# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.26 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.166 0.103 0.080 0.096 0.046 0.038 0.146 0.077 0.137 0.058 2 G 0.054 0.171 0.113 0.043 0.104 0.023 0.037 0.238 0.094 0.074 0.051 3 L 0.072 0.067 0.025 0.006 0.087 0.008 0.039 0.446 0.111 0.108 0.031 4 L 0.049 0.117 0.035 0.019 0.088 0.029 0.046 0.394 0.109 0.089 0.024 5 D 0.035 0.055 0.038 0.024 0.055 0.022 0.035 0.452 0.195 0.065 0.023 6 A 0.010 0.014 0.012 0.005 0.013 0.006 0.034 0.535 0.320 0.040 0.009 7 L 0.028 0.043 0.017 0.003 0.034 0.007 0.148 0.429 0.146 0.131 0.014 8 M 0.062 0.171 0.071 0.034 0.085 0.032 0.049 0.180 0.082 0.170 0.065 9 G 0.035 0.120 0.106 0.130 0.056 0.095 0.074 0.167 0.080 0.096 0.041 10 N 0.097 0.089 0.077 0.025 0.134 0.013 0.038 0.136 0.077 0.248 0.067 11 A 0.104 0.164 0.053 0.012 0.181 0.014 0.036 0.139 0.139 0.105 0.051 12 A 0.045 0.229 0.104 0.034 0.131 0.045 0.066 0.164 0.103 0.048 0.031 13 E 0.171 0.063 0.024 0.007 0.193 0.008 0.036 0.225 0.113 0.109 0.050 14 V 0.056 0.274 0.087 0.015 0.174 0.023 0.041 0.181 0.049 0.075 0.025 15 N 0.100 0.287 0.111 0.011 0.233 0.008 0.013 0.116 0.034 0.042 0.044 16 L 0.019 0.024 0.005 0.002 0.023 0.003 0.010 0.632 0.237 0.032 0.014 17 D 0.003 0.013 0.006 0.004 0.007 0.006 0.017 0.816 0.107 0.017 0.004 18 E 0.008 0.012 0.003 0.001 0.009 0.001 0.007 0.847 0.079 0.029 0.003 19 L 0.005 0.015 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.863 0.073 0.029 0.002 20 A 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.798 0.157 0.020 0.002 21 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.829 0.143 0.009 0.001 22 E 0.008 0.009 0.004 0.001 0.008 0.002 0.099 0.687 0.099 0.078 0.005 23 L 0.049 0.117 0.033 0.003 0.061 0.007 0.035 0.351 0.178 0.131 0.035 24 G 0.033 0.057 0.036 0.017 0.050 0.033 0.066 0.379 0.234 0.063 0.032 25 P 0.045 0.070 0.029 0.003 0.084 0.006 0.061 0.428 0.202 0.058 0.013 26 I 0.068 0.199 0.040 0.003 0.184 0.006 0.098 0.204 0.069 0.103 0.026 27 M 0.144 0.200 0.181 0.018 0.170 0.016 0.028 0.058 0.024 0.084 0.077 28 G 0.024 0.135 0.248 0.238 0.042 0.102 0.029 0.108 0.028 0.024 0.022 29 D 0.013 0.198 0.109 0.096 0.036 0.064 0.241 0.127 0.076 0.033 0.006 30 N 0.015 0.008 0.011 0.044 0.012 0.008 0.004 0.048 0.074 0.642 0.133 31 E 0.052 0.327 0.076 0.008 0.215 0.015 0.029 0.163 0.068 0.029 0.018 32 Q 0.238 0.117 0.013 0.005 0.295 0.009 0.018 0.141 0.027 0.062 0.076 33 L 0.297 0.074 0.008 0.003 0.237 0.006 0.020 0.189 0.081 0.016 0.069 34 A 0.089 0.035 0.007 0.007 0.163 0.048 0.047 0.529 0.049 0.009 0.018 35 L 0.106 0.059 0.006 0.001 0.121 0.003 0.008 0.613 0.040 0.026 0.018 36 A 0.092 0.039 0.002 0.001 0.097 0.003 0.013 0.668 0.046 0.024 0.017 37 Y 0.056 0.035 0.004 0.003 0.080 0.007 0.012 0.718 0.062 0.012 0.011 38 R 0.044 0.043 0.004 0.002 0.067 0.004 0.011 0.723 0.072 0.021 0.007 39 V 0.039 0.050 0.005 0.001 0.056 0.002 0.020 0.706 0.053 0.056 0.011 40 I 0.071 0.020 0.007 0.007 0.055 0.009 0.058 0.506 0.153 0.071 0.042 41 R 0.031 0.044 0.019 0.033 0.049 0.059 0.116 0.455 0.144 0.031 0.017 42 D 0.092 0.041 0.043 0.021 0.094 0.026 0.055 0.347 0.096 0.140 0.045 43 M 0.130 0.129 0.033 0.005 0.184 0.009 0.042 0.212 0.137 0.076 0.045 44 F 0.182 0.166 0.014 0.003 0.444 0.007 0.019 0.096 0.021 0.025 0.023 45 V 0.297 0.071 0.008 0.003 0.455 0.006 0.012 0.049 0.014 0.028 0.056 46 F 0.295 0.062 0.025 0.024 0.266 0.029 0.043 0.063 0.026 0.073 0.093 47 T 0.082 0.169 0.090 0.125 0.219 0.080 0.088 0.055 0.024 0.040 0.027 48 N 0.361 0.044 0.021 0.008 0.468 0.005 0.008 0.021 0.012 0.027 0.027 49 K 0.140 0.122 0.033 0.008 0.237 0.024 0.059 0.091 0.211 0.023 0.051 50 R 0.275 0.119 0.011 0.003 0.347 0.016 0.066 0.050 0.020 0.037 0.055 51 L 0.270 0.116 0.010 0.003 0.517 0.005 0.008 0.019 0.008 0.011 0.032 52 I 0.222 0.066 0.006 0.002 0.655 0.004 0.005 0.011 0.003 0.005 0.020 53 L 0.363 0.045 0.007 0.002 0.487 0.003 0.004 0.016 0.004 0.017 0.051 54 I 0.142 0.176 0.052 0.042 0.313 0.045 0.055 0.061 0.018 0.038 0.057 55 D 0.282 0.107 0.083 0.015 0.378 0.008 0.011 0.035 0.012 0.028 0.040 56 K 0.079 0.066 0.034 0.021 0.093 0.038 0.040 0.285 0.225 0.066 0.053 57 Q 0.031 0.278 0.084 0.050 0.077 0.072 0.184 0.108 0.048 0.047 0.021 58 G 0.101 0.065 0.065 0.052 0.080 0.020 0.021 0.066 0.064 0.265 0.199 59 V 0.151 0.120 0.058 0.021 0.189 0.025 0.035 0.151 0.065 0.119 0.065 60 T 0.062 0.193 0.087 0.148 0.115 0.099 0.117 0.066 0.033 0.050 0.030 61 G 0.081 0.064 0.091 0.227 0.079 0.064 0.035 0.039 0.028 0.209 0.083 62 K 0.087 0.317 0.126 0.018 0.319 0.012 0.016 0.034 0.027 0.028 0.016 63 K 0.348 0.069 0.009 0.003 0.482 0.004 0.011 0.017 0.013 0.016 0.028 64 V 0.249 0.163 0.026 0.008 0.429 0.016 0.022 0.018 0.017 0.011 0.042 65 S 0.258 0.098 0.021 0.009 0.444 0.020 0.023 0.024 0.014 0.021 0.068 66 Y 0.327 0.069 0.016 0.006 0.373 0.009 0.012 0.026 0.020 0.056 0.086 67 H 0.119 0.217 0.068 0.021 0.402 0.026 0.028 0.021 0.013 0.037 0.047 68 S 0.329 0.086 0.030 0.007 0.383 0.005 0.007 0.010 0.008 0.054 0.081 69 V 0.038 0.445 0.241 0.039 0.132 0.022 0.022 0.018 0.012 0.015 0.016 70 P 0.122 0.305 0.122 0.017 0.269 0.013 0.029 0.038 0.033 0.026 0.027 71 Y 0.186 0.077 0.020 0.010 0.177 0.011 0.024 0.139 0.218 0.071 0.068 72 K 0.037 0.122 0.067 0.048 0.098 0.122 0.159 0.171 0.103 0.053 0.022 73 A 0.219 0.104 0.023 0.005 0.299 0.006 0.018 0.068 0.028 0.149 0.081 74 I 0.359 0.049 0.008 0.003 0.309 0.007 0.028 0.053 0.084 0.024 0.075 75 T 0.068 0.114 0.046 0.051 0.185 0.173 0.155 0.104 0.038 0.030 0.038 76 H 0.344 0.071 0.016 0.008 0.370 0.008 0.014 0.040 0.013 0.056 0.059 77 F 0.137 0.194 0.043 0.006 0.541 0.008 0.013 0.022 0.009 0.012 0.016 78 E 0.302 0.079 0.010 0.003 0.524 0.004 0.005 0.018 0.007 0.011 0.037 79 V 0.293 0.093 0.016 0.006 0.338 0.011 0.021 0.059 0.046 0.032 0.086 80 E 0.157 0.151 0.047 0.024 0.309 0.039 0.064 0.088 0.033 0.040 0.048 81 T 0.302 0.089 0.021 0.006 0.320 0.009 0.026 0.057 0.034 0.064 0.071 82 A 0.123 0.129 0.054 0.043 0.189 0.052 0.053 0.086 0.062 0.125 0.084 83 G 0.086 0.178 0.113 0.098 0.183 0.067 0.062 0.059 0.041 0.068 0.044 84 T 0.200 0.093 0.057 0.019 0.262 0.013 0.029 0.066 0.054 0.149 0.059 85 F 0.070 0.292 0.101 0.037 0.212 0.036 0.051 0.053 0.053 0.071 0.026 86 D 0.235 0.135 0.063 0.011 0.459 0.007 0.011 0.025 0.013 0.019 0.023 87 M 0.045 0.110 0.042 0.014 0.095 0.028 0.050 0.239 0.271 0.079 0.028 88 D 0.197 0.098 0.043 0.014 0.304 0.010 0.019 0.137 0.050 0.068 0.060 89 A 0.069 0.067 0.018 0.002 0.100 0.008 0.026 0.304 0.353 0.020 0.033 90 E 0.085 0.066 0.006 0.003 0.109 0.012 0.041 0.470 0.038 0.117 0.051 91 L 0.358 0.101 0.008 0.002 0.364 0.004 0.013 0.074 0.037 0.005 0.033 92 K 0.190 0.074 0.005 0.002 0.365 0.020 0.031 0.255 0.019 0.016 0.021 93 L 0.213 0.158 0.008 0.002 0.450 0.003 0.007 0.120 0.012 0.011 0.016 94 W 0.279 0.072 0.008 0.002 0.446 0.005 0.022 0.092 0.011 0.021 0.042 95 I 0.184 0.112 0.047 0.044 0.241 0.046 0.028 0.127 0.032 0.051 0.088 96 S 0.067 0.154 0.090 0.140 0.110 0.095 0.109 0.087 0.041 0.062 0.045 97 G 0.046 0.055 0.076 0.143 0.056 0.050 0.042 0.094 0.092 0.288 0.057 98 Q 0.051 0.189 0.129 0.035 0.136 0.021 0.054 0.112 0.122 0.118 0.035 99 K 0.090 0.121 0.056 0.032 0.114 0.030 0.060 0.116 0.128 0.184 0.069 100 D 0.046 0.392 0.230 0.027 0.144 0.014 0.019 0.055 0.026 0.029 0.018 101 P 0.111 0.173 0.052 0.009 0.205 0.011 0.024 0.232 0.115 0.039 0.030 102 L 0.127 0.108 0.014 0.002 0.185 0.006 0.022 0.329 0.124 0.050 0.033 103 V 0.113 0.066 0.014 0.006 0.157 0.017 0.035 0.388 0.093 0.067 0.042 104 K 0.074 0.129 0.027 0.007 0.159 0.011 0.022 0.409 0.100 0.038 0.023 105 E 0.125 0.084 0.018 0.003 0.192 0.006 0.035 0.362 0.072 0.077 0.026 106 L 0.107 0.129 0.051 0.007 0.145 0.010 0.034 0.320 0.078 0.074 0.045 107 K 0.053 0.065 0.049 0.090 0.059 0.105 0.096 0.305 0.066 0.067 0.046 108 K 0.025 0.218 0.120 0.136 0.050 0.097 0.135 0.101 0.040 0.061 0.017 109 G 0.041 0.025 0.038 0.071 0.036 0.014 0.010 0.056 0.057 0.448 0.204 110 T 0.055 0.257 0.089 0.022 0.143 0.028 0.050 0.191 0.092 0.046 0.027 111 D 0.093 0.233 0.076 0.020 0.167 0.019 0.040 0.146 0.059 0.082 0.065 112 V 0.132 0.031 0.006 0.004 0.085 0.005 0.016 0.441 0.175 0.051 0.054 113 V 0.010 0.037 0.015 0.014 0.030 0.042 0.054 0.720 0.059 0.014 0.006 114 G 0.047 0.041 0.014 0.003 0.046 0.003 0.009 0.697 0.056 0.059 0.025 115 I 0.009 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.859 0.101 0.010 0.005 116 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.928 0.051 0.003 0.001 117 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.953 0.032 0.007 0.001 118 T 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.934 0.029 0.021 0.001 119 I 0.012 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.015 0.773 0.156 0.022 0.006 120 A 0.005 0.010 0.003 0.002 0.007 0.005 0.040 0.738 0.173 0.013 0.003 121 N 0.027 0.022 0.015 0.005 0.029 0.009 0.122 0.527 0.123 0.104 0.016 122 F 0.089 0.290 0.048 0.003 0.223 0.005 0.028 0.173 0.064 0.054 0.025 123 S 0.260 0.084 0.011 0.004 0.333 0.009 0.035 0.119 0.043 0.045 0.057 124 L 0.187 0.135 0.037 0.013 0.304 0.021 0.045 0.110 0.045 0.050 0.055