# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.7682 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.046 0.115 0.136 0.006 0.035 0.012 0.130 0.011 0.007 0.050 0.045 0.175 0.003 0.151 0.017 2 G 0.023 0.033 0.078 0.099 0.007 0.114 0.011 0.007 0.056 0.088 0.059 0.094 0.217 0.004 0.005 0.105 3 L 0.177 0.039 0.042 0.099 0.022 0.077 0.018 0.010 0.003 0.003 0.142 0.110 0.233 0.010 0.004 0.010 4 L 0.007 0.068 0.110 0.094 0.010 0.115 0.013 0.034 0.005 0.003 0.061 0.165 0.274 0.010 0.021 0.009 5 D 0.007 0.049 0.045 0.100 0.004 0.067 0.011 0.012 0.013 0.007 0.052 0.085 0.497 0.004 0.022 0.025 6 A 0.022 0.019 0.031 0.060 0.004 0.051 0.007 0.005 0.006 0.003 0.107 0.065 0.587 0.005 0.006 0.021 7 L 0.024 0.023 0.074 0.030 0.024 0.032 0.077 0.004 0.003 0.001 0.058 0.107 0.362 0.146 0.009 0.027 8 M 0.008 0.048 0.117 0.063 0.016 0.016 0.081 0.027 0.003 0.001 0.017 0.039 0.316 0.041 0.175 0.031 9 G 0.011 0.044 0.152 0.118 0.004 0.018 0.022 0.026 0.026 0.017 0.009 0.010 0.204 0.010 0.047 0.282 10 N 0.172 0.040 0.103 0.095 0.010 0.175 0.043 0.009 0.016 0.020 0.026 0.027 0.183 0.014 0.012 0.055 11 A 0.057 0.111 0.221 0.108 0.004 0.081 0.013 0.018 0.005 0.003 0.191 0.037 0.109 0.007 0.017 0.018 12 A 0.023 0.111 0.120 0.173 0.003 0.073 0.009 0.006 0.010 0.005 0.051 0.295 0.085 0.003 0.011 0.021 13 E 0.058 0.086 0.182 0.192 0.016 0.086 0.027 0.003 0.008 0.002 0.058 0.035 0.152 0.012 0.006 0.077 14 V 0.012 0.164 0.391 0.350 0.001 0.004 0.003 0.009 0.001 0.001 0.007 0.016 0.022 0.001 0.009 0.010 15 N 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 17 D 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.983 0.007 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.018 0.939 0.001 0.002 0.016 19 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.953 0.001 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.969 0.001 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.843 0.095 0.001 0.036 23 L 0.001 0.004 0.042 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.864 0.001 0.068 0.003 24 G 0.001 0.001 0.015 0.004 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.933 0.001 0.001 0.027 25 P 0.013 0.008 0.005 0.016 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.029 0.012 0.901 0.002 0.001 0.003 26 I 0.003 0.031 0.029 0.022 0.013 0.013 0.077 0.001 0.002 0.001 0.008 0.042 0.294 0.395 0.006 0.065 27 M 0.004 0.023 0.186 0.052 0.007 0.009 0.040 0.015 0.001 0.001 0.005 0.007 0.288 0.007 0.339 0.019 28 G 0.003 0.006 0.034 0.008 0.178 0.029 0.293 0.004 0.003 0.019 0.007 0.003 0.097 0.213 0.004 0.099 29 D 0.052 0.012 0.006 0.006 0.001 0.027 0.002 0.511 0.002 0.004 0.115 0.011 0.058 0.002 0.189 0.004 30 N 0.009 0.076 0.019 0.008 0.001 0.012 0.001 0.002 0.286 0.080 0.098 0.145 0.092 0.001 0.005 0.167 31 E 0.560 0.007 0.030 0.014 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.226 0.119 0.001 0.001 0.004 32 Q 0.007 0.028 0.563 0.052 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.053 0.248 0.001 0.001 0.005 33 L 0.001 0.002 0.010 0.050 0.001 0.207 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.029 0.667 0.001 0.001 0.001 34 A 0.001 0.162 0.011 0.083 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.101 0.613 0.001 0.001 0.001 35 L 0.001 0.003 0.001 0.183 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.770 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.011 0.026 0.067 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.872 0.001 0.001 0.003 37 Y 0.001 0.004 0.009 0.232 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.729 0.001 0.001 0.004 38 R 0.001 0.020 0.029 0.175 0.004 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.711 0.005 0.002 0.008 39 V 0.003 0.016 0.012 0.107 0.066 0.132 0.065 0.002 0.001 0.001 0.012 0.007 0.509 0.044 0.006 0.018 40 I 0.003 0.162 0.044 0.078 0.036 0.032 0.044 0.067 0.002 0.001 0.069 0.016 0.287 0.038 0.086 0.034 41 R 0.019 0.046 0.036 0.074 0.005 0.093 0.026 0.041 0.054 0.029 0.030 0.045 0.300 0.023 0.062 0.117 42 D 0.113 0.350 0.098 0.076 0.001 0.019 0.010 0.005 0.022 0.007 0.022 0.037 0.138 0.002 0.027 0.071 43 M 0.128 0.039 0.384 0.279 0.001 0.005 0.002 0.002 0.009 0.001 0.014 0.013 0.047 0.003 0.005 0.070 44 F 0.039 0.003 0.670 0.233 0.004 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.022 0.001 0.001 0.004 45 V 0.005 0.016 0.108 0.778 0.035 0.021 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.021 0.001 0.001 0.003 46 F 0.002 0.021 0.006 0.467 0.369 0.094 0.015 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.004 0.001 0.001 47 T 0.003 0.027 0.010 0.117 0.126 0.234 0.011 0.364 0.005 0.013 0.048 0.007 0.022 0.004 0.009 0.002 48 N 0.004 0.144 0.006 0.035 0.004 0.134 0.002 0.108 0.104 0.098 0.240 0.067 0.031 0.001 0.010 0.012 49 K 0.123 0.041 0.029 0.073 0.001 0.020 0.001 0.009 0.071 0.014 0.275 0.246 0.069 0.001 0.007 0.021 50 R 0.082 0.055 0.322 0.062 0.001 0.020 0.003 0.001 0.003 0.001 0.012 0.261 0.158 0.001 0.003 0.016 51 L 0.016 0.016 0.303 0.255 0.001 0.050 0.003 0.001 0.001 0.001 0.042 0.015 0.286 0.001 0.001 0.009 52 I 0.002 0.072 0.101 0.398 0.003 0.062 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.026 0.316 0.001 0.001 0.002 53 L 0.002 0.038 0.018 0.623 0.007 0.055 0.008 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.220 0.002 0.001 0.006 54 I 0.002 0.043 0.038 0.639 0.013 0.055 0.014 0.005 0.001 0.001 0.009 0.012 0.148 0.004 0.005 0.010 55 D 0.003 0.051 0.027 0.097 0.020 0.484 0.008 0.012 0.003 0.004 0.018 0.016 0.235 0.003 0.006 0.012 56 K 0.004 0.030 0.020 0.024 0.111 0.009 0.096 0.005 0.004 0.002 0.195 0.009 0.035 0.444 0.003 0.010 57 Q 0.005 0.017 0.020 0.015 0.002 0.005 0.005 0.076 0.002 0.001 0.004 0.029 0.017 0.003 0.796 0.003 58 G 0.004 0.006 0.028 0.007 0.001 0.002 0.003 0.001 0.092 0.021 0.003 0.001 0.020 0.002 0.002 0.807 59 V 0.604 0.005 0.015 0.012 0.088 0.012 0.189 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.010 0.040 0.001 0.003 60 T 0.004 0.084 0.195 0.035 0.002 0.013 0.002 0.526 0.002 0.001 0.004 0.005 0.007 0.001 0.118 0.003 61 G 0.007 0.011 0.020 0.158 0.007 0.060 0.004 0.003 0.370 0.249 0.018 0.006 0.010 0.001 0.001 0.075 62 K 0.551 0.145 0.081 0.146 0.001 0.014 0.001 0.006 0.003 0.001 0.017 0.023 0.008 0.001 0.002 0.002 63 K 0.006 0.050 0.312 0.570 0.001 0.024 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.008 0.004 0.001 0.001 0.007 64 V 0.018 0.016 0.302 0.625 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 65 S 0.002 0.040 0.080 0.820 0.007 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 66 Y 0.003 0.015 0.019 0.789 0.048 0.090 0.002 0.005 0.001 0.001 0.019 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 67 H 0.003 0.152 0.067 0.668 0.007 0.015 0.001 0.056 0.003 0.002 0.007 0.006 0.005 0.001 0.005 0.002 68 S 0.008 0.017 0.028 0.883 0.003 0.013 0.001 0.002 0.020 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 69 V 0.069 0.021 0.189 0.678 0.012 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 70 P 0.003 0.024 0.028 0.272 0.022 0.618 0.001 0.013 0.001 0.003 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 71 Y 0.001 0.029 0.003 0.077 0.023 0.448 0.001 0.011 0.004 0.003 0.384 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 72 K 0.004 0.654 0.008 0.087 0.001 0.006 0.001 0.013 0.009 0.001 0.028 0.178 0.006 0.001 0.004 0.001 73 A 0.028 0.076 0.226 0.290 0.003 0.038 0.006 0.003 0.058 0.007 0.009 0.045 0.073 0.002 0.007 0.131 74 I 0.041 0.003 0.499 0.044 0.008 0.263 0.029 0.001 0.001 0.001 0.026 0.006 0.071 0.002 0.001 0.004 75 T 0.001 0.860 0.036 0.063 0.001 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 76 H 0.004 0.005 0.020 0.915 0.001 0.012 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 0.002 0.011 0.001 0.001 0.009 77 F 0.011 0.015 0.795 0.156 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 78 E 0.002 0.010 0.041 0.915 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 79 V 0.005 0.006 0.022 0.578 0.070 0.277 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 80 E 0.001 0.254 0.019 0.568 0.023 0.062 0.001 0.020 0.002 0.001 0.017 0.012 0.016 0.001 0.001 0.001 81 T 0.003 0.076 0.009 0.455 0.130 0.158 0.029 0.011 0.017 0.009 0.025 0.030 0.024 0.015 0.002 0.007 82 A 0.020 0.099 0.227 0.357 0.008 0.028 0.008 0.107 0.008 0.002 0.032 0.011 0.039 0.002 0.044 0.008 83 G 0.024 0.027 0.117 0.396 0.009 0.049 0.009 0.010 0.070 0.103 0.034 0.041 0.040 0.003 0.004 0.065 84 T 0.201 0.058 0.078 0.477 0.028 0.031 0.010 0.004 0.006 0.002 0.027 0.015 0.035 0.006 0.002 0.019 85 F 0.014 0.049 0.137 0.618 0.016 0.056 0.007 0.021 0.003 0.004 0.013 0.020 0.029 0.002 0.006 0.007 86 D 0.004 0.025 0.017 0.048 0.038 0.772 0.007 0.009 0.004 0.012 0.014 0.013 0.031 0.001 0.001 0.003 87 M 0.006 0.028 0.005 0.024 0.003 0.022 0.001 0.028 0.003 0.002 0.844 0.010 0.021 0.001 0.001 0.002 88 D 0.007 0.122 0.028 0.044 0.001 0.032 0.002 0.004 0.020 0.003 0.013 0.676 0.029 0.001 0.012 0.005 89 A 0.056 0.057 0.245 0.157 0.001 0.029 0.002 0.002 0.014 0.001 0.050 0.017 0.240 0.001 0.006 0.123 90 E 0.033 0.134 0.466 0.288 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.036 0.001 0.001 0.007 91 L 0.006 0.016 0.324 0.609 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 92 K 0.001 0.005 0.088 0.898 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.007 0.979 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 94 W 0.001 0.008 0.008 0.899 0.049 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 95 I 0.001 0.020 0.003 0.344 0.428 0.166 0.010 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 96 S 0.002 0.236 0.011 0.186 0.013 0.132 0.002 0.326 0.011 0.010 0.040 0.007 0.004 0.001 0.014 0.003 97 G 0.019 0.107 0.018 0.152 0.012 0.080 0.006 0.015 0.189 0.171 0.111 0.068 0.015 0.002 0.003 0.033 98 Q 0.202 0.088 0.087 0.063 0.021 0.121 0.025 0.014 0.007 0.005 0.163 0.136 0.045 0.006 0.007 0.011 99 K 0.013 0.289 0.333 0.155 0.002 0.016 0.004 0.022 0.008 0.002 0.028 0.063 0.028 0.002 0.018 0.018 100 D 0.030 0.023 0.113 0.242 0.005 0.332 0.010 0.003 0.018 0.020 0.019 0.066 0.100 0.001 0.003 0.016 101 P 0.040 0.169 0.176 0.215 0.001 0.057 0.002 0.006 0.002 0.001 0.194 0.025 0.101 0.001 0.001 0.009 102 L 0.010 0.031 0.049 0.375 0.002 0.175 0.001 0.003 0.003 0.001 0.044 0.216 0.084 0.001 0.001 0.003 103 V 0.004 0.087 0.154 0.327 0.004 0.054 0.005 0.002 0.001 0.001 0.024 0.041 0.288 0.001 0.003 0.003 104 K 0.002 0.015 0.033 0.537 0.003 0.033 0.002 0.005 0.001 0.001 0.053 0.014 0.291 0.002 0.002 0.007 105 E 0.012 0.042 0.095 0.316 0.037 0.049 0.038 0.004 0.004 0.002 0.015 0.030 0.278 0.044 0.004 0.029 106 L 0.011 0.035 0.093 0.239 0.051 0.106 0.038 0.019 0.003 0.002 0.023 0.019 0.293 0.012 0.039 0.016 107 K 0.002 0.016 0.022 0.018 0.340 0.020 0.194 0.006 0.002 0.003 0.020 0.005 0.030 0.300 0.003 0.019 108 K 0.013 0.031 0.010 0.022 0.002 0.016 0.003 0.471 0.003 0.003 0.017 0.016 0.024 0.002 0.362 0.006 109 G 0.009 0.028 0.024 0.011 0.004 0.024 0.012 0.002 0.283 0.165 0.044 0.018 0.038 0.009 0.004 0.327 110 T 0.678 0.058 0.056 0.033 0.001 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 0.025 0.073 0.040 0.001 0.015 0.005 111 D 0.009 0.021 0.138 0.021 0.001 0.491 0.001 0.001 0.005 0.012 0.014 0.125 0.144 0.001 0.001 0.016 112 V 0.009 0.002 0.007 0.005 0.002 0.158 0.002 0.001 0.001 0.001 0.547 0.033 0.232 0.001 0.001 0.001 113 V 0.001 0.031 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.789 0.129 0.001 0.001 0.001 114 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.030 0.949 0.001 0.001 0.002 115 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.979 0.001 0.001 0.001 116 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.979 0.001 0.001 0.001 117 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 119 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.002 0.001 121 N 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.009 0.006 0.026 122 F 0.005 0.001 0.048 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.847 0.012 0.016 0.052 123 S 0.006 0.004 0.046 0.008 0.013 0.015 0.112 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.593 0.148 0.007 0.041 124 L 0.010 0.048 0.052 0.030 0.026 0.032 0.099 0.039 0.001 0.001 0.028 0.011 0.389 0.083 0.120 0.031