# TARGET T0449 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0449.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 464 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.598 0.219 0.089 0.057 0.028 0.008 0.001 2 D 0.473 0.255 0.143 0.082 0.036 0.011 0.001 3 Y 0.253 0.202 0.229 0.185 0.101 0.027 0.001 4 T 0.319 0.296 0.225 0.111 0.039 0.010 0.001 5 I 0.219 0.171 0.237 0.240 0.110 0.022 0.001 6 E 0.654 0.248 0.065 0.024 0.008 0.002 0.001 7 N 0.686 0.222 0.061 0.024 0.006 0.001 0.001 8 N 0.653 0.251 0.068 0.023 0.005 0.001 0.001 9 M 0.246 0.365 0.244 0.108 0.029 0.008 0.001 10 I 0.039 0.065 0.132 0.278 0.360 0.116 0.010 11 K 0.032 0.198 0.292 0.302 0.131 0.043 0.002 12 V 0.012 0.035 0.062 0.139 0.316 0.391 0.046 13 V 0.011 0.074 0.195 0.373 0.249 0.092 0.006 14 I 0.012 0.034 0.070 0.165 0.364 0.314 0.042 15 S 0.051 0.164 0.234 0.271 0.183 0.084 0.013 16 D 0.100 0.255 0.284 0.209 0.106 0.040 0.005 17 H 0.028 0.101 0.283 0.343 0.160 0.076 0.010 18 G 0.046 0.107 0.149 0.213 0.256 0.199 0.031 19 A 0.014 0.020 0.037 0.106 0.242 0.416 0.165 20 E 0.018 0.085 0.186 0.257 0.228 0.179 0.047 21 I 0.006 0.014 0.021 0.049 0.181 0.497 0.232 22 Q 0.010 0.054 0.134 0.219 0.330 0.219 0.034 23 S 0.026 0.129 0.179 0.273 0.242 0.136 0.015 24 V 0.009 0.028 0.090 0.215 0.381 0.260 0.018 25 K 0.059 0.195 0.325 0.283 0.114 0.024 0.001 26 S 0.258 0.329 0.228 0.123 0.053 0.010 0.001 27 A 0.502 0.324 0.114 0.049 0.010 0.001 0.001 28 H 0.622 0.250 0.080 0.036 0.011 0.002 0.001 29 T 0.592 0.275 0.090 0.033 0.008 0.001 0.001 30 D 0.556 0.294 0.103 0.037 0.009 0.001 0.001 31 E 0.285 0.312 0.219 0.133 0.042 0.008 0.001 32 E 0.150 0.273 0.255 0.202 0.095 0.023 0.001 33 F 0.049 0.113 0.189 0.271 0.258 0.113 0.007 34 M 0.056 0.104 0.150 0.230 0.267 0.176 0.016 35 W 0.061 0.136 0.246 0.280 0.193 0.078 0.006 36 Q 0.194 0.256 0.243 0.193 0.086 0.026 0.002 37 A 0.271 0.281 0.206 0.142 0.075 0.023 0.002 38 N 0.341 0.287 0.162 0.126 0.060 0.022 0.002 39 P 0.320 0.273 0.197 0.128 0.057 0.022 0.002 40 E 0.284 0.301 0.213 0.140 0.045 0.016 0.002 41 I 0.084 0.137 0.190 0.231 0.230 0.113 0.016 42 W 0.066 0.085 0.093 0.182 0.272 0.249 0.054 43 G 0.062 0.139 0.191 0.218 0.192 0.165 0.034 44 R 0.057 0.103 0.158 0.224 0.195 0.183 0.080 45 H 0.024 0.041 0.065 0.117 0.210 0.296 0.247 46 A 0.005 0.009 0.015 0.035 0.121 0.368 0.447 47 P 0.007 0.015 0.026 0.056 0.127 0.299 0.469 48 V 0.003 0.006 0.011 0.026 0.071 0.273 0.609 49 L 0.001 0.002 0.005 0.014 0.044 0.217 0.716 50 F 0.001 0.002 0.003 0.009 0.041 0.227 0.717 51 P 0.003 0.008 0.016 0.039 0.098 0.244 0.591 52 I 0.002 0.005 0.008 0.020 0.073 0.322 0.570 53 V 0.006 0.013 0.022 0.059 0.151 0.363 0.386 54 G 0.009 0.036 0.063 0.107 0.243 0.394 0.148 55 R 0.019 0.088 0.197 0.295 0.239 0.136 0.025 56 L 0.029 0.047 0.101 0.205 0.336 0.252 0.030 57 K 0.224 0.329 0.225 0.145 0.060 0.016 0.001 58 N 0.484 0.321 0.125 0.051 0.014 0.004 0.001 59 D 0.302 0.295 0.211 0.145 0.039 0.008 0.001 60 E 0.324 0.420 0.174 0.063 0.015 0.003 0.001 61 Y 0.049 0.080 0.154 0.310 0.321 0.082 0.003 62 T 0.088 0.324 0.308 0.208 0.060 0.013 0.001 63 Y 0.055 0.101 0.235 0.336 0.209 0.062 0.001 64 K 0.484 0.396 0.085 0.025 0.008 0.001 0.001 65 G 0.338 0.318 0.170 0.121 0.044 0.009 0.001 66 K 0.189 0.279 0.259 0.185 0.071 0.016 0.001 67 T 0.148 0.369 0.253 0.160 0.052 0.017 0.001 68 Y 0.037 0.065 0.143 0.258 0.326 0.154 0.017 69 H 0.058 0.180 0.230 0.259 0.174 0.089 0.010 70 L 0.031 0.048 0.083 0.167 0.276 0.314 0.081 71 G 0.053 0.142 0.205 0.245 0.187 0.133 0.036 72 Q 0.057 0.091 0.121 0.188 0.224 0.216 0.102 73 H 0.019 0.024 0.036 0.074 0.163 0.369 0.316 74 G 0.025 0.043 0.054 0.089 0.172 0.338 0.280 75 F 0.025 0.036 0.051 0.102 0.168 0.295 0.324 76 A 0.028 0.043 0.055 0.084 0.171 0.350 0.270 77 R 0.044 0.090 0.154 0.201 0.220 0.206 0.085 78 N 0.103 0.177 0.209 0.222 0.155 0.101 0.033 79 A 0.088 0.168 0.216 0.233 0.188 0.095 0.013 80 D 0.158 0.300 0.223 0.165 0.098 0.050 0.006 81 F 0.037 0.067 0.159 0.278 0.319 0.131 0.009 82 E 0.110 0.354 0.275 0.182 0.063 0.016 0.001 83 V 0.041 0.068 0.142 0.252 0.315 0.176 0.006 84 E 0.149 0.298 0.283 0.194 0.066 0.009 0.001 85 N 0.476 0.381 0.102 0.032 0.008 0.001 0.001 86 H 0.262 0.241 0.250 0.195 0.047 0.005 0.001 87 T 0.596 0.292 0.075 0.027 0.009 0.001 0.001 88 K 0.596 0.300 0.074 0.024 0.005 0.001 0.001 89 E 0.589 0.312 0.074 0.021 0.004 0.001 0.001 90 S 0.146 0.323 0.299 0.173 0.048 0.010 0.001 91 I 0.031 0.057 0.117 0.246 0.381 0.156 0.012 92 T 0.022 0.119 0.235 0.339 0.194 0.086 0.005 93 F 0.016 0.044 0.081 0.150 0.319 0.349 0.042 94 L 0.018 0.089 0.196 0.295 0.261 0.129 0.013 95 L 0.017 0.053 0.126 0.229 0.355 0.202 0.018 96 K 0.085 0.223 0.314 0.245 0.104 0.027 0.002 97 D 0.215 0.265 0.214 0.176 0.100 0.029 0.001 98 N 0.352 0.281 0.177 0.124 0.052 0.014 0.001 99 E 0.578 0.290 0.086 0.034 0.010 0.002 0.001 100 E 0.335 0.332 0.203 0.098 0.024 0.006 0.001 101 T 0.170 0.120 0.165 0.234 0.221 0.083 0.008 102 R 0.221 0.268 0.251 0.163 0.073 0.022 0.002 103 K 0.299 0.335 0.195 0.109 0.043 0.017 0.002 104 V 0.106 0.160 0.193 0.228 0.199 0.100 0.014 105 Y 0.038 0.085 0.132 0.212 0.263 0.229 0.042 106 P 0.040 0.090 0.177 0.237 0.219 0.182 0.054 107 F 0.024 0.065 0.135 0.214 0.257 0.246 0.060 108 K 0.054 0.218 0.311 0.229 0.122 0.053 0.012 109 F 0.004 0.012 0.028 0.100 0.275 0.457 0.123 110 E 0.011 0.090 0.207 0.325 0.224 0.127 0.017 111 F 0.002 0.008 0.019 0.075 0.216 0.554 0.126 112 R 0.008 0.074 0.249 0.370 0.216 0.075 0.008 113 V 0.001 0.010 0.021 0.071 0.273 0.542 0.082 114 N 0.006 0.073 0.228 0.347 0.247 0.092 0.007 115 Y 0.003 0.020 0.060 0.153 0.378 0.365 0.021 116 N 0.025 0.220 0.340 0.279 0.115 0.020 0.001 117 L 0.010 0.026 0.088 0.239 0.401 0.227 0.010 118 M 0.077 0.250 0.317 0.246 0.092 0.017 0.001 119 N 0.495 0.386 0.087 0.024 0.007 0.001 0.001 120 N 0.271 0.376 0.217 0.119 0.016 0.002 0.001 121 L 0.123 0.302 0.302 0.184 0.073 0.015 0.001 122 L 0.038 0.060 0.149 0.334 0.313 0.100 0.006 123 E 0.147 0.400 0.277 0.125 0.043 0.008 0.001 124 E 0.073 0.213 0.206 0.266 0.174 0.064 0.004 125 N 0.034 0.176 0.292 0.306 0.146 0.042 0.003 126 F 0.010 0.027 0.053 0.165 0.376 0.334 0.034 127 S 0.036 0.176 0.275 0.287 0.159 0.061 0.005 128 V 0.022 0.056 0.103 0.195 0.321 0.273 0.030 129 V 0.041 0.155 0.262 0.285 0.179 0.072 0.006 130 N 0.041 0.085 0.184 0.274 0.288 0.119 0.009 131 K 0.218 0.297 0.234 0.157 0.075 0.019 0.001 132 S 0.482 0.311 0.097 0.062 0.036 0.012 0.001 133 D 0.316 0.293 0.188 0.130 0.054 0.017 0.002 134 E 0.291 0.289 0.220 0.135 0.047 0.017 0.002 135 T 0.109 0.175 0.224 0.235 0.156 0.084 0.018 136 M 0.034 0.033 0.054 0.123 0.276 0.345 0.133 137 I 0.024 0.040 0.063 0.126 0.180 0.332 0.236 138 F 0.006 0.007 0.009 0.017 0.059 0.278 0.623 139 G 0.005 0.007 0.009 0.019 0.046 0.176 0.739 140 V 0.003 0.004 0.005 0.011 0.032 0.183 0.763 141 G 0.006 0.010 0.014 0.038 0.075 0.212 0.645 142 G 0.003 0.006 0.009 0.021 0.060 0.263 0.639 143 H 0.004 0.008 0.013 0.035 0.083 0.246 0.610 144 P 0.007 0.015 0.023 0.045 0.114 0.287 0.509 145 G 0.015 0.029 0.044 0.083 0.159 0.265 0.405 146 F 0.007 0.011 0.016 0.037 0.107 0.382 0.440 147 N 0.022 0.070 0.125 0.212 0.241 0.225 0.105 148 L 0.024 0.050 0.090 0.176 0.302 0.298 0.060 149 P 0.106 0.209 0.239 0.243 0.141 0.056 0.005 150 T 0.252 0.256 0.225 0.173 0.071 0.022 0.001 151 D 0.452 0.278 0.151 0.085 0.028 0.006 0.001 152 H 0.592 0.254 0.090 0.045 0.016 0.004 0.001 153 G 0.572 0.261 0.101 0.048 0.015 0.004 0.001 154 E 0.450 0.267 0.159 0.086 0.031 0.007 0.001 155 N 0.336 0.293 0.200 0.113 0.045 0.012 0.001 156 K 0.179 0.209 0.248 0.220 0.107 0.034 0.003 157 E 0.189 0.253 0.227 0.181 0.107 0.041 0.003 158 D 0.150 0.241 0.221 0.207 0.118 0.055 0.007 159 F 0.049 0.071 0.108 0.199 0.320 0.223 0.030 160 Y 0.077 0.174 0.208 0.245 0.169 0.112 0.016 161 F 0.056 0.083 0.141 0.204 0.276 0.208 0.031 162 D 0.148 0.277 0.245 0.193 0.092 0.039 0.005 163 M 0.084 0.102 0.150 0.233 0.273 0.143 0.015 164 H 0.284 0.292 0.199 0.131 0.065 0.025 0.003 165 P 0.370 0.273 0.175 0.114 0.046 0.019 0.002 166 S 0.411 0.258 0.156 0.104 0.051 0.018 0.002 167 V 0.232 0.237 0.217 0.178 0.094 0.038 0.004 168 T 0.179 0.201 0.202 0.195 0.146 0.069 0.008 169 R 0.133 0.191 0.223 0.219 0.151 0.073 0.009 170 V 0.160 0.209 0.181 0.190 0.164 0.086 0.011 171 R 0.137 0.208 0.204 0.214 0.151 0.077 0.009 172 I 0.106 0.156 0.191 0.212 0.203 0.118 0.014 173 P 0.097 0.206 0.238 0.237 0.145 0.069 0.008 174 L 0.068 0.082 0.135 0.220 0.287 0.185 0.022 175 K 0.228 0.293 0.219 0.156 0.074 0.027 0.002 176 D 0.421 0.301 0.144 0.084 0.035 0.013 0.002 177 A 0.256 0.216 0.195 0.193 0.100 0.036 0.004 178 S 0.240 0.284 0.193 0.154 0.084 0.040 0.004 179 L 0.115 0.128 0.177 0.230 0.212 0.123 0.015 180 D 0.226 0.271 0.204 0.159 0.092 0.043 0.004 181 W 0.187 0.191 0.202 0.194 0.145 0.072 0.009 182 N 0.259 0.231 0.190 0.162 0.105 0.047 0.007 183 N 0.252 0.224 0.203 0.167 0.103 0.045 0.006 184 R 0.315 0.242 0.181 0.140 0.082 0.035 0.005 185 S 0.302 0.285 0.164 0.129 0.081 0.036 0.004 186 L 0.152 0.180 0.199 0.222 0.157 0.082 0.007 187 A 0.193 0.194 0.230 0.207 0.116 0.055 0.005 188 P 0.337 0.260 0.190 0.124 0.058 0.026 0.003 189 T 0.241 0.183 0.209 0.203 0.114 0.044 0.005 190 D 0.372 0.293 0.162 0.099 0.052 0.020 0.002 191 S 0.262 0.295 0.177 0.143 0.081 0.037 0.005 192 L 0.085 0.145 0.182 0.249 0.212 0.115 0.011 193 I 0.067 0.152 0.212 0.245 0.207 0.108 0.009 194 A 0.074 0.168 0.241 0.252 0.177 0.078 0.009 195 L 0.044 0.070 0.114 0.206 0.304 0.231 0.031 196 S 0.112 0.203 0.232 0.236 0.145 0.065 0.007 197 D 0.260 0.319 0.213 0.133 0.054 0.019 0.002 198 D 0.145 0.265 0.251 0.209 0.096 0.032 0.003 199 L 0.037 0.080 0.137 0.255 0.311 0.167 0.012 200 F 0.051 0.103 0.193 0.271 0.253 0.120 0.010 201 K 0.206 0.304 0.244 0.155 0.066 0.023 0.002 202 D 0.261 0.298 0.211 0.140 0.063 0.023 0.003 203 D 0.134 0.195 0.231 0.248 0.133 0.053 0.007 204 A 0.087 0.178 0.225 0.251 0.156 0.091 0.013 205 L 0.041 0.053 0.071 0.145 0.277 0.327 0.086 206 I 0.042 0.101 0.136 0.213 0.244 0.217 0.047 207 Y 0.043 0.088 0.129 0.193 0.274 0.226 0.048 208 E 0.074 0.177 0.195 0.226 0.196 0.113 0.019 209 L 0.057 0.105 0.179 0.230 0.266 0.146 0.018 210 R 0.156 0.233 0.262 0.209 0.094 0.042 0.005 211 G 0.279 0.241 0.212 0.152 0.080 0.033 0.003 212 N 0.333 0.239 0.190 0.144 0.066 0.025 0.003 213 D 0.372 0.305 0.163 0.091 0.048 0.018 0.002 214 N 0.208 0.284 0.200 0.172 0.097 0.036 0.004 215 K 0.065 0.179 0.211 0.263 0.195 0.081 0.006 216 V 0.023 0.069 0.114 0.205 0.326 0.244 0.020 217 S 0.020 0.063 0.134 0.239 0.289 0.232 0.023 218 L 0.021 0.057 0.124 0.196 0.299 0.276 0.028 219 R 0.058 0.156 0.291 0.308 0.144 0.040 0.002 220 T 0.256 0.309 0.217 0.143 0.061 0.014 0.001 221 D 0.450 0.292 0.142 0.081 0.028 0.006 0.001 222 K 0.613 0.267 0.077 0.031 0.010 0.002 0.001 223 N 0.483 0.320 0.126 0.054 0.014 0.003 0.001 224 K 0.330 0.349 0.191 0.093 0.030 0.007 0.001 225 F 0.103 0.190 0.240 0.266 0.152 0.045 0.003 226 H 0.057 0.152 0.216 0.267 0.206 0.096 0.007 227 V 0.029 0.064 0.111 0.194 0.307 0.264 0.030 228 N 0.032 0.128 0.220 0.277 0.230 0.103 0.010 229 V 0.027 0.071 0.132 0.212 0.315 0.214 0.028 230 W 0.033 0.111 0.204 0.278 0.244 0.119 0.011 231 T 0.122 0.219 0.263 0.244 0.115 0.035 0.003 232 R 0.181 0.310 0.263 0.157 0.069 0.018 0.001 233 D 0.182 0.321 0.194 0.158 0.102 0.040 0.004 234 A 0.013 0.031 0.090 0.205 0.384 0.248 0.029 235 P 0.030 0.141 0.240 0.266 0.181 0.126 0.017 236 F 0.004 0.012 0.054 0.139 0.296 0.367 0.128 237 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.312 0.665 238 G 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 0.192 0.779 239 I 0.001 0.001 0.002 0.009 0.034 0.186 0.766 240 W 0.001 0.005 0.011 0.027 0.122 0.455 0.379 241 S 0.004 0.016 0.049 0.132 0.358 0.370 0.071 242 Q 0.044 0.215 0.302 0.234 0.132 0.068 0.005 243 Y 0.076 0.151 0.300 0.289 0.139 0.043 0.002 244 P 0.485 0.254 0.141 0.076 0.034 0.009 0.001 245 K 0.472 0.305 0.130 0.064 0.023 0.005 0.001 246 T 0.520 0.351 0.074 0.033 0.017 0.004 0.001 247 D 0.119 0.263 0.231 0.222 0.124 0.038 0.003 248 N 0.026 0.119 0.233 0.280 0.231 0.100 0.010 249 Y 0.002 0.006 0.020 0.059 0.250 0.509 0.153 250 V 0.001 0.001 0.004 0.011 0.064 0.426 0.493 251 C 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.176 0.802 252 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.095 0.896 253 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.129 0.856 254 P 0.001 0.002 0.003 0.010 0.036 0.193 0.755 255 W 0.003 0.009 0.015 0.041 0.124 0.345 0.462 256 W 0.009 0.029 0.052 0.108 0.203 0.366 0.234 257 G 0.022 0.047 0.069 0.121 0.225 0.311 0.205 258 I 0.031 0.051 0.065 0.110 0.214 0.315 0.214 259 A 0.083 0.134 0.159 0.199 0.189 0.155 0.081 260 D 0.101 0.140 0.142 0.176 0.205 0.174 0.060 261 R 0.100 0.140 0.161 0.196 0.198 0.161 0.043 262 D 0.093 0.119 0.152 0.232 0.228 0.150 0.026 263 D 0.141 0.211 0.242 0.208 0.126 0.063 0.008 264 A 0.179 0.169 0.194 0.229 0.161 0.063 0.005 265 D 0.567 0.280 0.098 0.038 0.013 0.004 0.001 266 G 0.471 0.255 0.150 0.094 0.023 0.006 0.001 267 D 0.514 0.292 0.118 0.052 0.018 0.005 0.001 268 L 0.166 0.134 0.243 0.291 0.130 0.034 0.002 269 E 0.567 0.300 0.088 0.031 0.012 0.003 0.001 270 H 0.409 0.316 0.143 0.086 0.035 0.010 0.001 271 K 0.282 0.272 0.197 0.155 0.071 0.020 0.001 272 Y 0.251 0.285 0.229 0.147 0.065 0.022 0.002 273 G 0.135 0.257 0.261 0.202 0.103 0.037 0.004 274 M 0.041 0.076 0.146 0.256 0.304 0.165 0.013 275 N 0.058 0.190 0.229 0.256 0.180 0.083 0.004 276 H 0.044 0.145 0.257 0.267 0.192 0.089 0.006 277 L 0.033 0.057 0.134 0.271 0.316 0.177 0.012 278 K 0.238 0.353 0.209 0.125 0.062 0.012 0.001 279 P 0.273 0.326 0.194 0.137 0.054 0.015 0.001 280 G 0.371 0.278 0.195 0.114 0.036 0.006 0.001 281 K 0.544 0.331 0.082 0.033 0.009 0.002 0.001 282 E 0.383 0.372 0.158 0.065 0.019 0.004 0.001 283 F 0.086 0.103 0.231 0.326 0.205 0.047 0.002 284 Q 0.261 0.364 0.238 0.096 0.032 0.009 0.001 285 A 0.122 0.167 0.226 0.269 0.155 0.056 0.005 286 G 0.132 0.254 0.253 0.207 0.107 0.042 0.005 287 F 0.034 0.062 0.104 0.214 0.303 0.243 0.040 288 S 0.067 0.186 0.226 0.252 0.164 0.086 0.018 289 M 0.030 0.035 0.050 0.127 0.247 0.384 0.128 290 T 0.048 0.136 0.191 0.245 0.200 0.141 0.038 291 Y 0.030 0.042 0.067 0.138 0.238 0.336 0.150 292 H 0.064 0.114 0.152 0.197 0.208 0.192 0.074 293 S 0.142 0.163 0.160 0.181 0.166 0.140 0.049 294 T 0.169 0.132 0.123 0.178 0.171 0.156 0.072 295 T 0.240 0.176 0.144 0.152 0.134 0.116 0.039 296 D 0.218 0.201 0.174 0.180 0.126 0.081 0.020 297 E 0.350 0.272 0.143 0.101 0.077 0.044 0.012 298 V 0.253 0.151 0.132 0.167 0.151 0.105 0.041 299 K 0.402 0.235 0.139 0.093 0.066 0.044 0.021 300 L 0.201 0.128 0.159 0.195 0.135 0.117 0.064 301 E 0.158 0.102 0.099 0.126 0.151 0.208 0.156 302 H 0.096 0.049 0.037 0.061 0.105 0.291 0.361 303 H 0.123 0.069 0.047 0.072 0.107 0.242 0.340 304 H 0.143 0.098 0.068 0.094 0.127 0.236 0.234 305 H 0.166 0.113 0.084 0.118 0.137 0.197 0.185 306 H 0.235 0.126 0.092 0.107 0.110 0.166 0.164 307 H 0.414 0.159 0.106 0.101 0.078 0.076 0.065