# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.26 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.085 0.028 0.017 0.024 0.163 0.041 0.599 2 G 0.050 0.213 0.045 0.034 0.049 0.117 0.045 0.447 3 L 0.096 0.309 0.033 0.020 0.030 0.094 0.056 0.362 4 L 0.147 0.425 0.022 0.010 0.017 0.063 0.054 0.262 5 D 0.179 0.275 0.023 0.009 0.016 0.086 0.130 0.284 6 A 0.119 0.198 0.049 0.013 0.022 0.108 0.166 0.326 7 L 0.115 0.234 0.048 0.024 0.035 0.103 0.089 0.352 8 M 0.113 0.133 0.055 0.019 0.033 0.108 0.084 0.455 9 G 0.079 0.125 0.046 0.026 0.045 0.105 0.051 0.523 10 N 0.189 0.155 0.020 0.015 0.025 0.085 0.092 0.419 11 A 0.108 0.067 0.035 0.016 0.022 0.134 0.134 0.484 12 A 0.082 0.109 0.027 0.016 0.026 0.107 0.058 0.576 13 E 0.078 0.086 0.025 0.010 0.017 0.104 0.073 0.607 14 V 0.024 0.125 0.029 0.013 0.015 0.131 0.045 0.619 15 N 0.075 0.668 0.005 0.003 0.005 0.027 0.062 0.156 16 L 0.048 0.820 0.003 0.001 0.001 0.015 0.026 0.086 17 D 0.029 0.839 0.004 0.002 0.002 0.016 0.033 0.076 18 E 0.028 0.803 0.010 0.002 0.004 0.018 0.056 0.081 19 L 0.111 0.657 0.024 0.004 0.005 0.020 0.081 0.099 20 A 0.394 0.143 0.030 0.006 0.007 0.036 0.192 0.192 21 Q 0.104 0.056 0.012 0.004 0.005 0.093 0.056 0.670 22 E 0.025 0.059 0.017 0.004 0.007 0.122 0.037 0.729 23 L 0.047 0.100 0.026 0.009 0.013 0.135 0.082 0.588 24 G 0.112 0.085 0.025 0.017 0.027 0.119 0.140 0.476 25 P 0.083 0.051 0.049 0.020 0.038 0.108 0.089 0.562 26 I 0.053 0.010 0.180 0.030 0.043 0.133 0.131 0.420 27 M 0.040 0.010 0.115 0.022 0.053 0.151 0.048 0.561 28 G 0.141 0.043 0.035 0.015 0.019 0.127 0.077 0.542 29 D 0.069 0.279 0.011 0.005 0.009 0.098 0.109 0.420 30 N 0.065 0.374 0.009 0.008 0.020 0.092 0.099 0.332 31 E 0.011 0.568 0.016 0.066 0.105 0.042 0.049 0.142 32 Q 0.007 0.620 0.020 0.038 0.119 0.019 0.079 0.098 33 L 0.008 0.528 0.019 0.107 0.157 0.013 0.101 0.069 34 A 0.010 0.607 0.020 0.091 0.154 0.008 0.063 0.047 35 L 0.020 0.355 0.033 0.166 0.175 0.015 0.160 0.077 36 A 0.014 0.334 0.033 0.128 0.215 0.017 0.149 0.109 37 Y 0.040 0.260 0.046 0.106 0.153 0.042 0.137 0.215 38 R 0.023 0.092 0.102 0.201 0.199 0.048 0.088 0.249 39 V 0.059 0.074 0.061 0.064 0.121 0.069 0.083 0.470 40 I 0.121 0.040 0.072 0.076 0.084 0.114 0.100 0.392 41 R 0.021 0.027 0.061 0.022 0.059 0.122 0.083 0.604 42 D 0.014 0.031 0.081 0.053 0.107 0.120 0.132 0.462 43 M 0.008 0.026 0.209 0.112 0.195 0.074 0.111 0.265 44 F 0.008 0.012 0.284 0.133 0.175 0.046 0.113 0.227 45 V 0.011 0.009 0.259 0.204 0.205 0.043 0.102 0.167 46 F 0.025 0.015 0.135 0.145 0.216 0.073 0.056 0.336 47 T 0.030 0.037 0.123 0.101 0.142 0.113 0.105 0.347 48 N 0.045 0.072 0.058 0.041 0.112 0.119 0.240 0.313 49 K 0.009 0.068 0.095 0.122 0.193 0.103 0.086 0.323 50 R 0.005 0.061 0.123 0.125 0.433 0.039 0.074 0.141 51 L 0.009 0.036 0.127 0.192 0.314 0.034 0.130 0.157 52 I 0.006 0.028 0.113 0.328 0.364 0.017 0.052 0.092 53 L 0.008 0.013 0.118 0.274 0.328 0.036 0.061 0.161 54 I 0.016 0.012 0.176 0.174 0.188 0.059 0.102 0.273 55 D 0.387 0.066 0.024 0.039 0.036 0.049 0.200 0.198 56 K 0.139 0.048 0.027 0.030 0.039 0.095 0.113 0.509 57 Q 0.019 0.022 0.035 0.044 0.085 0.106 0.083 0.607 58 G 0.048 0.032 0.034 0.073 0.124 0.095 0.095 0.499 59 V 0.051 0.031 0.025 0.174 0.123 0.089 0.063 0.442 60 T 0.043 0.026 0.018 0.098 0.162 0.079 0.063 0.511 61 G 0.035 0.010 0.028 0.050 0.146 0.088 0.106 0.539 62 K 0.009 0.008 0.055 0.256 0.266 0.061 0.041 0.303 63 K 0.012 0.006 0.061 0.107 0.199 0.065 0.037 0.512 64 V 0.018 0.003 0.102 0.264 0.113 0.067 0.070 0.362 65 S 0.011 0.003 0.143 0.090 0.274 0.059 0.046 0.375 66 Y 0.029 0.002 0.062 0.112 0.131 0.091 0.032 0.539 67 H 0.002 0.001 0.179 0.228 0.316 0.037 0.012 0.224 68 S 0.018 0.009 0.074 0.061 0.084 0.084 0.056 0.615 69 V 0.046 0.013 0.087 0.133 0.084 0.121 0.053 0.463 70 P 0.131 0.047 0.025 0.022 0.035 0.096 0.082 0.561 71 Y 0.240 0.020 0.011 0.014 0.031 0.087 0.140 0.457 72 K 0.028 0.020 0.026 0.079 0.074 0.107 0.072 0.595 73 A 0.024 0.040 0.029 0.034 0.095 0.097 0.057 0.623 74 I 0.045 0.022 0.034 0.077 0.071 0.119 0.116 0.515 75 T 0.014 0.045 0.086 0.226 0.277 0.060 0.049 0.242 76 H 0.016 0.047 0.035 0.063 0.214 0.069 0.050 0.506 77 F 0.014 0.008 0.146 0.276 0.153 0.057 0.140 0.206 78 E 0.026 0.030 0.163 0.114 0.207 0.071 0.143 0.247 79 V 0.074 0.012 0.090 0.114 0.110 0.101 0.099 0.399 80 E 0.021 0.012 0.144 0.155 0.153 0.083 0.066 0.365 81 T 0.085 0.024 0.035 0.034 0.110 0.110 0.149 0.454 82 A 0.032 0.023 0.058 0.116 0.116 0.116 0.049 0.491 83 G 0.019 0.040 0.059 0.120 0.274 0.081 0.041 0.365 84 T 0.024 0.021 0.048 0.127 0.131 0.103 0.094 0.453 85 F 0.021 0.048 0.062 0.147 0.217 0.081 0.049 0.374 86 D 0.094 0.123 0.019 0.056 0.079 0.090 0.118 0.422 87 M 0.044 0.133 0.030 0.074 0.099 0.100 0.080 0.440 88 D 0.062 0.201 0.016 0.030 0.074 0.084 0.136 0.398 89 A 0.025 0.142 0.040 0.138 0.209 0.084 0.082 0.279 90 E 0.006 0.090 0.059 0.109 0.448 0.037 0.056 0.196 91 L 0.009 0.046 0.048 0.286 0.352 0.033 0.073 0.154 92 K 0.007 0.026 0.109 0.311 0.341 0.020 0.099 0.087 93 L 0.007 0.010 0.090 0.315 0.408 0.019 0.062 0.088 94 W 0.018 0.009 0.126 0.275 0.271 0.038 0.063 0.199 95 I 0.086 0.009 0.104 0.209 0.222 0.052 0.060 0.258 96 S 0.092 0.008 0.048 0.044 0.074 0.084 0.060 0.590 97 G 0.090 0.010 0.020 0.026 0.031 0.109 0.047 0.668 98 Q 0.029 0.020 0.017 0.027 0.043 0.119 0.035 0.710 99 K 0.032 0.070 0.009 0.015 0.019 0.100 0.038 0.717 100 D 0.071 0.292 0.012 0.039 0.046 0.072 0.090 0.378 101 P 0.039 0.331 0.012 0.026 0.053 0.067 0.058 0.413 102 L 0.056 0.371 0.018 0.057 0.085 0.050 0.063 0.299 103 V 0.065 0.437 0.021 0.039 0.064 0.038 0.063 0.273 104 K 0.058 0.278 0.031 0.057 0.090 0.054 0.051 0.381 105 E 0.071 0.043 0.083 0.071 0.104 0.063 0.123 0.442 106 L 0.269 0.017 0.036 0.041 0.035 0.066 0.104 0.433 107 K 0.148 0.011 0.015 0.014 0.014 0.086 0.054 0.658 108 K 0.016 0.022 0.006 0.004 0.006 0.088 0.013 0.844 109 G 0.062 0.067 0.012 0.007 0.018 0.079 0.055 0.700 110 T 0.021 0.109 0.021 0.057 0.039 0.109 0.075 0.570 111 D 0.023 0.582 0.022 0.017 0.029 0.041 0.059 0.227 112 V 0.018 0.814 0.007 0.007 0.010 0.014 0.026 0.104 113 V 0.013 0.841 0.010 0.008 0.013 0.012 0.040 0.063 114 G 0.014 0.269 0.016 0.008 0.011 0.017 0.604 0.060 115 I 0.011 0.851 0.012 0.004 0.006 0.008 0.073 0.034 116 Q 0.020 0.903 0.007 0.004 0.005 0.007 0.021 0.035 117 K 0.032 0.513 0.031 0.009 0.013 0.024 0.238 0.139 118 T 0.049 0.540 0.030 0.013 0.021 0.035 0.183 0.128 119 I 0.086 0.286 0.072 0.020 0.022 0.058 0.288 0.169 120 A 0.076 0.203 0.059 0.017 0.033 0.094 0.111 0.408 121 N 0.048 0.109 0.052 0.015 0.034 0.081 0.064 0.598 122 F 0.033 0.059 0.147 0.068 0.085 0.109 0.050 0.451 123 S 0.041 0.017 0.130 0.043 0.064 0.138 0.099 0.469 124 L 0.090 0.017 0.086 0.022 0.032 0.117 0.120 0.516