# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.7682 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.037 0.024 0.060 0.031 0.040 0.061 0.010 0.737 2 G 0.178 0.020 0.080 0.041 0.060 0.097 0.025 0.498 3 L 0.124 0.026 0.231 0.043 0.070 0.101 0.009 0.397 4 L 0.058 0.032 0.115 0.061 0.143 0.191 0.009 0.390 5 D 0.076 0.058 0.107 0.048 0.103 0.128 0.012 0.468 6 A 0.126 0.091 0.108 0.034 0.067 0.163 0.019 0.391 7 L 0.247 0.107 0.087 0.025 0.049 0.277 0.027 0.181 8 M 0.319 0.169 0.098 0.042 0.072 0.097 0.036 0.167 9 G 0.260 0.149 0.094 0.045 0.060 0.073 0.040 0.280 10 N 0.142 0.068 0.120 0.024 0.037 0.092 0.044 0.475 11 A 0.101 0.064 0.116 0.021 0.053 0.065 0.015 0.565 12 A 0.043 0.040 0.049 0.018 0.035 0.254 0.015 0.545 13 E 0.120 0.037 0.049 0.012 0.019 0.160 0.017 0.587 14 V 0.167 0.155 0.132 0.017 0.021 0.112 0.008 0.388 15 N 0.042 0.135 0.051 0.021 0.028 0.214 0.009 0.501 16 L 0.040 0.080 0.032 0.008 0.025 0.032 0.005 0.778 17 D 0.032 0.064 0.012 0.004 0.014 0.454 0.006 0.414 18 E 0.092 0.054 0.003 0.001 0.003 0.662 0.006 0.179 19 L 0.026 0.897 0.002 0.001 0.002 0.022 0.001 0.048 20 A 0.014 0.875 0.003 0.001 0.006 0.017 0.003 0.080 21 Q 0.042 0.802 0.004 0.003 0.004 0.019 0.010 0.117 22 E 0.290 0.571 0.002 0.002 0.003 0.017 0.032 0.083 23 L 0.195 0.684 0.013 0.003 0.008 0.005 0.029 0.064 24 G 0.054 0.587 0.024 0.014 0.027 0.020 0.017 0.258 25 P 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.977 26 I 0.246 0.136 0.026 0.024 0.029 0.046 0.045 0.449 27 M 0.272 0.220 0.140 0.032 0.024 0.032 0.035 0.245 28 G 0.064 0.126 0.114 0.045 0.065 0.104 0.023 0.460 29 D 0.040 0.044 0.035 0.014 0.018 0.070 0.009 0.770 30 N 0.108 0.073 0.028 0.015 0.015 0.105 0.040 0.616 31 E 0.406 0.026 0.026 0.008 0.010 0.229 0.019 0.275 32 Q 0.029 0.081 0.044 0.030 0.026 0.149 0.007 0.635 33 L 0.039 0.226 0.032 0.109 0.163 0.127 0.008 0.296 34 A 0.050 0.322 0.036 0.087 0.167 0.093 0.005 0.241 35 L 0.017 0.535 0.012 0.087 0.127 0.054 0.003 0.164 36 A 0.017 0.707 0.013 0.080 0.111 0.019 0.005 0.049 37 Y 0.014 0.785 0.007 0.068 0.072 0.009 0.005 0.040 38 R 0.014 0.762 0.011 0.087 0.073 0.007 0.006 0.039 39 V 0.028 0.614 0.020 0.079 0.106 0.019 0.015 0.120 40 I 0.037 0.590 0.026 0.113 0.129 0.014 0.017 0.074 41 R 0.027 0.384 0.046 0.083 0.096 0.046 0.036 0.282 42 D 0.088 0.248 0.060 0.070 0.069 0.066 0.067 0.330 43 M 0.256 0.128 0.094 0.095 0.114 0.083 0.035 0.195 44 F 0.049 0.064 0.117 0.268 0.195 0.059 0.019 0.229 45 V 0.016 0.014 0.197 0.197 0.199 0.041 0.009 0.327 46 F 0.015 0.022 0.147 0.304 0.240 0.046 0.005 0.220 47 T 0.014 0.018 0.118 0.173 0.282 0.083 0.007 0.305 48 N 0.017 0.010 0.073 0.085 0.193 0.141 0.011 0.469 49 K 0.042 0.008 0.039 0.042 0.060 0.382 0.013 0.415 50 R 0.108 0.012 0.049 0.055 0.068 0.427 0.019 0.262 51 L 0.069 0.042 0.132 0.215 0.227 0.148 0.014 0.153 52 I 0.013 0.020 0.261 0.334 0.280 0.030 0.005 0.057 53 L 0.008 0.011 0.181 0.252 0.407 0.023 0.003 0.116 54 I 0.005 0.013 0.187 0.260 0.424 0.023 0.003 0.085 55 D 0.005 0.025 0.123 0.259 0.370 0.040 0.005 0.173 56 K 0.013 0.020 0.086 0.100 0.291 0.079 0.010 0.402 57 Q 0.072 0.019 0.030 0.068 0.129 0.407 0.017 0.260 58 G 0.213 0.020 0.018 0.059 0.061 0.126 0.052 0.452 59 V 0.200 0.044 0.057 0.121 0.122 0.139 0.023 0.294 60 T 0.024 0.021 0.048 0.168 0.171 0.086 0.015 0.467 61 G 0.060 0.014 0.026 0.122 0.214 0.070 0.021 0.473 62 K 0.128 0.007 0.047 0.137 0.203 0.192 0.010 0.277 63 K 0.020 0.007 0.049 0.199 0.204 0.091 0.006 0.423 64 V 0.017 0.008 0.060 0.311 0.478 0.039 0.003 0.084 65 S 0.009 0.004 0.097 0.364 0.388 0.031 0.003 0.103 66 Y 0.008 0.003 0.043 0.194 0.333 0.032 0.002 0.386 67 H 0.007 0.002 0.088 0.416 0.446 0.010 0.002 0.028 68 S 0.007 0.003 0.040 0.090 0.217 0.020 0.005 0.618 69 V 0.014 0.001 0.145 0.367 0.384 0.019 0.003 0.067 70 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 71 Y 0.003 0.001 0.031 0.067 0.438 0.074 0.001 0.385 72 K 0.117 0.005 0.027 0.065 0.081 0.190 0.006 0.509 73 A 0.123 0.009 0.017 0.055 0.067 0.076 0.014 0.640 74 I 0.348 0.014 0.067 0.087 0.144 0.103 0.009 0.228 75 T 0.052 0.022 0.134 0.284 0.213 0.072 0.009 0.216 76 H 0.012 0.008 0.065 0.127 0.208 0.040 0.008 0.532 77 F 0.028 0.009 0.197 0.248 0.350 0.039 0.006 0.123 78 E 0.010 0.006 0.218 0.296 0.284 0.037 0.003 0.146 79 V 0.004 0.006 0.176 0.194 0.315 0.020 0.003 0.282 80 E 0.007 0.004 0.347 0.198 0.295 0.039 0.003 0.108 81 T 0.011 0.009 0.114 0.174 0.230 0.093 0.006 0.362 82 A 0.017 0.013 0.191 0.111 0.273 0.051 0.007 0.337 83 G 0.044 0.013 0.095 0.104 0.151 0.256 0.018 0.318 84 T 0.169 0.008 0.060 0.058 0.095 0.173 0.017 0.419 85 F 0.060 0.037 0.091 0.156 0.182 0.112 0.008 0.354 86 D 0.032 0.028 0.039 0.118 0.211 0.145 0.010 0.416 87 M 0.048 0.044 0.059 0.132 0.216 0.126 0.015 0.360 88 D 0.046 0.026 0.016 0.059 0.107 0.507 0.019 0.219 89 A 0.356 0.029 0.021 0.075 0.099 0.222 0.032 0.166 90 E 0.140 0.086 0.050 0.145 0.161 0.308 0.016 0.093 91 L 0.086 0.026 0.081 0.286 0.373 0.087 0.014 0.047 92 K 0.021 0.016 0.058 0.368 0.482 0.016 0.002 0.037 93 L 0.002 0.005 0.064 0.369 0.520 0.006 0.001 0.032 94 W 0.003 0.006 0.101 0.309 0.525 0.008 0.002 0.045 95 I 0.004 0.012 0.119 0.357 0.424 0.014 0.003 0.067 96 S 0.008 0.016 0.091 0.194 0.351 0.055 0.005 0.279 97 G 0.051 0.012 0.053 0.074 0.150 0.085 0.027 0.548 98 Q 0.182 0.005 0.024 0.016 0.035 0.225 0.017 0.497 99 K 0.029 0.006 0.012 0.011 0.015 0.080 0.015 0.832 100 D 0.064 0.013 0.013 0.032 0.028 0.095 0.008 0.747 101 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 102 L 0.025 0.017 0.020 0.060 0.161 0.248 0.003 0.465 103 V 0.143 0.075 0.037 0.061 0.129 0.099 0.005 0.451 104 K 0.029 0.261 0.023 0.106 0.159 0.057 0.004 0.362 105 E 0.051 0.512 0.026 0.063 0.083 0.052 0.007 0.206 106 L 0.140 0.518 0.028 0.044 0.068 0.025 0.021 0.158 107 K 0.131 0.452 0.028 0.049 0.056 0.062 0.032 0.190 108 K 0.119 0.240 0.033 0.020 0.027 0.051 0.046 0.464 109 G 0.241 0.130 0.023 0.010 0.013 0.037 0.054 0.492 110 T 0.220 0.041 0.037 0.009 0.010 0.091 0.024 0.567 111 D 0.042 0.040 0.036 0.014 0.017 0.180 0.010 0.661 112 V 0.062 0.119 0.051 0.016 0.045 0.109 0.005 0.592 113 V 0.032 0.196 0.032 0.016 0.035 0.264 0.004 0.421 114 G 0.044 0.208 0.007 0.005 0.009 0.276 0.005 0.447 115 I 0.040 0.765 0.006 0.004 0.006 0.042 0.003 0.135 116 Q 0.005 0.918 0.003 0.002 0.004 0.011 0.002 0.055 117 K 0.004 0.944 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.042 118 T 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 119 I 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 120 A 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 121 N 0.014 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 122 F 0.106 0.824 0.008 0.002 0.001 0.002 0.034 0.023 123 S 0.068 0.791 0.033 0.009 0.009 0.008 0.025 0.057 124 L 0.055 0.570 0.061 0.024 0.032 0.024 0.025 0.209