# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.4382 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.015 0.212 0.009 0.079 0.322 0.001 0.001 0.008 0.116 0.198 0.015 0.017 2 G 0.005 0.014 0.211 0.004 0.074 0.260 0.001 0.001 0.009 0.126 0.254 0.017 0.025 3 L 0.006 0.024 0.203 0.005 0.085 0.385 0.002 0.002 0.009 0.080 0.148 0.011 0.041 4 L 0.010 0.028 0.146 0.012 0.103 0.413 0.003 0.004 0.015 0.102 0.111 0.030 0.023 5 D 0.007 0.012 0.128 0.009 0.145 0.355 0.002 0.002 0.011 0.118 0.170 0.014 0.029 6 A 0.006 0.009 0.123 0.009 0.203 0.341 0.001 0.002 0.010 0.072 0.197 0.010 0.017 7 L 0.012 0.023 0.148 0.008 0.119 0.328 0.005 0.006 0.020 0.078 0.201 0.020 0.031 8 M 0.018 0.038 0.228 0.008 0.093 0.247 0.005 0.005 0.026 0.099 0.172 0.019 0.043 9 G 0.010 0.025 0.334 0.009 0.035 0.163 0.002 0.003 0.025 0.200 0.119 0.051 0.021 10 N 0.004 0.013 0.492 0.003 0.022 0.112 0.001 0.001 0.022 0.197 0.079 0.009 0.044 11 A 0.002 0.009 0.324 0.006 0.198 0.210 0.001 0.001 0.008 0.096 0.128 0.005 0.013 12 A 0.001 0.007 0.212 0.004 0.228 0.249 0.001 0.001 0.014 0.108 0.149 0.013 0.013 13 E 0.001 0.013 0.170 0.001 0.207 0.401 0.001 0.001 0.012 0.066 0.096 0.004 0.028 14 V 0.003 0.057 0.295 0.002 0.037 0.344 0.001 0.001 0.020 0.164 0.042 0.021 0.012 15 N 0.001 0.003 0.845 0.001 0.006 0.048 0.001 0.001 0.004 0.060 0.008 0.005 0.021 16 L 0.001 0.001 0.023 0.001 0.037 0.843 0.001 0.001 0.001 0.006 0.090 0.001 0.001 17 D 0.001 0.001 0.007 0.001 0.058 0.906 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.057 0.929 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.022 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.003 20 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.011 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.027 0.903 0.001 0.001 0.001 0.008 0.043 0.002 0.004 23 L 0.002 0.003 0.027 0.002 0.013 0.836 0.001 0.001 0.002 0.014 0.094 0.001 0.006 24 G 0.004 0.007 0.110 0.005 0.068 0.576 0.001 0.001 0.005 0.076 0.115 0.025 0.006 25 P 0.006 0.010 0.149 0.004 0.082 0.403 0.001 0.001 0.014 0.071 0.204 0.007 0.048 26 I 0.005 0.021 0.190 0.007 0.100 0.300 0.002 0.002 0.013 0.055 0.256 0.027 0.022 27 M 0.004 0.063 0.354 0.006 0.041 0.129 0.002 0.003 0.022 0.141 0.194 0.009 0.034 28 G 0.001 0.008 0.599 0.003 0.011 0.045 0.001 0.001 0.005 0.183 0.120 0.018 0.008 29 D 0.001 0.004 0.055 0.002 0.012 0.053 0.001 0.001 0.002 0.176 0.692 0.001 0.004 30 N 0.001 0.003 0.060 0.002 0.008 0.110 0.001 0.001 0.001 0.147 0.665 0.002 0.002 31 E 0.003 0.019 0.259 0.005 0.026 0.510 0.001 0.001 0.005 0.114 0.020 0.009 0.029 32 Q 0.015 0.023 0.035 0.007 0.009 0.761 0.005 0.001 0.013 0.014 0.003 0.047 0.068 33 L 0.049 0.009 0.012 0.014 0.005 0.657 0.008 0.002 0.015 0.002 0.005 0.033 0.189 34 A 0.099 0.002 0.004 0.024 0.004 0.734 0.006 0.001 0.002 0.002 0.003 0.100 0.018 35 L 0.255 0.002 0.002 0.006 0.005 0.578 0.010 0.003 0.003 0.002 0.006 0.022 0.107 36 A 0.215 0.001 0.002 0.013 0.003 0.698 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.029 0.019 37 Y 0.296 0.004 0.005 0.017 0.011 0.551 0.005 0.001 0.002 0.004 0.014 0.044 0.047 38 R 0.131 0.002 0.009 0.015 0.009 0.696 0.003 0.001 0.002 0.005 0.036 0.039 0.053 39 V 0.101 0.006 0.031 0.027 0.028 0.580 0.004 0.001 0.005 0.011 0.069 0.036 0.102 40 I 0.042 0.004 0.091 0.095 0.033 0.405 0.003 0.001 0.006 0.034 0.129 0.065 0.093 41 R 0.023 0.002 0.100 0.059 0.040 0.246 0.001 0.001 0.011 0.088 0.339 0.041 0.049 42 D 0.041 0.003 0.188 0.037 0.033 0.146 0.005 0.003 0.020 0.129 0.273 0.032 0.091 43 M 0.176 0.010 0.163 0.021 0.023 0.093 0.038 0.025 0.058 0.055 0.071 0.121 0.145 44 F 0.300 0.013 0.049 0.008 0.009 0.048 0.133 0.060 0.056 0.013 0.016 0.151 0.143 45 V 0.396 0.008 0.026 0.012 0.006 0.026 0.114 0.064 0.048 0.007 0.010 0.143 0.140 46 F 0.357 0.007 0.057 0.036 0.005 0.017 0.036 0.028 0.037 0.017 0.019 0.145 0.239 47 T 0.216 0.007 0.122 0.087 0.009 0.013 0.011 0.006 0.029 0.076 0.061 0.178 0.185 48 N 0.081 0.004 0.238 0.059 0.013 0.011 0.003 0.001 0.017 0.138 0.173 0.080 0.183 49 K 0.092 0.003 0.209 0.131 0.031 0.016 0.005 0.001 0.016 0.114 0.161 0.068 0.152 50 R 0.281 0.005 0.085 0.050 0.018 0.016 0.029 0.006 0.036 0.048 0.043 0.233 0.148 51 L 0.547 0.002 0.018 0.012 0.004 0.007 0.091 0.015 0.023 0.005 0.005 0.042 0.228 52 I 0.577 0.002 0.005 0.012 0.001 0.004 0.162 0.038 0.015 0.002 0.001 0.131 0.050 53 L 0.613 0.003 0.003 0.004 0.001 0.002 0.140 0.049 0.017 0.001 0.001 0.067 0.101 54 I 0.595 0.005 0.014 0.009 0.001 0.003 0.058 0.044 0.030 0.004 0.002 0.131 0.103 55 D 0.125 0.009 0.283 0.069 0.006 0.009 0.022 0.010 0.030 0.052 0.019 0.188 0.179 56 K 0.030 0.006 0.165 0.046 0.112 0.033 0.003 0.002 0.013 0.137 0.332 0.042 0.078 57 Q 0.009 0.008 0.087 0.016 0.097 0.017 0.001 0.001 0.004 0.170 0.551 0.020 0.019 58 G 0.012 0.035 0.202 0.004 0.130 0.014 0.001 0.001 0.002 0.292 0.237 0.039 0.032 59 V 0.027 0.041 0.423 0.008 0.036 0.016 0.002 0.001 0.006 0.145 0.170 0.027 0.097 60 T 0.025 0.032 0.167 0.023 0.023 0.009 0.001 0.001 0.008 0.213 0.371 0.088 0.039 61 G 0.046 0.012 0.238 0.018 0.011 0.004 0.001 0.001 0.004 0.222 0.262 0.037 0.145 62 K 0.073 0.011 0.340 0.043 0.007 0.004 0.004 0.001 0.011 0.152 0.032 0.204 0.119 63 K 0.204 0.009 0.082 0.014 0.005 0.002 0.013 0.003 0.022 0.025 0.012 0.127 0.482 64 V 0.276 0.007 0.055 0.069 0.004 0.002 0.033 0.009 0.043 0.010 0.006 0.188 0.296 65 S 0.319 0.002 0.029 0.020 0.002 0.002 0.048 0.006 0.030 0.005 0.005 0.408 0.124 66 Y 0.441 0.002 0.020 0.013 0.002 0.001 0.040 0.007 0.023 0.003 0.003 0.026 0.419 67 H 0.126 0.002 0.026 0.016 0.001 0.002 0.029 0.002 0.020 0.007 0.004 0.730 0.034 68 S 0.188 0.005 0.041 0.006 0.002 0.002 0.017 0.002 0.019 0.013 0.006 0.019 0.680 69 V 0.050 0.009 0.161 0.013 0.002 0.003 0.004 0.001 0.017 0.048 0.004 0.647 0.042 70 P 0.010 0.005 0.384 0.006 0.007 0.005 0.001 0.001 0.015 0.035 0.013 0.019 0.501 71 Y 0.008 0.007 0.271 0.044 0.170 0.091 0.002 0.001 0.009 0.063 0.212 0.053 0.069 72 K 0.013 0.008 0.212 0.040 0.244 0.124 0.002 0.001 0.014 0.102 0.117 0.058 0.067 73 A 0.041 0.014 0.150 0.017 0.176 0.154 0.004 0.001 0.024 0.084 0.069 0.069 0.198 74 I 0.051 0.015 0.320 0.050 0.033 0.101 0.008 0.002 0.046 0.048 0.057 0.066 0.203 75 T 0.066 0.009 0.196 0.106 0.024 0.117 0.017 0.005 0.057 0.067 0.044 0.208 0.083 76 H 0.266 0.007 0.057 0.022 0.012 0.055 0.045 0.031 0.100 0.020 0.030 0.063 0.291 77 F 0.391 0.007 0.041 0.037 0.004 0.031 0.093 0.056 0.069 0.011 0.010 0.116 0.134 78 E 0.350 0.006 0.023 0.021 0.004 0.021 0.123 0.047 0.050 0.006 0.007 0.244 0.098 79 V 0.353 0.008 0.033 0.018 0.007 0.036 0.077 0.046 0.068 0.008 0.014 0.057 0.275 80 E 0.198 0.009 0.075 0.101 0.012 0.045 0.039 0.027 0.049 0.027 0.026 0.317 0.075 81 T 0.121 0.011 0.158 0.054 0.025 0.063 0.019 0.012 0.061 0.093 0.097 0.084 0.203 82 A 0.034 0.007 0.265 0.060 0.041 0.049 0.006 0.003 0.022 0.135 0.273 0.039 0.066 83 G 0.023 0.010 0.260 0.017 0.035 0.036 0.004 0.002 0.016 0.247 0.216 0.096 0.039 84 T 0.051 0.031 0.319 0.005 0.046 0.054 0.008 0.004 0.023 0.150 0.104 0.040 0.165 85 F 0.061 0.080 0.294 0.008 0.031 0.064 0.008 0.006 0.026 0.164 0.076 0.104 0.080 86 D 0.018 0.022 0.552 0.011 0.017 0.033 0.002 0.001 0.008 0.119 0.043 0.060 0.115 87 M 0.008 0.009 0.208 0.027 0.065 0.132 0.001 0.001 0.005 0.133 0.316 0.017 0.077 88 D 0.014 0.003 0.165 0.036 0.049 0.095 0.001 0.001 0.004 0.102 0.433 0.039 0.059 89 A 0.047 0.005 0.138 0.027 0.112 0.203 0.001 0.001 0.006 0.095 0.156 0.038 0.173 90 E 0.175 0.008 0.071 0.029 0.022 0.156 0.009 0.001 0.013 0.021 0.047 0.152 0.296 91 L 0.439 0.003 0.016 0.016 0.005 0.032 0.028 0.003 0.009 0.004 0.006 0.119 0.320 92 K 0.613 0.001 0.004 0.021 0.001 0.021 0.037 0.002 0.004 0.001 0.004 0.206 0.084 93 L 0.836 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.018 0.002 0.002 0.001 0.001 0.054 0.077 94 W 0.775 0.001 0.003 0.008 0.001 0.005 0.017 0.003 0.003 0.001 0.002 0.079 0.103 95 I 0.546 0.004 0.016 0.029 0.002 0.009 0.016 0.003 0.006 0.007 0.010 0.210 0.142 96 S 0.118 0.005 0.143 0.042 0.009 0.015 0.005 0.001 0.009 0.065 0.192 0.131 0.267 97 G 0.011 0.005 0.143 0.020 0.017 0.011 0.001 0.001 0.004 0.178 0.530 0.037 0.042 98 Q 0.006 0.014 0.282 0.004 0.023 0.013 0.001 0.001 0.003 0.326 0.199 0.091 0.039 99 K 0.007 0.034 0.411 0.008 0.015 0.021 0.001 0.001 0.005 0.261 0.110 0.018 0.111 100 D 0.007 0.015 0.539 0.016 0.012 0.016 0.001 0.001 0.006 0.185 0.038 0.133 0.033 101 P 0.010 0.011 0.424 0.017 0.021 0.054 0.001 0.001 0.012 0.064 0.062 0.017 0.306 102 L 0.053 0.014 0.256 0.029 0.045 0.123 0.009 0.001 0.034 0.032 0.044 0.196 0.162 103 V 0.092 0.013 0.103 0.034 0.048 0.157 0.027 0.002 0.028 0.019 0.022 0.083 0.372 104 K 0.125 0.012 0.065 0.023 0.040 0.127 0.023 0.004 0.028 0.018 0.016 0.291 0.228 105 E 0.097 0.016 0.093 0.015 0.023 0.135 0.014 0.004 0.035 0.019 0.026 0.108 0.416 106 L 0.044 0.032 0.224 0.027 0.049 0.180 0.008 0.003 0.032 0.050 0.085 0.099 0.169 107 K 0.008 0.008 0.334 0.016 0.039 0.144 0.002 0.001 0.008 0.094 0.242 0.058 0.046 108 K 0.001 0.005 0.053 0.005 0.045 0.094 0.001 0.001 0.003 0.115 0.664 0.006 0.010 109 G 0.001 0.008 0.129 0.003 0.022 0.107 0.001 0.001 0.002 0.218 0.498 0.007 0.007 110 T 0.002 0.022 0.422 0.003 0.038 0.217 0.001 0.001 0.004 0.199 0.055 0.015 0.020 111 D 0.004 0.040 0.293 0.003 0.026 0.436 0.001 0.001 0.011 0.088 0.036 0.022 0.039 112 V 0.002 0.010 0.071 0.003 0.016 0.834 0.001 0.001 0.004 0.014 0.025 0.004 0.017 113 V 0.002 0.003 0.022 0.003 0.012 0.924 0.001 0.001 0.002 0.010 0.013 0.006 0.003 114 G 0.003 0.002 0.017 0.001 0.012 0.924 0.001 0.001 0.002 0.011 0.014 0.003 0.011 115 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 116 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 117 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 119 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 121 N 0.001 0.001 0.010 0.001 0.020 0.888 0.001 0.001 0.001 0.010 0.062 0.001 0.004 122 F 0.003 0.005 0.059 0.002 0.018 0.692 0.001 0.001 0.005 0.063 0.135 0.011 0.007 123 S 0.005 0.024 0.345 0.003 0.024 0.287 0.001 0.003 0.022 0.073 0.174 0.008 0.033 124 L 0.001 0.008 0.668 0.004 0.026 0.117 0.001 0.001 0.012 0.092 0.047 0.013 0.010