# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.7682 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.403 0.059 0.121 0.311 0.024 0.015 0.049 0.002 0.013 0.002 0.001 2 G 0.256 0.017 0.072 0.039 0.114 0.016 0.100 0.249 0.004 0.133 0.001 3 L 0.564 0.124 0.177 0.057 0.026 0.037 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 4 L 0.686 0.085 0.087 0.076 0.015 0.034 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 5 D 0.662 0.027 0.047 0.147 0.024 0.032 0.043 0.006 0.011 0.002 0.001 6 A 0.778 0.030 0.056 0.056 0.029 0.011 0.019 0.009 0.006 0.005 0.001 7 L 0.725 0.058 0.069 0.097 0.006 0.033 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 8 M 0.459 0.118 0.110 0.234 0.020 0.027 0.014 0.001 0.018 0.001 0.001 9 G 0.191 0.020 0.044 0.065 0.210 0.007 0.079 0.143 0.004 0.237 0.001 10 N 0.185 0.099 0.236 0.251 0.059 0.052 0.074 0.006 0.032 0.005 0.001 11 A 0.330 0.152 0.259 0.144 0.033 0.035 0.021 0.006 0.014 0.004 0.002 12 A 0.323 0.215 0.253 0.094 0.058 0.025 0.013 0.004 0.009 0.004 0.001 13 E 0.318 0.157 0.262 0.117 0.034 0.064 0.020 0.003 0.019 0.002 0.005 14 V 0.222 0.391 0.179 0.141 0.026 0.021 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 15 N 0.058 0.123 0.369 0.069 0.064 0.157 0.037 0.003 0.115 0.004 0.001 16 L 0.909 0.006 0.055 0.016 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 17 D 0.945 0.006 0.010 0.027 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.924 0.008 0.015 0.038 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.940 0.014 0.018 0.014 0.002 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 20 A 0.975 0.003 0.009 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.979 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.943 0.003 0.005 0.039 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.784 0.012 0.028 0.158 0.001 0.008 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 24 G 0.839 0.009 0.045 0.015 0.023 0.008 0.031 0.006 0.009 0.014 0.001 25 P 0.894 0.003 0.069 0.024 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 I 0.842 0.022 0.038 0.078 0.002 0.011 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 27 M 0.392 0.058 0.167 0.338 0.009 0.015 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 28 G 0.248 0.058 0.172 0.103 0.135 0.014 0.086 0.054 0.013 0.116 0.001 29 D 0.305 0.055 0.337 0.213 0.024 0.023 0.026 0.003 0.008 0.003 0.002 30 N 0.315 0.022 0.087 0.127 0.034 0.029 0.157 0.198 0.008 0.023 0.001 31 E 0.517 0.132 0.231 0.062 0.019 0.017 0.010 0.002 0.007 0.001 0.001 32 Q 0.566 0.163 0.147 0.037 0.017 0.051 0.006 0.001 0.010 0.001 0.002 33 L 0.572 0.219 0.125 0.017 0.013 0.031 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 34 A 0.832 0.055 0.055 0.017 0.009 0.024 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 35 L 0.904 0.036 0.016 0.022 0.008 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 36 A 0.871 0.058 0.018 0.034 0.010 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 37 Y 0.783 0.094 0.042 0.031 0.023 0.012 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 38 R 0.721 0.112 0.064 0.024 0.016 0.035 0.011 0.001 0.018 0.001 0.001 39 V 0.515 0.167 0.124 0.089 0.012 0.071 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 40 I 0.446 0.248 0.112 0.113 0.019 0.042 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 41 R 0.530 0.095 0.075 0.176 0.041 0.032 0.032 0.002 0.017 0.001 0.001 42 D 0.239 0.083 0.063 0.392 0.057 0.030 0.103 0.016 0.013 0.002 0.001 43 M 0.160 0.482 0.096 0.116 0.083 0.016 0.030 0.002 0.013 0.001 0.001 44 F 0.041 0.733 0.129 0.013 0.054 0.014 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 45 V 0.026 0.759 0.127 0.005 0.024 0.043 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 46 F 0.047 0.423 0.241 0.037 0.031 0.158 0.004 0.001 0.057 0.001 0.001 47 T 0.155 0.380 0.105 0.175 0.135 0.020 0.010 0.001 0.013 0.006 0.001 48 N 0.059 0.102 0.117 0.265 0.090 0.048 0.258 0.020 0.031 0.010 0.001 49 K 0.303 0.193 0.252 0.128 0.040 0.016 0.040 0.011 0.010 0.004 0.002 50 R 0.110 0.520 0.168 0.096 0.060 0.014 0.014 0.002 0.015 0.001 0.001 51 L 0.024 0.569 0.332 0.013 0.029 0.014 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 52 I 0.032 0.653 0.225 0.008 0.017 0.043 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 53 L 0.027 0.542 0.308 0.020 0.024 0.048 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 54 I 0.030 0.738 0.115 0.016 0.050 0.022 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 55 D 0.062 0.112 0.590 0.022 0.028 0.082 0.017 0.002 0.076 0.005 0.003 56 K 0.775 0.045 0.075 0.052 0.018 0.017 0.007 0.005 0.003 0.002 0.001 57 Q 0.312 0.095 0.137 0.377 0.025 0.015 0.023 0.001 0.015 0.001 0.001 58 G 0.051 0.010 0.037 0.015 0.101 0.007 0.103 0.426 0.004 0.246 0.001 59 V 0.200 0.270 0.381 0.057 0.030 0.030 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 60 T 0.116 0.292 0.261 0.206 0.056 0.031 0.017 0.001 0.017 0.002 0.001 61 G 0.047 0.043 0.112 0.031 0.248 0.019 0.085 0.285 0.011 0.119 0.001 62 K 0.080 0.486 0.270 0.028 0.100 0.014 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 63 K 0.067 0.239 0.513 0.040 0.029 0.067 0.014 0.002 0.024 0.001 0.004 64 V 0.021 0.793 0.112 0.011 0.043 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 65 S 0.038 0.613 0.183 0.019 0.074 0.045 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 66 Y 0.039 0.647 0.144 0.036 0.074 0.031 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 67 H 0.038 0.685 0.115 0.037 0.077 0.023 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 68 S 0.026 0.528 0.147 0.050 0.129 0.061 0.020 0.003 0.032 0.003 0.001 69 V 0.007 0.598 0.199 0.002 0.087 0.011 0.001 0.001 0.093 0.001 0.001 70 P 0.112 0.011 0.776 0.014 0.003 0.050 0.003 0.001 0.004 0.001 0.027 71 Y 0.360 0.200 0.168 0.122 0.057 0.039 0.022 0.007 0.022 0.003 0.001 72 K 0.407 0.215 0.176 0.060 0.083 0.022 0.014 0.003 0.017 0.002 0.001 73 A 0.291 0.274 0.175 0.093 0.067 0.053 0.029 0.003 0.013 0.002 0.001 74 I 0.187 0.412 0.249 0.057 0.019 0.047 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 75 T 0.276 0.291 0.142 0.142 0.088 0.031 0.015 0.001 0.013 0.001 0.001 76 H 0.058 0.416 0.099 0.089 0.199 0.030 0.071 0.009 0.027 0.002 0.001 77 F 0.022 0.700 0.174 0.014 0.049 0.017 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 78 E 0.014 0.785 0.104 0.006 0.044 0.033 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 79 V 0.031 0.739 0.114 0.007 0.060 0.038 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 80 E 0.114 0.563 0.136 0.041 0.064 0.048 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 81 T 0.093 0.340 0.141 0.150 0.169 0.033 0.031 0.002 0.035 0.005 0.001 82 A 0.166 0.214 0.200 0.122 0.180 0.022 0.051 0.013 0.019 0.012 0.001 83 G 0.151 0.107 0.237 0.043 0.175 0.022 0.055 0.093 0.009 0.107 0.001 84 T 0.104 0.512 0.177 0.045 0.106 0.029 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 85 F 0.096 0.410 0.275 0.063 0.040 0.071 0.016 0.002 0.025 0.002 0.001 86 D 0.056 0.160 0.331 0.050 0.055 0.149 0.036 0.004 0.155 0.003 0.001 87 M 0.695 0.033 0.141 0.082 0.011 0.016 0.007 0.003 0.004 0.003 0.004 88 D 0.221 0.072 0.081 0.471 0.026 0.027 0.072 0.006 0.019 0.003 0.001 89 A 0.275 0.136 0.109 0.220 0.092 0.016 0.093 0.040 0.011 0.008 0.001 90 E 0.147 0.407 0.262 0.086 0.051 0.014 0.017 0.001 0.013 0.001 0.001 91 L 0.027 0.646 0.252 0.023 0.025 0.016 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 92 K 0.007 0.861 0.079 0.003 0.031 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 93 L 0.004 0.876 0.046 0.002 0.052 0.011 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 94 W 0.019 0.651 0.178 0.005 0.041 0.066 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 95 I 0.065 0.644 0.128 0.025 0.046 0.058 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 96 S 0.129 0.237 0.260 0.138 0.122 0.039 0.033 0.003 0.031 0.007 0.001 97 G 0.104 0.038 0.072 0.061 0.181 0.015 0.089 0.251 0.007 0.180 0.001 98 Q 0.181 0.194 0.295 0.157 0.063 0.038 0.039 0.004 0.021 0.007 0.002 99 K 0.210 0.147 0.319 0.186 0.026 0.052 0.024 0.004 0.022 0.004 0.006 100 D 0.025 0.173 0.415 0.008 0.052 0.020 0.015 0.002 0.286 0.003 0.001 101 P 0.245 0.003 0.681 0.010 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 102 L 0.403 0.232 0.210 0.089 0.025 0.022 0.005 0.002 0.011 0.001 0.001 103 V 0.233 0.374 0.286 0.031 0.030 0.022 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 104 K 0.274 0.422 0.167 0.032 0.060 0.026 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 105 E 0.222 0.354 0.214 0.053 0.044 0.073 0.006 0.001 0.031 0.001 0.001 106 L 0.225 0.323 0.275 0.076 0.026 0.034 0.006 0.001 0.034 0.001 0.001 107 K 0.314 0.167 0.229 0.140 0.043 0.038 0.030 0.005 0.029 0.004 0.001 108 K 0.156 0.102 0.179 0.336 0.061 0.022 0.112 0.013 0.011 0.006 0.001 109 G 0.040 0.009 0.034 0.028 0.069 0.011 0.132 0.525 0.005 0.148 0.001 110 T 0.242 0.253 0.370 0.073 0.035 0.013 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 111 D 0.287 0.137 0.286 0.076 0.033 0.136 0.020 0.002 0.019 0.002 0.002 112 V 0.756 0.103 0.083 0.028 0.010 0.014 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 113 V 0.955 0.009 0.015 0.014 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 G 0.969 0.002 0.007 0.007 0.006 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 115 I 0.995 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 T 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 I 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.966 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 N 0.849 0.003 0.002 0.135 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 122 F 0.818 0.014 0.023 0.125 0.002 0.006 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 123 S 0.665 0.036 0.067 0.180 0.007 0.019 0.018 0.001 0.008 0.001 0.001 124 L 0.507 0.081 0.113 0.231 0.017 0.022 0.019 0.001 0.009 0.001 0.001