# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.26 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.012 0.323 0.023 0.031 0.106 0.005 0.003 0.023 0.158 0.203 0.071 0.024 2 G 0.013 0.014 0.336 0.006 0.029 0.095 0.006 0.002 0.018 0.154 0.256 0.016 0.055 3 L 0.021 0.042 0.319 0.009 0.049 0.178 0.005 0.003 0.014 0.110 0.133 0.055 0.060 4 L 0.021 0.039 0.272 0.015 0.083 0.199 0.004 0.003 0.023 0.092 0.091 0.048 0.110 5 D 0.008 0.013 0.182 0.019 0.136 0.308 0.002 0.003 0.016 0.106 0.133 0.028 0.045 6 A 0.004 0.009 0.102 0.009 0.151 0.453 0.002 0.003 0.010 0.058 0.161 0.019 0.020 7 L 0.012 0.013 0.106 0.006 0.183 0.419 0.003 0.004 0.017 0.049 0.134 0.016 0.037 8 M 0.018 0.021 0.117 0.011 0.116 0.373 0.003 0.005 0.014 0.090 0.184 0.024 0.025 9 G 0.016 0.020 0.144 0.015 0.086 0.259 0.005 0.005 0.012 0.148 0.226 0.029 0.034 10 N 0.008 0.020 0.325 0.008 0.061 0.162 0.003 0.002 0.015 0.127 0.202 0.030 0.035 11 A 0.006 0.016 0.364 0.011 0.089 0.200 0.001 0.001 0.009 0.135 0.106 0.013 0.050 12 A 0.004 0.010 0.274 0.011 0.129 0.224 0.001 0.001 0.013 0.157 0.112 0.044 0.019 13 E 0.003 0.016 0.231 0.001 0.158 0.301 0.002 0.001 0.021 0.081 0.128 0.006 0.051 14 V 0.003 0.049 0.392 0.004 0.033 0.212 0.002 0.002 0.015 0.173 0.042 0.053 0.020 15 N 0.001 0.012 0.693 0.001 0.017 0.172 0.001 0.001 0.008 0.050 0.024 0.005 0.017 16 L 0.001 0.001 0.037 0.001 0.076 0.847 0.001 0.001 0.001 0.012 0.022 0.001 0.003 17 D 0.001 0.001 0.009 0.001 0.067 0.901 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.054 0.920 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.002 19 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.018 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.016 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.023 0.936 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.022 0.864 0.001 0.001 0.001 0.008 0.089 0.001 0.001 23 L 0.001 0.002 0.051 0.001 0.020 0.798 0.001 0.001 0.001 0.037 0.082 0.002 0.004 24 G 0.002 0.006 0.269 0.006 0.056 0.445 0.001 0.001 0.002 0.100 0.084 0.024 0.007 25 P 0.001 0.003 0.074 0.001 0.206 0.516 0.001 0.001 0.002 0.029 0.148 0.002 0.017 26 I 0.002 0.008 0.076 0.003 0.151 0.405 0.001 0.001 0.011 0.038 0.267 0.028 0.009 27 M 0.007 0.056 0.109 0.004 0.173 0.291 0.001 0.003 0.029 0.062 0.194 0.009 0.062 28 G 0.003 0.021 0.469 0.003 0.022 0.093 0.002 0.001 0.012 0.179 0.116 0.062 0.018 29 D 0.001 0.003 0.022 0.006 0.010 0.033 0.001 0.001 0.001 0.056 0.862 0.002 0.005 30 N 0.001 0.001 0.030 0.003 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.042 0.900 0.001 0.001 31 E 0.003 0.015 0.375 0.012 0.022 0.178 0.001 0.001 0.005 0.239 0.087 0.037 0.027 32 Q 0.039 0.070 0.170 0.005 0.064 0.193 0.004 0.002 0.017 0.072 0.039 0.041 0.284 33 L 0.085 0.012 0.057 0.028 0.037 0.512 0.014 0.010 0.028 0.018 0.024 0.077 0.099 34 A 0.220 0.004 0.019 0.111 0.013 0.377 0.010 0.005 0.009 0.008 0.010 0.098 0.116 35 L 0.405 0.001 0.006 0.009 0.007 0.317 0.010 0.001 0.003 0.002 0.006 0.067 0.164 36 A 0.341 0.001 0.007 0.011 0.009 0.410 0.004 0.001 0.004 0.002 0.010 0.069 0.132 37 Y 0.372 0.001 0.011 0.010 0.008 0.432 0.002 0.001 0.006 0.003 0.023 0.039 0.093 38 R 0.238 0.003 0.023 0.012 0.011 0.387 0.006 0.002 0.007 0.015 0.047 0.170 0.079 39 V 0.245 0.006 0.043 0.005 0.013 0.248 0.011 0.002 0.007 0.012 0.058 0.034 0.315 40 I 0.154 0.007 0.140 0.060 0.013 0.160 0.006 0.003 0.017 0.039 0.077 0.234 0.090 41 R 0.047 0.003 0.150 0.048 0.032 0.111 0.003 0.002 0.020 0.102 0.266 0.038 0.177 42 D 0.057 0.004 0.137 0.048 0.027 0.050 0.009 0.004 0.025 0.167 0.336 0.081 0.055 43 M 0.218 0.010 0.139 0.027 0.025 0.025 0.054 0.040 0.088 0.060 0.033 0.102 0.178 44 F 0.359 0.008 0.036 0.021 0.005 0.010 0.108 0.080 0.063 0.018 0.009 0.172 0.113 45 V 0.443 0.014 0.028 0.030 0.004 0.005 0.108 0.077 0.046 0.009 0.011 0.073 0.152 46 F 0.222 0.015 0.153 0.023 0.005 0.007 0.059 0.033 0.063 0.024 0.021 0.201 0.174 47 T 0.051 0.009 0.322 0.031 0.010 0.005 0.012 0.007 0.056 0.103 0.055 0.064 0.277 48 N 0.020 0.005 0.332 0.075 0.021 0.005 0.002 0.001 0.019 0.278 0.108 0.064 0.069 49 K 0.024 0.005 0.149 0.098 0.059 0.011 0.004 0.001 0.014 0.314 0.180 0.063 0.079 50 R 0.186 0.014 0.142 0.038 0.051 0.008 0.040 0.008 0.052 0.101 0.057 0.109 0.196 51 L 0.405 0.007 0.048 0.022 0.010 0.005 0.103 0.068 0.065 0.013 0.004 0.103 0.149 52 I 0.490 0.003 0.010 0.024 0.001 0.002 0.145 0.087 0.049 0.003 0.002 0.117 0.069 53 L 0.527 0.003 0.007 0.006 0.001 0.002 0.157 0.079 0.035 0.001 0.002 0.046 0.134 54 I 0.412 0.010 0.048 0.043 0.002 0.007 0.069 0.047 0.055 0.008 0.009 0.140 0.151 55 D 0.115 0.006 0.263 0.031 0.009 0.014 0.009 0.005 0.050 0.065 0.035 0.107 0.292 56 K 0.019 0.007 0.121 0.046 0.072 0.051 0.003 0.001 0.011 0.146 0.415 0.040 0.068 57 Q 0.011 0.009 0.067 0.019 0.065 0.029 0.001 0.001 0.005 0.151 0.595 0.022 0.025 58 G 0.020 0.031 0.289 0.009 0.047 0.027 0.002 0.001 0.009 0.266 0.178 0.065 0.057 59 V 0.025 0.039 0.485 0.008 0.023 0.028 0.003 0.001 0.009 0.113 0.086 0.055 0.126 60 T 0.050 0.037 0.301 0.027 0.036 0.038 0.007 0.001 0.009 0.111 0.166 0.072 0.145 61 G 0.033 0.012 0.254 0.045 0.047 0.042 0.003 0.001 0.010 0.156 0.171 0.080 0.146 62 K 0.045 0.009 0.213 0.054 0.034 0.030 0.004 0.001 0.011 0.124 0.091 0.199 0.185 63 K 0.068 0.017 0.171 0.015 0.034 0.018 0.007 0.002 0.040 0.065 0.051 0.196 0.317 64 V 0.102 0.023 0.173 0.041 0.014 0.008 0.020 0.004 0.053 0.042 0.015 0.149 0.355 65 S 0.072 0.009 0.100 0.022 0.007 0.003 0.012 0.003 0.027 0.026 0.007 0.610 0.101 66 Y 0.074 0.007 0.115 0.019 0.020 0.006 0.025 0.008 0.053 0.019 0.015 0.032 0.608 67 H 0.050 0.005 0.102 0.041 0.007 0.004 0.016 0.003 0.036 0.039 0.016 0.646 0.035 68 S 0.066 0.016 0.108 0.006 0.013 0.003 0.010 0.002 0.028 0.048 0.014 0.026 0.659 69 V 0.006 0.013 0.311 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.009 0.085 0.004 0.533 0.030 70 P 0.006 0.013 0.530 0.005 0.014 0.002 0.002 0.001 0.013 0.043 0.021 0.022 0.328 71 Y 0.009 0.012 0.409 0.031 0.120 0.021 0.002 0.001 0.013 0.139 0.089 0.073 0.081 72 K 0.015 0.011 0.198 0.041 0.206 0.024 0.004 0.001 0.012 0.177 0.115 0.112 0.086 73 A 0.054 0.013 0.163 0.013 0.116 0.022 0.011 0.003 0.030 0.088 0.086 0.116 0.284 74 I 0.101 0.022 0.234 0.035 0.022 0.014 0.022 0.010 0.053 0.059 0.027 0.127 0.276 75 T 0.239 0.007 0.121 0.083 0.007 0.006 0.033 0.006 0.032 0.039 0.015 0.297 0.114 76 H 0.281 0.004 0.053 0.022 0.010 0.009 0.047 0.015 0.054 0.019 0.021 0.081 0.385 77 F 0.417 0.003 0.047 0.041 0.003 0.005 0.069 0.022 0.040 0.012 0.007 0.217 0.119 78 E 0.479 0.004 0.023 0.021 0.002 0.004 0.045 0.019 0.038 0.008 0.003 0.193 0.162 79 V 0.364 0.006 0.042 0.011 0.004 0.008 0.072 0.027 0.044 0.008 0.009 0.106 0.299 80 E 0.311 0.016 0.075 0.059 0.008 0.010 0.038 0.014 0.040 0.027 0.031 0.163 0.210 81 T 0.087 0.009 0.260 0.033 0.020 0.012 0.011 0.003 0.036 0.101 0.073 0.150 0.206 82 A 0.021 0.005 0.238 0.044 0.029 0.014 0.003 0.001 0.016 0.181 0.327 0.041 0.080 83 G 0.026 0.012 0.234 0.020 0.028 0.011 0.004 0.001 0.011 0.248 0.287 0.074 0.043 84 T 0.067 0.034 0.252 0.006 0.034 0.017 0.008 0.002 0.011 0.187 0.058 0.084 0.240 85 F 0.062 0.089 0.319 0.018 0.014 0.013 0.005 0.002 0.009 0.132 0.036 0.165 0.136 86 D 0.033 0.025 0.531 0.004 0.014 0.016 0.005 0.001 0.009 0.072 0.045 0.068 0.176 87 M 0.011 0.011 0.242 0.027 0.046 0.044 0.003 0.001 0.007 0.135 0.362 0.027 0.085 88 D 0.007 0.004 0.449 0.016 0.031 0.029 0.001 0.001 0.008 0.158 0.240 0.028 0.027 89 A 0.012 0.003 0.165 0.046 0.065 0.077 0.002 0.001 0.009 0.237 0.300 0.029 0.054 90 E 0.086 0.009 0.102 0.043 0.037 0.063 0.012 0.003 0.040 0.089 0.274 0.123 0.120 91 L 0.516 0.003 0.028 0.009 0.007 0.010 0.048 0.013 0.032 0.007 0.003 0.061 0.263 92 K 0.607 0.002 0.006 0.040 0.001 0.004 0.058 0.037 0.040 0.001 0.001 0.169 0.037 93 L 0.627 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.120 0.042 0.024 0.001 0.001 0.039 0.139 94 W 0.610 0.001 0.009 0.019 0.001 0.005 0.091 0.060 0.059 0.001 0.003 0.067 0.074 95 I 0.390 0.005 0.051 0.033 0.003 0.012 0.049 0.027 0.072 0.011 0.024 0.141 0.181 96 S 0.074 0.008 0.173 0.027 0.010 0.018 0.011 0.004 0.045 0.114 0.296 0.091 0.129 97 G 0.008 0.008 0.190 0.017 0.014 0.007 0.002 0.001 0.007 0.258 0.431 0.020 0.039 98 Q 0.004 0.008 0.276 0.008 0.019 0.009 0.001 0.001 0.004 0.346 0.249 0.059 0.017 99 K 0.007 0.025 0.372 0.004 0.033 0.010 0.001 0.001 0.004 0.273 0.147 0.008 0.116 100 D 0.004 0.015 0.467 0.007 0.011 0.013 0.001 0.001 0.003 0.303 0.031 0.129 0.015 101 P 0.011 0.016 0.485 0.005 0.030 0.034 0.003 0.001 0.009 0.069 0.045 0.020 0.274 102 L 0.028 0.020 0.353 0.021 0.039 0.138 0.007 0.001 0.016 0.060 0.042 0.138 0.137 103 V 0.045 0.010 0.170 0.024 0.066 0.176 0.004 0.001 0.017 0.036 0.022 0.122 0.308 104 K 0.045 0.007 0.078 0.010 0.091 0.311 0.004 0.001 0.016 0.020 0.036 0.181 0.201 105 E 0.033 0.010 0.091 0.007 0.065 0.383 0.005 0.003 0.046 0.017 0.089 0.074 0.177 106 L 0.062 0.021 0.131 0.015 0.068 0.302 0.005 0.002 0.020 0.034 0.100 0.111 0.128 107 K 0.015 0.009 0.318 0.006 0.041 0.252 0.002 0.001 0.011 0.071 0.192 0.036 0.047 108 K 0.002 0.003 0.070 0.007 0.017 0.086 0.001 0.001 0.003 0.076 0.721 0.006 0.009 109 G 0.001 0.003 0.138 0.002 0.009 0.057 0.001 0.001 0.004 0.084 0.689 0.008 0.005 110 T 0.002 0.018 0.561 0.002 0.010 0.088 0.001 0.001 0.009 0.181 0.069 0.016 0.044 111 D 0.004 0.037 0.480 0.004 0.014 0.189 0.001 0.001 0.015 0.119 0.038 0.063 0.037 112 V 0.001 0.003 0.050 0.001 0.036 0.843 0.001 0.001 0.008 0.008 0.018 0.003 0.027 113 V 0.002 0.001 0.011 0.008 0.017 0.924 0.001 0.001 0.003 0.006 0.018 0.007 0.002 114 G 0.003 0.002 0.012 0.001 0.020 0.929 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.003 0.009 115 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 116 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 117 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 119 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.013 0.949 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.001 0.002 121 N 0.001 0.001 0.009 0.001 0.024 0.896 0.001 0.001 0.001 0.005 0.060 0.001 0.002 122 F 0.003 0.002 0.036 0.001 0.026 0.753 0.002 0.003 0.011 0.014 0.137 0.006 0.005 123 S 0.015 0.026 0.177 0.006 0.024 0.452 0.008 0.011 0.033 0.055 0.149 0.013 0.031 124 L 0.004 0.016 0.550 0.004 0.027 0.160 0.003 0.004 0.021 0.100 0.074 0.022 0.017