This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA M A 3 3 NATAA T A 4 4 NATAA H A 5 5 NATAA Y A 6 6 NATAA S A 7 7 NATAA D A 8 8 NATAA N A 9 9 NATAA T A 10 10 NATAA L A 11 11 NATAA K A 12 12 NATAA V A 13 13 NATAA A A 14 14 NATAA H A 15 15 NATAA Q A 16 16 NATAA G A 17 17 NATAA F A 18 18 NATAA E A 19 19 NATAA F A 20 20 NATAA F A 21 21 NATAA T A 22 22 NATAA Q A 23 23 NATAA G A 24 24 NATAA L A 25 25 NATAA A A 26 26 NATAA T A 27 27 NATAA G A 28 28 NATAA E A 29 29 NATAA W A 30 30 NATAA Q A 31 31 NATAA K A 32 32 NATAA F A 33 33 NATAA L A 34 34 NATAA D A 35 35 NATAA M A 36 36 NATAA L A 37 37 NATAA T A 38 38 NATAA E A 39 39 NATAA D A 40 40 NATAA F A 41 41 NATAA T A 42 42 NATAA F A 43 43 NATAA W A 44 44 NATAA F A 45 45 NATRO P A 46 46 NATAA M A 47 47 NATAA G A 48 48 NATAA E A 49 49 NATAA F A 50 50 NATAA H A 51 51 NATAA G A 52 52 NATAA L A 53 53 NATAA N A 54 54 NATAA V A 55 55 NATAA G A 56 56 NATAA K A 57 57 NATAA E A 58 58 NATAA R A 59 59 NATAA A A 60 60 NATAA K A 61 61 NATAA E A 62 62 NATAA F A 63 63 NATAA F A 64 64 NATAA T A 65 65 NATAA Y A 66 66 NATAA V A 67 67 NATAA S A 68 68 NATAA E A 69 69 NATAA S A 70 70 NATAA F A 71 71 NATAA H A 72 72 NATAA T A 73 73 NATAA G A 74 74 NATAA I A 75 75 NATAA Q A 76 76 NATAA I A 77 77 NATAA S A 78 78 NATAA S A 79 79 NATAA L A 80 80 NATAA D A 81 81 NATAA R A 82 82 NATAA V A 83 83 NATAA T A 84 84 NATAA S A 85 85 NATAA N A 86 86 NATAA E A 87 87 NATAA T A 88 88 NATAA T A 89 89 NATAA V A 90 90 NATAA V A 91 91 NATAA F A 92 92 NATAA E A 93 93 NATAA F A 94 94 NATAA R A 95 95 NATAA D A 96 96 NATAA E A 97 97 NATAA G A 98 98 NATAA L A 99 99 NATAA F A 100 100 NATAA L A 101 101 NATAA G A 102 102 NATAA K A 103 103 NATRO P A 104 104 NATAA Y A 105 105 NATAA K A 106 106 NATAA N A 107 107 NATAA R A 108 108 NATAA V A 109 109 NATAA A A 110 110 NATAA V A 111 111 NATAA S A 112 112 NATAA F A 113 113 NATAA D A 114 114 NATAA V A 115 115 NATAA R A 116 116 NATAA G A 117 117 NATAA D A 118 118 NATAA K A 119 119 NATAA I A 120 120 NATRO C A 121 121 NATAA S A 122 122 NATAA Y A 123 123 NATAA R A 124 124 NATAA E A 125 125 NATAA Y A 126 126 NATAA F A 127 127 NATAA G A 128 128 NATAA S A 129 129 NATAA D A 130 130 NATAA G A 131 131 NATAA K A 132 132 NATAA S A 133 133 NATAA N