# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.26 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.018 0.003 0.027 0.005 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.891 2 G 0.016 0.010 0.003 0.036 0.020 0.032 0.029 0.002 0.001 0.002 0.850 3 L 0.119 0.024 0.123 0.097 0.028 0.079 0.101 0.002 0.001 0.011 0.415 4 L 0.061 0.046 0.007 0.100 0.037 0.077 0.237 0.002 0.001 0.004 0.429 5 D 0.053 0.058 0.002 0.034 0.030 0.048 0.122 0.001 0.001 0.009 0.641 6 A 0.090 0.255 0.002 0.041 0.011 0.015 0.102 0.003 0.001 0.005 0.476 7 L 0.167 0.191 0.004 0.029 0.007 0.017 0.334 0.014 0.001 0.004 0.234 8 M 0.294 0.429 0.008 0.044 0.012 0.029 0.048 0.010 0.001 0.010 0.117 9 G 0.156 0.392 0.025 0.033 0.024 0.037 0.039 0.016 0.001 0.004 0.272 10 N 0.153 0.262 0.047 0.029 0.021 0.036 0.065 0.023 0.001 0.008 0.357 11 A 0.119 0.268 0.029 0.050 0.019 0.038 0.051 0.011 0.001 0.006 0.410 12 A 0.056 0.155 0.008 0.041 0.034 0.046 0.245 0.014 0.001 0.005 0.395 13 E 0.233 0.112 0.011 0.035 0.010 0.023 0.091 0.011 0.001 0.009 0.465 14 V 0.253 0.199 0.018 0.074 0.018 0.028 0.077 0.006 0.001 0.004 0.323 15 N 0.071 0.108 0.010 0.023 0.017 0.025 0.247 0.009 0.001 0.007 0.484 16 L 0.032 0.106 0.038 0.029 0.008 0.019 0.041 0.001 0.001 0.003 0.721 17 D 0.006 0.092 0.001 0.007 0.006 0.007 0.436 0.001 0.001 0.002 0.443 18 E 0.122 0.078 0.002 0.007 0.003 0.003 0.451 0.002 0.001 0.009 0.324 19 L 0.047 0.854 0.001 0.003 0.002 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.067 20 A 0.026 0.905 0.004 0.002 0.003 0.004 0.017 0.002 0.001 0.001 0.037 21 Q 0.026 0.911 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.050 22 E 0.093 0.805 0.005 0.001 0.002 0.002 0.009 0.019 0.001 0.001 0.063 23 L 0.135 0.741 0.027 0.002 0.001 0.002 0.006 0.041 0.001 0.001 0.044 24 G 0.178 0.489 0.081 0.013 0.008 0.017 0.034 0.054 0.001 0.001 0.124 25 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 26 I 0.099 0.260 0.015 0.046 0.030 0.069 0.085 0.019 0.001 0.008 0.368 27 M 0.456 0.260 0.009 0.030 0.007 0.020 0.032 0.019 0.001 0.003 0.163 28 G 0.167 0.390 0.009 0.047 0.034 0.045 0.116 0.015 0.001 0.002 0.175 29 D 0.064 0.185 0.013 0.020 0.008 0.027 0.064 0.010 0.001 0.007 0.601 30 N 0.098 0.078 0.006 0.020 0.014 0.017 0.136 0.010 0.001 0.016 0.604 31 E 0.188 0.018 0.042 0.009 0.005 0.004 0.336 0.001 0.001 0.026 0.372 32 Q 0.035 0.035 0.014 0.020 0.007 0.010 0.536 0.001 0.001 0.007 0.335 33 L 0.048 0.134 0.007 0.043 0.059 0.124 0.133 0.001 0.001 0.010 0.442 34 A 0.025 0.334 0.003 0.043 0.095 0.138 0.073 0.001 0.001 0.004 0.284 35 L 0.013 0.610 0.003 0.013 0.057 0.051 0.038 0.001 0.001 0.001 0.214 36 A 0.041 0.644 0.001 0.014 0.051 0.092 0.019 0.001 0.001 0.001 0.135 37 Y 0.016 0.844 0.001 0.006 0.033 0.038 0.007 0.002 0.001 0.001 0.052 38 R 0.048 0.702 0.004 0.012 0.055 0.063 0.010 0.004 0.001 0.001 0.101 39 V 0.032 0.758 0.006 0.009 0.048 0.046 0.009 0.003 0.001 0.001 0.088 40 I 0.048 0.713 0.007 0.012 0.056 0.066 0.009 0.008 0.001 0.002 0.078 41 R 0.060 0.583 0.014 0.022 0.054 0.088 0.018 0.016 0.001 0.002 0.142 42 D 0.071 0.294 0.019 0.045 0.081 0.103 0.028 0.021 0.001 0.006 0.333 43 M 0.324 0.102 0.063 0.076 0.048 0.065 0.057 0.017 0.001 0.010 0.240 44 F 0.049 0.086 0.037 0.224 0.152 0.138 0.082 0.006 0.001 0.008 0.220 45 V 0.022 0.032 0.014 0.239 0.144 0.249 0.044 0.003 0.001 0.006 0.246 46 F 0.022 0.020 0.003 0.320 0.138 0.251 0.028 0.001 0.001 0.002 0.217 47 T 0.012 0.014 0.002 0.198 0.112 0.240 0.072 0.002 0.001 0.004 0.344 48 N 0.014 0.008 0.002 0.120 0.152 0.226 0.092 0.002 0.001 0.009 0.375 49 K 0.031 0.005 0.004 0.089 0.096 0.121 0.109 0.001 0.001 0.016 0.528 50 R 0.058 0.004 0.007 0.116 0.092 0.128 0.350 0.001 0.001 0.018 0.226 51 L 0.039 0.007 0.003 0.184 0.152 0.309 0.101 0.001 0.001 0.011 0.195 52 I 0.010 0.009 0.001 0.189 0.337 0.383 0.012 0.001 0.001 0.002 0.057 53 L 0.009 0.017 0.001 0.147 0.281 0.356 0.018 0.001 0.001 0.001 0.171 54 I 0.011 0.005 0.001 0.201 0.201 0.453 0.015 0.001 0.001 0.001 0.113 55 D 0.003 0.007 0.001 0.084 0.348 0.399 0.030 0.001 0.001 0.004 0.123 56 K 0.007 0.008 0.007 0.079 0.074 0.201 0.054 0.001 0.001 0.006 0.565 57 Q 0.010 0.002 0.001 0.037 0.052 0.066 0.645 0.001 0.001 0.011 0.174 58 G 0.465 0.003 0.007 0.023 0.018 0.030 0.122 0.001 0.001 0.088 0.244 59 V 0.127 0.028 0.015 0.085 0.093 0.093 0.190 0.001 0.001 0.010 0.358 60 T 0.014 0.011 0.006 0.056 0.119 0.193 0.100 0.001 0.001 0.009 0.490 61 G 0.026 0.012 0.003 0.066 0.087 0.166 0.048 0.001 0.001 0.008 0.583 62 K 0.040 0.014 0.003 0.033 0.153 0.182 0.143 0.001 0.001 0.004 0.426 63 K 0.031 0.006 0.001 0.033 0.065 0.117 0.052 0.001 0.001 0.004 0.691 64 V 0.047 0.015 0.002 0.053 0.316 0.323 0.024 0.001 0.001 0.002 0.218 65 S 0.023 0.018 0.001 0.085 0.280 0.333 0.038 0.001 0.001 0.003 0.217 66 Y 0.034 0.014 0.002 0.073 0.173 0.238 0.026 0.001 0.001 0.002 0.436 67 H 0.013 0.010 0.002 0.152 0.212 0.416 0.058 0.001 0.001 0.004 0.132 68 S 0.016 0.004 0.003 0.038 0.037 0.098 0.031 0.002 0.001 0.004 0.768 69 V 0.031 0.007 0.005 0.125 0.161 0.245 0.087 0.001 0.001 0.003 0.334 70 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 71 Y 0.010 0.002 0.001 0.042 0.042 0.145 0.066 0.001 0.001 0.004 0.689 72 K 0.139 0.011 0.001 0.043 0.044 0.060 0.083 0.001 0.001 0.006 0.613 73 A 0.244 0.022 0.002 0.050 0.044 0.074 0.108 0.002 0.001 0.005 0.450 74 I 0.273 0.036 0.004 0.099 0.091 0.129 0.035 0.001 0.001 0.004 0.328 75 T 0.037 0.023 0.003 0.165 0.282 0.252 0.048 0.002 0.001 0.005 0.184 76 H 0.009 0.009 0.005 0.095 0.054 0.088 0.026 0.001 0.001 0.002 0.711 77 F 0.011 0.006 0.002 0.325 0.194 0.320 0.038 0.001 0.001 0.002 0.103 78 E 0.012 0.007 0.001 0.223 0.135 0.220 0.065 0.001 0.001 0.007 0.329 79 V 0.014 0.007 0.001 0.187 0.181 0.305 0.022 0.001 0.001 0.001 0.281 80 E 0.006 0.008 0.001 0.224 0.158 0.266 0.080 0.001 0.001 0.004 0.253 81 T 0.029 0.007 0.001 0.087 0.074 0.132 0.135 0.001 0.001 0.011 0.523 82 A 0.076 0.014 0.002 0.126 0.089 0.145 0.115 0.001 0.001 0.011 0.421 83 G 0.094 0.009 0.005 0.058 0.068 0.082 0.219 0.003 0.001 0.022 0.441 84 T 0.153 0.012 0.014 0.049 0.050 0.074 0.146 0.002 0.001 0.014 0.485 85 F 0.048 0.014 0.005 0.078 0.091 0.160 0.133 0.001 0.001 0.007 0.464 86 D 0.036 0.017 0.004 0.034 0.120 0.143 0.187 0.002 0.001 0.021 0.436 87 M 0.034 0.027 0.009 0.038 0.034 0.099 0.151 0.001 0.001 0.007 0.599 88 D 0.019 0.015 0.001 0.018 0.051 0.087 0.363 0.002 0.001 0.014 0.429 89 A 0.291 0.015 0.014 0.023 0.056 0.063 0.168 0.001 0.001 0.042 0.328 90 E 0.031 0.059 0.004 0.029 0.065 0.112 0.353 0.002 0.001 0.007 0.339 91 L 0.036 0.029 0.003 0.031 0.384 0.421 0.024 0.001 0.001 0.003 0.068 92 K 0.010 0.069 0.001 0.034 0.369 0.425 0.014 0.001 0.001 0.001 0.075 93 L 0.008 0.029 0.001 0.022 0.473 0.398 0.004 0.001 0.001 0.001 0.065 94 W 0.013 0.022 0.001 0.047 0.315 0.532 0.005 0.001 0.001 0.001 0.065 95 I 0.007 0.031 0.003 0.037 0.374 0.462 0.011 0.001 0.001 0.002 0.072 96 S 0.008 0.022 0.002 0.045 0.264 0.407 0.035 0.003 0.001 0.003 0.211 97 G 0.033 0.007 0.011 0.036 0.074 0.145 0.073 0.003 0.001 0.014 0.603 98 Q 0.069 0.004 0.007 0.017 0.017 0.035 0.323 0.002 0.001 0.013 0.514 99 K 0.034 0.001 0.003 0.008 0.007 0.018 0.083 0.001 0.001 0.011 0.833 100 D 0.074 0.009 0.009 0.032 0.077 0.097 0.129 0.001 0.001 0.008 0.565 101 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 102 L 0.019 0.008 0.001 0.045 0.094 0.309 0.101 0.001 0.001 0.002 0.421 103 V 0.064 0.063 0.001 0.045 0.116 0.173 0.073 0.001 0.001 0.004 0.461 104 K 0.061 0.159 0.001 0.032 0.180 0.169 0.030 0.001 0.001 0.001 0.366 105 E 0.066 0.316 0.001 0.024 0.128 0.159 0.067 0.002 0.001 0.003 0.233 106 L 0.092 0.425 0.002 0.018 0.124 0.126 0.023 0.003 0.001 0.003 0.184 107 K 0.101 0.318 0.004 0.021 0.064 0.109 0.061 0.020 0.001 0.006 0.295 108 K 0.149 0.141 0.030 0.020 0.016 0.034 0.052 0.021 0.001 0.007 0.529 109 G 0.253 0.053 0.009 0.017 0.011 0.022 0.057 0.030 0.001 0.011 0.538 110 T 0.324 0.020 0.239 0.022 0.015 0.015 0.050 0.005 0.001 0.012 0.298 111 D 0.017 0.017 0.012 0.027 0.022 0.024 0.148 0.002 0.001 0.004 0.726 112 V 0.039 0.027 0.043 0.059 0.029 0.098 0.119 0.001 0.001 0.008 0.577 113 V 0.008 0.064 0.001 0.040 0.027 0.039 0.345 0.001 0.001 0.002 0.473 114 G 0.020 0.067 0.001 0.013 0.005 0.009 0.387 0.001 0.001 0.004 0.493 115 I 0.076 0.562 0.001 0.019 0.007 0.013 0.064 0.001 0.001 0.001 0.258 116 Q 0.006 0.870 0.001 0.004 0.003 0.005 0.028 0.001 0.001 0.001 0.081 117 K 0.017 0.896 0.001 0.002 0.002 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.060 118 T 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 119 I 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 120 A 0.013 0.962 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.013 121 N 0.031 0.909 0.010 0.001 0.002 0.003 0.002 0.013 0.001 0.001 0.028 122 F 0.160 0.722 0.023 0.004 0.005 0.004 0.003 0.030 0.001 0.001 0.047 123 S 0.082 0.608 0.084 0.017 0.013 0.014 0.013 0.024 0.001 0.002 0.142 124 L 0.066 0.415 0.100 0.063 0.050 0.067 0.021 0.011 0.001 0.003 0.205