# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.26 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.018 0.118 0.128 0.005 0.032 0.025 0.146 0.010 0.005 0.035 0.015 0.095 0.002 0.290 0.016 2 G 0.017 0.055 0.100 0.082 0.014 0.095 0.014 0.007 0.074 0.111 0.035 0.046 0.104 0.004 0.003 0.237 3 L 0.284 0.033 0.026 0.096 0.022 0.092 0.008 0.015 0.005 0.005 0.190 0.107 0.095 0.013 0.005 0.006 4 L 0.005 0.137 0.122 0.079 0.011 0.090 0.013 0.023 0.008 0.005 0.081 0.206 0.189 0.009 0.015 0.008 5 D 0.012 0.049 0.026 0.085 0.005 0.082 0.012 0.012 0.009 0.006 0.090 0.092 0.478 0.004 0.013 0.026 6 A 0.024 0.046 0.054 0.037 0.012 0.032 0.023 0.006 0.007 0.006 0.131 0.110 0.430 0.015 0.009 0.057 7 L 0.021 0.026 0.068 0.035 0.037 0.034 0.139 0.014 0.003 0.003 0.049 0.109 0.248 0.175 0.026 0.014 8 M 0.014 0.057 0.166 0.067 0.008 0.014 0.042 0.050 0.011 0.004 0.029 0.032 0.207 0.013 0.233 0.054 9 G 0.030 0.029 0.101 0.102 0.010 0.036 0.029 0.009 0.026 0.048 0.016 0.035 0.192 0.015 0.014 0.309 10 N 0.192 0.054 0.122 0.060 0.009 0.187 0.016 0.016 0.009 0.006 0.048 0.034 0.178 0.012 0.015 0.043 11 A 0.030 0.168 0.136 0.093 0.006 0.073 0.022 0.006 0.009 0.003 0.222 0.067 0.112 0.009 0.015 0.029 12 A 0.047 0.122 0.100 0.152 0.002 0.081 0.006 0.009 0.004 0.003 0.038 0.262 0.137 0.002 0.011 0.023 13 E 0.032 0.074 0.297 0.176 0.010 0.070 0.027 0.003 0.007 0.002 0.045 0.034 0.130 0.013 0.004 0.074 14 V 0.024 0.079 0.499 0.251 0.001 0.012 0.005 0.008 0.001 0.001 0.017 0.032 0.048 0.001 0.011 0.012 15 N 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.001 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 17 D 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.979 0.010 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.944 0.001 0.001 0.012 19 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.983 0.001 0.002 0.002 22 E 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.861 0.060 0.001 0.029 23 L 0.002 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.906 0.003 0.045 0.004 24 G 0.001 0.003 0.013 0.004 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.913 0.010 0.002 0.026 25 P 0.020 0.006 0.010 0.009 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.022 0.005 0.892 0.005 0.009 0.012 26 I 0.002 0.022 0.046 0.023 0.008 0.026 0.052 0.001 0.002 0.001 0.015 0.059 0.491 0.185 0.007 0.058 27 M 0.012 0.028 0.065 0.021 0.004 0.013 0.024 0.010 0.001 0.001 0.020 0.010 0.632 0.006 0.115 0.038 28 G 0.004 0.010 0.045 0.012 0.072 0.033 0.192 0.005 0.004 0.019 0.020 0.038 0.195 0.292 0.007 0.051 29 D 0.045 0.015 0.013 0.007 0.001 0.073 0.003 0.160 0.002 0.002 0.085 0.024 0.281 0.002 0.279 0.009 30 N 0.004 0.068 0.028 0.008 0.001 0.017 0.006 0.001 0.113 0.023 0.112 0.098 0.181 0.003 0.002 0.336 31 E 0.438 0.016 0.068 0.027 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 0.181 0.225 0.001 0.003 0.004 32 Q 0.002 0.020 0.301 0.022 0.001 0.147 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.050 0.433 0.001 0.001 0.010 33 L 0.002 0.005 0.010 0.041 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.029 0.711 0.001 0.001 0.001 34 A 0.001 0.029 0.012 0.042 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.197 0.701 0.001 0.001 0.002 35 L 0.001 0.001 0.004 0.028 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.951 0.001 0.001 0.003 36 A 0.001 0.006 0.039 0.041 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.891 0.001 0.001 0.006 37 Y 0.002 0.004 0.039 0.094 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.826 0.002 0.002 0.007 38 R 0.004 0.017 0.097 0.150 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.672 0.003 0.002 0.034 39 V 0.008 0.018 0.067 0.203 0.016 0.113 0.012 0.002 0.001 0.001 0.009 0.008 0.498 0.013 0.003 0.029 40 I 0.006 0.090 0.075 0.112 0.082 0.108 0.090 0.010 0.001 0.001 0.041 0.011 0.263 0.078 0.010 0.019 41 R 0.013 0.142 0.026 0.177 0.005 0.127 0.011 0.107 0.007 0.004 0.040 0.049 0.146 0.011 0.119 0.015 42 D 0.035 0.216 0.063 0.136 0.001 0.016 0.005 0.004 0.106 0.011 0.022 0.029 0.084 0.003 0.014 0.254 43 M 0.318 0.025 0.320 0.255 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.012 0.023 0.001 0.005 0.026 44 F 0.011 0.005 0.756 0.170 0.006 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 45 V 0.003 0.034 0.079 0.811 0.023 0.028 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 46 F 0.002 0.029 0.011 0.652 0.103 0.166 0.006 0.007 0.002 0.003 0.004 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 47 T 0.007 0.132 0.022 0.267 0.017 0.294 0.004 0.146 0.006 0.004 0.065 0.010 0.017 0.001 0.006 0.002 48 N 0.006 0.152 0.017 0.173 0.013 0.255 0.005 0.011 0.079 0.035 0.157 0.059 0.021 0.001 0.002 0.016 49 K 0.114 0.210 0.074 0.224 0.002 0.019 0.002 0.010 0.009 0.003 0.126 0.159 0.034 0.001 0.006 0.008 50 R 0.020 0.089 0.386 0.305 0.001 0.040 0.003 0.001 0.006 0.002 0.006 0.068 0.049 0.001 0.003 0.019 51 L 0.019 0.018 0.356 0.478 0.005 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.071 0.001 0.002 0.006 52 I 0.004 0.029 0.120 0.792 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.022 0.001 0.001 0.003 53 L 0.002 0.013 0.040 0.727 0.071 0.098 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.029 0.003 0.001 0.003 54 I 0.004 0.090 0.047 0.591 0.045 0.086 0.009 0.058 0.002 0.001 0.019 0.007 0.029 0.003 0.005 0.002 55 D 0.002 0.037 0.006 0.076 0.025 0.650 0.005 0.025 0.017 0.016 0.046 0.022 0.062 0.001 0.003 0.007 56 K 0.019 0.069 0.012 0.025 0.095 0.014 0.034 0.015 0.007 0.009 0.525 0.043 0.036 0.085 0.004 0.008 57 Q 0.013 0.039 0.033 0.038 0.003 0.013 0.006 0.136 0.009 0.003 0.016 0.193 0.035 0.005 0.455 0.004 58 G 0.009 0.022 0.123 0.030 0.017 0.014 0.018 0.003 0.059 0.034 0.012 0.015 0.071 0.006 0.008 0.560 59 V 0.369 0.017 0.096 0.088 0.096 0.025 0.105 0.017 0.003 0.004 0.025 0.016 0.049 0.073 0.008 0.011 60 T 0.019 0.196 0.283 0.127 0.001 0.106 0.005 0.088 0.010 0.004 0.010 0.012 0.033 0.001 0.079 0.025 61 G 0.027 0.108 0.082 0.255 0.013 0.079 0.009 0.001 0.137 0.052 0.036 0.013 0.030 0.002 0.001 0.155 62 K 0.271 0.053 0.151 0.474 0.001 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.018 0.007 0.001 0.002 0.002 63 K 0.004 0.045 0.493 0.366 0.004 0.063 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.005 64 V 0.012 0.023 0.060 0.880 0.002 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 65 S 0.003 0.043 0.052 0.736 0.005 0.144 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 66 Y 0.007 0.039 0.044 0.727 0.036 0.081 0.004 0.006 0.002 0.001 0.040 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 67 H 0.002 0.078 0.023 0.846 0.001 0.018 0.001 0.009 0.003 0.001 0.003 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 68 S 0.013 0.027 0.078 0.819 0.007 0.020 0.002 0.001 0.010 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.013 69 V 0.022 0.015 0.218 0.659 0.032 0.031 0.004 0.006 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 70 P 0.001 0.033 0.013 0.136 0.016 0.768 0.002 0.016 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 71 Y 0.002 0.037 0.003 0.059 0.062 0.139 0.002 0.018 0.006 0.005 0.645 0.010 0.006 0.003 0.002 0.001 72 K 0.008 0.202 0.009 0.087 0.001 0.008 0.001 0.042 0.016 0.002 0.039 0.559 0.009 0.001 0.013 0.004 73 A 0.038 0.073 0.198 0.167 0.004 0.015 0.022 0.001 0.061 0.009 0.005 0.015 0.038 0.001 0.002 0.351 74 I 0.093 0.003 0.354 0.050 0.013 0.365 0.039 0.004 0.001 0.001 0.012 0.004 0.050 0.007 0.003 0.002 75 T 0.001 0.863 0.026 0.049 0.001 0.014 0.001 0.015 0.002 0.001 0.013 0.003 0.004 0.001 0.004 0.004 76 H 0.018 0.042 0.016 0.847 0.001 0.008 0.001 0.001 0.027 0.003 0.002 0.017 0.003 0.001 0.001 0.014 77 F 0.019 0.003 0.849 0.122 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 78 E 0.001 0.004 0.104 0.845 0.004 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 79 V 0.002 0.021 0.012 0.688 0.116 0.133 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 80 E 0.001 0.099 0.004 0.677 0.043 0.078 0.002 0.038 0.003 0.001 0.022 0.017 0.012 0.001 0.001 0.001 81 T 0.004 0.065 0.012 0.352 0.136 0.175 0.036 0.042 0.021 0.024 0.053 0.029 0.033 0.011 0.002 0.005 82 A 0.033 0.103 0.076 0.332 0.013 0.021 0.009 0.108 0.035 0.013 0.091 0.038 0.042 0.001 0.072 0.014 83 G 0.021 0.026 0.082 0.338 0.033 0.078 0.015 0.006 0.051 0.106 0.017 0.088 0.063 0.004 0.002 0.068 84 T 0.203 0.059 0.161 0.283 0.038 0.051 0.020 0.015 0.005 0.002 0.045 0.018 0.070 0.009 0.006 0.016 85 F 0.016 0.075 0.148 0.343 0.018 0.102 0.015 0.026 0.011 0.011 0.055 0.068 0.084 0.003 0.009 0.014 86 D 0.016 0.072 0.035 0.101 0.046 0.442 0.017 0.014 0.009 0.008 0.044 0.060 0.110 0.006 0.003 0.016 87 M 0.016 0.048 0.028 0.050 0.008 0.062 0.008 0.029 0.004 0.005 0.589 0.052 0.078 0.004 0.010 0.010 88 D 0.012 0.144 0.056 0.049 0.002 0.079 0.004 0.010 0.029 0.005 0.040 0.436 0.090 0.003 0.021 0.020 89 A 0.088 0.109 0.196 0.165 0.001 0.015 0.004 0.002 0.010 0.002 0.077 0.058 0.173 0.001 0.009 0.089 90 E 0.037 0.094 0.577 0.213 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.029 0.001 0.001 0.020 91 L 0.007 0.012 0.503 0.449 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 92 K 0.001 0.016 0.107 0.867 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.013 0.976 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 W 0.001 0.015 0.025 0.868 0.050 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 95 I 0.001 0.022 0.003 0.562 0.265 0.108 0.005 0.017 0.001 0.002 0.005 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 96 S 0.003 0.113 0.009 0.165 0.046 0.240 0.004 0.321 0.012 0.009 0.039 0.012 0.009 0.001 0.015 0.002 97 G 0.013 0.100 0.012 0.105 0.047 0.091 0.015 0.028 0.135 0.145 0.189 0.049 0.016 0.005 0.005 0.045 98 Q 0.198 0.103 0.053 0.095 0.012 0.097 0.014 0.042 0.020 0.013 0.093 0.178 0.037 0.007 0.026 0.014 99 K 0.031 0.188 0.323 0.124 0.003 0.028 0.010 0.010 0.030 0.009 0.048 0.055 0.055 0.001 0.017 0.066 100 D 0.095 0.024 0.125 0.187 0.004 0.248 0.009 0.004 0.007 0.007 0.029 0.095 0.149 0.002 0.002 0.013 101 P 0.031 0.104 0.143 0.216 0.004 0.083 0.004 0.006 0.002 0.001 0.181 0.053 0.159 0.001 0.003 0.009 102 L 0.006 0.047 0.034 0.376 0.006 0.057 0.004 0.003 0.004 0.002 0.043 0.259 0.151 0.002 0.001 0.003 103 V 0.006 0.028 0.066 0.238 0.004 0.079 0.010 0.004 0.002 0.001 0.018 0.042 0.491 0.003 0.002 0.007 104 K 0.004 0.027 0.045 0.179 0.005 0.048 0.005 0.008 0.002 0.002 0.103 0.032 0.518 0.003 0.006 0.013 105 E 0.010 0.056 0.036 0.157 0.018 0.054 0.030 0.005 0.008 0.003 0.028 0.128 0.378 0.054 0.006 0.030 106 L 0.014 0.018 0.054 0.054 0.015 0.038 0.040 0.013 0.004 0.002 0.048 0.020 0.605 0.011 0.041 0.024 107 K 0.005 0.021 0.032 0.015 0.109 0.020 0.183 0.010 0.003 0.005 0.022 0.025 0.098 0.420 0.009 0.022 108 K 0.027 0.019 0.024 0.023 0.001 0.013 0.006 0.215 0.008 0.002 0.021 0.013 0.062 0.003 0.542 0.021 109 G 0.012 0.020 0.075 0.021 0.004 0.029 0.017 0.002 0.209 0.070 0.012 0.023 0.070 0.008 0.005 0.424 110 T 0.712 0.021 0.089 0.052 0.001 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 0.028 0.022 0.047 0.001 0.006 0.005 111 D 0.003 0.024 0.061 0.019 0.001 0.714 0.002 0.001 0.004 0.002 0.011 0.059 0.093 0.001 0.001 0.007 112 V 0.004 0.008 0.007 0.012 0.004 0.063 0.004 0.001 0.001 0.001 0.724 0.017 0.153 0.002 0.001 0.001 113 V 0.001 0.032 0.008 0.008 0.001 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.035 0.819 0.084 0.001 0.003 0.001 114 G 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.050 0.880 0.001 0.001 0.010 115 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.018 0.880 0.001 0.001 0.001 116 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.911 0.001 0.001 0.001 117 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 119 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.975 0.006 0.003 0.004 121 N 0.002 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.866 0.022 0.008 0.079 122 F 0.015 0.004 0.091 0.010 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.722 0.013 0.053 0.060 123 S 0.015 0.018 0.138 0.021 0.023 0.029 0.074 0.002 0.001 0.002 0.011 0.010 0.370 0.211 0.012 0.062 124 L 0.036 0.053 0.066 0.178 0.018 0.037 0.048 0.051 0.003 0.002 0.050 0.021 0.258 0.036 0.120 0.021