# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 381 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.249 0.239 0.262 0.100 0.048 0.036 0.031 0.004 0.028 0.003 0.001 2 M 0.269 0.195 0.274 0.098 0.053 0.045 0.030 0.006 0.022 0.006 0.003 3 T 0.233 0.222 0.232 0.135 0.089 0.040 0.014 0.005 0.023 0.006 0.002 4 H 0.271 0.128 0.204 0.201 0.039 0.082 0.038 0.007 0.022 0.004 0.004 5 Y 0.241 0.216 0.183 0.200 0.063 0.037 0.025 0.005 0.025 0.003 0.001 6 S 0.284 0.161 0.257 0.113 0.046 0.042 0.043 0.007 0.034 0.010 0.002 7 D 0.557 0.049 0.140 0.167 0.025 0.015 0.024 0.007 0.008 0.006 0.002 8 N 0.494 0.052 0.089 0.239 0.031 0.025 0.039 0.016 0.009 0.005 0.001 9 T 0.649 0.067 0.091 0.138 0.017 0.014 0.011 0.002 0.011 0.001 0.001 10 L 0.831 0.040 0.073 0.038 0.003 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 11 K 0.864 0.036 0.040 0.038 0.005 0.007 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 12 V 0.859 0.034 0.047 0.037 0.008 0.005 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 13 A 0.878 0.009 0.060 0.035 0.003 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 14 H 0.972 0.003 0.008 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 Q 0.979 0.003 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 G 0.969 0.002 0.007 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 F 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 T 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 G 0.979 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.878 0.007 0.015 0.093 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 25 A 0.835 0.012 0.021 0.092 0.006 0.008 0.017 0.003 0.004 0.002 0.001 26 T 0.221 0.008 0.027 0.703 0.003 0.003 0.030 0.002 0.002 0.001 0.001 27 G 0.104 0.002 0.018 0.033 0.023 0.002 0.046 0.651 0.001 0.119 0.001 28 E 0.359 0.062 0.315 0.132 0.020 0.059 0.015 0.002 0.031 0.004 0.001 29 W 0.972 0.001 0.013 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.986 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.989 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 F 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.993 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 D 0.987 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 M 0.902 0.002 0.005 0.088 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 L 0.567 0.014 0.037 0.349 0.003 0.010 0.011 0.001 0.008 0.001 0.001 37 T 0.574 0.042 0.110 0.128 0.011 0.021 0.094 0.003 0.014 0.003 0.001 38 E 0.764 0.030 0.101 0.082 0.005 0.008 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 39 D 0.266 0.048 0.051 0.575 0.019 0.013 0.018 0.003 0.007 0.001 0.001 40 F 0.127 0.316 0.228 0.068 0.178 0.019 0.035 0.006 0.021 0.001 0.001 41 T 0.097 0.725 0.102 0.018 0.024 0.014 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 42 F 0.022 0.570 0.273 0.014 0.052 0.043 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 43 W 0.081 0.567 0.175 0.062 0.027 0.057 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 44 F 0.017 0.331 0.345 0.004 0.041 0.024 0.010 0.001 0.224 0.002 0.001 45 P 0.380 0.012 0.488 0.026 0.009 0.018 0.004 0.001 0.005 0.011 0.047 46 M 0.147 0.104 0.222 0.248 0.060 0.021 0.115 0.037 0.031 0.012 0.003 47 G 0.101 0.043 0.186 0.046 0.170 0.015 0.027 0.128 0.014 0.266 0.003 48 E 0.353 0.060 0.301 0.147 0.032 0.031 0.018 0.010 0.012 0.018 0.017 49 F 0.300 0.138 0.147 0.260 0.049 0.031 0.028 0.007 0.032 0.005 0.003 50 H 0.250 0.099 0.222 0.192 0.051 0.015 0.103 0.018 0.029 0.016 0.005 51 G 0.086 0.024 0.135 0.027 0.159 0.021 0.039 0.259 0.008 0.238 0.003 52 L 0.406 0.172 0.291 0.076 0.014 0.019 0.007 0.001 0.008 0.001 0.003 53 N 0.379 0.126 0.240 0.078 0.051 0.056 0.031 0.014 0.013 0.010 0.004 54 V 0.385 0.204 0.187 0.139 0.027 0.019 0.017 0.001 0.019 0.002 0.001 55 G 0.129 0.016 0.214 0.023 0.131 0.067 0.020 0.072 0.022 0.304 0.002 56 K 0.953 0.003 0.031 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.992 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 R 0.985 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 F 0.982 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 F 0.989 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 T 0.992 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.956 0.003 0.005 0.031 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.871 0.009 0.020 0.091 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 67 S 0.905 0.011 0.030 0.035 0.002 0.005 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 68 E 0.873 0.015 0.017 0.075 0.005 0.003 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 69 S 0.699 0.029 0.052 0.176 0.007 0.014 0.012 0.003 0.007 0.001 0.001 70 F 0.542 0.066 0.129 0.186 0.018 0.015 0.020 0.003 0.018 0.002 0.001 71 H 0.666 0.053 0.117 0.086 0.011 0.017 0.025 0.004 0.012 0.006 0.002 72 T 0.346 0.050 0.080 0.446 0.012 0.007 0.046 0.003 0.008 0.001 0.001 73 G 0.099 0.021 0.073 0.037 0.093 0.011 0.141 0.440 0.007 0.077 0.001 74 I 0.181 0.264 0.420 0.064 0.020 0.026 0.011 0.001 0.012 0.001 0.001 75 Q 0.162 0.407 0.290 0.044 0.023 0.048 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 76 I 0.161 0.457 0.231 0.051 0.029 0.045 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 77 S 0.126 0.379 0.251 0.060 0.103 0.045 0.013 0.003 0.017 0.003 0.001 78 S 0.094 0.399 0.247 0.048 0.086 0.068 0.018 0.002 0.036 0.002 0.001 79 L 0.184 0.408 0.285 0.043 0.029 0.028 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 80 D 0.292 0.267 0.170 0.123 0.075 0.030 0.021 0.005 0.012 0.003 0.002 81 R 0.075 0.545 0.115 0.045 0.171 0.011 0.011 0.001 0.026 0.001 0.001 82 V 0.083 0.619 0.194 0.019 0.029 0.034 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 83 T 0.063 0.584 0.195 0.049 0.047 0.028 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 84 S 0.101 0.411 0.213 0.075 0.096 0.039 0.018 0.003 0.035 0.008 0.002 85 N 0.098 0.138 0.160 0.293 0.079 0.050 0.125 0.018 0.024 0.012 0.002 86 E 0.100 0.099 0.107 0.137 0.072 0.019 0.344 0.084 0.016 0.021 0.001 87 T 0.080 0.185 0.291 0.256 0.054 0.034 0.079 0.011 0.008 0.002 0.001 88 T 0.030 0.624 0.183 0.064 0.060 0.014 0.015 0.001 0.009 0.001 0.001 89 V 0.008 0.765 0.167 0.007 0.031 0.015 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 90 V 0.016 0.843 0.076 0.008 0.033 0.016 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 91 F 0.005 0.808 0.060 0.003 0.105 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 92 E 0.016 0.843 0.067 0.004 0.029 0.022 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 93 F 0.020 0.568 0.178 0.010 0.154 0.037 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 94 R 0.076 0.614 0.174 0.030 0.049 0.021 0.009 0.001 0.026 0.001 0.001 95 D 0.165 0.266 0.258 0.055 0.134 0.047 0.027 0.007 0.025 0.012 0.003 96 E 0.191 0.319 0.116 0.236 0.062 0.013 0.033 0.002 0.025 0.001 0.001 97 G 0.129 0.152 0.175 0.044 0.301 0.028 0.053 0.066 0.018 0.033 0.003 98 L 0.166 0.470 0.217 0.065 0.029 0.021 0.008 0.001 0.021 0.001 0.002 99 F 0.115 0.400 0.272 0.045 0.041 0.030 0.012 0.001 0.079 0.002 0.003 100 L 0.126 0.116 0.354 0.190 0.033 0.027 0.104 0.005 0.025 0.008 0.013 101 G 0.009 0.006 0.030 0.013 0.046 0.008 0.112 0.644 0.002 0.128 0.001 102 K 0.015 0.415 0.425 0.004 0.046 0.014 0.003 0.001 0.075 0.003 0.001 103 P 0.080 0.010 0.769 0.009 0.004 0.052 0.001 0.001 0.002 0.003 0.068 104 Y 0.078 0.436 0.243 0.082 0.085 0.031 0.007 0.004 0.032 0.001 0.001 105 K 0.155 0.369 0.270 0.093 0.025 0.037 0.025 0.003 0.021 0.002 0.003 106 N 0.036 0.353 0.270 0.075 0.167 0.034 0.028 0.011 0.020 0.007 0.001 107 R 0.064 0.443 0.317 0.048 0.073 0.026 0.012 0.002 0.013 0.001 0.001 108 V 0.009 0.806 0.096 0.018 0.054 0.006 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 109 A 0.004 0.764 0.091 0.003 0.125 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 110 V 0.002 0.825 0.051 0.003 0.102 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 111 S 0.001 0.868 0.039 0.001 0.080 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 112 F 0.001 0.861 0.034 0.001 0.093 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 113 D 0.001 0.638 0.255 0.001 0.025 0.056 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 114 V 0.025 0.704 0.160 0.005 0.012 0.059 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 115 R 0.113 0.341 0.327 0.078 0.032 0.026 0.038 0.001 0.033 0.006 0.004 116 G 0.030 0.014 0.043 0.052 0.096 0.006 0.219 0.352 0.005 0.181 0.002 117 D 0.022 0.036 0.077 0.083 0.062 0.018 0.414 0.262 0.006 0.019 0.001 118 K 0.037 0.441 0.397 0.023 0.038 0.043 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 119 I 0.093 0.290 0.458 0.041 0.004 0.106 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 120 C 0.268 0.409 0.117 0.086 0.072 0.032 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 121 S 0.115 0.494 0.103 0.022 0.198 0.030 0.006 0.001 0.028 0.001 0.001 122 Y 0.192 0.452 0.176 0.043 0.065 0.046 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 123 R 0.362 0.404 0.137 0.024 0.024 0.018 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 124 E 0.463 0.281 0.124 0.049 0.043 0.015 0.012 0.001 0.012 0.001 0.001 125 Y 0.231 0.266 0.137 0.197 0.095 0.032 0.018 0.003 0.019 0.001 0.001 126 F 0.134 0.377 0.208 0.137 0.055 0.022 0.019 0.001 0.044 0.001 0.001 127 G 0.100 0.102 0.351 0.060 0.100 0.086 0.070 0.024 0.048 0.056 0.005 128 S 0.593 0.056 0.177 0.100 0.022 0.018 0.006 0.003 0.013 0.009 0.004 129 D 0.354 0.045 0.089 0.446 0.011 0.013 0.027 0.002 0.009 0.001 0.002 130 G 0.248 0.039 0.079 0.137 0.096 0.016 0.158 0.173 0.013 0.040 0.002 131 K 0.231 0.242 0.245 0.153 0.042 0.016 0.037 0.005 0.023 0.003 0.002 132 S 0.127 0.194 0.356 0.138 0.066 0.039 0.034 0.009 0.023 0.011 0.004 133 N 0.124 0.152 0.282 0.101 0.094 0.060 0.080 0.042 0.034 0.026 0.004