# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.7682 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.086 0.030 0.021 0.033 0.130 0.060 0.612 2 G 0.065 0.185 0.029 0.025 0.041 0.109 0.060 0.486 3 L 0.110 0.322 0.027 0.019 0.020 0.084 0.061 0.358 4 L 0.103 0.434 0.030 0.018 0.027 0.051 0.100 0.236 5 D 0.159 0.245 0.029 0.013 0.021 0.063 0.132 0.339 6 A 0.064 0.114 0.057 0.029 0.028 0.111 0.157 0.441 7 L 0.124 0.122 0.068 0.018 0.028 0.114 0.081 0.445 8 M 0.130 0.082 0.043 0.015 0.027 0.129 0.058 0.516 9 G 0.040 0.038 0.042 0.015 0.025 0.105 0.052 0.682 10 N 0.172 0.082 0.017 0.013 0.022 0.089 0.074 0.532 11 A 0.091 0.044 0.026 0.021 0.024 0.126 0.102 0.567 12 A 0.050 0.093 0.030 0.016 0.029 0.125 0.056 0.602 13 E 0.032 0.087 0.022 0.013 0.022 0.106 0.040 0.679 14 V 0.023 0.118 0.028 0.019 0.014 0.115 0.034 0.649 15 N 0.066 0.811 0.004 0.003 0.004 0.014 0.030 0.068 16 L 0.031 0.924 0.002 0.001 0.001 0.005 0.009 0.029 17 D 0.014 0.924 0.004 0.001 0.001 0.005 0.018 0.032 18 E 0.038 0.820 0.015 0.003 0.002 0.012 0.056 0.054 19 L 0.134 0.601 0.012 0.003 0.003 0.016 0.171 0.060 20 A 0.367 0.317 0.013 0.002 0.002 0.021 0.167 0.111 21 Q 0.043 0.129 0.007 0.003 0.003 0.056 0.138 0.620 22 E 0.009 0.105 0.007 0.003 0.004 0.071 0.059 0.742 23 L 0.098 0.271 0.012 0.006 0.007 0.109 0.090 0.407 24 G 0.224 0.194 0.029 0.020 0.019 0.095 0.087 0.332 25 P 0.209 0.080 0.038 0.010 0.019 0.084 0.088 0.471 26 I 0.027 0.025 0.122 0.027 0.034 0.131 0.117 0.516 27 M 0.069 0.014 0.081 0.010 0.019 0.121 0.032 0.656 28 G 0.424 0.035 0.042 0.009 0.007 0.069 0.056 0.359 29 D 0.046 0.074 0.013 0.004 0.011 0.098 0.012 0.741 30 N 0.016 0.266 0.026 0.006 0.032 0.080 0.038 0.537 31 E 0.005 0.486 0.033 0.138 0.122 0.042 0.036 0.139 32 Q 0.004 0.732 0.018 0.067 0.068 0.011 0.032 0.068 33 L 0.004 0.873 0.005 0.032 0.024 0.003 0.043 0.017 34 A 0.004 0.690 0.018 0.036 0.059 0.004 0.174 0.014 35 L 0.002 0.820 0.005 0.056 0.041 0.003 0.063 0.010 36 A 0.004 0.862 0.008 0.015 0.036 0.004 0.058 0.012 37 Y 0.014 0.545 0.015 0.089 0.073 0.006 0.239 0.018 38 R 0.020 0.322 0.030 0.130 0.111 0.027 0.273 0.088 39 V 0.096 0.140 0.075 0.038 0.056 0.075 0.261 0.259 40 I 0.230 0.061 0.045 0.046 0.035 0.101 0.174 0.308 41 R 0.034 0.010 0.014 0.007 0.011 0.095 0.035 0.794 42 D 0.006 0.007 0.050 0.012 0.030 0.137 0.052 0.706 43 M 0.005 0.006 0.181 0.071 0.115 0.118 0.162 0.341 44 F 0.007 0.007 0.315 0.153 0.144 0.055 0.140 0.180 45 V 0.012 0.010 0.356 0.116 0.161 0.068 0.067 0.210 46 F 0.019 0.010 0.384 0.126 0.135 0.084 0.078 0.164 47 T 0.070 0.043 0.178 0.051 0.100 0.124 0.103 0.332 48 N 0.088 0.061 0.082 0.031 0.090 0.160 0.088 0.398 49 K 0.012 0.020 0.104 0.060 0.154 0.153 0.100 0.398 50 R 0.008 0.013 0.173 0.155 0.280 0.085 0.130 0.156 51 L 0.008 0.012 0.171 0.184 0.284 0.054 0.111 0.177 52 I 0.010 0.013 0.255 0.268 0.313 0.029 0.027 0.087 53 L 0.011 0.010 0.217 0.179 0.373 0.041 0.058 0.111 54 I 0.012 0.008 0.275 0.140 0.187 0.075 0.097 0.207 55 D 0.433 0.018 0.035 0.072 0.082 0.066 0.066 0.228 56 K 0.090 0.004 0.016 0.016 0.026 0.105 0.109 0.634 57 Q 0.006 0.005 0.060 0.032 0.146 0.165 0.054 0.533 58 G 0.028 0.004 0.029 0.034 0.103 0.097 0.047 0.659 59 V 0.038 0.005 0.037 0.173 0.071 0.092 0.029 0.555 60 T 0.033 0.013 0.045 0.046 0.171 0.072 0.037 0.583 61 G 0.024 0.009 0.050 0.084 0.224 0.099 0.115 0.394 62 K 0.014 0.007 0.105 0.256 0.205 0.064 0.051 0.299 63 K 0.030 0.006 0.050 0.153 0.243 0.049 0.063 0.407 64 V 0.010 0.002 0.063 0.182 0.293 0.054 0.048 0.349 65 S 0.007 0.001 0.075 0.210 0.517 0.029 0.027 0.133 66 Y 0.006 0.001 0.039 0.227 0.272 0.042 0.025 0.388 67 H 0.002 0.001 0.082 0.297 0.397 0.042 0.014 0.165 68 S 0.010 0.003 0.039 0.067 0.158 0.066 0.023 0.634 69 V 0.084 0.015 0.074 0.276 0.121 0.081 0.059 0.290 70 P 0.116 0.039 0.027 0.035 0.058 0.060 0.050 0.615 71 Y 0.098 0.028 0.035 0.039 0.079 0.096 0.173 0.453 72 K 0.020 0.021 0.065 0.104 0.152 0.097 0.108 0.434 73 A 0.030 0.017 0.032 0.065 0.124 0.082 0.055 0.596 74 I 0.026 0.024 0.054 0.102 0.153 0.107 0.050 0.485 75 T 0.013 0.029 0.078 0.112 0.319 0.072 0.065 0.313 76 H 0.010 0.023 0.096 0.150 0.324 0.066 0.065 0.265 77 F 0.006 0.010 0.148 0.262 0.256 0.052 0.107 0.160 78 E 0.018 0.027 0.151 0.198 0.265 0.046 0.174 0.121 79 V 0.030 0.036 0.148 0.141 0.206 0.076 0.096 0.266 80 E 0.034 0.012 0.129 0.107 0.158 0.100 0.082 0.378 81 T 0.072 0.023 0.056 0.088 0.117 0.105 0.149 0.389 82 A 0.049 0.016 0.056 0.049 0.106 0.125 0.056 0.543 83 G 0.051 0.019 0.064 0.082 0.146 0.133 0.058 0.447 84 T 0.012 0.020 0.045 0.085 0.116 0.107 0.047 0.568 85 F 0.031 0.025 0.048 0.051 0.080 0.127 0.063 0.575 86 D 0.191 0.135 0.041 0.073 0.065 0.090 0.202 0.203 87 M 0.135 0.140 0.017 0.019 0.032 0.120 0.066 0.471 88 D 0.095 0.172 0.030 0.026 0.065 0.077 0.108 0.426 89 A 0.026 0.152 0.040 0.092 0.209 0.100 0.087 0.293 90 E 0.018 0.052 0.061 0.082 0.299 0.088 0.094 0.307 91 L 0.014 0.034 0.044 0.337 0.295 0.047 0.071 0.159 92 K 0.005 0.009 0.109 0.243 0.399 0.041 0.077 0.117 93 L 0.003 0.005 0.164 0.193 0.418 0.030 0.090 0.098 94 W 0.017 0.004 0.141 0.347 0.359 0.021 0.045 0.067 95 I 0.136 0.004 0.125 0.192 0.209 0.046 0.059 0.230 96 S 0.029 0.004 0.030 0.067 0.151 0.083 0.031 0.606 97 G 0.022 0.003 0.020 0.020 0.048 0.107 0.020 0.760 98 Q 0.019 0.008 0.016 0.053 0.056 0.169 0.031 0.648 99 K 0.019 0.014 0.014 0.017 0.022 0.083 0.020 0.810 100 D 0.207 0.150 0.016 0.061 0.065 0.070 0.060 0.371 101 P 0.073 0.161 0.025 0.047 0.062 0.068 0.050 0.514 102 L 0.046 0.330 0.027 0.063 0.102 0.050 0.034 0.348 103 V 0.062 0.187 0.054 0.109 0.153 0.053 0.062 0.319 104 K 0.060 0.109 0.041 0.161 0.134 0.068 0.100 0.327 105 E 0.082 0.060 0.050 0.086 0.126 0.070 0.141 0.386 106 L 0.142 0.020 0.019 0.030 0.046 0.086 0.112 0.545 107 K 0.103 0.021 0.013 0.029 0.028 0.084 0.095 0.626 108 K 0.033 0.032 0.004 0.007 0.017 0.066 0.021 0.819 109 G 0.049 0.082 0.008 0.012 0.026 0.089 0.038 0.696 110 T 0.023 0.166 0.029 0.057 0.040 0.101 0.081 0.502 111 D 0.015 0.809 0.005 0.009 0.008 0.018 0.013 0.123 112 V 0.015 0.889 0.007 0.004 0.003 0.008 0.019 0.054 113 V 0.009 0.881 0.010 0.005 0.005 0.009 0.051 0.030 114 G 0.006 0.244 0.003 0.001 0.002 0.003 0.732 0.010 115 I 0.002 0.799 0.002 0.001 0.001 0.002 0.190 0.004 116 Q 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 117 K 0.005 0.743 0.009 0.007 0.007 0.009 0.182 0.038 118 T 0.024 0.709 0.012 0.004 0.005 0.017 0.203 0.026 119 I 0.130 0.450 0.021 0.006 0.005 0.025 0.296 0.066 120 A 0.067 0.289 0.020 0.010 0.015 0.064 0.201 0.334 121 N 0.069 0.107 0.026 0.007 0.015 0.105 0.154 0.517 122 F 0.072 0.075 0.051 0.030 0.033 0.164 0.132 0.443 123 S 0.052 0.036 0.072 0.021 0.042 0.125 0.112 0.540 124 L 0.048 0.019 0.028 0.017 0.026 0.134 0.059 0.668