# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.7682 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.179 0.072 0.030 0.080 0.091 0.111 0.153 0.108 0.089 0.054 0.034 2 G 0.333 0.207 0.071 0.148 0.102 0.050 0.039 0.019 0.015 0.010 0.005 3 L 0.036 0.037 0.034 0.087 0.074 0.092 0.161 0.135 0.143 0.113 0.088 4 L 0.032 0.039 0.032 0.086 0.095 0.100 0.159 0.133 0.141 0.096 0.087 5 D 0.071 0.125 0.084 0.215 0.178 0.115 0.096 0.047 0.035 0.021 0.013 6 A 0.124 0.094 0.092 0.183 0.135 0.115 0.108 0.056 0.046 0.031 0.014 7 L 0.030 0.036 0.029 0.093 0.091 0.121 0.187 0.145 0.126 0.086 0.054 8 M 0.011 0.016 0.017 0.042 0.038 0.054 0.125 0.158 0.195 0.186 0.158 9 G 0.066 0.081 0.084 0.138 0.130 0.126 0.139 0.081 0.069 0.056 0.030 10 N 0.108 0.206 0.103 0.227 0.148 0.073 0.064 0.027 0.020 0.014 0.007 11 A 0.025 0.017 0.009 0.035 0.038 0.067 0.138 0.170 0.201 0.156 0.145 12 A 0.283 0.288 0.069 0.143 0.096 0.044 0.036 0.016 0.012 0.009 0.004 13 E 0.184 0.179 0.088 0.234 0.142 0.066 0.054 0.023 0.015 0.010 0.005 14 V 0.054 0.030 0.028 0.062 0.080 0.096 0.163 0.155 0.140 0.108 0.084 15 N 0.071 0.508 0.104 0.154 0.073 0.031 0.033 0.012 0.008 0.006 0.002 16 L 0.022 0.081 0.043 0.099 0.112 0.186 0.243 0.123 0.053 0.024 0.013 17 D 0.815 0.043 0.065 0.042 0.012 0.010 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 18 E 0.297 0.156 0.179 0.257 0.067 0.030 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 19 L 0.002 0.006 0.011 0.019 0.021 0.049 0.142 0.179 0.223 0.171 0.177 20 A 0.006 0.020 0.087 0.121 0.209 0.211 0.205 0.066 0.040 0.024 0.011 21 Q 0.030 0.026 0.817 0.083 0.027 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.030 0.049 0.280 0.214 0.154 0.151 0.092 0.017 0.008 0.004 0.001 23 L 0.002 0.003 0.005 0.006 0.007 0.022 0.091 0.203 0.220 0.214 0.228 24 G 0.087 0.110 0.166 0.212 0.169 0.119 0.079 0.030 0.014 0.010 0.003 25 P 0.155 0.114 0.456 0.148 0.058 0.028 0.019 0.008 0.007 0.005 0.002 26 I 0.031 0.034 0.034 0.061 0.069 0.139 0.214 0.134 0.135 0.092 0.057 27 M 0.023 0.022 0.015 0.032 0.032 0.051 0.133 0.144 0.182 0.189 0.179 28 G 0.040 0.112 0.088 0.138 0.142 0.127 0.110 0.076 0.069 0.057 0.042 29 D 0.219 0.314 0.144 0.130 0.089 0.037 0.031 0.014 0.010 0.007 0.004 30 N 0.318 0.139 0.039 0.160 0.145 0.073 0.067 0.029 0.017 0.008 0.004 31 E 0.023 0.016 0.014 0.040 0.054 0.079 0.141 0.164 0.182 0.164 0.122 32 Q 0.022 0.080 0.098 0.266 0.215 0.135 0.098 0.040 0.026 0.014 0.005 33 L 0.002 0.003 0.014 0.014 0.018 0.037 0.104 0.154 0.246 0.230 0.178 34 A 0.010 0.020 0.073 0.167 0.193 0.147 0.155 0.078 0.075 0.061 0.022 35 L 0.004 0.019 0.085 0.116 0.139 0.130 0.197 0.145 0.093 0.050 0.022 36 A 0.002 0.004 0.023 0.019 0.017 0.035 0.109 0.123 0.220 0.243 0.205 37 Y 0.006 0.006 0.033 0.035 0.033 0.068 0.190 0.144 0.218 0.154 0.113 38 R 0.009 0.028 0.156 0.211 0.218 0.125 0.123 0.063 0.040 0.019 0.008 39 V 0.010 0.015 0.045 0.044 0.050 0.115 0.242 0.147 0.150 0.106 0.075 40 I 0.031 0.026 0.060 0.079 0.071 0.086 0.176 0.142 0.146 0.115 0.067 41 R 0.083 0.090 0.120 0.146 0.125 0.104 0.125 0.083 0.063 0.041 0.020 42 D 0.024 0.033 0.075 0.088 0.099 0.129 0.174 0.127 0.117 0.084 0.051 43 M 0.036 0.041 0.060 0.086 0.098 0.115 0.184 0.127 0.129 0.083 0.041 44 F 0.012 0.017 0.036 0.038 0.049 0.074 0.163 0.155 0.192 0.162 0.102 45 V 0.010 0.018 0.056 0.051 0.059 0.078 0.155 0.151 0.165 0.146 0.110 46 F 0.007 0.010 0.035 0.029 0.032 0.041 0.110 0.159 0.200 0.203 0.172 47 T 0.010 0.017 0.053 0.056 0.065 0.086 0.169 0.147 0.164 0.139 0.094 48 N 0.023 0.030 0.077 0.093 0.102 0.109 0.170 0.114 0.126 0.094 0.062 49 K 0.018 0.019 0.048 0.077 0.104 0.138 0.217 0.137 0.123 0.078 0.042 50 R 0.020 0.034 0.075 0.126 0.140 0.144 0.186 0.107 0.091 0.052 0.025 51 L 0.003 0.005 0.018 0.015 0.015 0.026 0.077 0.113 0.224 0.257 0.247 52 I 0.007 0.012 0.040 0.051 0.059 0.079 0.157 0.147 0.192 0.146 0.110 53 L 0.006 0.016 0.064 0.057 0.061 0.078 0.158 0.149 0.179 0.135 0.099 54 I 0.008 0.012 0.038 0.036 0.041 0.069 0.169 0.154 0.181 0.180 0.112 55 D 0.023 0.028 0.061 0.077 0.069 0.093 0.174 0.158 0.142 0.109 0.067 56 K 0.029 0.046 0.063 0.160 0.154 0.151 0.154 0.096 0.073 0.051 0.023 57 Q 0.101 0.065 0.078 0.121 0.138 0.111 0.153 0.089 0.068 0.051 0.026 58 G 0.164 0.151 0.094 0.207 0.180 0.066 0.061 0.034 0.024 0.014 0.006 59 V 0.013 0.015 0.014 0.017 0.012 0.032 0.078 0.084 0.213 0.261 0.262 60 T 0.066 0.143 0.061 0.221 0.201 0.113 0.103 0.046 0.025 0.013 0.007 61 G 0.621 0.176 0.071 0.056 0.025 0.014 0.012 0.010 0.007 0.005 0.003 62 K 0.231 0.152 0.059 0.193 0.152 0.106 0.059 0.021 0.014 0.009 0.004 63 K 0.092 0.051 0.032 0.079 0.065 0.085 0.157 0.133 0.137 0.094 0.074 64 V 0.057 0.065 0.071 0.161 0.181 0.149 0.136 0.078 0.054 0.033 0.015 65 S 0.101 0.149 0.220 0.214 0.130 0.070 0.053 0.027 0.020 0.011 0.005 66 Y 0.041 0.034 0.038 0.069 0.073 0.107 0.172 0.136 0.149 0.117 0.064 67 H 0.087 0.086 0.058 0.138 0.142 0.131 0.149 0.078 0.066 0.045 0.020 68 S 0.115 0.116 0.094 0.199 0.144 0.092 0.098 0.054 0.044 0.027 0.015 69 V 0.057 0.035 0.034 0.051 0.060 0.074 0.146 0.140 0.170 0.141 0.093 70 P 0.135 0.249 0.074 0.190 0.136 0.069 0.071 0.031 0.024 0.015 0.007 71 Y 0.040 0.034 0.024 0.092 0.088 0.141 0.171 0.125 0.126 0.083 0.076 72 K 0.374 0.197 0.090 0.158 0.092 0.034 0.025 0.012 0.009 0.006 0.003 73 A 0.120 0.188 0.052 0.240 0.184 0.087 0.071 0.030 0.016 0.007 0.004 74 I 0.010 0.006 0.007 0.015 0.017 0.031 0.069 0.107 0.215 0.229 0.292 75 T 0.075 0.135 0.102 0.280 0.206 0.096 0.065 0.020 0.013 0.007 0.002 76 H 0.048 0.088 0.118 0.187 0.141 0.105 0.116 0.069 0.065 0.040 0.024 77 F 0.012 0.009 0.011 0.023 0.034 0.055 0.123 0.151 0.212 0.191 0.179 78 E 0.058 0.101 0.074 0.170 0.146 0.114 0.133 0.079 0.064 0.040 0.023 79 V 0.021 0.025 0.049 0.076 0.078 0.078 0.130 0.130 0.151 0.143 0.119 80 E 0.026 0.025 0.037 0.086 0.098 0.116 0.173 0.145 0.141 0.098 0.056 81 T 0.064 0.080 0.064 0.139 0.104 0.103 0.141 0.097 0.091 0.070 0.046 82 A 0.022 0.019 0.018 0.044 0.046 0.071 0.122 0.144 0.183 0.182 0.149 83 G 0.129 0.096 0.048 0.118 0.111 0.113 0.139 0.086 0.077 0.050 0.033 84 T 0.077 0.083 0.053 0.128 0.114 0.092 0.133 0.087 0.100 0.083 0.050 85 F 0.030 0.016 0.014 0.028 0.029 0.055 0.119 0.135 0.188 0.180 0.205 86 D 0.072 0.095 0.055 0.150 0.152 0.114 0.115 0.077 0.068 0.060 0.040 87 M 0.034 0.050 0.035 0.077 0.077 0.115 0.155 0.131 0.135 0.106 0.086 88 D 0.137 0.143 0.082 0.219 0.187 0.092 0.059 0.029 0.023 0.018 0.012 89 A 0.028 0.024 0.023 0.055 0.075 0.102 0.181 0.178 0.149 0.110 0.077 90 E 0.026 0.063 0.077 0.226 0.239 0.130 0.092 0.051 0.047 0.032 0.016 91 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.007 0.017 0.053 0.118 0.228 0.284 0.282 92 K 0.005 0.021 0.069 0.215 0.263 0.125 0.131 0.064 0.057 0.037 0.014 93 L 0.001 0.003 0.010 0.008 0.010 0.018 0.061 0.149 0.252 0.267 0.221 94 W 0.008 0.018 0.041 0.083 0.087 0.100 0.191 0.132 0.152 0.127 0.061 95 I 0.005 0.007 0.015 0.017 0.016 0.036 0.104 0.158 0.231 0.234 0.178 96 S 0.031 0.067 0.049 0.176 0.194 0.138 0.150 0.086 0.056 0.036 0.019 97 G 0.285 0.152 0.060 0.107 0.091 0.063 0.081 0.060 0.047 0.037 0.018 98 Q 0.223 0.260 0.048 0.165 0.125 0.063 0.054 0.027 0.017 0.012 0.006 99 K 0.288 0.183 0.040 0.122 0.093 0.067 0.079 0.052 0.038 0.024 0.014 100 D 0.189 0.143 0.050 0.133 0.129 0.115 0.114 0.058 0.035 0.023 0.011 101 P 0.326 0.238 0.102 0.170 0.070 0.039 0.027 0.012 0.008 0.005 0.002 102 L 0.012 0.015 0.013 0.033 0.041 0.099 0.200 0.202 0.167 0.127 0.090 103 V 0.090 0.149 0.099 0.253 0.157 0.092 0.077 0.036 0.023 0.017 0.007 104 K 0.073 0.062 0.102 0.130 0.136 0.147 0.160 0.085 0.056 0.033 0.017 105 E 0.204 0.232 0.186 0.204 0.092 0.038 0.023 0.009 0.006 0.004 0.001 106 L 0.009 0.008 0.012 0.029 0.038 0.091 0.212 0.203 0.177 0.124 0.099 107 K 0.165 0.226 0.200 0.203 0.101 0.035 0.028 0.017 0.012 0.011 0.003 108 K 0.104 0.252 0.151 0.186 0.129 0.086 0.058 0.018 0.009 0.005 0.002 109 G 0.496 0.155 0.064 0.123 0.074 0.038 0.027 0.011 0.006 0.003 0.002 110 T 0.282 0.117 0.050 0.097 0.108 0.091 0.124 0.053 0.040 0.025 0.012 111 D 0.069 0.244 0.096 0.268 0.176 0.068 0.048 0.017 0.010 0.004 0.001 112 V 0.006 0.005 0.010 0.014 0.019 0.043 0.136 0.137 0.237 0.198 0.196 113 V 0.048 0.070 0.087 0.239 0.214 0.166 0.108 0.033 0.018 0.011 0.005 114 G 0.027 0.103 0.128 0.303 0.188 0.109 0.080 0.032 0.018 0.009 0.004 115 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.032 0.101 0.215 0.269 0.370 116 Q 0.002 0.005 0.025 0.043 0.054 0.122 0.255 0.134 0.157 0.133 0.070 117 K 0.004 0.016 0.320 0.266 0.188 0.095 0.060 0.026 0.014 0.008 0.003 118 T 0.001 0.003 0.021 0.022 0.033 0.110 0.288 0.230 0.156 0.083 0.053 119 I 0.001 0.001 0.009 0.005 0.004 0.007 0.036 0.073 0.208 0.341 0.315 120 A 0.004 0.008 0.071 0.083 0.099 0.170 0.226 0.128 0.101 0.073 0.036 121 N 0.011 0.029 0.284 0.192 0.190 0.119 0.096 0.039 0.023 0.012 0.005 122 F 0.014 0.015 0.038 0.033 0.038 0.086 0.237 0.189 0.163 0.130 0.058 123 S 0.070 0.044 0.047 0.058 0.044 0.069 0.142 0.125 0.160 0.142 0.100 124 L 0.048 0.045 0.077 0.080 0.076 0.112 0.150 0.128 0.123 0.098 0.064