# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.7682 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.049 0.268 0.114 0.043 0.125 0.035 0.042 0.162 0.071 0.067 0.023 2 G 0.069 0.075 0.084 0.056 0.082 0.038 0.048 0.244 0.082 0.155 0.068 3 L 0.061 0.065 0.029 0.014 0.083 0.011 0.036 0.444 0.141 0.086 0.031 4 L 0.042 0.094 0.032 0.022 0.079 0.032 0.036 0.384 0.154 0.098 0.028 5 D 0.034 0.063 0.045 0.021 0.071 0.025 0.037 0.436 0.158 0.088 0.022 6 A 0.021 0.033 0.024 0.005 0.039 0.008 0.034 0.529 0.214 0.081 0.012 7 L 0.049 0.037 0.015 0.005 0.048 0.010 0.055 0.491 0.151 0.114 0.024 8 M 0.063 0.079 0.032 0.034 0.093 0.028 0.046 0.280 0.164 0.137 0.044 9 G 0.020 0.100 0.097 0.111 0.037 0.075 0.086 0.269 0.113 0.076 0.016 10 N 0.069 0.075 0.046 0.024 0.102 0.010 0.033 0.149 0.087 0.320 0.085 11 A 0.089 0.159 0.052 0.010 0.175 0.011 0.021 0.165 0.182 0.099 0.039 12 A 0.040 0.205 0.096 0.014 0.135 0.027 0.065 0.252 0.100 0.042 0.023 13 E 0.133 0.128 0.040 0.008 0.155 0.008 0.033 0.208 0.102 0.125 0.059 14 V 0.046 0.275 0.099 0.019 0.142 0.040 0.058 0.152 0.055 0.074 0.040 15 N 0.110 0.384 0.173 0.006 0.202 0.003 0.004 0.050 0.010 0.025 0.033 16 L 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.656 0.313 0.013 0.001 17 D 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.863 0.113 0.007 0.001 18 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.911 0.057 0.019 0.002 19 L 0.008 0.008 0.002 0.001 0.006 0.001 0.011 0.858 0.069 0.030 0.006 20 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.798 0.178 0.010 0.001 21 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 0.827 0.138 0.004 0.001 22 E 0.006 0.004 0.003 0.001 0.006 0.003 0.094 0.735 0.095 0.048 0.003 23 L 0.069 0.055 0.015 0.014 0.072 0.009 0.039 0.361 0.152 0.163 0.051 24 G 0.028 0.035 0.020 0.020 0.029 0.025 0.035 0.419 0.256 0.101 0.032 25 P 0.059 0.129 0.032 0.007 0.188 0.010 0.075 0.234 0.125 0.108 0.032 26 I 0.147 0.130 0.030 0.007 0.276 0.012 0.075 0.115 0.051 0.107 0.050 27 M 0.135 0.223 0.113 0.024 0.231 0.018 0.032 0.058 0.031 0.069 0.065 28 G 0.026 0.149 0.445 0.156 0.046 0.066 0.024 0.041 0.022 0.013 0.014 29 D 0.006 0.079 0.040 0.070 0.013 0.060 0.209 0.322 0.179 0.016 0.006 30 N 0.008 0.002 0.002 0.004 0.004 0.003 0.004 0.020 0.025 0.857 0.071 31 E 0.018 0.590 0.125 0.002 0.123 0.005 0.010 0.072 0.022 0.022 0.011 32 Q 0.204 0.152 0.019 0.002 0.327 0.008 0.020 0.152 0.036 0.033 0.047 33 L 0.247 0.077 0.010 0.009 0.222 0.009 0.011 0.281 0.073 0.014 0.046 34 A 0.057 0.037 0.006 0.005 0.114 0.027 0.032 0.640 0.059 0.008 0.013 35 L 0.128 0.091 0.021 0.004 0.245 0.005 0.015 0.421 0.042 0.015 0.013 36 A 0.109 0.032 0.007 0.004 0.117 0.006 0.025 0.568 0.071 0.026 0.036 37 Y 0.093 0.079 0.019 0.006 0.190 0.009 0.021 0.417 0.121 0.019 0.025 38 R 0.107 0.090 0.019 0.007 0.169 0.018 0.078 0.375 0.085 0.026 0.027 39 V 0.151 0.100 0.038 0.014 0.165 0.020 0.094 0.259 0.077 0.041 0.040 40 I 0.123 0.087 0.048 0.026 0.166 0.040 0.090 0.212 0.107 0.060 0.040 41 R 0.115 0.084 0.031 0.037 0.100 0.072 0.154 0.175 0.111 0.067 0.054 42 D 0.118 0.136 0.058 0.029 0.192 0.046 0.104 0.059 0.040 0.147 0.072 43 M 0.228 0.149 0.016 0.004 0.497 0.006 0.018 0.016 0.014 0.020 0.033 44 F 0.230 0.074 0.005 0.001 0.661 0.002 0.004 0.004 0.003 0.002 0.013 45 V 0.313 0.093 0.005 0.003 0.497 0.008 0.009 0.006 0.003 0.005 0.058 46 F 0.414 0.061 0.020 0.019 0.279 0.016 0.012 0.008 0.006 0.031 0.135 47 T 0.075 0.163 0.125 0.197 0.141 0.114 0.049 0.028 0.021 0.050 0.038 48 N 0.240 0.133 0.089 0.044 0.326 0.021 0.013 0.016 0.024 0.049 0.046 49 K 0.098 0.131 0.042 0.013 0.145 0.052 0.087 0.091 0.135 0.169 0.039 50 R 0.143 0.191 0.024 0.004 0.456 0.009 0.053 0.052 0.024 0.026 0.018 51 L 0.423 0.052 0.003 0.001 0.452 0.002 0.003 0.015 0.008 0.005 0.038 52 I 0.125 0.140 0.015 0.005 0.516 0.028 0.046 0.064 0.019 0.012 0.029 53 L 0.387 0.041 0.005 0.001 0.513 0.002 0.003 0.015 0.004 0.007 0.022 54 I 0.133 0.188 0.024 0.028 0.359 0.037 0.030 0.060 0.019 0.055 0.067 55 D 0.171 0.222 0.145 0.019 0.320 0.009 0.014 0.033 0.011 0.020 0.035 56 K 0.012 0.014 0.010 0.008 0.018 0.016 0.039 0.398 0.414 0.057 0.014 57 Q 0.017 0.435 0.108 0.019 0.067 0.029 0.073 0.137 0.061 0.047 0.007 58 G 0.079 0.045 0.034 0.012 0.051 0.011 0.025 0.114 0.064 0.374 0.191 59 V 0.104 0.147 0.093 0.030 0.137 0.040 0.052 0.124 0.080 0.108 0.085 60 T 0.026 0.226 0.089 0.219 0.044 0.168 0.126 0.033 0.021 0.033 0.015 61 G 0.046 0.021 0.055 0.366 0.028 0.024 0.008 0.014 0.023 0.267 0.146 62 K 0.031 0.423 0.189 0.020 0.232 0.009 0.016 0.029 0.022 0.018 0.009 63 K 0.366 0.095 0.013 0.003 0.427 0.004 0.010 0.017 0.013 0.010 0.044 64 V 0.192 0.235 0.034 0.007 0.416 0.016 0.014 0.021 0.018 0.010 0.037 65 S 0.199 0.147 0.019 0.004 0.518 0.011 0.025 0.023 0.011 0.009 0.033 66 Y 0.361 0.102 0.021 0.006 0.383 0.006 0.007 0.017 0.015 0.023 0.058 67 H 0.117 0.193 0.047 0.025 0.348 0.049 0.063 0.037 0.027 0.052 0.043 68 S 0.201 0.207 0.111 0.025 0.238 0.012 0.016 0.016 0.018 0.072 0.085 69 V 0.045 0.415 0.246 0.034 0.159 0.017 0.014 0.021 0.020 0.016 0.013 70 P 0.115 0.392 0.077 0.015 0.243 0.010 0.026 0.041 0.025 0.023 0.033 71 Y 0.153 0.055 0.012 0.013 0.122 0.015 0.024 0.164 0.263 0.074 0.104 72 K 0.029 0.113 0.082 0.031 0.069 0.112 0.123 0.264 0.120 0.042 0.014 73 A 0.155 0.123 0.036 0.010 0.220 0.009 0.040 0.124 0.050 0.173 0.059 74 I 0.431 0.062 0.009 0.007 0.229 0.008 0.008 0.050 0.033 0.040 0.123 75 T 0.049 0.130 0.049 0.034 0.165 0.193 0.167 0.123 0.042 0.031 0.017 76 H 0.385 0.067 0.014 0.008 0.370 0.006 0.017 0.027 0.016 0.038 0.053 77 F 0.159 0.180 0.035 0.007 0.548 0.007 0.006 0.015 0.008 0.010 0.023 78 E 0.206 0.175 0.021 0.003 0.527 0.004 0.007 0.012 0.004 0.006 0.037 79 V 0.376 0.108 0.013 0.006 0.306 0.006 0.008 0.036 0.028 0.018 0.094 80 E 0.079 0.092 0.056 0.046 0.158 0.145 0.173 0.139 0.047 0.036 0.029 81 T 0.188 0.097 0.065 0.043 0.255 0.028 0.054 0.089 0.052 0.077 0.051 82 A 0.096 0.099 0.053 0.088 0.100 0.055 0.049 0.107 0.119 0.169 0.065 83 G 0.045 0.153 0.178 0.123 0.104 0.051 0.048 0.086 0.062 0.112 0.040 84 T 0.179 0.134 0.041 0.014 0.271 0.008 0.022 0.097 0.069 0.113 0.053 85 F 0.108 0.229 0.051 0.022 0.255 0.043 0.033 0.084 0.064 0.063 0.048 86 D 0.205 0.150 0.175 0.025 0.320 0.018 0.012 0.035 0.017 0.020 0.023 87 M 0.020 0.046 0.019 0.009 0.032 0.027 0.078 0.387 0.336 0.037 0.010 88 D 0.157 0.113 0.072 0.016 0.185 0.018 0.037 0.115 0.064 0.176 0.049 89 A 0.102 0.163 0.029 0.005 0.262 0.017 0.053 0.170 0.083 0.073 0.043 90 E 0.248 0.104 0.009 0.004 0.399 0.013 0.070 0.061 0.026 0.030 0.036 91 L 0.254 0.055 0.003 0.002 0.644 0.004 0.007 0.008 0.004 0.005 0.013 92 K 0.217 0.055 0.003 0.002 0.684 0.004 0.010 0.005 0.002 0.003 0.016 93 L 0.288 0.059 0.005 0.001 0.625 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 94 W 0.284 0.104 0.018 0.008 0.461 0.007 0.009 0.006 0.002 0.012 0.089 95 I 0.265 0.110 0.039 0.036 0.244 0.022 0.024 0.022 0.021 0.055 0.163 96 S 0.035 0.158 0.092 0.244 0.075 0.118 0.093 0.044 0.054 0.065 0.022 97 G 0.048 0.075 0.110 0.166 0.065 0.046 0.040 0.055 0.083 0.251 0.061 98 Q 0.079 0.160 0.094 0.028 0.194 0.018 0.037 0.106 0.104 0.136 0.045 99 K 0.091 0.210 0.110 0.034 0.143 0.032 0.040 0.063 0.098 0.123 0.057 100 D 0.046 0.324 0.312 0.032 0.140 0.017 0.020 0.042 0.028 0.021 0.018 101 P 0.115 0.252 0.053 0.009 0.190 0.010 0.037 0.161 0.093 0.047 0.033 102 L 0.142 0.136 0.027 0.007 0.220 0.012 0.026 0.237 0.100 0.046 0.046 103 V 0.176 0.111 0.019 0.006 0.288 0.013 0.022 0.220 0.074 0.027 0.044 104 K 0.113 0.164 0.045 0.007 0.290 0.015 0.029 0.220 0.065 0.026 0.027 105 E 0.172 0.097 0.029 0.011 0.266 0.018 0.070 0.205 0.039 0.053 0.042 106 L 0.118 0.193 0.067 0.025 0.165 0.018 0.039 0.167 0.070 0.070 0.068 107 K 0.045 0.076 0.113 0.168 0.055 0.120 0.103 0.159 0.056 0.064 0.040 108 K 0.014 0.216 0.147 0.132 0.040 0.056 0.107 0.154 0.067 0.053 0.015 109 G 0.048 0.034 0.037 0.044 0.038 0.019 0.013 0.075 0.052 0.458 0.183 110 T 0.026 0.363 0.133 0.010 0.105 0.017 0.026 0.186 0.066 0.046 0.022 111 D 0.065 0.266 0.076 0.007 0.100 0.010 0.020 0.261 0.050 0.088 0.057 112 V 0.041 0.016 0.004 0.003 0.032 0.003 0.003 0.735 0.127 0.018 0.017 113 V 0.001 0.006 0.003 0.002 0.003 0.006 0.007 0.916 0.052 0.003 0.001 114 G 0.003 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.953 0.022 0.008 0.002 115 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.024 0.001 0.001 116 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.041 0.001 0.001 117 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.014 0.001 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.977 0.015 0.001 0.001 119 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.928 0.063 0.003 0.001 120 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.885 0.101 0.002 0.001 121 N 0.004 0.006 0.003 0.001 0.006 0.003 0.058 0.811 0.079 0.026 0.004 122 F 0.044 0.048 0.018 0.003 0.060 0.006 0.064 0.559 0.096 0.074 0.029 123 S 0.087 0.061 0.016 0.005 0.102 0.012 0.037 0.383 0.136 0.100 0.060 124 L 0.081 0.117 0.036 0.014 0.121 0.027 0.065 0.300 0.126 0.069 0.045