# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.26 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.221 0.104 0.108 0.128 0.149 0.113 0.071 0.046 0.030 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 2 G 0.344 0.189 0.143 0.109 0.076 0.054 0.039 0.021 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 3 L 0.104 0.048 0.072 0.113 0.163 0.160 0.112 0.103 0.060 0.030 0.018 0.012 0.004 0.002 4 L 0.106 0.075 0.090 0.138 0.163 0.157 0.116 0.075 0.039 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 5 D 0.365 0.189 0.136 0.109 0.070 0.051 0.033 0.019 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 6 A 0.299 0.185 0.142 0.124 0.093 0.064 0.039 0.023 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 7 L 0.080 0.050 0.083 0.123 0.168 0.176 0.136 0.088 0.047 0.025 0.012 0.007 0.003 0.001 8 M 0.086 0.070 0.097 0.135 0.175 0.151 0.113 0.085 0.043 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 9 G 0.340 0.183 0.137 0.111 0.082 0.055 0.037 0.023 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 10 N 0.163 0.109 0.126 0.165 0.160 0.112 0.072 0.046 0.025 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 11 A 0.100 0.077 0.116 0.146 0.163 0.151 0.112 0.062 0.038 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 12 A 0.339 0.206 0.153 0.116 0.082 0.049 0.028 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 13 E 0.383 0.254 0.123 0.093 0.069 0.034 0.023 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.226 0.127 0.146 0.161 0.146 0.099 0.051 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 15 N 0.438 0.227 0.129 0.092 0.060 0.025 0.019 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.141 0.104 0.162 0.198 0.178 0.106 0.054 0.031 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 17 D 0.631 0.181 0.078 0.062 0.027 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.538 0.284 0.107 0.037 0.017 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.072 0.077 0.154 0.232 0.220 0.143 0.058 0.029 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.192 0.154 0.178 0.190 0.161 0.070 0.032 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.816 0.118 0.036 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.394 0.308 0.156 0.075 0.034 0.016 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.062 0.046 0.094 0.143 0.238 0.185 0.113 0.071 0.030 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 24 G 0.225 0.170 0.157 0.166 0.130 0.082 0.034 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 25 P 0.540 0.173 0.094 0.072 0.047 0.028 0.020 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 26 I 0.129 0.070 0.095 0.149 0.185 0.148 0.082 0.067 0.038 0.016 0.010 0.006 0.002 0.001 27 M 0.086 0.060 0.085 0.125 0.186 0.165 0.130 0.081 0.040 0.022 0.012 0.006 0.002 0.001 28 G 0.251 0.132 0.126 0.152 0.120 0.087 0.059 0.035 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 29 D 0.489 0.183 0.115 0.095 0.047 0.030 0.020 0.008 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 30 N 0.242 0.132 0.144 0.151 0.134 0.091 0.055 0.024 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 31 E 0.128 0.099 0.121 0.164 0.167 0.143 0.082 0.050 0.025 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 32 Q 0.192 0.164 0.146 0.135 0.117 0.095 0.077 0.039 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 33 L 0.049 0.024 0.038 0.080 0.142 0.171 0.170 0.149 0.094 0.046 0.022 0.010 0.004 0.001 34 A 0.118 0.075 0.100 0.159 0.164 0.146 0.090 0.069 0.039 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 35 L 0.094 0.055 0.074 0.110 0.122 0.143 0.136 0.105 0.065 0.044 0.027 0.016 0.007 0.003 36 A 0.042 0.026 0.032 0.056 0.091 0.151 0.155 0.185 0.130 0.070 0.038 0.015 0.006 0.003 37 Y 0.051 0.053 0.066 0.088 0.134 0.150 0.173 0.122 0.078 0.042 0.023 0.011 0.005 0.002 38 R 0.163 0.145 0.160 0.155 0.134 0.093 0.069 0.040 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 39 V 0.051 0.035 0.060 0.105 0.161 0.171 0.157 0.118 0.065 0.036 0.021 0.013 0.004 0.002 40 I 0.033 0.035 0.058 0.108 0.149 0.184 0.160 0.144 0.068 0.035 0.015 0.006 0.002 0.001 41 R 0.060 0.076 0.103 0.137 0.169 0.149 0.114 0.089 0.054 0.028 0.012 0.005 0.003 0.001 42 D 0.064 0.063 0.085 0.117 0.163 0.154 0.126 0.095 0.066 0.036 0.017 0.008 0.004 0.002 43 M 0.045 0.037 0.051 0.083 0.115 0.139 0.161 0.123 0.105 0.071 0.038 0.016 0.009 0.005 44 F 0.035 0.023 0.030 0.044 0.073 0.102 0.147 0.140 0.135 0.114 0.077 0.047 0.020 0.012 45 V 0.067 0.043 0.043 0.042 0.062 0.095 0.117 0.119 0.115 0.114 0.088 0.051 0.027 0.015 46 F 0.034 0.028 0.037 0.058 0.091 0.118 0.144 0.153 0.120 0.084 0.063 0.043 0.018 0.009 47 T 0.021 0.027 0.042 0.079 0.108 0.139 0.145 0.164 0.112 0.077 0.045 0.022 0.009 0.007 48 N 0.014 0.022 0.036 0.072 0.111 0.153 0.174 0.164 0.111 0.068 0.042 0.019 0.008 0.007 49 K 0.013 0.024 0.044 0.081 0.119 0.158 0.165 0.151 0.114 0.064 0.034 0.018 0.009 0.005 50 R 0.019 0.026 0.052 0.087 0.127 0.143 0.152 0.132 0.121 0.069 0.038 0.019 0.010 0.006 51 L 0.017 0.013 0.020 0.027 0.047 0.078 0.133 0.135 0.150 0.144 0.109 0.077 0.034 0.016 52 I 0.031 0.027 0.034 0.033 0.054 0.083 0.111 0.127 0.141 0.139 0.102 0.062 0.039 0.017 53 L 0.045 0.035 0.041 0.060 0.097 0.100 0.114 0.136 0.127 0.097 0.071 0.043 0.022 0.012 54 I 0.042 0.040 0.046 0.074 0.109 0.117 0.118 0.129 0.111 0.090 0.059 0.035 0.017 0.013 55 D 0.051 0.056 0.086 0.122 0.137 0.141 0.135 0.103 0.068 0.045 0.028 0.016 0.007 0.005 56 K 0.046 0.055 0.083 0.125 0.161 0.148 0.110 0.099 0.079 0.048 0.025 0.011 0.006 0.003 57 Q 0.113 0.100 0.108 0.120 0.133 0.132 0.099 0.072 0.059 0.033 0.017 0.008 0.004 0.002 58 G 0.184 0.136 0.135 0.122 0.111 0.099 0.083 0.053 0.036 0.021 0.011 0.005 0.004 0.001 59 V 0.080 0.043 0.061 0.082 0.139 0.138 0.125 0.121 0.089 0.056 0.032 0.022 0.009 0.003 60 T 0.132 0.093 0.113 0.151 0.148 0.126 0.087 0.063 0.036 0.024 0.014 0.007 0.003 0.002 61 G 0.181 0.089 0.092 0.124 0.127 0.111 0.091 0.071 0.049 0.029 0.018 0.010 0.004 0.002 62 K 0.175 0.122 0.129 0.149 0.142 0.109 0.074 0.045 0.026 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 63 K 0.131 0.091 0.110 0.138 0.154 0.132 0.089 0.066 0.043 0.022 0.013 0.006 0.003 0.001 64 V 0.124 0.081 0.099 0.131 0.150 0.139 0.101 0.075 0.047 0.026 0.014 0.006 0.003 0.001 65 S 0.288 0.187 0.150 0.121 0.088 0.061 0.045 0.025 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 66 Y 0.094 0.051 0.069 0.099 0.158 0.152 0.115 0.103 0.075 0.042 0.022 0.013 0.006 0.002 67 H 0.118 0.106 0.115 0.153 0.146 0.131 0.091 0.062 0.035 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 68 S 0.241 0.147 0.124 0.127 0.112 0.080 0.060 0.043 0.031 0.017 0.010 0.004 0.003 0.001 69 V 0.103 0.066 0.082 0.120 0.161 0.146 0.106 0.087 0.060 0.030 0.020 0.012 0.005 0.002 70 P 0.119 0.104 0.132 0.158 0.160 0.123 0.097 0.053 0.029 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 71 Y 0.075 0.055 0.075 0.127 0.165 0.156 0.114 0.097 0.068 0.036 0.019 0.008 0.003 0.001 72 K 0.242 0.187 0.144 0.143 0.098 0.075 0.052 0.026 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 73 A 0.113 0.130 0.162 0.161 0.152 0.110 0.074 0.043 0.028 0.013 0.007 0.003 0.003 0.001 74 I 0.029 0.026 0.040 0.064 0.131 0.159 0.160 0.158 0.112 0.061 0.032 0.018 0.008 0.002 75 T 0.091 0.113 0.118 0.150 0.148 0.118 0.094 0.071 0.046 0.026 0.014 0.006 0.003 0.001 76 H 0.097 0.071 0.078 0.115 0.135 0.116 0.105 0.099 0.077 0.047 0.031 0.015 0.010 0.005 77 F 0.018 0.020 0.026 0.036 0.071 0.093 0.125 0.137 0.137 0.125 0.099 0.070 0.031 0.011 78 E 0.034 0.042 0.067 0.122 0.144 0.136 0.124 0.129 0.087 0.054 0.033 0.016 0.009 0.004 79 V 0.021 0.014 0.018 0.030 0.054 0.073 0.099 0.132 0.162 0.153 0.121 0.070 0.032 0.020 80 E 0.036 0.039 0.052 0.076 0.102 0.121 0.122 0.133 0.110 0.082 0.063 0.036 0.017 0.011 81 T 0.031 0.027 0.039 0.061 0.078 0.098 0.116 0.124 0.130 0.115 0.088 0.052 0.027 0.013 82 A 0.026 0.024 0.032 0.043 0.077 0.099 0.122 0.143 0.141 0.120 0.087 0.048 0.023 0.014 83 G 0.053 0.052 0.057 0.070 0.100 0.109 0.117 0.113 0.100 0.088 0.068 0.042 0.021 0.011 84 T 0.052 0.048 0.065 0.101 0.133 0.133 0.122 0.124 0.089 0.060 0.040 0.021 0.010 0.005 85 F 0.037 0.032 0.042 0.062 0.102 0.124 0.139 0.145 0.116 0.085 0.061 0.033 0.014 0.008 86 D 0.039 0.039 0.059 0.108 0.164 0.166 0.134 0.119 0.073 0.045 0.032 0.015 0.005 0.003 87 M 0.029 0.029 0.038 0.066 0.109 0.126 0.128 0.140 0.126 0.101 0.062 0.028 0.012 0.006 88 D 0.029 0.040 0.060 0.125 0.172 0.161 0.127 0.112 0.075 0.045 0.030 0.015 0.006 0.003 89 A 0.010 0.010 0.017 0.022 0.040 0.073 0.109 0.136 0.160 0.165 0.127 0.080 0.036 0.013 90 E 0.016 0.021 0.035 0.083 0.149 0.146 0.149 0.159 0.109 0.058 0.042 0.019 0.010 0.005 91 L 0.005 0.004 0.006 0.009 0.018 0.035 0.072 0.105 0.169 0.199 0.184 0.117 0.055 0.021 92 K 0.013 0.016 0.026 0.080 0.162 0.135 0.151 0.170 0.113 0.057 0.039 0.021 0.009 0.007 93 L 0.005 0.004 0.006 0.008 0.014 0.029 0.060 0.090 0.132 0.216 0.203 0.145 0.065 0.023 94 W 0.014 0.018 0.031 0.069 0.121 0.130 0.146 0.200 0.126 0.072 0.042 0.018 0.008 0.004 95 I 0.015 0.017 0.024 0.045 0.078 0.094 0.106 0.147 0.152 0.141 0.096 0.054 0.021 0.011 96 S 0.038 0.055 0.083 0.127 0.160 0.166 0.148 0.100 0.057 0.035 0.018 0.008 0.003 0.002 97 G 0.111 0.130 0.152 0.144 0.132 0.108 0.101 0.053 0.035 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 98 Q 0.269 0.178 0.132 0.131 0.119 0.070 0.045 0.024 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 99 K 0.346 0.220 0.147 0.108 0.078 0.043 0.029 0.012 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 100 D 0.283 0.161 0.144 0.146 0.111 0.070 0.042 0.021 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 101 P 0.385 0.222 0.135 0.098 0.071 0.038 0.029 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.082 0.060 0.114 0.162 0.189 0.165 0.106 0.069 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 103 V 0.197 0.160 0.153 0.161 0.137 0.083 0.057 0.027 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 104 K 0.301 0.160 0.150 0.136 0.101 0.069 0.039 0.021 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 105 E 0.391 0.235 0.130 0.097 0.069 0.035 0.026 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.117 0.090 0.151 0.186 0.185 0.132 0.072 0.038 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 107 K 0.464 0.190 0.118 0.092 0.066 0.031 0.025 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 K 0.497 0.199 0.121 0.082 0.051 0.025 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 G 0.420 0.232 0.122 0.092 0.063 0.032 0.024 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 T 0.292 0.168 0.152 0.128 0.112 0.069 0.041 0.020 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 111 D 0.303 0.210 0.155 0.126 0.099 0.049 0.031 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.068 0.047 0.077 0.129 0.211 0.174 0.116 0.088 0.051 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 113 V 0.171 0.126 0.121 0.143 0.152 0.122 0.076 0.043 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 114 G 0.274 0.263 0.182 0.108 0.069 0.039 0.033 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 115 I 0.030 0.022 0.034 0.076 0.164 0.176 0.143 0.157 0.115 0.048 0.019 0.011 0.004 0.001 116 Q 0.067 0.081 0.100 0.173 0.180 0.182 0.106 0.062 0.028 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 117 K 0.330 0.267 0.167 0.088 0.049 0.038 0.033 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 118 T 0.094 0.093 0.125 0.169 0.196 0.142 0.078 0.060 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 119 I 0.027 0.019 0.029 0.066 0.137 0.193 0.212 0.172 0.087 0.035 0.014 0.006 0.002 0.001 120 A 0.072 0.072 0.090 0.134 0.163 0.169 0.131 0.097 0.043 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 121 N 0.244 0.225 0.187 0.133 0.090 0.053 0.033 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 122 F 0.085 0.051 0.081 0.139 0.191 0.172 0.122 0.078 0.042 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 123 S 0.073 0.042 0.065 0.108 0.166 0.184 0.146 0.115 0.059 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 124 L 0.142 0.093 0.086 0.115 0.164 0.132 0.109 0.079 0.043 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001