003 0.001 0.004 0.002 0.056 0.833 0.067 0.026 0.002 66 V 0.029 0.019 0.006 0.003 0.029 0.003 0.027 0.602 0.150 0.108 0.024 67 S 0.012 0.016 0.006 0.002 0.020 0.005 0.012 0.597 0.272 0.047 0.010 68 E 0.004 0.011 0.005 0.002 0.008 0.006 0.061 0.634 0.226 0.040 0.003 69 S 0.029 0.046 0.023 0.006 0.049 0.010 0.110 0.415 0.144 0.150 0.017 70 F 0.080 0.135 0.060 0.012 0.123 0.011 0.028 0.210 0.118 0.163 0.060 71 H 0.050 0.088 0.068 0.026 0.071 0.040 0.095 0.295 0.128 0.097 0.041 72 T 0.026 0.173 0.100 0.059 0.058 0.054 0.142 0.146 0.117 0.103 0.020 73 G 0.065 0.101 0.095 0.080 0.087 0.033 0.037 0.087 0.067 0.247 0.101 74 I 0.155 0.186 0.039 0.013 0.278 0.010 0.020 0.078 0.064 0.090 0.068 75 Q 0.149 0.184 0.039 0.009 0.391 0.024 0.032 0.058 0.035 0.036 0.041 76 I 0.300 0.119 0.026 0.011 0.346 0.014 0.026 0.036 0.022 0.028 0.072 77 S 0.133 0.272 0.099 0.013 0.369 0.018 0.016 0.017 0.014 0.023 0.026 78 S 0.211 0.202 0.050 0.008 0.458 0.006 0.009 0.011 0.005 0.010 0.031 79 L 0.369 0.115 0.018 0.011 0.261 0.011 0.013 0.034 0.033 0.024 0.112 80 D 0.099 0.187 0.070 0.041 0.239 0.089 0.098 0.059 0.040 0.037 0.041 81 R 0.252 0.131 0.029 0.007 0.478 0.005 0.010 0.017 0.014 0.022 0.037 82 V 0.244 0.134 0.019 0.009 0.430 0.012 0.014 0.023 0.016 0.027 0.072 83 T 0.253 0.154 0.065 0.029 0.311 0.029 0.035 0.029 0.017 0.026 0.052 84 S 0.091 0.086 0.114 0.146 0.095 0.148 0.077 0.063 0.061 0.072 0.047 85 N 0.061 0.200 0.270 0.112 0.132 0.060 0.048 0.040 0.033 0.032 0.013 86 E 0.064 0.030 0.020 0.020 0.046 0.041 0.073 0.100 0.172 0.347 0.087 87 T 0.054 0.346 0.104 0.010 0.188 0.021 0.068 0.038 0.032 0.104 0.035 88 T 0.261 0.123 0.007 0.001 0.544 0.004 0.013 0.007 0.005 0.009 0.026 89 V 0.191 0.076 0.004 0.002 0.693 0.006 0.011 0.003 0.002 0.002 0.010 90 V 0.387 0.034 0.002 0.002 0.537 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.028 91 F 0.261 0.069 0.009 0.002 0.633 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 92 E 0.288 0.106 0.010 0.004 0.508 0.004 0.005 0.002 0.001 0.009 0.063 93 F 0.326 0.127 0.025 0.011 0.321 0.006 0.006 0.005 0.005 0.027 0.141 94 R 0.153 0.180 0.090 0.082 0.275 0.062 0.035 0.028 0.020 0.030 0.045 95 D 0.115 0.148 0.089 0.068 0.202 0.075 0.064 0.067 0.082 0.051 0.039 96 E 0.109 0.135 0.082 0.064 0.131 0.057 0.064 0.075 0.072 0.140 0.070 97 G 0.140 0.228 0.084 0.018 0.291 0.016 0.021 0.052 0.036 0.067 0.047 98 L 0.169 0.193 0.049 0.010 0.306 0.014 0.028 0.084 0.058 0.033 0.056 99 F 0.191 0.091 0.066 0.066 0.147 0.092 0.067 0.075 0.053 0.054 0.098 100 L 0.024 0.128 0.074 0.213 0.053 0.172 0.223 0.048 0.031 0.024 0.011 101 G 0.050 0.020 0.039 0.143 0.023 0.021 0.011 0.010 0.019 0.470 0.194 102 K 0.027 0.478 0.265 0.012 0.177 0.004 0.004 0.007 0.007 0.011 0.008 103 P 0.268 0.204 0.031 0.006 0.377 0.008 0.010 0.011 0.011 0.011 0.063 104 Y 0.295 0.153 0.048 0.032 0.240 0.035 0.021 0.021 0.025 0.025 0.103 105 K 0.130 0.090 0.055 0.071 0.136 0.168 0.134 0.080 0.041 0.046 0.050 106 N 0.252 0.136 0.095 0.035 0.273 0.027 0.019 0.027 0.031 0.064 0.041 107 R 0.179 0.190 0.052 0.021 0.327 0.040 0.036 0.034 0.033 0.048 0.041 108 V 0.272 0.089 0.011 0.004 0.534 0.008 0.030 0.011 0.006 0.011 0.023 109 A 0.364 0.064 0.003 0.002 0.516 0.004 0.006 0.003 0.003 0.003 0.032 110 V 0.179 0.073 0.005 0.003 0.698 0.012 0.016 0.001 0.001 0.002 0.008 111 S 0.422 0.015 0.001 0.001 0.535 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 112 F 0.176 0.177 0.022 0.002 0.586 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 113 D 0.182 0.100 0.004 0.001 0.686 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 114 V 0.342 0.123 0.091 0.058 0.110 0.011 0.006 0.006 0.007 0.020 0.226 115 R 0.005 0.006 0.024 0.214 0.006 0.335 0.308 0.066 0.025 0.006 0.004 116 G 0.012 0.137 0.112 0.468 0.023 0.067 0.071 0.030 0.038 0.034 0.008 117 D 0.015 0.010 0.023 0.107 0.008 0.027 0.004 0.010 0.016 0.629 0.151 118 K 0.019 0.572 0.145 0.004 0.209 0.003 0.013 0.008 0.007 0.013 0.008 119 I 0.568 0.050 0.005 0.002 0.295 0.003 0.004 0.004 0.005 0.003 0.061 120 C 0.120 0.258 0.061 0.037 0.399 0.047 0.025 0.015 0.008 0.007 0.023 121 S 0.321 0.129 0.020 0.004 0.454 0.005 0.007 0.010 0.003 0.008 0.039 122 Y 0.352 0.116 0.025 0.008 0.326 0.006 0.005 0.028 0.018 0.026 0.089 123 R 0.138 0.176 0.042 0.015 0.404 0.036 0.036 0.065 0.036 0.021 0.030 124 E 0.203 0.128 0.043 0.013 0.333 0.015 0.036 0.083 0.050 0.046 0.050 125 Y 0.189 0.096 0.040 0.028 0.223 0.026 0.049 0.108 0.050 0.109 0.082 126 F 0.073 0.305 0.122 0.069 0.186 0.047 0.052 0.040 0.025 0.051 0.029 127 G 0.111 0.163 0.206 0.098 0.169 0.031 0.020 0.036 0.024 0.074 0.069 128 S 0.044 0.077 0.052 0.033 0.082 0.028 0.060 0.302 0.227 0.069 0.028 129 D 0.043 0.084 0.055 0.037 0.069 0.048 0.100 0.230 0.134 0.166 0.033 130 G 0.077 0.123 0.084 0.047 0.122 0.028 0.040 0.151 0.087 0.178 0.063 131 K 0.079 0.105 0.068 0.033 0.122 0.028 0.043 0.174 0.114 0.169 0.067 132 S 0.087 0.173 0.106 0.039 0.147 0.037 0.045 0.124 0.081 0.115 0.048 133 N 0.098 0.146 0.080 0.036 0.165 0.031 0.044 0.143 0.089 0.115 0.052