# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 381 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.117 0.078 0.088 0.115 0.148 0.133 0.106 0.086 0.057 0.036 0.019 0.010 0.005 0.002 2 M 0.121 0.081 0.089 0.118 0.141 0.123 0.110 0.088 0.057 0.035 0.021 0.009 0.004 0.002 3 T 0.276 0.142 0.134 0.129 0.106 0.075 0.055 0.035 0.023 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 4 H 0.265 0.152 0.132 0.133 0.122 0.075 0.052 0.030 0.020 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 5 Y 0.186 0.120 0.114 0.147 0.158 0.108 0.072 0.048 0.024 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 6 S 0.381 0.167 0.114 0.101 0.088 0.059 0.049 0.017 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 7 D 0.484 0.180 0.106 0.077 0.057 0.043 0.030 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 8 N 0.486 0.181 0.112 0.082 0.059 0.038 0.025 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 9 T 0.253 0.146 0.125 0.137 0.132 0.097 0.059 0.022 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 10 L 0.136 0.110 0.116 0.168 0.185 0.131 0.074 0.042 0.023 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 11 K 0.563 0.199 0.107 0.055 0.034 0.021 0.011 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.233 0.186 0.164 0.143 0.111 0.089 0.037 0.019 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.035 0.036 0.050 0.125 0.202 0.212 0.164 0.088 0.060 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 14 H 0.156 0.176 0.204 0.194 0.133 0.079 0.031 0.013 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 Q 0.534 0.263 0.122 0.041 0.018 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 G 0.026 0.045 0.066 0.147 0.199 0.210 0.155 0.088 0.045 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 17 F 0.013 0.022 0.032 0.099 0.170 0.223 0.205 0.148 0.059 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 18 E 0.392 0.301 0.180 0.068 0.026 0.022 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 F 0.173 0.160 0.185 0.204 0.148 0.079 0.029 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.017 0.022 0.033 0.094 0.154 0.220 0.213 0.146 0.061 0.019 0.012 0.004 0.003 0.001 21 T 0.052 0.072 0.093 0.169 0.220 0.177 0.118 0.063 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.561 0.206 0.134 0.047 0.024 0.016 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 G 0.094 0.085 0.119 0.203 0.220 0.140 0.073 0.036 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 24 L 0.091 0.074 0.089 0.155 0.202 0.157 0.121 0.066 0.027 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 25 A 0.298 0.170 0.152 0.128 0.121 0.069 0.035 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 26 T 0.401 0.186 0.136 0.106 0.079 0.046 0.025 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 G 0.525 0.189 0.096 0.080 0.055 0.031 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.290 0.193 0.177 0.118 0.089 0.079 0.032 0.009 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 W 0.048 0.056 0.067 0.160 0.250 0.200 0.118 0.061 0.031 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.506 0.279 0.123 0.047 0.021 0.015 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.302 0.293 0.205 0.104 0.047 0.035 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 F 0.013 0.019 0.028 0.096 0.168 0.214 0.228 0.142 0.068 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 33 L 0.016 0.052 0.085 0.215 0.278 0.188 0.093 0.044 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 34 D 0.596 0.265 0.092 0.022 0.009 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 M 0.045 0.064 0.106 0.225 0.248 0.160 0.084 0.042 0.015 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 36 L 0.018 0.022 0.034 0.079 0.151 0.190 0.222 0.162 0.072 0.021 0.018 0.006 0.004 0.002 37 T 0.090 0.129 0.126 0.191 0.188 0.134 0.071 0.039 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 38 E 0.408 0.191 0.112 0.092 0.065 0.061 0.031 0.017 0.013 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 39 D 0.052 0.061 0.083 0.152 0.210 0.197 0.113 0.055 0.040 0.022 0.007 0.006 0.002 0.001 40 F 0.020 0.015 0.026 0.042 0.084 0.134 0.169 0.164 0.126 0.097 0.068 0.031 0.020 0.005 41 T 0.083 0.073 0.067 0.104 0.143 0.131 0.128 0.117 0.065 0.040 0.027 0.012 0.006 0.005 42 F 0.026 0.015 0.018 0.030 0.045 0.066 0.087 0.116 0.146 0.152 0.126 0.105 0.050 0.018 43 W 0.032 0.031 0.042 0.067 0.106 0.121 0.133 0.128 0.114 0.092 0.068 0.038 0.016 0.014 44 F 0.036 0.028 0.045 0.055 0.088 0.094 0.119 0.121 0.121 0.109 0.102 0.045 0.022 0.014 45 P 0.045 0.046 0.050 0.078 0.115 0.122 0.122 0.133 0.101 0.079 0.061 0.025 0.015 0.008 46 M 0.055 0.062 0.069 0.104 0.129 0.130 0.116 0.108 0.086 0.068 0.034 0.023 0.010 0.006 47 G 0.100 0.085 0.095 0.109 0.116 0.115 0.112 0.100 0.069 0.049 0.030 0.012 0.004 0.003 48 E 0.216 0.150 0.158 0.131 0.100 0.080 0.059 0.042 0.029 0.018 0.011 0.003 0.001 0.001 49 F 0.122 0.099 0.099 0.134 0.144 0.126 0.091 0.078 0.047 0.030 0.014 0.009 0.004 0.002 50 H 0.134 0.111 0.102 0.142 0.145 0.114 0.089 0.069 0.043 0.030 0.012 0.006 0.002 0.001 51 G 0.219 0.144 0.126 0.134 0.110 0.096 0.065 0.048 0.027 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 52 L 0.130 0.099 0.104 0.131 0.156 0.122 0.099 0.072 0.039 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 53 N 0.227 0.131 0.117 0.131 0.119 0.094 0.064 0.049 0.031 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 54 V 0.230 0.158 0.131 0.146 0.123 0.083 0.056 0.045 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 55 G 0.132 0.084 0.091 0.133 0.163 0.135 0.118 0.055 0.053 0.025 0.008 0.002 0.001 0.001 56 K 0.088 0.122 0.189 0.212 0.159 0.118 0.058 0.031 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 57 E 0.743 0.150 0.073 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 R 0.080 0.178 0.212 0.216 0.148 0.100 0.033 0.020 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.006 0.008 0.012 0.054 0.124 0.189 0.269 0.199 0.102 0.018 0.012 0.003 0.002 0.001 60 K 0.100 0.265 0.284 0.186 0.094 0.049 0.012 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.529 0.329 0.101 0.023 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 F 0.007 0.022 0.042 0.165 0.234 0.263 0.166 0.065 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 63 F 0.008 0.019 0.036 0.111 0.201 0.235 0.202 0.135 0.040 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 64 T 0.528 0.263 0.133 0.042 0.016 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.150 0.139 0.179 0.222 0.173 0.084 0.029 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.024 0.026 0.038 0.104 0.177 0.216 0.208 0.123 0.052 0.017 0.010 0.003 0.002 0.001 67 S 0.087 0.120 0.159 0.202 0.205 0.125 0.059 0.026 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 68 E 0.714 0.154 0.071 0.028 0.015 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 S 0.143 0.129 0.141 0.196 0.179 0.121 0.051 0.021 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 70 F 0.107 0.075 0.099 0.150 0.190 0.156 0.112 0.063 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 71 H 0.403 0.201 0.136 0.103 0.071 0.040 0.027 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 T 0.467 0.186 0.112 0.088 0.054 0.044 0.024 0.011 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 73 G 0.211 0.147 0.129 0.152 0.139 0.104 0.059 0.027 0.016 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 74 I 0.122 0.091 0.101 0.134 0.155 0.139 0.099 0.069 0.043 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 75 Q 0.135 0.083 0.089 0.117 0.140 0.120 0.105 0.088 0.054 0.037 0.019 0.008 0.003 0.002 76 I 0.066 0.057 0.063 0.099 0.146 0.123 0.114 0.101 0.090 0.062 0.040 0.022 0.010 0.007 77 S 0.035 0.026 0.035 0.043 0.062 0.087 0.092 0.113 0.140 0.136 0.114 0.072 0.034 0.010 78 S 0.084 0.089 0.094 0.121 0.134 0.111 0.111 0.097 0.057 0.043 0.036 0.011 0.005 0.006 79 L 0.021 0.018 0.024 0.040 0.055 0.086 0.088 0.118 0.158 0.139 0.104 0.086 0.048 0.015 80 D 0.046 0.056 0.064 0.110 0.137 0.138 0.152 0.126 0.072 0.052 0.027 0.011 0.005 0.004 81 R 0.062 0.062 0.084 0.112 0.131 0.129 0.122 0.099 0.083 0.054 0.037 0.017 0.006 0.004 82 V 0.051 0.053 0.056 0.097 0.151 0.153 0.130 0.130 0.074 0.049 0.032 0.012 0.009 0.003 83 T 0.060 0.086 0.095 0.153 0.183 0.142 0.104 0.082 0.047 0.025 0.012 0.007 0.003 0.002 84 S 0.071 0.127 0.119 0.193 0.180 0.125 0.081 0.052 0.031 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 85 N 0.222 0.215 0.182 0.152 0.090 0.066 0.038 0.014 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 86 E 0.136 0.173 0.202 0.163 0.110 0.100 0.063 0.023 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 87 T 0.025 0.061 0.079 0.151 0.187 0.185 0.127 0.088 0.055 0.024 0.008 0.005 0.002 0.001 88 T 0.007 0.011 0.015 0.037 0.080 0.120 0.177 0.174 0.160 0.114 0.047 0.033 0.017 0.007 89 V 0.002 0.002 0.004 0.006 0.017 0.032 0.076 0.111 0.154 0.176 0.207 0.127 0.058 0.029 90 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.020 0.044 0.108 0.140 0.201 0.240 0.143 0.082 91 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.012 0.029 0.088 0.171 0.179 0.280 0.162 0.067 92 E 0.001 0.002 0.003 0.006 0.013 0.024 0.055 0.094 0.135 0.159 0.204 0.136 0.076 0.090 93 F 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.025 0.055 0.092 0.155 0.194 0.212 0.129 0.076 0.042 94 R 0.006 0.013 0.020 0.042 0.071 0.095 0.133 0.157 0.146 0.125 0.101 0.043 0.026 0.022 95 D 0.017 0.028 0.041 0.068 0.094 0.116 0.115 0.130 0.132 0.110 0.072 0.050 0.018 0.009 96 E 0.045 0.077 0.089 0.117 0.143 0.145 0.117 0.103 0.077 0.047 0.023 0.010 0.004 0.003 97 G 0.064 0.058 0.071 0.095 0.125 0.144 0.120 0.112 0.084 0.063 0.031 0.021 0.008 0.003 98 L 0.107 0.100 0.100 0.131 0.157 0.126 0.105 0.084 0.044 0.026 0.013 0.005 0.002 0.002 99 F 0.125 0.078 0.096 0.109 0.132 0.115 0.100 0.093 0.063 0.042 0.026 0.013 0.006 0.002 100 L 0.148 0.119 0.114 0.147 0.141 0.114 0.081 0.065 0.033 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 101 G 0.259 0.153 0.127 0.131 0.100 0.081 0.060 0.036 0.022 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 102 K 0.250 0.151 0.142 0.138 0.105 0.083 0.053 0.040 0.018 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 103 P 0.202 0.150 0.147 0.152 0.123 0.081 0.059 0.034 0.026 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 104 Y 0.055 0.062 0.063 0.123 0.143 0.151 0.135 0.125 0.061 0.038 0.026 0.009 0.005 0.002 105 K 0.078 0.120 0.131 0.172 0.156 0.117 0.080 0.063 0.041 0.021 0.013 0.005 0.001 0.002 106 N 0.020 0.029 0.039 0.073 0.103 0.123 0.132 0.135 0.125 0.091 0.059 0.040 0.022 0.010 107 R 0.008 0.019 0.032 0.054 0.100 0.120 0.149 0.163 0.134 0.089 0.074 0.032 0.013 0.013 108 V 0.003 0.003 0.005 0.009 0.021 0.035 0.071 0.106 0.159 0.193 0.163 0.117 0.078 0.038 109 A 0.002 0.003 0.004 0.005 0.011 0.026 0.042 0.070 0.167 0.184 0.177 0.156 0.108 0.047 110 V 0.002 0.002 0.004 0.008 0.016 0.029 0.059 0.091 0.140 0.199 0.177 0.150 0.071 0.053 111 S 0.001 0.004 0.006 0.013 0.025 0.043 0.082 0.123 0.181 0.170 0.155 0.097 0.052 0.048 112 F 0.005 0.005 0.007 0.013 0.023 0.049 0.085 0.111 0.162 0.191 0.176 0.090 0.062 0.022 113 D 0.014 0.048 0.067 0.129 0.155 0.156 0.156 0.129 0.073 0.034 0.024 0.009 0.003 0.005 114 V 0.013 0.022 0.029 0.059 0.125 0.137 0.157 0.179 0.129 0.065 0.050 0.019 0.012 0.005 115 R 0.061 0.154 0.177 0.231 0.146 0.122 0.048 0.032 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 116 G 0.432 0.205 0.130 0.090 0.048 0.049 0.029 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 117 D 0.432 0.156 0.233 0.069 0.043 0.028 0.025 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 118 K 0.152 0.138 0.197 0.173 0.154 0.099 0.045 0.021 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 119 I 0.078 0.063 0.050 0.112 0.157 0.163 0.151 0.122 0.054 0.030 0.012 0.005 0.003 0.001 120 C 0.121 0.075 0.087 0.120 0.151 0.115 0.117 0.091 0.055 0.031 0.022 0.011 0.003 0.001 121 S 0.141 0.086 0.105 0.114 0.126 0.109 0.087 0.080 0.063 0.039 0.029 0.013 0.004 0.003 122 Y 0.041 0.033 0.038 0.075 0.110 0.130 0.128 0.138 0.114 0.080 0.056 0.031 0.019 0.007 123 R 0.083 0.079 0.089 0.122 0.142 0.132 0.115 0.095 0.060 0.040 0.025 0.011 0.005 0.003 124 E 0.127 0.105 0.105 0.124 0.134 0.128 0.091 0.074 0.053 0.030 0.018 0.007 0.003 0.002 125 Y 0.043 0.038 0.043 0.081 0.125 0.147 0.142 0.142 0.093 0.063 0.043 0.021 0.014 0.005 126 F 0.075 0.070 0.088 0.124 0.157 0.141 0.117 0.096 0.060 0.036 0.021 0.011 0.005 0.003 127 G 0.187 0.158 0.149 0.149 0.117 0.090 0.054 0.042 0.028 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 128 S 0.168 0.114 0.124 0.137 0.139 0.118 0.074 0.056 0.035 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 129 D 0.286 0.150 0.155 0.123 0.100 0.068 0.057 0.026 0.018 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 130 G 0.343 0.149 0.122 0.118 0.093 0.070 0.048 0.027 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 131 K 0.277 0.159 0.130 0.127 0.112 0.079 0.053 0.030 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 132 S 0.177 0.098 0.098 0.123 0.138 0.116 0.091 0.067 0.040 0.027 0.013 0.007 0.003 0.001 133 N 0.305 0.170 0.144 0.127 0.088 0.066 0.041 0.026 0.016 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001