# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.26 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.593 0.190 0.096 0.069 0.038 0.013 0.002 2 G 0.549 0.266 0.113 0.053 0.014 0.005 0.001 3 L 0.211 0.129 0.180 0.219 0.163 0.085 0.013 4 L 0.223 0.200 0.189 0.189 0.127 0.061 0.010 5 D 0.387 0.278 0.170 0.102 0.043 0.017 0.002 6 A 0.407 0.280 0.153 0.101 0.041 0.016 0.002 7 L 0.185 0.153 0.149 0.192 0.189 0.114 0.018 8 M 0.160 0.138 0.167 0.215 0.196 0.109 0.016 9 G 0.255 0.299 0.232 0.137 0.055 0.021 0.002 10 N 0.172 0.251 0.250 0.194 0.097 0.033 0.003 11 A 0.146 0.124 0.186 0.254 0.202 0.081 0.007 12 A 0.405 0.324 0.138 0.080 0.042 0.011 0.001 13 E 0.412 0.334 0.160 0.067 0.022 0.006 0.001 14 V 0.206 0.186 0.245 0.243 0.100 0.018 0.001 15 N 0.469 0.351 0.115 0.044 0.017 0.004 0.001 16 L 0.183 0.184 0.241 0.258 0.109 0.024 0.001 17 D 0.572 0.321 0.078 0.021 0.008 0.001 0.001 18 E 0.414 0.414 0.121 0.043 0.007 0.001 0.001 19 L 0.079 0.101 0.236 0.313 0.228 0.043 0.001 20 A 0.140 0.242 0.311 0.229 0.067 0.012 0.001 21 Q 0.608 0.312 0.061 0.015 0.004 0.001 0.001 22 E 0.289 0.400 0.188 0.097 0.023 0.003 0.001 23 L 0.047 0.078 0.140 0.276 0.330 0.124 0.006 24 G 0.083 0.239 0.315 0.244 0.093 0.025 0.001 25 P 0.208 0.372 0.261 0.119 0.032 0.007 0.001 26 I 0.030 0.066 0.171 0.299 0.292 0.131 0.011 27 M 0.042 0.063 0.106 0.217 0.308 0.232 0.032 28 G 0.093 0.208 0.297 0.256 0.106 0.036 0.003 29 D 0.279 0.411 0.167 0.089 0.040 0.013 0.001 30 N 0.118 0.283 0.240 0.206 0.105 0.043 0.005 31 E 0.019 0.033 0.081 0.209 0.402 0.226 0.030 32 Q 0.037 0.162 0.307 0.264 0.149 0.068 0.012 33 L 0.014 0.023 0.039 0.097 0.215 0.435 0.176 34 A 0.035 0.102 0.217 0.305 0.210 0.112 0.019 35 L 0.030 0.080 0.127 0.197 0.250 0.247 0.069 36 A 0.021 0.038 0.071 0.154 0.201 0.327 0.188 37 Y 0.028 0.032 0.051 0.142 0.225 0.350 0.171 38 R 0.090 0.218 0.252 0.212 0.125 0.079 0.024 39 V 0.058 0.074 0.116 0.212 0.261 0.215 0.064 40 I 0.081 0.116 0.133 0.200 0.212 0.196 0.062 41 R 0.101 0.141 0.170 0.200 0.202 0.139 0.046 42 D 0.109 0.143 0.164 0.198 0.180 0.137 0.069 43 M 0.089 0.091 0.100 0.161 0.204 0.233 0.122 44 F 0.064 0.058 0.063 0.117 0.190 0.297 0.210 45 V 0.068 0.057 0.065 0.125 0.164 0.282 0.240 46 F 0.051 0.037 0.051 0.111 0.144 0.273 0.334 47 T 0.035 0.047 0.060 0.107 0.145 0.271 0.335 48 N 0.048 0.083 0.137 0.172 0.198 0.202 0.161 49 K 0.045 0.090 0.133 0.194 0.218 0.197 0.123 50 R 0.028 0.041 0.063 0.136 0.226 0.318 0.188 51 L 0.023 0.019 0.025 0.080 0.134 0.357 0.361 52 I 0.021 0.030 0.044 0.105 0.186 0.360 0.254 53 L 0.037 0.062 0.097 0.160 0.230 0.280 0.134 54 I 0.043 0.075 0.120 0.196 0.230 0.247 0.089 55 D 0.081 0.144 0.171 0.219 0.197 0.153 0.035 56 K 0.145 0.184 0.220 0.224 0.148 0.068 0.011 57 Q 0.348 0.279 0.163 0.114 0.065 0.028 0.003 58 G 0.301 0.272 0.183 0.138 0.066 0.035 0.005 59 V 0.142 0.078 0.124 0.234 0.242 0.155 0.025 60 T 0.334 0.306 0.176 0.104 0.053 0.023 0.003 61 G 0.296 0.232 0.177 0.149 0.099 0.041 0.006 62 K 0.339 0.338 0.151 0.095 0.054 0.021 0.002 63 K 0.153 0.171 0.197 0.233 0.156 0.079 0.011 64 V 0.207 0.184 0.206 0.186 0.142 0.065 0.011 65 S 0.223 0.271 0.218 0.161 0.083 0.038 0.006 66 Y 0.110 0.108 0.159 0.231 0.233 0.135 0.023 67 H 0.157 0.250 0.193 0.176 0.143 0.073 0.007 68 S 0.139 0.188 0.208 0.221 0.152 0.081 0.011 69 V 0.094 0.120 0.186 0.254 0.223 0.109 0.015 70 P 0.160 0.276 0.243 0.178 0.099 0.041 0.004 71 Y 0.076 0.109 0.211 0.315 0.204 0.078 0.007 72 K 0.430 0.352 0.132 0.059 0.022 0.005 0.001 73 A 0.198 0.318 0.243 0.165 0.054 0.020 0.002 74 I 0.063 0.059 0.113 0.252 0.317 0.173 0.022 75 T 0.178 0.315 0.252 0.164 0.067 0.022 0.002 76 H 0.183 0.273 0.241 0.189 0.076 0.033 0.006 77 F 0.056 0.054 0.084 0.177 0.287 0.276 0.065 78 E 0.081 0.151 0.171 0.225 0.190 0.145 0.038 79 V 0.065 0.083 0.116 0.178 0.217 0.231 0.110 80 E 0.087 0.113 0.133 0.189 0.212 0.184 0.082 81 T 0.076 0.102 0.111 0.159 0.193 0.227 0.133 82 A 0.092 0.079 0.101 0.167 0.185 0.219 0.157 83 G 0.162 0.174 0.152 0.171 0.138 0.138 0.066 84 T 0.123 0.118 0.132 0.171 0.170 0.178 0.107 85 F 0.066 0.055 0.064 0.124 0.189 0.297 0.205 86 D 0.119 0.142 0.152 0.170 0.169 0.157 0.092 87 M 0.065 0.081 0.100 0.146 0.195 0.262 0.152 88 D 0.119 0.163 0.167 0.179 0.158 0.134 0.079 89 A 0.019 0.026 0.042 0.092 0.179 0.372 0.269 90 E 0.033 0.078 0.127 0.183 0.207 0.215 0.156 91 L 0.008 0.015 0.025 0.066 0.192 0.450 0.244 92 K 0.019 0.088 0.188 0.286 0.245 0.141 0.033 93 L 0.007 0.017 0.029 0.080 0.238 0.507 0.121 94 W 0.015 0.051 0.120 0.233 0.296 0.240 0.044 95 I 0.022 0.056 0.117 0.218 0.315 0.246 0.026 96 S 0.120 0.288 0.300 0.196 0.078 0.018 0.001 97 G 0.342 0.298 0.183 0.128 0.041 0.008 0.001 98 Q 0.580 0.279 0.086 0.038 0.014 0.002 0.001 99 K 0.628 0.258 0.075 0.030 0.007 0.001 0.001 100 D 0.451 0.306 0.154 0.068 0.019 0.002 0.001 101 P 0.361 0.407 0.166 0.054 0.011 0.002 0.001 102 L 0.075 0.106 0.194 0.315 0.254 0.055 0.001 103 V 0.161 0.289 0.285 0.181 0.071 0.013 0.001 104 K 0.247 0.309 0.242 0.142 0.050 0.009 0.001 105 E 0.354 0.367 0.168 0.078 0.028 0.004 0.001 106 L 0.091 0.150 0.270 0.319 0.145 0.024 0.001 107 K 0.411 0.315 0.177 0.071 0.023 0.004 0.001 108 K 0.525 0.295 0.116 0.049 0.012 0.002 0.001 109 G 0.518 0.281 0.128 0.054 0.016 0.003 0.001 110 T 0.331 0.315 0.213 0.110 0.027 0.004 0.001 111 D 0.211 0.386 0.226 0.121 0.046 0.010 0.001 112 V 0.032 0.079 0.137 0.271 0.319 0.154 0.007 113 V 0.048 0.164 0.288 0.304 0.148 0.046 0.002 114 G 0.093 0.272 0.333 0.204 0.078 0.018 0.002 115 I 0.014 0.026 0.046 0.125 0.313 0.391 0.086 116 Q 0.015 0.075 0.170 0.346 0.264 0.122 0.008 117 K 0.108 0.304 0.297 0.191 0.064 0.033 0.003 118 T 0.037 0.092 0.223 0.347 0.215 0.078 0.008 119 I 0.031 0.038 0.055 0.137 0.287 0.374 0.077 120 A 0.059 0.124 0.213 0.287 0.204 0.099 0.014 121 N 0.356 0.362 0.163 0.074 0.031 0.013 0.002 122 F 0.151 0.163 0.199 0.252 0.150 0.074 0.012 123 S 0.203 0.139 0.136 0.186 0.171 0.135 0.030 124 L 0.237 0.158 0.176 0.189 0.137 0.084 0.019