# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.7682 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.461 0.203 0.145 0.108 0.061 0.020 0.003 2 G 0.499 0.286 0.134 0.059 0.016 0.005 0.001 3 L 0.153 0.135 0.207 0.229 0.184 0.081 0.011 4 L 0.157 0.189 0.193 0.217 0.157 0.075 0.012 5 D 0.248 0.281 0.226 0.148 0.065 0.029 0.004 6 A 0.233 0.254 0.228 0.189 0.063 0.028 0.004 7 L 0.094 0.120 0.156 0.225 0.238 0.147 0.019 8 M 0.092 0.081 0.103 0.195 0.241 0.235 0.053 9 G 0.132 0.216 0.251 0.216 0.119 0.057 0.008 10 N 0.144 0.270 0.258 0.198 0.091 0.033 0.004 11 A 0.103 0.120 0.177 0.258 0.224 0.106 0.012 12 A 0.294 0.310 0.174 0.123 0.073 0.025 0.002 13 E 0.242 0.302 0.239 0.136 0.058 0.022 0.002 14 V 0.129 0.153 0.241 0.281 0.155 0.038 0.002 15 N 0.394 0.339 0.154 0.071 0.033 0.009 0.001 16 L 0.196 0.206 0.243 0.229 0.099 0.026 0.001 17 D 0.534 0.331 0.095 0.028 0.011 0.001 0.001 18 E 0.373 0.441 0.130 0.046 0.009 0.001 0.001 19 L 0.057 0.092 0.214 0.325 0.257 0.054 0.002 20 A 0.073 0.191 0.329 0.298 0.091 0.018 0.001 21 Q 0.502 0.376 0.092 0.024 0.006 0.001 0.001 22 E 0.179 0.390 0.263 0.132 0.031 0.004 0.001 23 L 0.022 0.042 0.079 0.225 0.412 0.206 0.014 24 G 0.042 0.202 0.320 0.301 0.107 0.028 0.001 25 P 0.170 0.389 0.265 0.135 0.033 0.009 0.001 26 I 0.016 0.050 0.150 0.295 0.321 0.155 0.012 27 M 0.024 0.041 0.078 0.188 0.329 0.289 0.051 28 G 0.059 0.168 0.289 0.277 0.140 0.059 0.009 29 D 0.193 0.359 0.207 0.135 0.074 0.028 0.003 30 N 0.109 0.257 0.231 0.213 0.126 0.056 0.009 31 E 0.023 0.041 0.094 0.211 0.369 0.226 0.036 32 Q 0.042 0.158 0.283 0.250 0.164 0.082 0.021 33 L 0.016 0.026 0.047 0.120 0.228 0.394 0.169 34 A 0.046 0.122 0.222 0.282 0.202 0.107 0.020 35 L 0.035 0.092 0.138 0.200 0.241 0.230 0.064 36 A 0.023 0.042 0.076 0.170 0.206 0.312 0.170 37 Y 0.027 0.034 0.057 0.155 0.237 0.340 0.150 38 R 0.104 0.242 0.258 0.205 0.111 0.062 0.018 39 V 0.059 0.073 0.115 0.224 0.268 0.206 0.054 40 I 0.086 0.141 0.157 0.215 0.196 0.160 0.045 41 R 0.125 0.166 0.190 0.194 0.174 0.116 0.035 42 D 0.134 0.179 0.187 0.197 0.157 0.102 0.044 43 M 0.094 0.101 0.116 0.179 0.205 0.210 0.096 44 F 0.055 0.044 0.055 0.114 0.187 0.322 0.223 45 V 0.062 0.059 0.074 0.134 0.177 0.277 0.217 46 F 0.039 0.032 0.047 0.099 0.147 0.286 0.349 47 T 0.027 0.047 0.062 0.103 0.145 0.270 0.346 48 N 0.036 0.071 0.120 0.163 0.205 0.222 0.184 49 K 0.038 0.081 0.128 0.187 0.221 0.210 0.135 50 R 0.024 0.037 0.060 0.132 0.210 0.333 0.205 51 L 0.022 0.017 0.026 0.091 0.141 0.342 0.360 52 I 0.018 0.027 0.040 0.097 0.187 0.371 0.262 53 L 0.035 0.063 0.099 0.161 0.236 0.271 0.135 54 I 0.039 0.081 0.121 0.200 0.226 0.240 0.093 55 D 0.065 0.134 0.165 0.216 0.209 0.170 0.042 56 K 0.125 0.167 0.221 0.240 0.160 0.075 0.013 57 Q 0.351 0.293 0.165 0.107 0.059 0.023 0.002 58 G 0.245 0.278 0.217 0.161 0.065 0.030 0.004 59 V 0.137 0.069 0.120 0.255 0.257 0.143 0.019 60 T 0.361 0.326 0.170 0.090 0.038 0.014 0.001 61 G 0.393 0.272 0.151 0.106 0.057 0.020 0.002 62 K 0.380 0.343 0.135 0.084 0.042 0.014 0.002 63 K 0.154 0.176 0.193 0.234 0.157 0.076 0.010 64 V 0.213 0.177 0.212 0.185 0.138 0.063 0.012 65 S 0.276 0.270 0.210 0.140 0.068 0.030 0.006 66 Y 0.137 0.115 0.154 0.210 0.215 0.139 0.030 67 H 0.168 0.216 0.177 0.178 0.152 0.094 0.014 68 S 0.187 0.205 0.193 0.186 0.133 0.081 0.015 69 V 0.105 0.121 0.170 0.236 0.213 0.129 0.026 70 P 0.144 0.216 0.215 0.191 0.147 0.076 0.011 71 Y 0.094 0.122 0.205 0.300 0.187 0.082 0.010 72 K 0.507 0.331 0.101 0.040 0.016 0.004 0.001 73 A 0.203 0.301 0.249 0.173 0.051 0.019 0.003 74 I 0.076 0.061 0.117 0.256 0.305 0.160 0.024 75 T 0.204 0.314 0.236 0.155 0.065 0.024 0.002 76 H 0.218 0.270 0.219 0.169 0.079 0.037 0.007 77 F 0.078 0.071 0.101 0.200 0.254 0.234 0.061 78 E 0.114 0.163 0.170 0.204 0.180 0.131 0.038 79 V 0.092 0.107 0.134 0.183 0.206 0.191 0.087 80 E 0.117 0.133 0.140 0.186 0.199 0.158 0.067 81 T 0.103 0.136 0.143 0.178 0.173 0.172 0.094 82 A 0.116 0.093 0.115 0.169 0.185 0.200 0.123 83 G 0.187 0.181 0.158 0.166 0.131 0.122 0.054 84 T 0.149 0.133 0.137 0.172 0.157 0.162 0.090 85 F 0.074 0.056 0.071 0.136 0.204 0.292 0.167 86 D 0.125 0.151 0.152 0.173 0.172 0.149 0.077 87 M 0.075 0.099 0.122 0.162 0.198 0.231 0.112 88 D 0.134 0.197 0.193 0.183 0.138 0.103 0.050 89 A 0.023 0.041 0.071 0.137 0.226 0.327 0.175 90 E 0.025 0.069 0.124 0.186 0.223 0.223 0.150 91 L 0.003 0.008 0.015 0.046 0.179 0.476 0.272 92 K 0.009 0.055 0.152 0.297 0.268 0.174 0.045 93 L 0.002 0.006 0.012 0.037 0.162 0.578 0.201 94 W 0.006 0.029 0.078 0.185 0.282 0.326 0.092 95 I 0.010 0.032 0.075 0.164 0.337 0.331 0.051 96 S 0.065 0.229 0.338 0.245 0.097 0.025 0.001 97 G 0.268 0.297 0.213 0.155 0.054 0.012 0.001 98 Q 0.533 0.288 0.108 0.048 0.019 0.004 0.001 99 K 0.526 0.261 0.125 0.066 0.018 0.003 0.001 100 D 0.543 0.323 0.092 0.031 0.009 0.001 0.001 101 P 0.315 0.411 0.182 0.072 0.017 0.003 0.001 102 L 0.061 0.099 0.189 0.308 0.275 0.066 0.002 103 V 0.107 0.257 0.307 0.226 0.085 0.018 0.001 104 K 0.177 0.306 0.273 0.162 0.069 0.013 0.001 105 E 0.183 0.375 0.238 0.139 0.056 0.009 0.001 106 L 0.031 0.083 0.228 0.369 0.247 0.041 0.001 107 K 0.297 0.358 0.221 0.091 0.030 0.004 0.001 108 K 0.514 0.328 0.109 0.039 0.009 0.001 0.001 109 G 0.437 0.319 0.160 0.066 0.015 0.002 0.001 110 T 0.271 0.331 0.245 0.126 0.025 0.003 0.001 111 D 0.131 0.364 0.296 0.151 0.049 0.009 0.001 112 V 0.015 0.042 0.083 0.218 0.402 0.226 0.014 113 V 0.019 0.118 0.272 0.374 0.164 0.050 0.002 114 G 0.033 0.176 0.359 0.270 0.126 0.032 0.004 115 I 0.002 0.007 0.013 0.045 0.193 0.514 0.226 116 Q 0.003 0.025 0.087 0.289 0.341 0.228 0.027 117 K 0.024 0.152 0.292 0.300 0.121 0.094 0.018 118 T 0.008 0.025 0.091 0.241 0.340 0.247 0.049 119 I 0.008 0.013 0.019 0.063 0.195 0.496 0.206 120 A 0.034 0.107 0.207 0.274 0.224 0.127 0.027 121 N 0.189 0.338 0.228 0.145 0.063 0.032 0.006 122 F 0.097 0.115 0.155 0.251 0.211 0.145 0.026 123 S 0.177 0.128 0.136 0.190 0.191 0.146 0.031 124 L 0.335 0.216 0.170 0.133 0.084 0.050 0.011