# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.26 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.111 0.005 0.032 0.024 0.034 0.124 0.009 0.001 0.060 0.566 2 G 0.120 0.224 0.006 0.061 0.035 0.058 0.084 0.010 0.002 0.104 0.296 3 L 0.064 0.317 0.003 0.023 0.017 0.026 0.069 0.009 0.001 0.037 0.434 4 L 0.118 0.475 0.003 0.013 0.010 0.021 0.052 0.017 0.001 0.037 0.251 5 D 0.158 0.312 0.014 0.012 0.011 0.027 0.060 0.018 0.006 0.105 0.276 6 A 0.112 0.174 0.018 0.029 0.020 0.035 0.088 0.013 0.005 0.137 0.371 7 L 0.207 0.224 0.007 0.034 0.020 0.039 0.068 0.028 0.003 0.043 0.327 8 M 0.126 0.085 0.009 0.024 0.019 0.032 0.102 0.012 0.005 0.079 0.508 9 G 0.018 0.035 0.008 0.030 0.037 0.062 0.096 0.003 0.002 0.040 0.668 10 N 0.134 0.104 0.004 0.032 0.030 0.046 0.084 0.009 0.001 0.044 0.511 11 A 0.183 0.038 0.007 0.023 0.019 0.015 0.114 0.014 0.004 0.097 0.486 12 A 0.082 0.081 0.002 0.028 0.019 0.028 0.119 0.008 0.001 0.029 0.603 13 E 0.056 0.066 0.002 0.032 0.006 0.013 0.078 0.003 0.001 0.054 0.689 14 V 0.007 0.064 0.002 0.031 0.017 0.020 0.157 0.003 0.001 0.031 0.667 15 N 0.069 0.749 0.001 0.006 0.003 0.005 0.017 0.010 0.001 0.022 0.119 16 L 0.071 0.823 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.001 0.012 0.069 17 D 0.024 0.773 0.004 0.001 0.003 0.006 0.022 0.004 0.001 0.063 0.099 18 E 0.050 0.746 0.010 0.004 0.002 0.007 0.015 0.010 0.005 0.051 0.101 19 L 0.168 0.572 0.024 0.006 0.004 0.005 0.023 0.035 0.011 0.055 0.095 20 A 0.372 0.194 0.045 0.004 0.005 0.010 0.028 0.058 0.031 0.059 0.193 21 Q 0.258 0.059 0.010 0.004 0.007 0.010 0.059 0.005 0.004 0.055 0.531 22 E 0.018 0.073 0.005 0.010 0.009 0.015 0.079 0.002 0.001 0.024 0.765 23 L 0.035 0.124 0.004 0.008 0.009 0.017 0.118 0.006 0.001 0.028 0.651 24 G 0.107 0.077 0.004 0.014 0.024 0.039 0.128 0.008 0.002 0.053 0.545 25 P 0.045 0.042 0.003 0.037 0.023 0.038 0.089 0.003 0.001 0.065 0.654 26 I 0.064 0.023 0.008 0.068 0.039 0.077 0.096 0.004 0.003 0.138 0.478 27 M 0.068 0.017 0.003 0.052 0.028 0.045 0.117 0.002 0.001 0.056 0.611 28 G 0.106 0.024 0.002 0.047 0.018 0.023 0.076 0.002 0.001 0.064 0.636 29 D 0.019 0.089 0.002 0.034 0.024 0.038 0.097 0.002 0.001 0.031 0.665 30 N 0.038 0.329 0.001 0.009 0.014 0.023 0.059 0.003 0.001 0.027 0.496 31 E 0.020 0.381 0.001 0.025 0.113 0.120 0.052 0.001 0.001 0.058 0.229 32 Q 0.004 0.601 0.001 0.027 0.027 0.092 0.023 0.001 0.001 0.084 0.140 33 L 0.014 0.675 0.002 0.025 0.073 0.096 0.013 0.002 0.001 0.051 0.051 34 A 0.025 0.612 0.001 0.034 0.056 0.126 0.010 0.002 0.001 0.084 0.048 35 L 0.012 0.549 0.002 0.025 0.068 0.165 0.015 0.002 0.001 0.083 0.080 36 A 0.012 0.548 0.004 0.019 0.083 0.177 0.014 0.003 0.001 0.071 0.068 37 Y 0.046 0.375 0.010 0.028 0.171 0.118 0.019 0.004 0.001 0.154 0.075 38 R 0.028 0.149 0.027 0.039 0.173 0.182 0.038 0.003 0.003 0.231 0.127 39 V 0.111 0.115 0.039 0.027 0.069 0.135 0.065 0.013 0.006 0.201 0.220 40 I 0.376 0.091 0.014 0.038 0.045 0.070 0.069 0.014 0.003 0.085 0.195 41 R 0.021 0.035 0.002 0.025 0.033 0.094 0.120 0.002 0.001 0.041 0.625 42 D 0.008 0.022 0.002 0.044 0.055 0.159 0.117 0.001 0.001 0.065 0.528 43 M 0.008 0.015 0.001 0.152 0.156 0.185 0.101 0.001 0.001 0.164 0.216 44 F 0.006 0.014 0.003 0.187 0.228 0.187 0.051 0.001 0.001 0.151 0.172 45 V 0.009 0.014 0.004 0.207 0.183 0.215 0.057 0.002 0.001 0.084 0.223 46 F 0.065 0.018 0.007 0.143 0.117 0.187 0.067 0.004 0.001 0.128 0.263 47 T 0.116 0.033 0.004 0.098 0.082 0.161 0.088 0.005 0.001 0.106 0.308 48 N 0.037 0.043 0.003 0.075 0.040 0.127 0.126 0.003 0.001 0.067 0.477 49 K 0.007 0.013 0.002 0.071 0.141 0.225 0.106 0.001 0.001 0.053 0.380 50 R 0.003 0.010 0.001 0.118 0.244 0.435 0.043 0.001 0.001 0.042 0.103 51 L 0.005 0.009 0.001 0.136 0.251 0.384 0.032 0.001 0.001 0.062 0.119 52 I 0.006 0.011 0.001 0.151 0.319 0.351 0.024 0.001 0.001 0.026 0.112 53 L 0.006 0.006 0.002 0.104 0.273 0.394 0.026 0.001 0.001 0.051 0.137 54 I 0.020 0.004 0.006 0.159 0.260 0.286 0.041 0.002 0.001 0.070 0.151 55 D 0.351 0.015 0.002 0.056 0.091 0.099 0.067 0.008 0.001 0.038 0.272 56 K 0.195 0.006 0.002 0.027 0.038 0.046 0.101 0.004 0.001 0.074 0.508 57 Q 0.006 0.006 0.003 0.034 0.053 0.081 0.132 0.001 0.001 0.035 0.649 58 G 0.035 0.018 0.003 0.032 0.064 0.102 0.108 0.003 0.001 0.043 0.591 59 V 0.041 0.007 0.001 0.018 0.192 0.170 0.113 0.003 0.001 0.055 0.401 60 T 0.022 0.012 0.001 0.027 0.104 0.231 0.082 0.001 0.001 0.045 0.475 61 G 0.014 0.005 0.001 0.018 0.090 0.164 0.091 0.001 0.001 0.043 0.574 62 K 0.010 0.004 0.001 0.039 0.225 0.308 0.093 0.001 0.001 0.026 0.294 63 K 0.035 0.009 0.001 0.034 0.094 0.146 0.076 0.001 0.001 0.046 0.557 64 V 0.022 0.002 0.001 0.035 0.171 0.162 0.095 0.001 0.001 0.042 0.470 65 S 0.015 0.003 0.001 0.111 0.125 0.273 0.075 0.001 0.001 0.028 0.367 66 Y 0.027 0.001 0.001 0.039 0.062 0.102 0.103 0.001 0.001 0.028 0.636 67 H 0.001 0.001 0.001 0.048 0.246 0.286 0.092 0.001 0.001 0.008 0.319 68 S 0.012 0.004 0.001 0.040 0.040 0.088 0.066 0.001 0.001 0.023 0.725 69 V 0.021 0.004 0.001 0.050 0.204 0.116 0.132 0.001 0.001 0.040 0.432 70 P 0.098 0.044 0.001 0.039 0.027 0.048 0.100 0.007 0.001 0.030 0.606 71 Y 0.155 0.009 0.002 0.028 0.052 0.073 0.093 0.002 0.001 0.115 0.469 72 K 0.012 0.011 0.002 0.091 0.049 0.093 0.139 0.001 0.001 0.054 0.547 73 A 0.038 0.018 0.004 0.071 0.074 0.183 0.094 0.003 0.001 0.062 0.453 74 I 0.023 0.007 0.001 0.054 0.120 0.179 0.125 0.002 0.001 0.053 0.435 75 T 0.016 0.016 0.001 0.073 0.167 0.315 0.061 0.001 0.001 0.044 0.307 76 H 0.005 0.007 0.001 0.049 0.124 0.292 0.083 0.001 0.001 0.043 0.395 77 F 0.006 0.004 0.001 0.129 0.256 0.272 0.076 0.001 0.001 0.064 0.192 78 E 0.007 0.007 0.001 0.197 0.202 0.319 0.046 0.002 0.001 0.053 0.166 79 V 0.023 0.006 0.003 0.207 0.121 0.144 0.082 0.002 0.001 0.086 0.324 80 E 0.040 0.006 0.003 0.129 0.189 0.169 0.073 0.003 0.001 0.077 0.310 81 T 0.145 0.024 0.003 0.113 0.051 0.092 0.084 0.005 0.001 0.066 0.417 82 A 0.027 0.009 0.001 0.042 0.041 0.050 0.129 0.003 0.001 0.037 0.661 83 G 0.060 0.015 0.003 0.068 0.078 0.116 0.114 0.005 0.001 0.054 0.486 84 T 0.010 0.007 0.001 0.030 0.081 0.125 0.125 0.001 0.001 0.055 0.564 85 F 0.026 0.026 0.003 0.036 0.073 0.083 0.113 0.002 0.001 0.058 0.580 86 D 0.197 0.137 0.003 0.017 0.037 0.042 0.077 0.008 0.001 0.079 0.402 87 M 0.139 0.370 0.003 0.009 0.013 0.022 0.063 0.011 0.001 0.028 0.341 88 D 0.107 0.332 0.006 0.009 0.020 0.047 0.060 0.008 0.001 0.080 0.329 89 A 0.058 0.231 0.007 0.036 0.066 0.154 0.070 0.005 0.001 0.135 0.238 90 E 0.017 0.190 0.003 0.040 0.076 0.238 0.061 0.003 0.001 0.171 0.202 91 L 0.012 0.119 0.003 0.047 0.200 0.328 0.046 0.003 0.001 0.079 0.164 92 K 0.006 0.027 0.001 0.032 0.227 0.464 0.024 0.001 0.001 0.133 0.083 93 L 0.005 0.014 0.003 0.056 0.325 0.392 0.023 0.001 0.001 0.082 0.099 94 W 0.017 0.010 0.004 0.054 0.388 0.320 0.023 0.002 0.001 0.081 0.100 95 I 0.111 0.008 0.008 0.066 0.252 0.182 0.051 0.004 0.001 0.082 0.234 96 S 0.059 0.005 0.003 0.042 0.097 0.106 0.076 0.002 0.001 0.056 0.554 97 G 0.099 0.003 0.002 0.011 0.025 0.026 0.077 0.002 0.001 0.022 0.734 98 Q 0.014 0.005 0.001 0.013 0.072 0.051 0.126 0.001 0.001 0.021 0.696 99 K 0.016 0.022 0.001 0.004 0.017 0.018 0.064 0.001 0.001 0.015 0.843 100 D 0.041 0.064 0.001 0.013 0.127 0.122 0.089 0.002 0.001 0.039 0.503 101 P 0.023 0.131 0.002 0.012 0.029 0.068 0.066 0.004 0.001 0.037 0.628 102 L 0.029 0.089 0.002 0.019 0.159 0.251 0.067 0.004 0.001 0.039 0.340 103 V 0.194 0.203 0.003 0.011 0.038 0.088 0.033 0.006 0.001 0.039 0.385 104 K 0.131 0.151 0.003 0.020 0.071 0.081 0.058 0.004 0.001 0.048 0.431 105 E 0.048 0.062 0.018 0.019 0.048 0.118 0.073 0.007 0.004 0.072 0.532 106 L 0.219 0.019 0.009 0.022 0.064 0.084 0.091 0.006 0.003 0.076 0.405 107 K 0.165 0.025 0.004 0.019 0.037 0.032 0.070 0.004 0.001 0.043 0.600 108 K 0.047 0.062 0.001 0.006 0.015 0.022 0.063 0.003 0.001 0.011 0.770 109 G 0.046 0.108 0.002 0.009 0.011 0.018 0.071 0.003 0.001 0.023 0.708 110 T 0.012 0.153 0.004 0.019 0.051 0.050 0.089 0.002 0.001 0.046 0.575 111 D 0.038 0.677 0.001 0.013 0.015 0.026 0.021 0.004 0.001 0.052 0.153 112 V 0.037 0.829 0.001 0.006 0.004 0.005 0.010 0.002 0.001 0.039 0.066 113 V 0.008 0.675 0.001 0.009 0.010 0.020 0.021 0.002 0.001 0.133 0.121 114 G 0.004 0.157 0.001 0.010 0.004 0.015 0.008 0.001 0.001 0.768 0.031 115 I 0.009 0.834 0.002 0.004 0.005 0.003 0.007 0.003 0.001 0.096 0.037 116 Q 0.006 0.903 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 0.061 0.014 117 K 0.010 0.373 0.013 0.001 0.001 0.004 0.011 0.005 0.004 0.536 0.043 118 T 0.060 0.626 0.024 0.002 0.003 0.004 0.024 0.008 0.005 0.175 0.070 119 I 0.145 0.425 0.044 0.006 0.005 0.006 0.028 0.033 0.007 0.162 0.140 120 A 0.141 0.179 0.018 0.008 0.006 0.013 0.103 0.010 0.007 0.130 0.385 121 N 0.041 0.061 0.007 0.009 0.004 0.011 0.084 0.002 0.002 0.068 0.711 122 F 0.024 0.031 0.007 0.052 0.018 0.026 0.140 0.003 0.001 0.073 0.625 123 S 0.057 0.022 0.004 0.049 0.024 0.036 0.175 0.003 0.002 0.078 0.550 124 L 0.032 0.012 0.002 0.038 0.024 0.033 0.133 0.002 0.001 0.034 0.690