# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.7682 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.022 0.423 0.007 0.033 0.197 0.002 0.002 0.017 0.143 0.060 0.062 0.027 2 G 0.004 0.020 0.383 0.006 0.043 0.231 0.001 0.001 0.014 0.118 0.114 0.019 0.047 3 L 0.003 0.022 0.172 0.004 0.089 0.462 0.001 0.001 0.009 0.066 0.141 0.010 0.020 4 L 0.003 0.013 0.162 0.007 0.109 0.482 0.001 0.001 0.007 0.073 0.118 0.009 0.015 5 D 0.002 0.007 0.148 0.005 0.153 0.467 0.001 0.001 0.004 0.078 0.109 0.007 0.017 6 A 0.002 0.006 0.055 0.005 0.243 0.470 0.001 0.001 0.003 0.038 0.162 0.006 0.009 7 L 0.004 0.010 0.073 0.003 0.220 0.401 0.001 0.001 0.005 0.045 0.214 0.006 0.018 8 M 0.004 0.014 0.149 0.008 0.188 0.296 0.002 0.001 0.008 0.087 0.215 0.011 0.017 9 G 0.003 0.016 0.176 0.011 0.129 0.162 0.001 0.001 0.008 0.211 0.253 0.015 0.013 10 N 0.001 0.017 0.330 0.007 0.068 0.093 0.001 0.001 0.010 0.185 0.267 0.006 0.013 11 A 0.002 0.012 0.502 0.008 0.090 0.062 0.002 0.002 0.019 0.160 0.112 0.008 0.021 12 A 0.002 0.011 0.458 0.004 0.064 0.051 0.002 0.001 0.037 0.185 0.147 0.025 0.012 13 E 0.003 0.072 0.400 0.002 0.070 0.087 0.002 0.002 0.069 0.095 0.148 0.007 0.043 14 V 0.001 0.069 0.648 0.002 0.008 0.043 0.001 0.001 0.069 0.112 0.009 0.028 0.009 15 N 0.001 0.008 0.865 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 0.013 0.067 0.005 0.001 0.015 16 L 0.001 0.001 0.031 0.001 0.056 0.885 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.001 0.001 17 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.057 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.928 0.001 0.001 0.001 0.004 0.051 0.001 0.001 23 L 0.001 0.001 0.055 0.001 0.020 0.776 0.001 0.001 0.001 0.021 0.118 0.001 0.005 24 G 0.002 0.003 0.384 0.004 0.038 0.289 0.001 0.001 0.004 0.106 0.145 0.021 0.005 25 P 0.004 0.003 0.186 0.003 0.079 0.218 0.001 0.001 0.009 0.066 0.403 0.006 0.022 26 I 0.008 0.011 0.126 0.002 0.094 0.281 0.003 0.003 0.024 0.082 0.337 0.015 0.014 27 M 0.015 0.036 0.334 0.004 0.055 0.140 0.007 0.009 0.050 0.136 0.128 0.016 0.070 28 G 0.003 0.013 0.654 0.006 0.018 0.024 0.001 0.002 0.024 0.122 0.065 0.047 0.022 29 D 0.001 0.005 0.158 0.009 0.016 0.021 0.001 0.001 0.006 0.223 0.541 0.008 0.011 30 N 0.001 0.005 0.165 0.004 0.015 0.023 0.001 0.001 0.003 0.311 0.458 0.005 0.010 31 E 0.007 0.014 0.375 0.012 0.028 0.172 0.001 0.001 0.009 0.213 0.078 0.052 0.038 32 Q 0.052 0.019 0.123 0.011 0.018 0.330 0.013 0.005 0.030 0.039 0.032 0.056 0.272 33 L 0.101 0.008 0.035 0.029 0.013 0.588 0.017 0.007 0.015 0.010 0.009 0.062 0.108 34 A 0.209 0.002 0.013 0.065 0.011 0.520 0.015 0.005 0.007 0.005 0.010 0.057 0.081 35 L 0.282 0.001 0.008 0.020 0.011 0.475 0.015 0.004 0.006 0.004 0.008 0.055 0.110 36 A 0.285 0.001 0.006 0.035 0.017 0.509 0.016 0.003 0.005 0.003 0.007 0.036 0.078 37 Y 0.319 0.001 0.006 0.025 0.025 0.489 0.012 0.002 0.004 0.004 0.014 0.030 0.069 38 R 0.167 0.001 0.010 0.021 0.029 0.600 0.006 0.002 0.003 0.009 0.037 0.067 0.048 39 V 0.125 0.003 0.027 0.009 0.022 0.490 0.004 0.003 0.005 0.026 0.088 0.033 0.166 40 I 0.060 0.006 0.143 0.043 0.022 0.338 0.004 0.002 0.013 0.091 0.134 0.090 0.055 41 R 0.030 0.005 0.199 0.052 0.034 0.229 0.003 0.001 0.017 0.139 0.185 0.036 0.068 42 D 0.028 0.004 0.148 0.078 0.031 0.144 0.003 0.004 0.019 0.264 0.178 0.053 0.046 43 M 0.150 0.004 0.089 0.044 0.018 0.098 0.032 0.050 0.068 0.138 0.073 0.083 0.154 44 F 0.332 0.002 0.017 0.010 0.004 0.022 0.143 0.170 0.089 0.012 0.006 0.090 0.104 45 V 0.386 0.002 0.009 0.014 0.002 0.009 0.146 0.210 0.054 0.004 0.003 0.060 0.101 46 F 0.412 0.004 0.026 0.022 0.003 0.005 0.085 0.108 0.064 0.010 0.008 0.142 0.111 47 T 0.179 0.005 0.134 0.092 0.005 0.005 0.033 0.014 0.056 0.093 0.046 0.116 0.223 48 N 0.058 0.003 0.288 0.067 0.006 0.003 0.008 0.002 0.024 0.186 0.122 0.059 0.176 49 K 0.111 0.004 0.213 0.100 0.010 0.008 0.009 0.002 0.022 0.187 0.122 0.139 0.072 50 R 0.353 0.005 0.078 0.020 0.006 0.010 0.060 0.013 0.042 0.041 0.020 0.139 0.214 51 L 0.580 0.001 0.014 0.006 0.001 0.004 0.088 0.047 0.023 0.003 0.001 0.090 0.143 52 I 0.749 0.001 0.003 0.013 0.001 0.003 0.102 0.024 0.012 0.001 0.001 0.054 0.039 53 L 0.707 0.001 0.004 0.006 0.001 0.002 0.093 0.019 0.020 0.001 0.001 0.055 0.088 54 I 0.511 0.004 0.023 0.031 0.003 0.003 0.066 0.013 0.030 0.008 0.006 0.105 0.196 55 D 0.119 0.007 0.262 0.019 0.007 0.008 0.011 0.002 0.026 0.080 0.028 0.115 0.317 56 K 0.039 0.005 0.173 0.032 0.079 0.058 0.003 0.001 0.006 0.136 0.342 0.052 0.074 57 Q 0.020 0.008 0.075 0.016 0.291 0.105 0.002 0.001 0.002 0.078 0.335 0.033 0.035 58 G 0.024 0.018 0.169 0.007 0.211 0.081 0.002 0.001 0.004 0.134 0.230 0.034 0.085 59 V 0.049 0.024 0.432 0.010 0.062 0.052 0.003 0.001 0.010 0.112 0.047 0.102 0.096 60 T 0.024 0.020 0.303 0.033 0.041 0.047 0.004 0.001 0.007 0.140 0.187 0.060 0.133 61 G 0.019 0.011 0.254 0.046 0.025 0.013 0.002 0.001 0.006 0.194 0.274 0.066 0.087 62 K 0.046 0.013 0.408 0.039 0.013 0.016 0.004 0.001 0.016 0.096 0.023 0.205 0.119 63 K 0.068 0.013 0.193 0.011 0.007 0.010 0.017 0.003 0.047 0.023 0.018 0.092 0.498 64 V 0.133 0.011 0.204 0.075 0.007 0.009 0.017 0.005 0.050 0.019 0.006 0.274 0.190 65 S 0.150 0.005 0.106 0.054 0.005 0.011 0.025 0.006 0.081 0.021 0.008 0.323 0.204 66 Y 0.154 0.005 0.066 0.022 0.011 0.010 0.035 0.010 0.053 0.011 0.008 0.062 0.552 67 H 0.118 0.003 0.049 0.021 0.006 0.008 0.026 0.007 0.076 0.014 0.008 0.591 0.074 68 S 0.083 0.011 0.090 0.007 0.009 0.010 0.016 0.004 0.031 0.024 0.019 0.042 0.654 69 V 0.019 0.013 0.292 0.020 0.006 0.009 0.004 0.002 0.021 0.109 0.024 0.427 0.054 70 P 0.010 0.013 0.510 0.014 0.017 0.017 0.002 0.001 0.009 0.097 0.048 0.021 0.241 71 Y 0.014 0.015 0.289 0.030 0.200 0.078 0.003 0.001 0.006 0.103 0.149 0.049 0.064 72 K 0.020 0.010 0.160 0.046 0.248 0.106 0.003 0.001 0.008 0.092 0.187 0.054 0.065 73 A 0.041 0.017 0.228 0.029 0.123 0.065 0.007 0.002 0.018 0.089 0.166 0.068 0.146 74 I 0.092 0.015 0.287 0.055 0.038 0.029 0.018 0.008 0.076 0.058 0.034 0.069 0.221 75 T 0.128 0.009 0.147 0.094 0.008 0.018 0.022 0.012 0.083 0.058 0.018 0.315 0.087 76 H 0.167 0.006 0.054 0.029 0.005 0.010 0.059 0.041 0.173 0.019 0.012 0.057 0.366 77 F 0.240 0.003 0.038 0.086 0.004 0.009 0.092 0.111 0.159 0.015 0.005 0.143 0.094 78 E 0.184 0.003 0.028 0.019 0.002 0.009 0.115 0.126 0.247 0.009 0.005 0.129 0.124 79 V 0.150 0.005 0.050 0.024 0.005 0.009 0.090 0.149 0.161 0.009 0.007 0.051 0.290 80 E 0.092 0.006 0.078 0.088 0.006 0.010 0.038 0.055 0.159 0.038 0.022 0.364 0.045 81 T 0.052 0.014 0.159 0.020 0.013 0.012 0.019 0.018 0.140 0.093 0.057 0.039 0.364 82 A 0.033 0.011 0.259 0.070 0.026 0.018 0.013 0.009 0.052 0.185 0.137 0.096 0.089 83 G 0.032 0.011 0.261 0.021 0.019 0.011 0.006 0.004 0.029 0.221 0.101 0.167 0.117 84 T 0.062 0.042 0.264 0.008 0.040 0.031 0.011 0.004 0.017 0.114 0.090 0.047 0.271 85 F 0.050 0.048 0.265 0.013 0.027 0.035 0.009 0.004 0.020 0.111 0.049 0.262 0.107 86 D 0.019 0.021 0.460 0.009 0.018 0.021 0.002 0.001 0.007 0.101 0.045 0.039 0.258 87 M 0.021 0.013 0.194 0.037 0.070 0.061 0.002 0.001 0.003 0.154 0.306 0.066 0.072 88 D 0.029 0.007 0.183 0.055 0.078 0.053 0.002 0.001 0.002 0.178 0.287 0.044 0.083 89 A 0.103 0.005 0.137 0.029 0.089 0.064 0.003 0.001 0.003 0.125 0.150 0.100 0.190 90 E 0.386 0.005 0.083 0.032 0.024 0.039 0.019 0.002 0.009 0.024 0.043 0.103 0.231 91 L 0.632 0.002 0.017 0.013 0.004 0.013 0.036 0.005 0.010 0.006 0.003 0.137 0.120 92 K 0.753 0.001 0.008 0.033 0.001 0.004 0.024 0.004 0.005 0.001 0.001 0.092 0.072 93 L 0.796 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.044 0.004 0.007 0.001 0.001 0.047 0.092 94 W 0.758 0.001 0.006 0.018 0.001 0.004 0.056 0.008 0.011 0.001 0.001 0.064 0.069 95 I 0.479 0.002 0.033 0.009 0.003 0.006 0.027 0.006 0.019 0.007 0.007 0.145 0.258 96 S 0.068 0.004 0.157 0.037 0.011 0.011 0.009 0.004 0.021 0.102 0.216 0.179 0.182 97 G 0.005 0.003 0.148 0.005 0.009 0.005 0.001 0.001 0.003 0.300 0.463 0.028 0.030 98 Q 0.005 0.016 0.357 0.005 0.015 0.008 0.001 0.001 0.006 0.334 0.125 0.089 0.040 99 K 0.007 0.037 0.440 0.004 0.017 0.024 0.001 0.001 0.004 0.195 0.114 0.018 0.137 100 D 0.006 0.027 0.546 0.016 0.012 0.049 0.001 0.001 0.004 0.190 0.037 0.089 0.023 101 P 0.018 0.020 0.349 0.020 0.031 0.170 0.003 0.001 0.005 0.050 0.069 0.024 0.240 102 L 0.060 0.017 0.194 0.028 0.054 0.263 0.005 0.001 0.006 0.029 0.041 0.216 0.088 103 V 0.111 0.008 0.100 0.020 0.082 0.321 0.009 0.001 0.009 0.012 0.022 0.067 0.239 104 K 0.153 0.010 0.110 0.019 0.065 0.221 0.007 0.001 0.009 0.014 0.027 0.200 0.163 105 E 0.109 0.015 0.097 0.019 0.078 0.273 0.007 0.001 0.009 0.024 0.083 0.077 0.206 106 L 0.028 0.017 0.274 0.007 0.044 0.207 0.003 0.001 0.008 0.070 0.158 0.066 0.118 107 K 0.007 0.006 0.405 0.015 0.044 0.117 0.001 0.001 0.005 0.110 0.166 0.065 0.059 108 K 0.001 0.004 0.097 0.003 0.022 0.077 0.001 0.001 0.001 0.143 0.633 0.009 0.009 109 G 0.001 0.009 0.212 0.002 0.020 0.085 0.001 0.001 0.003 0.181 0.474 0.004 0.008 110 T 0.001 0.020 0.663 0.002 0.013 0.073 0.001 0.001 0.009 0.146 0.032 0.018 0.022 111 D 0.002 0.029 0.592 0.004 0.011 0.100 0.001 0.001 0.017 0.144 0.031 0.024 0.046 112 V 0.002 0.008 0.054 0.002 0.022 0.850 0.002 0.001 0.009 0.019 0.014 0.003 0.016 113 V 0.001 0.001 0.007 0.003 0.016 0.955 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 114 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.003 115 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 117 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 119 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 121 N 0.001 0.001 0.005 0.001 0.020 0.849 0.001 0.001 0.001 0.006 0.115 0.001 0.001 122 F 0.002 0.001 0.042 0.001 0.016 0.685 0.001 0.001 0.002 0.043 0.201 0.004 0.003 123 S 0.007 0.014 0.233 0.002 0.030 0.362 0.001 0.001 0.011 0.097 0.203 0.009 0.029 124 L 0.002 0.015 0.695 0.002 0.006 0.063 0.001 0.001 0.017 0.136 0.025 0.027 0.011