# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.26 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.328 0.093 0.049 0.099 0.094 0.077 0.106 0.071 0.045 0.025 0.015 2 G 0.364 0.155 0.063 0.139 0.089 0.058 0.061 0.033 0.021 0.011 0.007 3 L 0.026 0.023 0.018 0.041 0.055 0.062 0.113 0.132 0.200 0.170 0.158 4 L 0.030 0.041 0.028 0.090 0.123 0.117 0.187 0.152 0.110 0.080 0.041 5 D 0.068 0.112 0.161 0.252 0.152 0.096 0.069 0.041 0.027 0.015 0.007 6 A 0.136 0.086 0.081 0.184 0.151 0.115 0.114 0.069 0.034 0.020 0.011 7 L 0.018 0.024 0.019 0.047 0.051 0.077 0.143 0.136 0.193 0.174 0.119 8 M 0.020 0.024 0.023 0.062 0.093 0.114 0.180 0.142 0.148 0.113 0.081 9 G 0.180 0.113 0.181 0.173 0.131 0.076 0.066 0.036 0.023 0.014 0.007 10 N 0.115 0.114 0.099 0.191 0.144 0.103 0.123 0.057 0.031 0.016 0.008 11 A 0.025 0.028 0.015 0.037 0.048 0.071 0.141 0.139 0.185 0.179 0.131 12 A 0.175 0.209 0.092 0.199 0.137 0.069 0.062 0.032 0.014 0.007 0.003 13 E 0.277 0.190 0.166 0.203 0.085 0.035 0.023 0.011 0.005 0.003 0.001 14 V 0.083 0.027 0.026 0.048 0.069 0.118 0.195 0.132 0.126 0.105 0.070 15 N 0.068 0.419 0.107 0.195 0.099 0.045 0.034 0.018 0.009 0.005 0.002 16 L 0.016 0.024 0.028 0.059 0.092 0.184 0.249 0.145 0.107 0.067 0.029 17 D 0.653 0.104 0.114 0.075 0.029 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 18 E 0.132 0.148 0.208 0.289 0.121 0.050 0.034 0.012 0.004 0.002 0.001 19 L 0.006 0.008 0.012 0.016 0.030 0.054 0.115 0.142 0.215 0.237 0.164 20 A 0.016 0.040 0.056 0.113 0.148 0.179 0.247 0.111 0.051 0.031 0.007 21 Q 0.017 0.056 0.715 0.152 0.041 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 22 E 0.110 0.094 0.182 0.209 0.152 0.100 0.092 0.042 0.011 0.005 0.002 23 L 0.011 0.012 0.011 0.018 0.023 0.043 0.113 0.157 0.239 0.232 0.140 24 G 0.072 0.081 0.098 0.165 0.182 0.131 0.134 0.078 0.032 0.019 0.007 25 P 0.102 0.086 0.402 0.216 0.098 0.044 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 26 I 0.035 0.033 0.041 0.053 0.077 0.134 0.243 0.147 0.113 0.073 0.052 27 M 0.017 0.027 0.018 0.041 0.056 0.063 0.141 0.163 0.197 0.147 0.130 28 G 0.213 0.161 0.101 0.150 0.128 0.076 0.081 0.042 0.025 0.015 0.008 29 D 0.297 0.196 0.139 0.181 0.089 0.038 0.032 0.015 0.008 0.004 0.002 30 N 0.421 0.168 0.051 0.117 0.073 0.049 0.058 0.030 0.017 0.010 0.004 31 E 0.037 0.031 0.020 0.066 0.080 0.125 0.201 0.164 0.132 0.087 0.056 32 Q 0.088 0.193 0.171 0.239 0.142 0.065 0.049 0.028 0.014 0.007 0.003 33 L 0.004 0.005 0.016 0.025 0.042 0.088 0.180 0.169 0.195 0.174 0.101 34 A 0.030 0.051 0.114 0.178 0.161 0.140 0.142 0.082 0.055 0.032 0.014 35 L 0.012 0.022 0.079 0.102 0.104 0.122 0.202 0.142 0.109 0.073 0.034 36 A 0.003 0.005 0.021 0.030 0.048 0.071 0.126 0.143 0.205 0.189 0.158 37 Y 0.006 0.007 0.017 0.023 0.034 0.056 0.143 0.137 0.220 0.227 0.130 38 R 0.012 0.044 0.158 0.200 0.183 0.134 0.114 0.064 0.046 0.028 0.017 39 V 0.016 0.017 0.046 0.047 0.072 0.089 0.174 0.167 0.147 0.133 0.092 40 I 0.020 0.026 0.036 0.074 0.081 0.130 0.203 0.138 0.134 0.102 0.055 41 R 0.042 0.059 0.079 0.118 0.112 0.120 0.178 0.108 0.090 0.061 0.034 42 D 0.019 0.033 0.065 0.095 0.096 0.131 0.186 0.121 0.121 0.091 0.044 43 M 0.036 0.056 0.060 0.105 0.105 0.122 0.185 0.118 0.105 0.068 0.039 44 F 0.021 0.022 0.028 0.052 0.053 0.082 0.145 0.145 0.173 0.164 0.115 45 V 0.007 0.010 0.015 0.035 0.063 0.104 0.170 0.158 0.169 0.137 0.131 46 F 0.004 0.006 0.013 0.016 0.029 0.028 0.068 0.124 0.189 0.243 0.281 47 T 0.007 0.017 0.041 0.073 0.116 0.102 0.167 0.145 0.148 0.111 0.072 48 N 0.054 0.060 0.080 0.137 0.119 0.107 0.150 0.091 0.099 0.065 0.038 49 K 0.017 0.026 0.038 0.090 0.094 0.126 0.206 0.143 0.128 0.085 0.046 50 R 0.013 0.036 0.041 0.094 0.104 0.137 0.199 0.143 0.113 0.078 0.042 51 L 0.003 0.004 0.011 0.014 0.022 0.029 0.067 0.124 0.196 0.239 0.291 52 I 0.009 0.013 0.031 0.048 0.078 0.086 0.139 0.142 0.162 0.151 0.142 53 L 0.010 0.011 0.034 0.047 0.075 0.068 0.137 0.146 0.184 0.158 0.131 54 I 0.012 0.015 0.033 0.058 0.090 0.094 0.162 0.150 0.155 0.134 0.098 55 D 0.025 0.061 0.070 0.140 0.124 0.102 0.157 0.112 0.100 0.070 0.040 56 K 0.092 0.084 0.068 0.153 0.137 0.128 0.150 0.083 0.054 0.034 0.017 57 Q 0.144 0.112 0.087 0.158 0.114 0.108 0.124 0.074 0.043 0.023 0.013 58 G 0.160 0.172 0.076 0.174 0.124 0.089 0.098 0.051 0.029 0.017 0.011 59 V 0.026 0.027 0.015 0.019 0.027 0.041 0.084 0.089 0.189 0.208 0.277 60 T 0.240 0.289 0.074 0.186 0.108 0.040 0.031 0.015 0.009 0.005 0.003 61 G 0.505 0.122 0.054 0.088 0.052 0.038 0.044 0.030 0.030 0.022 0.014 62 K 0.219 0.221 0.068 0.193 0.120 0.068 0.054 0.029 0.016 0.008 0.005 63 K 0.051 0.093 0.048 0.151 0.133 0.133 0.141 0.112 0.069 0.048 0.019 64 V 0.048 0.053 0.051 0.112 0.113 0.181 0.188 0.121 0.068 0.047 0.017 65 S 0.111 0.194 0.155 0.241 0.110 0.070 0.063 0.031 0.016 0.008 0.003 66 Y 0.032 0.024 0.027 0.051 0.060 0.096 0.158 0.149 0.163 0.161 0.079 67 H 0.114 0.130 0.089 0.168 0.126 0.113 0.117 0.063 0.045 0.026 0.010 68 S 0.160 0.173 0.122 0.197 0.117 0.075 0.072 0.041 0.023 0.014 0.007 69 V 0.040 0.022 0.022 0.037 0.057 0.095 0.154 0.149 0.166 0.150 0.109 70 P 0.184 0.294 0.082 0.192 0.103 0.048 0.046 0.027 0.014 0.007 0.003 71 Y 0.030 0.021 0.027 0.060 0.086 0.115 0.182 0.157 0.136 0.109 0.079 72 K 0.242 0.203 0.134 0.176 0.103 0.057 0.043 0.023 0.011 0.006 0.003 73 A 0.134 0.160 0.078 0.232 0.140 0.082 0.091 0.047 0.021 0.010 0.005 74 I 0.023 0.013 0.013 0.020 0.029 0.045 0.089 0.109 0.191 0.240 0.228 75 T 0.077 0.163 0.120 0.249 0.159 0.094 0.068 0.035 0.020 0.010 0.004 76 H 0.045 0.068 0.126 0.176 0.141 0.129 0.126 0.080 0.055 0.035 0.018 77 F 0.011 0.011 0.014 0.025 0.038 0.064 0.133 0.157 0.199 0.181 0.169 78 E 0.069 0.103 0.075 0.196 0.153 0.097 0.115 0.080 0.062 0.033 0.018 79 V 0.015 0.014 0.030 0.049 0.061 0.076 0.134 0.136 0.171 0.161 0.153 80 E 0.011 0.016 0.027 0.067 0.108 0.126 0.192 0.167 0.131 0.092 0.063 81 T 0.022 0.035 0.051 0.076 0.070 0.085 0.156 0.131 0.163 0.137 0.074 82 A 0.005 0.006 0.013 0.027 0.046 0.068 0.124 0.144 0.203 0.178 0.187 83 G 0.045 0.043 0.037 0.075 0.072 0.087 0.155 0.127 0.159 0.132 0.067 84 T 0.020 0.030 0.039 0.100 0.113 0.113 0.169 0.135 0.127 0.086 0.068 85 F 0.013 0.012 0.015 0.026 0.042 0.055 0.112 0.159 0.187 0.194 0.185 86 D 0.027 0.043 0.050 0.116 0.126 0.105 0.145 0.124 0.114 0.091 0.060 87 M 0.022 0.024 0.030 0.054 0.074 0.127 0.221 0.149 0.144 0.098 0.056 88 D 0.055 0.070 0.071 0.170 0.151 0.123 0.146 0.080 0.066 0.041 0.026 89 A 0.014 0.014 0.024 0.033 0.042 0.070 0.171 0.145 0.197 0.171 0.118 90 E 0.020 0.043 0.060 0.169 0.173 0.134 0.154 0.091 0.076 0.051 0.028 91 L 0.001 0.002 0.006 0.007 0.010 0.024 0.071 0.114 0.246 0.305 0.213 92 K 0.008 0.036 0.057 0.175 0.212 0.152 0.136 0.090 0.066 0.038 0.029 93 L 0.003 0.002 0.008 0.007 0.012 0.014 0.045 0.111 0.182 0.274 0.342 94 W 0.006 0.011 0.023 0.075 0.134 0.167 0.200 0.145 0.116 0.082 0.040 95 I 0.005 0.005 0.010 0.011 0.017 0.027 0.083 0.108 0.239 0.267 0.228 96 S 0.040 0.083 0.092 0.220 0.188 0.125 0.119 0.059 0.040 0.021 0.013 97 G 0.238 0.194 0.085 0.121 0.082 0.072 0.097 0.044 0.034 0.021 0.012 98 Q 0.313 0.201 0.048 0.148 0.097 0.060 0.061 0.036 0.018 0.010 0.007 99 K 0.356 0.255 0.049 0.109 0.067 0.052 0.050 0.028 0.017 0.011 0.006 100 D 0.184 0.101 0.049 0.128 0.119 0.124 0.133 0.074 0.046 0.026 0.016 101 P 0.308 0.270 0.092 0.164 0.080 0.036 0.026 0.013 0.006 0.003 0.002 102 L 0.015 0.013 0.013 0.025 0.037 0.081 0.156 0.130 0.208 0.189 0.132 103 V 0.065 0.146 0.113 0.236 0.180 0.100 0.080 0.042 0.021 0.012 0.005 104 K 0.089 0.083 0.168 0.206 0.144 0.119 0.101 0.050 0.023 0.012 0.004 105 E 0.168 0.156 0.157 0.221 0.122 0.066 0.058 0.031 0.012 0.006 0.003 106 L 0.013 0.011 0.015 0.032 0.044 0.085 0.213 0.185 0.183 0.149 0.072 107 K 0.082 0.243 0.247 0.213 0.110 0.047 0.029 0.015 0.007 0.005 0.002 108 K 0.106 0.166 0.208 0.206 0.128 0.079 0.059 0.029 0.011 0.006 0.002 109 G 0.559 0.155 0.063 0.085 0.047 0.027 0.031 0.019 0.008 0.005 0.002 110 T 0.199 0.091 0.045 0.103 0.093 0.110 0.148 0.094 0.061 0.040 0.017 111 D 0.120 0.276 0.138 0.219 0.124 0.056 0.035 0.019 0.007 0.004 0.002 112 V 0.025 0.028 0.034 0.050 0.079 0.138 0.213 0.150 0.131 0.098 0.055 113 V 0.160 0.082 0.122 0.168 0.140 0.111 0.118 0.057 0.025 0.011 0.005 114 G 0.101 0.167 0.154 0.295 0.140 0.062 0.049 0.019 0.007 0.003 0.002 115 I 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.012 0.036 0.068 0.202 0.277 0.389 116 Q 0.013 0.027 0.042 0.119 0.180 0.181 0.219 0.109 0.059 0.039 0.012 117 K 0.011 0.043 0.496 0.234 0.100 0.060 0.029 0.014 0.007 0.004 0.002 118 T 0.011 0.012 0.035 0.052 0.085 0.199 0.291 0.146 0.087 0.054 0.028 119 I 0.002 0.003 0.006 0.009 0.012 0.019 0.062 0.108 0.247 0.275 0.258 120 A 0.022 0.030 0.082 0.115 0.144 0.133 0.180 0.117 0.086 0.059 0.031 121 N 0.071 0.092 0.329 0.213 0.117 0.070 0.053 0.025 0.016 0.009 0.005 122 F 0.037 0.028 0.035 0.066 0.093 0.124 0.238 0.185 0.099 0.058 0.038 123 S 0.061 0.061 0.038 0.069 0.071 0.069 0.127 0.141 0.147 0.116 0.099 124 L 0.056 0.038 0.044 0.081 0.110 0.104 0.168 0.137 0.117 0.081 0.063